MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden str. 2007-60-3289-1

Total Repeats: 97

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187089	TTGT	2	8	279	286	0 %	75 %	25 %	0 %	409249546
2	NT_187089	TCG	2	6	310	315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249546
3	NT_187089	CGG	2	6	419	424	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249546
4	NT_187089	ACA	2	6	467	472	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409249546
5	NT_187089	TTG	2	6	481	486	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409249546
6	NT_187089	ATG	2	6	497	502	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249546
7	NT_187089	TA	3	6	534	539	50 %	50 %	0 %	0 %	409249547
8	NT_187089	ATG	2	6	566	571	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249547
9	NT_187089	TTAAA	2	10	579	588	60 %	40 %	0 %	0 %	409249547
10	NT_187089	CAAC	2	8	594	601	50 %	0 %	0 %	50 %	409249547
11	NT_187089	T	8	8	606	613	0 %	100 %	0 %	0 %	409249547
12	NT_187089	A	6	6	621	626	100 %	0 %	0 %	0 %	409249547
13	NT_187089	GAT	3	9	629	637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249547
14	NT_187089	GAT	2	6	682	687	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249547
15	NT_187089	AAT	2	6	709	714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249547
16	NT_187089	GAA	2	6	716	721	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249547
17	NT_187089	A	6	6	743	748	100 %	0 %	0 %	0 %	409249547
18	NT_187089	TAA	2	6	749	754	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249547
19	NT_187089	GAA	2	6	770	775	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249548
20	NT_187089	TGG	2	6	826	831	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249548
21	NT_187089	GCG	2	6	866	871	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249548
22	NT_187089	AC	3	6	919	924	50 %	0 %	0 %	50 %	409249548
23	NT_187089	GGC	2	6	927	932	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249548
24	NT_187089	AGC	3	9	940	948	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249548
25	NT_187089	ACC	2	6	955	960	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409249548
26	NT_187089	ACG	2	6	985	990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249548
27	NT_187089	G	6	6	992	997	0 %	0 %	100 %	0 %	409249548
28	NT_187089	GCA	2	6	1022	1027	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249548
29	NT_187089	ACAGCG	2	12	1045	1056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249548
30	NT_187089	CAC	2	6	1076	1081	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409249548
31	NT_187089	CGG	2	6	1123	1128	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249548
32	NT_187089	AG	3	6	1160	1165	50 %	0 %	50 %	0 %	409249548
33	NT_187089	CAG	3	9	1166	1174	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249548
34	NT_187089	G	6	6	1180	1185	0 %	0 %	100 %	0 %	409249548
35	NT_187089	GGC	2	6	1237	1242	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249548
36	NT_187089	TCA	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249548
37	NT_187089	ACG	2	6	1288	1293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249548
38	NT_187089	CAGC	2	8	1319	1326	25 %	0 %	25 %	50 %	409249548
39	NT_187089	CA	3	6	1349	1354	50 %	0 %	0 %	50 %	409249548
40	NT_187089	GCC	2	6	1402	1407	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249548
41	NT_187089	GGGT	2	8	1408	1415	0 %	25 %	75 %	0 %	409249548
42	NT_187089	GAC	2	6	1511	1516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249548
43	NT_187089	CGC	2	6	1570	1575	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249548
44	NT_187089	CAC	2	6	1617	1622	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409249548
45	NT_187089	CGG	2	6	1684	1689	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249548
46	NT_187089	GTGA	2	8	1740	1747	25 %	25 %	50 %	0 %	409249548
47	NT_187089	AG	3	6	1748	1753	50 %	0 %	50 %	0 %	409249548
48	NT_187089	TGGC	2	8	1761	1768	0 %	25 %	50 %	25 %	409249548
49	NT_187089	GA	3	6	1827	1832	50 %	0 %	50 %	0 %	409249548
50	NT_187089	ATG	2	6	1918	1923	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249548
51	NT_187089	GCA	2	6	1988	1993	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249548
52	NT_187089	CA	3	6	2063	2068	50 %	0 %	0 %	50 %	409249548
53	NT_187089	TGA	2	6	2168	2173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249548
54	NT_187089	TGAT	2	8	2239	2246	25 %	50 %	25 %	0 %	409249548
55	NT_187089	A	6	6	2263	2268	100 %	0 %	0 %	0 %	409249548
56	NT_187089	TGA	2	6	2288	2293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249548
57	NT_187089	AAT	2	6	2319	2324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249548
58	NT_187089	ATC	2	6	2353	2358	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249548
59	NT_187089	TAA	2	6	2384	2389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249548
60	NT_187089	ACT	2	6	2420	2425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249548
61	NT_187089	AAT	2	6	2454	2459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249548
62	NT_187089	ATGA	2	8	3032	3039	50 %	25 %	25 %	0 %	409249549
63	NT_187089	CGCTGG	2	12	3118	3129	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409249549
64	NT_187089	ACA	2	6	3139	3144	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409249549
65	NT_187089	GTGGC	2	10	3147	3156	0 %	20 %	60 %	20 %	409249549
66	NT_187089	ATG	2	6	3166	3171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249549
67	NT_187089	CAG	2	6	3237	3242	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249549
68	NT_187089	GAG	2	6	3249	3254	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	409249549
69	NT_187089	TAT	2	6	3264	3269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249549
70	NT_187089	ACCGGT	2	12	3271	3282	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409249549
71	NT_187089	GAA	2	6	3417	3422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249549
72	NT_187089	AGA	2	6	3434	3439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249549
73	NT_187089	GATG	2	8	3467	3474	25 %	25 %	50 %	0 %	409249549
74	NT_187089	ATA	2	6	3475	3480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249549
75	NT_187089	AGT	2	6	3498	3503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249549
76	NT_187089	GTT	2	6	3553	3558	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409249549
77	NT_187089	TGC	2	6	3621	3626	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249549
78	NT_187089	TTCGAT	2	12	3758	3769	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409249550
79	NT_187089	GAA	2	6	4009	4014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249550
80	NT_187089	CGA	2	6	4033	4038	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249550
81	NT_187089	ATC	2	6	4052	4057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249550
82	NT_187089	CCA	2	6	4137	4142	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409249550
83	NT_187089	GCA	2	6	4186	4191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249550
84	NT_187089	CTGG	2	8	4222	4229	0 %	25 %	50 %	25 %	409249550
85	NT_187089	GGA	2	6	4252	4257	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	409249550
86	NT_187089	A	6	6	4313	4318	100 %	0 %	0 %	0 %	409249550
87	NT_187089	CAGA	2	8	4472	4479	50 %	0 %	25 %	25 %	409249550
88	NT_187089	TG	4	8	4488	4495	0 %	50 %	50 %	0 %	409249550
89	NT_187089	CAG	2	6	4637	4642	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249550
90	NT_187089	GGT	2	6	4648	4653	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249550
91	NT_187089	AATCG	2	10	4744	4753	40 %	20 %	20 %	20 %	409249550
92	NT_187089	GCT	2	6	4822	4827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249550
93	NT_187089	TGA	2	6	4839	4844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249550
94	NT_187089	ATTT	2	8	4907	4914	25 %	75 %	0 %	0 %	409249550
95	NT_187089	AAT	2	6	4928	4933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249550
96	NT_187089	TGA	2	6	4935	4940	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249550
97	NT_187089	CTT	2	6	5103	5108	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409249551

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.