MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 main chromosome

Total Repeats: 89274

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022569	ACA	2	6	181	186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899432
2	NC_022569	CAC	3	9	204	212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899432
3	NC_022569	ACC	2	6	217	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899432
4	NC_022569	CGG	2	6	354	359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
5	NC_022569	ACCA	2	8	466	473	50 %	0 %	0 %	50 %	550899433
6	NC_022569	TGG	2	6	476	481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899433
7	NC_022569	A	6	6	491	496	100 %	0 %	0 %	0 %	550899433
8	NC_022569	CGG	2	6	501	506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
9	NC_022569	T	6	6	545	550	0 %	100 %	0 %	0 %	550899433
10	NC_022569	GC	3	6	575	580	0 %	0 %	50 %	50 %	550899433
11	NC_022569	CTG	2	6	664	669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
12	NC_022569	CGC	2	6	693	698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
13	NC_022569	A	6	6	716	721	100 %	0 %	0 %	0 %	550899433
14	NC_022569	GATC	2	8	777	784	25 %	25 %	25 %	25 %	550899433
15	NC_022569	CGC	2	6	858	863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
16	NC_022569	CCG	2	6	908	913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
17	NC_022569	TGG	2	6	932	937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899433
18	NC_022569	CCG	3	9	965	973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
19	NC_022569	GCC	2	6	979	984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
20	NC_022569	CTG	2	6	999	1004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
21	NC_022569	GCT	2	6	1068	1073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
22	NC_022569	CT	3	6	1105	1110	0 %	50 %	0 %	50 %	550899433
23	NC_022569	CGA	2	6	1233	1238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899433
24	NC_022569	AAC	2	6	1273	1278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899433
25	NC_022569	GAT	2	6	1317	1322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899433
26	NC_022569	GGC	2	6	1329	1334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
27	NC_022569	CGC	2	6	1344	1349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
28	NC_022569	GGT	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899433
29	NC_022569	TCC	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	550899433
30	NC_022569	TG	3	6	1417	1422	0 %	50 %	50 %	0 %	550899433
31	NC_022569	GC	3	6	1436	1441	0 %	0 %	50 %	50 %	550899433
32	NC_022569	CCG	2	6	1446	1451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
33	NC_022569	GCT	2	6	1491	1496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
34	NC_022569	TGT	2	6	1536	1541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899433
35	NC_022569	TTC	2	6	1582	1587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899433
36	NC_022569	AATATC	2	12	1606	1617	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	550899433
37	NC_022569	TCT	2	6	1636	1641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899433
38	NC_022569	TGG	2	6	1658	1663	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899433
39	NC_022569	ACG	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899433
40	NC_022569	CCA	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899433
41	NC_022569	CGG	2	6	1755	1760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
42	NC_022569	CGG	2	6	1764	1769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
43	NC_022569	GAA	2	6	1809	1814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899433
44	NC_022569	GCG	2	6	1838	1843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
45	NC_022569	ATC	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899433
46	NC_022569	TTG	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899433
47	NC_022569	ACT	2	6	2096	2101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899433
48	NC_022569	CGC	3	9	2118	2126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
49	NC_022569	CTG	2	6	2200	2205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
50	NC_022569	TGA	2	6	2214	2219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899433
51	NC_022569	CT	3	6	2254	2259	0 %	50 %	0 %	50 %	550899433
52	NC_022569	TC	3	6	2292	2297	0 %	50 %	0 %	50 %	550899433
53	NC_022569	GC	3	6	2314	2319	0 %	0 %	50 %	50 %	550899433
54	NC_022569	CG	3	6	2345	2350	0 %	0 %	50 %	50 %	550899433
55	NC_022569	GAC	2	6	2512	2517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899433
56	NC_022569	GCC	2	6	2524	2529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
57	NC_022569	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899433
58	NC_022569	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	550899433
59	NC_022569	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899433
60	NC_022569	TGC	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
61	NC_022569	ATG	2	6	2732	2737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899433
62	NC_022569	CGG	3	9	2741	2749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
63	NC_022569	AGC	2	6	2917	2922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899434
64	NC_022569	GCC	2	6	2968	2973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899434
65	NC_022569	A	7	7	3060	3066	100 %	0 %	0 %	0 %	550899434
66	NC_022569	CGT	2	6	3106	3111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899434
67	NC_022569	CGC	2	6	3112	3117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899434
68	NC_022569	ATGA	2	8	3128	3135	50 %	25 %	25 %	0 %	550899434
69	NC_022569	GCA	2	6	3207	3212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899434
70	NC_022569	TGA	2	6	3258	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899434
71	NC_022569	GAA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899434
72	NC_022569	ATT	2	6	3278	3283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899434
73	NC_022569	CAG	2	6	3287	3292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899434
74	NC_022569	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899434
75	NC_022569	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	550899434
76	NC_022569	GCC	2	6	3464	3469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899434
77	NC_022569	TGA	2	6	3474	3479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899434
78	NC_022569	CG	4	8	3503	3510	0 %	0 %	50 %	50 %	550899434
79	NC_022569	GC	3	6	3558	3563	0 %	0 %	50 %	50 %	550899434
80	NC_022569	CGG	2	6	3705	3710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899434
81	NC_022569	AGT	2	6	3718	3723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899434
82	NC_022569	CAG	2	6	3809	3814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899435
83	NC_022569	T	8	8	3819	3826	0 %	100 %	0 %	0 %	550899435
84	NC_022569	TGA	2	6	3862	3867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899435
85	NC_022569	GCA	2	6	3937	3942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899435
86	NC_022569	CG	3	6	3962	3967	0 %	0 %	50 %	50 %	550899435
87	NC_022569	CGG	2	6	4060	4065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899435
88	NC_022569	GCG	2	6	4098	4103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899435
89	NC_022569	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	550899435
90	NC_022569	GTC	2	6	4190	4195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899435
91	NC_022569	CG	3	6	4206	4211	0 %	0 %	50 %	50 %	550899435
92	NC_022569	GGC	2	6	4253	4258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899435
93	NC_022569	TGA	2	6	4324	4329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899435
94	NC_022569	GAA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899435
95	NC_022569	GCC	2	6	4383	4388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899435
96	NC_022569	CTA	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899435
97	NC_022569	GCT	2	6	4501	4506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899435
98	NC_022569	CGC	2	6	4543	4548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899435
99	NC_022569	GATG	2	8	4633	4640	25 %	25 %	50 %	0 %	550899435
100	NC_022569	CAGC	2	8	4642	4649	25 %	0 %	25 %	50 %	550899435
101	NC_022569	CG	3	6	4662	4667	0 %	0 %	50 %	50 %	550899435
102	NC_022569	GGA	2	6	4669	4674	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	550899435
103	NC_022569	CCG	2	6	4681	4686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899435
104	NC_022569	CTGA	2	8	4700	4707	25 %	25 %	25 %	25 %	550899435
105	NC_022569	GCG	2	6	4718	4723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899435
106	NC_022569	GAT	2	6	4727	4732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899435
107	NC_022569	CAG	2	6	4742	4747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899435
108	NC_022569	GCG	2	6	4793	4798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899435
109	NC_022569	AG	3	6	4882	4887	50 %	0 %	50 %	0 %	550899435
110	NC_022569	GCT	2	6	4954	4959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899435
111	NC_022569	CAT	2	6	4964	4969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899435
112	NC_022569	CTGC	2	8	4970	4977	0 %	25 %	25 %	50 %	550899435
113	NC_022569	GCC	2	6	4985	4990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899435
114	NC_022569	TGA	3	9	5001	5009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899435
115	NC_022569	TG	3	6	5148	5153	0 %	50 %	50 %	0 %	550899436
116	NC_022569	TCA	2	6	5163	5168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899436
117	NC_022569	AAT	2	6	5228	5233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899436
118	NC_022569	TCA	2	6	5242	5247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899436
119	NC_022569	CG	3	6	5251	5256	0 %	0 %	50 %	50 %	550899436
120	NC_022569	T	6	6	5258	5263	0 %	100 %	0 %	0 %	550899436
121	NC_022569	ACC	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899436
122	NC_022569	TCA	2	6	5301	5306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899436
123	NC_022569	TTC	2	6	5340	5345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899436
124	NC_022569	CAC	3	9	5384	5392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899436
125	NC_022569	CG	3	6	5470	5475	0 %	0 %	50 %	50 %	550899436
126	NC_022569	AG	3	6	5552	5557	50 %	0 %	50 %	0 %	550899436
127	NC_022569	TGT	2	6	5568	5573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899436
128	NC_022569	CAAAAT	2	12	5578	5589	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	550899436
129	NC_022569	CGT	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899436
130	NC_022569	GCG	2	6	5755	5760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899436
131	NC_022569	GCT	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899436
132	NC_022569	AATCAG	2	12	5873	5884	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	550899436
133	NC_022569	CG	3	6	5971	5976	0 %	0 %	50 %	50 %	550899437
134	NC_022569	GCC	2	6	5979	5984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899437
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263	NC_022569	AAC	2	6	13447	13452	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899443
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382	NC_022569	CGG	2	6	19933	19938	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899449
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390	NC_022569	CTT	2	6	20313	20318	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899450
391	NC_022569	CT	3	6	20340	20345	0 %	50 %	0 %	50 %	550899450
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