MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden str. 2007-60-3289-1

Total Repeats: 208

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187080	CCG	2	6	521	526	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249196
2	NT_187080	ACG	3	9	543	551	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249196
3	NT_187080	TGG	2	6	609	614	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249196
4	NT_187080	ACT	2	6	618	623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249196
5	NT_187080	AGA	2	6	652	657	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249196
6	NT_187080	CGG	2	6	661	666	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249196
7	NT_187080	CGC	2	6	712	717	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249196
8	NT_187080	GGC	2	6	805	810	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249196
9	NT_187080	GCT	2	6	908	913	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249196
10	NT_187080	A	6	6	990	995	100 %	0 %	0 %	0 %	409249196
11	NT_187080	GACA	2	8	1010	1017	50 %	0 %	25 %	25 %	409249196
12	NT_187080	A	8	8	1120	1127	100 %	0 %	0 %	0 %	409249196
13	NT_187080	CGC	2	6	1164	1169	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249196
14	NT_187080	CCA	2	6	1203	1208	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409249196
15	NT_187080	TTA	2	6	1215	1220	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249196
16	NT_187080	GGC	2	6	1222	1227	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249196
17	NT_187080	TCT	2	6	1275	1280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409249196
18	NT_187080	GCA	2	6	1288	1293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249196
19	NT_187080	GCT	2	6	1312	1317	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249196
20	NT_187080	GC	3	6	1359	1364	0 %	0 %	50 %	50 %	409249196
21	NT_187080	GGCGC	2	10	1424	1433	0 %	0 %	60 %	40 %	409249196
22	NT_187080	GCG	2	6	1451	1456	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249196
23	NT_187080	TGA	2	6	2271	2276	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249197
24	NT_187080	AC	3	6	2321	2326	50 %	0 %	0 %	50 %	409249197
25	NT_187080	CAG	2	6	2396	2401	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249197
26	NT_187080	CAT	2	6	2404	2409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249197
27	NT_187080	GC	3	6	2554	2559	0 %	0 %	50 %	50 %	409249197
28	NT_187080	AG	3	6	2633	2638	50 %	0 %	50 %	0 %	409249197
29	NT_187080	GC	3	6	2739	2744	0 %	0 %	50 %	50 %	409249197
30	NT_187080	T	7	7	2754	2760	0 %	100 %	0 %	0 %	409249197
31	NT_187080	CAG	2	6	2804	2809	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249197
32	NT_187080	CAT	2	6	2828	2833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249197
33	NT_187080	ACC	2	6	2904	2909	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409249197
34	NT_187080	GCC	2	6	2931	2936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249197
35	NT_187080	GTG	2	6	2940	2945	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249197
36	NT_187080	AGCC	2	8	2952	2959	25 %	0 %	25 %	50 %	409249197
37	NT_187080	GAC	2	6	2983	2988	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249197
38	NT_187080	CAG	2	6	3005	3010	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249197
39	NT_187080	GCC	2	6	3024	3029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249197
40	NT_187080	CAA	2	6	3059	3064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409249197
41	NT_187080	AG	3	6	3069	3074	50 %	0 %	50 %	0 %	409249197
42	NT_187080	CAC	2	6	3092	3097	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409249197
43	NT_187080	CGA	2	6	3144	3149	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249197
44	NT_187080	ATT	2	6	3152	3157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249197
45	NT_187080	TG	3	6	3317	3322	0 %	50 %	50 %	0 %	409249198
46	NT_187080	ATT	2	6	3349	3354	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249198
47	NT_187080	T	6	6	3376	3381	0 %	100 %	0 %	0 %	409249198
48	NT_187080	TGC	2	6	3476	3481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249198
49	NT_187080	GTT	2	6	3517	3522	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409249198
50	NT_187080	CAT	2	6	3528	3533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249198
51	NT_187080	GGCG	2	8	3549	3556	0 %	0 %	75 %	25 %	409249198
52	NT_187080	GCC	2	6	3581	3586	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249198
53	NT_187080	CAG	2	6	3624	3629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249198
54	NT_187080	ACG	2	6	4032	4037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249199
55	NT_187080	TTA	2	6	4064	4069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249199
56	NT_187080	GCT	2	6	4081	4086	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249199
57	NT_187080	GCA	2	6	4112	4117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249199
58	NT_187080	CACG	2	8	4130	4137	25 %	0 %	25 %	50 %	409249199
59	NT_187080	CCAT	2	8	4143	4150	25 %	25 %	0 %	50 %	409249199
60	NT_187080	CTG	2	6	4178	4183	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249199
61	NT_187080	GTG	2	6	4184	4189	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249199
62	NT_187080	GCG	2	6	4220	4225	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249199
63	NT_187080	GCC	2	6	4235	4240	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249199
64	NT_187080	ACC	2	6	4316	4321	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409249199
65	NT_187080	ACG	2	6	4377	4382	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249199
66	NT_187080	GC	3	6	4394	4399	0 %	0 %	50 %	50 %	409249199
67	NT_187080	CTG	3	9	4403	4411	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249199
68	NT_187080	GCCT	2	8	4428	4435	0 %	25 %	25 %	50 %	409249199
69	NT_187080	GCC	2	6	4436	4441	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249199
70	NT_187080	CGC	2	6	4464	4469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249199
71	NT_187080	TGA	2	6	4485	4490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249199
72	NT_187080	GC	3	6	4506	4511	0 %	0 %	50 %	50 %	409249199
73	NT_187080	ACT	2	6	4514	4519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249199
74	NT_187080	CT	3	6	4553	4558	0 %	50 %	0 %	50 %	409249199
75	NT_187080	CGGT	2	8	4563	4570	0 %	25 %	50 %	25 %	409249199
76	NT_187080	CGC	2	6	4621	4626	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249199
77	NT_187080	GC	3	6	4629	4634	0 %	0 %	50 %	50 %	409249199
78	NT_187080	GCG	2	6	4719	4724	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249199
79	NT_187080	GC	3	6	4743	4748	0 %	0 %	50 %	50 %	409249199
80	NT_187080	AAG	2	6	4767	4772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249199
81	NT_187080	TCA	2	6	4776	4781	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249199
82	NT_187080	CGC	2	6	4794	4799	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249199
83	NT_187080	TGTC	2	8	4870	4877	0 %	50 %	25 %	25 %	409249199
84	NT_187080	ATT	2	6	4904	4909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249199
85	NT_187080	AG	3	6	4921	4926	50 %	0 %	50 %	0 %	409249199
86	NT_187080	TGG	2	6	4932	4937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249199
87	NT_187080	GCT	2	6	5026	5031	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249199
88	NT_187080	AGTTT	2	10	5071	5080	20 %	60 %	20 %	0 %	409249199
89	NT_187080	TAT	2	6	5160	5165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249200
90	NT_187080	TTCC	2	8	5206	5213	0 %	50 %	0 %	50 %	409249200
91	NT_187080	CTT	2	6	5255	5260	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409249200
92	NT_187080	TTC	2	6	5279	5284	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409249200
93	NT_187080	CAA	2	6	5290	5295	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409249200
94	NT_187080	CTC	2	6	5335	5340	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	409249200
95	NT_187080	T	6	6	5369	5374	0 %	100 %	0 %	0 %	409249200
96	NT_187080	TTG	2	6	5432	5437	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409249200
97	NT_187080	CAT	2	6	5441	5446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249200
98	NT_187080	CG	3	6	5466	5471	0 %	0 %	50 %	50 %	409249200
99	NT_187080	GGCAG	2	10	5513	5522	20 %	0 %	60 %	20 %	409249200
100	NT_187080	T	7	7	5596	5602	0 %	100 %	0 %	0 %	409249200
101	NT_187080	GCG	2	6	5607	5612	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249200
102	NT_187080	ATA	2	6	5644	5649	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249200
103	NT_187080	CAT	2	6	5705	5710	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249200
104	NT_187080	GGC	2	6	5745	5750	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249201
105	NT_187080	ATTG	2	8	5767	5774	25 %	50 %	25 %	0 %	409249201
106	NT_187080	GCAGT	2	10	5781	5790	20 %	20 %	40 %	20 %	409249201
107	NT_187080	CGCC	2	8	5837	5844	0 %	0 %	25 %	75 %	409249201
108	NT_187080	TAT	2	6	5868	5873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249201
109	NT_187080	TAA	2	6	5884	5889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249201
110	NT_187080	TAA	2	6	5944	5949	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249201
111	NT_187080	TTC	2	6	5954	5959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409249201
112	NT_187080	AAT	2	6	6004	6009	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249201
113	NT_187080	AGG	2	6	6013	6018	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	409249201
114	NT_187080	CCT	2	6	6029	6034	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	409249201
115	NT_187080	ACG	2	6	6037	6042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249201
116	NT_187080	CCG	2	6	6125	6130	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249201
117	NT_187080	CAA	2	6	6168	6173	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409249201
118	NT_187080	TAT	2	6	6198	6203	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249201
119	NT_187080	TGT	2	6	6326	6331	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409249201
120	NT_187080	GCA	2	6	6370	6375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249201
121	NT_187080	GTT	2	6	6381	6386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409249201
122	NT_187080	T	7	7	6388	6394	0 %	100 %	0 %	0 %	409249201
123	NT_187080	CTT	2	6	6450	6455	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409249201
124	NT_187080	ATC	2	6	6490	6495	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249201
125	NT_187080	T	7	7	6511	6517	0 %	100 %	0 %	0 %	409249201
126	NT_187080	CTCC	2	8	6572	6579	0 %	25 %	0 %	75 %	409249201
127	NT_187080	CTT	2	6	6734	6739	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409249202
128	NT_187080	AAG	2	6	6808	6813	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249202
129	NT_187080	ATT	2	6	6837	6842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249202
130	NT_187080	AGAA	2	8	6847	6854	75 %	0 %	25 %	0 %	409249202
131	NT_187080	GAG	2	6	6874	6879	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	409249202
132	NT_187080	A	6	6	6896	6901	100 %	0 %	0 %	0 %	409249202
133	NT_187080	A	6	6	6924	6929	100 %	0 %	0 %	0 %	409249202
134	NT_187080	TAGCG	2	10	6930	6939	20 %	20 %	40 %	20 %	409249202
135	NT_187080	TGG	2	6	6966	6971	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249202
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.