MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI8T7 complete sequence

Total Repeats: 342

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020539	TGA	2	6	206	211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816324
2	NC_020539	ACAT	2	8	272	279	50 %	25 %	0 %	25 %	469816324
3	NC_020539	TTAAAC	2	12	427	438	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	469816324
4	NC_020539	AAGA	2	8	506	513	75 %	0 %	25 %	0 %	469816324
5	NC_020539	TA	3	6	577	582	50 %	50 %	0 %	0 %	469816324
6	NC_020539	CAT	2	6	638	643	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816324
7	NC_020539	TCA	2	6	908	913	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816325
8	NC_020539	TAG	2	6	941	946	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816325
9	NC_020539	ATT	2	6	1012	1017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816325
10	NC_020539	CTTA	2	8	1095	1102	25 %	50 %	0 %	25 %	469816325
11	NC_020539	ATC	2	6	1104	1109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816325
12	NC_020539	GCA	2	6	1186	1191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469816325
13	NC_020539	CAT	2	6	1202	1207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816325
14	NC_020539	T	7	7	1253	1259	0 %	100 %	0 %	0 %	469816325
15	NC_020539	TGA	2	6	1387	1392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816325
16	NC_020539	T	6	6	1460	1465	0 %	100 %	0 %	0 %	469816325
17	NC_020539	AAT	2	6	1473	1478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816325
18	NC_020539	AGTA	2	8	1583	1590	50 %	25 %	25 %	0 %	469816325
19	NC_020539	TTC	2	6	1638	1643	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816325
20	NC_020539	ATT	2	6	1690	1695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816325
21	NC_020539	TGT	2	6	1711	1716	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	469816325
22	NC_020539	TTC	2	6	1758	1763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816325
23	NC_020539	TTC	2	6	1860	1865	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816325
24	NC_020539	TAGA	2	8	1866	1873	50 %	25 %	25 %	0 %	469816325
25	NC_020539	AC	3	6	1889	1894	50 %	0 %	0 %	50 %	469816325
26	NC_020539	T	6	6	1896	1901	0 %	100 %	0 %	0 %	469816325
27	NC_020539	CCA	2	6	2014	2019	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469816325
28	NC_020539	GC	3	6	2116	2121	0 %	0 %	50 %	50 %	469816325
29	NC_020539	AAT	2	6	2148	2153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816325
30	NC_020539	AGT	2	6	2200	2205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816325
31	NC_020539	TCA	2	6	2236	2241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816325
32	NC_020539	AGC	2	6	2280	2285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469816325
33	NC_020539	AC	3	6	2300	2305	50 %	0 %	0 %	50 %	469816325
34	NC_020539	CCAT	2	8	2320	2327	25 %	25 %	0 %	50 %	469816325
35	NC_020539	ATA	2	6	2356	2361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816325
36	NC_020539	ATT	2	6	2392	2397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816325
37	NC_020539	CTT	2	6	2423	2428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816325
38	NC_020539	ACA	2	6	2518	2523	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	469816325
39	NC_020539	ATG	2	6	2548	2553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816325
40	NC_020539	TCA	2	6	2576	2581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816325
41	NC_020539	TCT	2	6	2692	2697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816325
42	NC_020539	TAG	2	6	2733	2738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816325
43	NC_020539	T	6	6	2763	2768	0 %	100 %	0 %	0 %	469816325
44	NC_020539	TCT	2	6	2785	2790	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816325
45	NC_020539	TTC	2	6	2889	2894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816325
46	NC_020539	TCT	2	6	3040	3045	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816325
47	NC_020539	CAT	2	6	4132	4137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816326
48	NC_020539	TTAA	2	8	4206	4213	50 %	50 %	0 %	0 %	469816326
49	NC_020539	TAT	2	6	4228	4233	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816326
50	NC_020539	T	6	6	4256	4261	0 %	100 %	0 %	0 %	469816326
51	NC_020539	TTTA	2	8	4295	4302	25 %	75 %	0 %	0 %	469816326
52	NC_020539	AGC	2	6	4316	4321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469816326
53	NC_020539	T	6	6	4337	4342	0 %	100 %	0 %	0 %	469816326
54	NC_020539	TAATT	2	10	4359	4368	40 %	60 %	0 %	0 %	469816326
55	NC_020539	GTT	2	6	4420	4425	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	469816326
56	NC_020539	T	6	6	4430	4435	0 %	100 %	0 %	0 %	469816326
57	NC_020539	TAT	2	6	4474	4479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816326
58	NC_020539	ATC	2	6	4568	4573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816326
59	NC_020539	T	6	6	4589	4594	0 %	100 %	0 %	0 %	469816326
60	NC_020539	TTA	2	6	4602	4607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816326
61	NC_020539	TTGAAG	2	12	4648	4659	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816326
62	NC_020539	T	8	8	4745	4752	0 %	100 %	0 %	0 %	469816326
63	NC_020539	CAATTA	2	12	4813	4824	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	469816326
64	NC_020539	AAT	2	6	4884	4889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816326
65	NC_020539	TAT	2	6	4920	4925	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816327
66	NC_020539	AAG	2	6	4936	4941	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816327
67	NC_020539	TTA	2	6	4959	4964	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816327
68	NC_020539	TTA	2	6	5004	5009	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816327
69	NC_020539	T	6	6	5010	5015	0 %	100 %	0 %	0 %	469816327
70	NC_020539	CTT	2	6	5076	5081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816327
71	NC_020539	TC	3	6	5113	5118	0 %	50 %	0 %	50 %	469816327
72	NC_020539	TAA	2	6	5129	5134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816327
73	NC_020539	AAT	2	6	5139	5144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816327
74	NC_020539	AAGT	2	8	5162	5169	50 %	25 %	25 %	0 %	469816327
75	NC_020539	CATAA	2	10	5184	5193	60 %	20 %	0 %	20 %	469816327
76	NC_020539	ACC	2	6	5196	5201	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469816327
77	NC_020539	ATA	2	6	5257	5262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816327
78	NC_020539	TTA	2	6	5290	5295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816327
79	NC_020539	TTA	2	6	5322	5327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816327
80	NC_020539	A	7	7	5374	5380	100 %	0 %	0 %	0 %	469816327
81	NC_020539	GATAC	2	10	5388	5397	40 %	20 %	20 %	20 %	469816327
82	NC_020539	A	8	8	5415	5422	100 %	0 %	0 %	0 %	469816327
83	NC_020539	AT	3	6	5480	5485	50 %	50 %	0 %	0 %	469816327
84	NC_020539	AT	3	6	5537	5542	50 %	50 %	0 %	0 %	469816327
85	NC_020539	TCT	2	6	5605	5610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816327
86	NC_020539	TAT	3	9	5612	5620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816327
87	NC_020539	AAAG	2	8	5650	5657	75 %	0 %	25 %	0 %	469816327
88	NC_020539	TAA	2	6	5699	5704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816327
89	NC_020539	TAT	2	6	5741	5746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816327
90	NC_020539	T	6	6	5769	5774	0 %	100 %	0 %	0 %	469816327
91	NC_020539	AT	3	6	5782	5787	50 %	50 %	0 %	0 %	469816327
92	NC_020539	CATT	2	8	5793	5800	25 %	50 %	0 %	25 %	469816327
93	NC_020539	AGA	2	6	5826	5831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816327
94	NC_020539	TTAA	2	8	5832	5839	50 %	50 %	0 %	0 %	469816327
95	NC_020539	AAG	2	6	5845	5850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816327
96	NC_020539	A	6	6	5859	5864	100 %	0 %	0 %	0 %	469816327
97	NC_020539	AATT	2	8	5872	5879	50 %	50 %	0 %	0 %	469816327
98	NC_020539	T	6	6	5903	5908	0 %	100 %	0 %	0 %	469816327
99	NC_020539	ATTATA	2	12	5956	5967	50 %	50 %	0 %	0 %	469816327
100	NC_020539	GAA	2	6	6053	6058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816327
101	NC_020539	AAAG	2	8	6084	6091	75 %	0 %	25 %	0 %	469816327
102	NC_020539	ATTT	2	8	6126	6133	25 %	75 %	0 %	0 %	469816327
103	NC_020539	ATG	2	6	6166	6171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816327
104	NC_020539	ACTCA	2	10	6315	6324	40 %	20 %	0 %	40 %	469816327
105	NC_020539	AATTA	2	10	6328	6337	60 %	40 %	0 %	0 %	469816327
106	NC_020539	TAA	2	6	6341	6346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816327
107	NC_020539	TGGA	2	8	6372	6379	25 %	25 %	50 %	0 %	469816327
108	NC_020539	ATG	2	6	6429	6434	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816327
109	NC_020539	A	6	6	6456	6461	100 %	0 %	0 %	0 %	469816327
110	NC_020539	TCT	2	6	6477	6482	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816327
111	NC_020539	ATT	2	6	6485	6490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816327
112	NC_020539	ACAGGT	2	12	6528	6539	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	469816327
113	NC_020539	TAA	2	6	6557	6562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816327
114	NC_020539	GGT	2	6	6565	6570	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	469816327
115	NC_020539	TAT	2	6	6603	6608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816327
116	NC_020539	A	6	6	6667	6672	100 %	0 %	0 %	0 %	469816327
117	NC_020539	AAATTT	2	12	7379	7390	50 %	50 %	0 %	0 %	469816328
118	NC_020539	TTG	2	6	7513	7518	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	469816328
119	NC_020539	TAGA	2	8	7528	7535	50 %	25 %	25 %	0 %	469816328
120	NC_020539	TAA	2	6	7580	7585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816328
121	NC_020539	AGA	2	6	7610	7615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816328
122	NC_020539	GCA	2	6	7671	7676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469816328
123	NC_020539	TTC	2	6	7712	7717	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469816328
124	NC_020539	GTC	2	6	7759	7764	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	469816328
125	NC_020539	TAAA	2	8	7774	7781	75 %	25 %	0 %	0 %	469816328
126	NC_020539	AAT	2	6	7893	7898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469816328
127	NC_020539	ATAA	2	8	7912	7919	75 %	25 %	0 %	0 %	469816328
128	NC_020539	ATGA	2	8	8041	8048	50 %	25 %	25 %	0 %	469816329
129	NC_020539	ATC	2	6	8068	8073	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469816329
130	NC_020539	AAG	2	6	8184	8189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469816329
131	NC_020539	ATG	2	6	8256	8261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816329
132	NC_020539	ATT	2	6	8264	8269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816329
133	NC_020539	ATT	2	6	8280	8285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469816329
134	NC_020539	AAAAGA	2	12	8287	8298	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	469816329
135	NC_020539	ATG	2	6	8327	8332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469816329
136	NC_020539	AG	3	6	8413	8418	50 %	0 %	50 %	0 %	469816329
137	NC_020539	TA	3	6	8475	8480	50 %	50 %	0 %	0 %	469816329
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.