MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288

Total Repeats: 89429

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021151	CGG	2	6	60	65	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902550
2	NC_021151	ACCA	2	8	172	179	50 %	0 %	0 %	50 %	482902550
3	NC_021151	TGG	2	6	182	187	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482902550
4	NC_021151	A	6	6	197	202	100 %	0 %	0 %	0 %	482902550
5	NC_021151	CGG	2	6	207	212	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902550
6	NC_021151	T	6	6	251	256	0 %	100 %	0 %	0 %	482902550
7	NC_021151	GC	3	6	281	286	0 %	0 %	50 %	50 %	482902550
8	NC_021151	CTG	2	6	370	375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902550
9	NC_021151	CGC	2	6	399	404	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902550
10	NC_021151	A	6	6	422	427	100 %	0 %	0 %	0 %	482902550
11	NC_021151	GATC	2	8	483	490	25 %	25 %	25 %	25 %	482902550
12	NC_021151	CGC	2	6	564	569	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902550
13	NC_021151	CCG	2	6	614	619	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902550
14	NC_021151	TGG	2	6	638	643	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482902550
15	NC_021151	CCG	3	9	671	679	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902550
16	NC_021151	GCC	2	6	685	690	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902550
17	NC_021151	CTG	2	6	705	710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902550
18	NC_021151	GCT	2	6	774	779	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902550
19	NC_021151	CT	3	6	811	816	0 %	50 %	0 %	50 %	482902550
20	NC_021151	CGA	2	6	939	944	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902550
21	NC_021151	AAC	2	6	979	984	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482902550
22	NC_021151	GAT	2	6	1023	1028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902550
23	NC_021151	GGC	2	6	1035	1040	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902550
24	NC_021151	CGC	2	6	1050	1055	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902550
25	NC_021151	GGT	2	6	1077	1082	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482902550
26	NC_021151	TCC	2	6	1096	1101	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482902550
27	NC_021151	TG	3	6	1123	1128	0 %	50 %	50 %	0 %	482902550
28	NC_021151	GC	3	6	1142	1147	0 %	0 %	50 %	50 %	482902550
29	NC_021151	CCG	2	6	1152	1157	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902550
30	NC_021151	GCT	2	6	1197	1202	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902550
31	NC_021151	TGT	2	6	1242	1247	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482902550
32	NC_021151	TTC	2	6	1288	1293	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482902550
33	NC_021151	AATATC	2	12	1312	1323	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	482902550
34	NC_021151	TCT	2	6	1342	1347	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482902550
35	NC_021151	TGG	2	6	1364	1369	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482902550
36	NC_021151	ACG	2	6	1376	1381	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902550
37	NC_021151	CCA	2	6	1385	1390	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482902550
38	NC_021151	CGG	2	6	1461	1466	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902550
39	NC_021151	CGG	2	6	1470	1475	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902550
40	NC_021151	GAA	2	6	1515	1520	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482902550
41	NC_021151	GCG	2	6	1544	1549	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902550
42	NC_021151	ATC	2	6	1673	1678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482902550
43	NC_021151	TTG	2	6	1694	1699	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482902550
44	NC_021151	ACT	2	6	1802	1807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482902550
45	NC_021151	CGC	3	9	1824	1832	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902550
46	NC_021151	CTG	2	6	1906	1911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902550
47	NC_021151	TGA	2	6	1920	1925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902550
48	NC_021151	CT	3	6	1960	1965	0 %	50 %	0 %	50 %	482902550
49	NC_021151	TC	3	6	1998	2003	0 %	50 %	0 %	50 %	482902550
50	NC_021151	GC	3	6	2020	2025	0 %	0 %	50 %	50 %	482902550
51	NC_021151	CG	3	6	2051	2056	0 %	0 %	50 %	50 %	482902550
52	NC_021151	GAC	2	6	2218	2223	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902550
53	NC_021151	GCC	2	6	2230	2235	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902550
54	NC_021151	TGA	2	6	2253	2258	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902550
55	NC_021151	AGGTA	2	10	2259	2268	40 %	20 %	40 %	0 %	482902550
56	NC_021151	TAT	2	6	2392	2397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482902550
57	NC_021151	TGC	2	6	2414	2419	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902550
58	NC_021151	ATG	2	6	2438	2443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902550
59	NC_021151	CGG	3	9	2447	2455	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902550
60	NC_021151	AGC	2	6	2623	2628	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902551
61	NC_021151	GCC	2	6	2674	2679	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902551
62	NC_021151	A	7	7	2766	2772	100 %	0 %	0 %	0 %	482902551
63	NC_021151	CGT	2	6	2812	2817	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902551
64	NC_021151	CGC	2	6	2818	2823	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902551
65	NC_021151	ATGA	2	8	2834	2841	50 %	25 %	25 %	0 %	482902551
66	NC_021151	GCA	2	6	2913	2918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902551
67	NC_021151	TGA	2	6	2964	2969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902551
68	NC_021151	GAA	2	6	2972	2977	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482902551
69	NC_021151	ATT	2	6	2984	2989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482902551
70	NC_021151	CAG	2	6	2993	2998	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902551
71	NC_021151	TGA	2	6	3010	3015	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902551
72	NC_021151	ATTGC	2	10	3102	3111	20 %	40 %	20 %	20 %	482902551
73	NC_021151	GCC	2	6	3170	3175	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902551
74	NC_021151	TGA	2	6	3180	3185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902551
75	NC_021151	CG	4	8	3209	3216	0 %	0 %	50 %	50 %	482902551
76	NC_021151	GC	3	6	3264	3269	0 %	0 %	50 %	50 %	482902551
77	NC_021151	CGG	2	6	3411	3416	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902551
78	NC_021151	AGT	2	6	3424	3429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902551
79	NC_021151	CAG	2	6	3515	3520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902552
80	NC_021151	T	8	8	3525	3532	0 %	100 %	0 %	0 %	482902552
81	NC_021151	TGA	2	6	3568	3573	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902552
82	NC_021151	GCA	2	6	3643	3648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902552
83	NC_021151	CG	3	6	3668	3673	0 %	0 %	50 %	50 %	482902552
84	NC_021151	CGG	2	6	3766	3771	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902552
85	NC_021151	GCG	2	6	3804	3809	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902552
86	NC_021151	CGGCG	2	10	3850	3859	0 %	0 %	60 %	40 %	482902552
87	NC_021151	GTC	2	6	3896	3901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902552
88	NC_021151	CG	3	6	3912	3917	0 %	0 %	50 %	50 %	482902552
89	NC_021151	GGC	2	6	3959	3964	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902552
90	NC_021151	TGA	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902552
91	NC_021151	GAA	2	6	4037	4042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482902552
92	NC_021151	GCC	2	6	4089	4094	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902552
93	NC_021151	CTA	2	6	4111	4116	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482902552
94	NC_021151	GCT	2	6	4207	4212	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902552
95	NC_021151	CGC	2	6	4249	4254	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902552
96	NC_021151	GATG	2	8	4339	4346	25 %	25 %	50 %	0 %	482902552
97	NC_021151	CAGC	2	8	4348	4355	25 %	0 %	25 %	50 %	482902552
98	NC_021151	CG	3	6	4368	4373	0 %	0 %	50 %	50 %	482902552
99	NC_021151	GGA	2	6	4375	4380	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482902552
100	NC_021151	CCG	2	6	4387	4392	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902552
101	NC_021151	CTGA	2	8	4406	4413	25 %	25 %	25 %	25 %	482902552
102	NC_021151	GCG	2	6	4424	4429	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902552
103	NC_021151	GAT	2	6	4433	4438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902552
104	NC_021151	CAG	2	6	4448	4453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902552
105	NC_021151	GCG	2	6	4499	4504	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902552
106	NC_021151	AG	3	6	4588	4593	50 %	0 %	50 %	0 %	482902552
107	NC_021151	GCT	2	6	4660	4665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902552
108	NC_021151	CAT	2	6	4670	4675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482902552
109	NC_021151	CTGC	2	8	4676	4683	0 %	25 %	25 %	50 %	482902552
110	NC_021151	GCC	2	6	4691	4696	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902552
111	NC_021151	TGA	3	9	4707	4715	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902552
112	NC_021151	TG	3	6	4854	4859	0 %	50 %	50 %	0 %	482902553
113	NC_021151	TCA	2	6	4869	4874	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482902553
114	NC_021151	AAT	2	6	4934	4939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482902553
115	NC_021151	TCA	2	6	4948	4953	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482902553
116	NC_021151	CG	3	6	4957	4962	0 %	0 %	50 %	50 %	482902553
117	NC_021151	T	6	6	4964	4969	0 %	100 %	0 %	0 %	482902553
118	NC_021151	ACC	2	6	4983	4988	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482902553
119	NC_021151	TCA	2	6	5007	5012	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482902553
120	NC_021151	TTC	2	6	5046	5051	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482902553
121	NC_021151	CAC	3	9	5090	5098	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482902553
122	NC_021151	CG	3	6	5176	5181	0 %	0 %	50 %	50 %	482902553
123	NC_021151	AG	3	6	5258	5263	50 %	0 %	50 %	0 %	482902553
124	NC_021151	TGT	2	6	5274	5279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482902553
125	NC_021151	CAAAAT	2	12	5284	5295	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	482902553
126	NC_021151	CGT	2	6	5299	5304	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902553
127	NC_021151	GCG	2	6	5461	5466	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902553
128	NC_021151	GCT	2	6	5494	5499	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482902553
129	NC_021151	AATCAG	2	12	5579	5590	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482902553
130	NC_021151	CG	3	6	5677	5682	0 %	0 %	50 %	50 %	482902554
131	NC_021151	GCC	2	6	5685	5690	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902554
132	NC_021151	ACC	2	6	5802	5807	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482902554
133	NC_021151	CAA	2	6	5816	5821	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482902554
134	NC_021151	A	6	6	5972	5977	100 %	0 %	0 %	0 %	482902554
135	NC_021151	CGA	2	6	6007	6012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902554
136	NC_021151	CAG	2	6	6143	6148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902554
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143	NC_021151	CGA	2	6	6646	6651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902554
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155	NC_021151	CAG	2	6	7551	7556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902555
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158	NC_021151	CAG	2	6	7572	7577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902555
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161	NC_021151	ATG	2	6	7729	7734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902555
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165	NC_021151	AAGA	2	8	7944	7951	75 %	0 %	25 %	0 %	482902555
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263	NC_021151	GAA	2	6	13192	13197	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482902560
264	NC_021151	A	6	6	13207	13212	100 %	0 %	0 %	0 %	482902560
265	NC_021151	TAC	2	6	13316	13321	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482902561
266	NC_021151	ATC	2	6	13395	13400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482902561
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268	NC_021151	CGC	2	6	13513	13518	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902561
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270	NC_021151	GGC	3	9	13550	13558	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902561
271	NC_021151	GGC	2	6	13565	13570	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902561
272	NC_021151	GGC	2	6	13616	13621	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902561
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277	NC_021151	GCG	2	6	13758	13763	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902561
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279	NC_021151	CGG	2	6	13959	13964	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902561
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283	NC_021151	CGG	2	6	14137	14142	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902561
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285	NC_021151	CGGT	2	8	14298	14305	0 %	25 %	50 %	25 %	482902561
286	NC_021151	GGC	2	6	14354	14359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902561
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288	NC_021151	CTT	2	6	14395	14400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482902561
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293	NC_021151	TTA	2	6	14869	14874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482902562
294	NC_021151	GGA	2	6	14878	14883	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482902562
295	NC_021151	TCAG	2	8	14949	14956	25 %	25 %	25 %	25 %	482902562
296	NC_021151	TGA	2	6	14958	14963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902562
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298	NC_021151	A	6	6	14996	15001	100 %	0 %	0 %	0 %	482902562
299	NC_021151	TTA	2	6	15023	15028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482902562
300	NC_021151	TTG	2	6	15039	15044	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482902562
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304	NC_021151	TTTG	2	8	15239	15246	0 %	75 %	25 %	0 %	482902562
305	NC_021151	GCA	2	6	15252	15257	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482902562
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375	NC_021151	GAA	2	6	19451	19456	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482902566
376	NC_021151	GAT	2	6	19475	19480	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482902566
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378	NC_021151	TGG	2	6	19598	19603	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482902566
379	NC_021151	CCTGA	2	10	19619	19628	20 %	20 %	20 %	40 %	482902566
380	NC_021151	CGG	2	6	19639	19644	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902566
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382	NC_021151	A	6	6	19813	19818	100 %	0 %	0 %	0 %	482902567
383	NC_021151	TCA	2	6	19831	19836	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482902567
384	NC_021151	GCG	2	6	19918	19923	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482902567
385	NC_021151	AAC	2	6	19986	19991	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482902567
386	NC_021151	ATC	2	6	19992	19997	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482902567
387	NC_021151	TAA	2	6	20000	20005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482902567
388	NC_021151	CTT	2	6	20019	20024	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482902567
389	NC_021151	CT	3	6	20046	20051	0 %	50 %	0 %	50 %	482902567
390	NC_021151	CGTCAT	2	12	20110	20121	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	482902567
391	NC_021151	CGC	2	6	20174	20179	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482902567
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