MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 plasmid VRSAp

Total Repeats: 149

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002774	TA	3	6	86	91	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002774	TAA	2	6	166	171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_002774	GTTT	2	8	186	193	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_002774	AT	3	6	194	199	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_002774	T	7	7	199	205	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002774	TAT	2	6	214	219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_002774	AT	4	8	218	225	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_002774	ATC	2	6	229	234	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_002774	TTA	2	6	276	281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_002774	TAA	2	6	1258	1263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002774	CAA	2	6	1266	1271	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_002774	TAAT	2	8	1343	1350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_002774	TAAG	2	8	1351	1358	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002774	CTTTT	2	10	1370	1379	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_002774	T	6	6	1376	1381	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002774	ATT	3	9	1401	1409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002774	TAC	2	6	1416	1421	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_002774	T	6	6	1431	1436	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_002774	CTT	2	6	1478	1483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_002774	TATT	2	8	1488	1495	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002774	TTC	2	6	1538	1543	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_002774	TCA	2	6	1548	1553	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_002774	CTTT	2	8	1620	1627	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_002774	TCTA	2	8	1628	1635	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_002774	T	6	6	1638	1643	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_002774	ATTT	2	8	1682	1689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_002774	T	7	7	1687	1693	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_002774	TCAT	2	8	1707	1714	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_002774	A	6	6	2002	2007	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002774	TA	3	6	2023	2028	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_002774	TATAA	2	10	2069	2078	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_002774	ACTGC	2	10	2093	2102	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_002774	A	7	7	2179	2185	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002774	AG	3	6	2192	2197	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002774	TAA	3	9	4164	4172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_002774	TA	3	6	4221	4226	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002774	TAT	2	6	4249	4254	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002774	A	6	6	4328	4333	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002774	A	6	6	4359	4364	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_002774	AT	3	6	4375	4380	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002774	AAT	2	6	4399	4404	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_002774	T	8	8	4847	4854	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002774	ATG	2	6	4877	4882	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_002774	A	6	6	5133	5138	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002774	TAA	2	6	5163	5168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_002774	CTA	2	6	5170	5175	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_002774	T	6	6	5925	5930	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_002774	AT	3	6	5975	5980	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_002774	AATAA	2	10	5981	5990	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002774	GGT	2	6	6012	6017	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002774	GTC	2	6	6846	6851	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_002774	AGG	2	6	6881	6886	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002774	CGA	2	6	6995	7000	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_002774	TAA	2	6	7006	7011	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002774	ACT	2	6	7031	7036	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_002774	CAT	2	6	7098	7103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_002774	GGA	2	6	7109	7114	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002774	AAT	2	6	7126	7131	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_002774	CTATA	2	10	7145	7154	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_002774	AGTA	2	8	7161	7168	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002774	ATC	2	6	8086	8091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_002774	T	6	6	8102	8107	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002774	ATG	2	6	8126	8131	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_002774	TAT	2	6	8132	8137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_002774	GTT	2	6	8160	8165	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_002774	TAGA	2	8	8198	8205	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_002774	AGA	2	6	8233	8238	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_002774	GCAA	2	8	8243	8250	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_002774	ACA	2	6	8261	8266	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_002774	TGT	2	6	8269	8274	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_002774	TGCTTT	2	12	8280	8291	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_002774	T	6	6	8289	8294	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_002774	AAG	2	6	8451	8456	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_002774	AAG	2	6	8743	8748	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_002774	GTT	2	6	8799	8804	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_002774	AGA	2	6	9485	9490	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_002774	T	7	7	10209	10215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_002774	ATA	2	6	10290	10295	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_002774	A	6	6	10305	10310	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_002774	T	6	6	10315	10320	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_002774	TAA	2	6	11128	11133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002774	A	6	6	11132	11137	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002774	CCT	2	6	11153	11158	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_002774	GTT	2	6	11190	11195	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_002774	GTA	2	6	11299	11304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002774	TTCTT	2	10	11335	11344	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_002774	TTATA	2	10	11347	11356	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_002774	AATT	2	8	12009	12016	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_002774	TAT	2	6	12046	12051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_002774	TAA	2	6	12153	12158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_002774	ATT	2	6	12693	12698	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_002774	TAT	2	6	14665	14670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_002774	TGT	2	6	14678	14683	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_002774	A	6	6	14739	14744	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_002774	AGA	2	6	15458	15463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_002774	TAGA	2	8	15570	15577	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_002774	AAT	2	6	15578	15583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_002774	ATGA	2	8	15597	15604	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_002774	T	6	6	15702	15707	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_002774	TATT	2	8	15727	15734	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_002774	AAT	2	6	15768	15773	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_002774	TGA	2	6	15782	15787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_002774	CCT	2	6	15831	15836	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_002774	CT	3	6	15835	15840	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_002774	GA	3	6	15859	15864	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_002774	GAC	2	6	15867	15872	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_002774	TATAT	2	10	15876	15885	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002774	GAT	2	6	15901	15906	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_002774	GTA	2	6	15953	15958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_002774	A	8	8	16723	16730	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_002774	TAT	2	6	17154	17159	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_002774	T	7	7	17166	17172	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_002774	AT	3	6	17211	17216	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_002774	TA	3	6	17217	17222	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_002774	T	8	8	19477	19484	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_002774	GTT	2	6	19539	19544	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_002774	AGA	2	6	20225	20230	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_002774	ACC	2	6	20605	20610	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_002774	T	6	6	20611	20616	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_002774	TACT	2	8	20631	20638	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_002774	TAAA	2	8	20660	20667	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_002774	TTAAG	2	10	20770	20779	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_002774	AACG	2	8	20795	20802	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_002774	ATA	2	6	20813	20818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_002774	AT	5	10	20837	20846	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_002774	A	6	6	21456	21461	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_002774	AAT	2	6	21469	21474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_002774	T	6	6	21511	21516	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_002774	A	7	7	21529	21535	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_002774	AT	3	6	23146	23151	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_002774	T	6	6	23231	23236	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_002774	ATT	2	6	23237	23242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_002774	TAA	2	6	23274	23279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_002774	TAA	2	6	23297	23302	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_002774	TTA	2	6	23304	23309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_002774	TAA	2	6	23314	23319	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_002774	GAT	2	6	23330	23335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_002774	TA	3	6	23913	23918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_002774	AAAC	2	8	23953	23960	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_002774	GAT	2	6	24044	24049	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_002774	TTC	2	6	24105	24110	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_002774	TGA	2	6	24145	24150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_002774	CAA	2	6	24183	24188	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_002774	TG	3	6	24200	24205	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_002774	ACC	2	6	25022	25027	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_002774	ATTT	2	8	25035	25042	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_002774	CAT	2	6	25043	25048	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_002774	CTAT	2	8	25064	25071	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_002774	TATC	2	8	25092	25099	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.