MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI7S6 complete sequence

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020538	TCA	2	6	909	914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455799
2	NC_020538	TAG	2	6	942	947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455799
3	NC_020538	ATT	2	6	1013	1018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455799
4	NC_020538	CTTA	2	8	1096	1103	25 %	50 %	0 %	25 %	472455799
5	NC_020538	ATC	2	6	1105	1110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455799
6	NC_020538	GCA	2	6	1187	1192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455799
7	NC_020538	CAT	2	6	1203	1208	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455799
8	NC_020538	T	7	7	1254	1260	0 %	100 %	0 %	0 %	472455799
9	NC_020538	TGA	2	6	1388	1393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455799
10	NC_020538	T	6	6	1461	1466	0 %	100 %	0 %	0 %	472455799
11	NC_020538	AAT	2	6	1474	1479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455799
12	NC_020538	AGTA	2	8	1584	1591	50 %	25 %	25 %	0 %	472455799
13	NC_020538	TTC	2	6	1639	1644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455799
14	NC_020538	ATT	2	6	1691	1696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455799
15	NC_020538	TGT	2	6	1712	1717	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455799
16	NC_020538	TTC	2	6	1759	1764	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455799
17	NC_020538	TTC	2	6	1861	1866	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455799
18	NC_020538	TAGA	2	8	1867	1874	50 %	25 %	25 %	0 %	472455799
19	NC_020538	AC	3	6	1890	1895	50 %	0 %	0 %	50 %	472455799
20	NC_020538	T	6	6	1897	1902	0 %	100 %	0 %	0 %	472455799
21	NC_020538	CCA	2	6	2015	2020	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455799
22	NC_020538	GC	3	6	2117	2122	0 %	0 %	50 %	50 %	472455799
23	NC_020538	AAT	2	6	2149	2154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455799
24	NC_020538	AGT	2	6	2201	2206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455799
25	NC_020538	TCA	2	6	2237	2242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455799
26	NC_020538	AGC	2	6	2281	2286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455799
27	NC_020538	AC	3	6	2301	2306	50 %	0 %	0 %	50 %	472455799
28	NC_020538	CCAT	2	8	2321	2328	25 %	25 %	0 %	50 %	472455799
29	NC_020538	ATA	2	6	2357	2362	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455799
30	NC_020538	ATT	2	6	2393	2398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455799
31	NC_020538	CTT	2	6	2424	2429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455799
32	NC_020538	ACA	2	6	2519	2524	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	472455799
33	NC_020538	ATG	2	6	2549	2554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455799
34	NC_020538	TCA	2	6	2577	2582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455799
35	NC_020538	TCT	2	6	2693	2698	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455799
36	NC_020538	TAG	2	6	2734	2739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455799
37	NC_020538	T	6	6	2764	2769	0 %	100 %	0 %	0 %	472455799
38	NC_020538	TCT	2	6	2786	2791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455799
39	NC_020538	TTC	2	6	2890	2895	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455799
40	NC_020538	TCT	2	6	3041	3046	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455799
41	NC_020538	CAT	2	6	4133	4138	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455800
42	NC_020538	TTAA	2	8	4207	4214	50 %	50 %	0 %	0 %	472455800
43	NC_020538	TAT	2	6	4229	4234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455800
44	NC_020538	T	6	6	4257	4262	0 %	100 %	0 %	0 %	472455800
45	NC_020538	TTTA	2	8	4296	4303	25 %	75 %	0 %	0 %	472455800
46	NC_020538	AGC	2	6	4317	4322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455800
47	NC_020538	T	6	6	4338	4343	0 %	100 %	0 %	0 %	472455800
48	NC_020538	TAATT	2	10	4360	4369	40 %	60 %	0 %	0 %	472455800
49	NC_020538	GTT	2	6	4421	4426	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455800
50	NC_020538	T	6	6	4431	4436	0 %	100 %	0 %	0 %	472455800
51	NC_020538	TAT	2	6	4475	4480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455800
52	NC_020538	ATC	2	6	4569	4574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455800
53	NC_020538	T	6	6	4590	4595	0 %	100 %	0 %	0 %	472455800
54	NC_020538	TTA	2	6	4603	4608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455800
55	NC_020538	TTGAAG	2	12	4649	4660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455800
56	NC_020538	T	8	8	4746	4753	0 %	100 %	0 %	0 %	472455800
57	NC_020538	CAATTA	2	12	4814	4825	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	472455800
58	NC_020538	AAT	2	6	4885	4890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455800
59	NC_020538	TAT	2	6	4921	4926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455801
60	NC_020538	AAG	2	6	4937	4942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455801
61	NC_020538	TTA	2	6	4960	4965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455801
62	NC_020538	TTA	2	6	5005	5010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455801
63	NC_020538	T	6	6	5011	5016	0 %	100 %	0 %	0 %	472455801
64	NC_020538	CTT	2	6	5077	5082	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455801
65	NC_020538	TC	3	6	5114	5119	0 %	50 %	0 %	50 %	472455801
66	NC_020538	TAA	2	6	5130	5135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455801
67	NC_020538	AAT	2	6	5140	5145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455801
68	NC_020538	AAGT	2	8	5163	5170	50 %	25 %	25 %	0 %	472455801
69	NC_020538	CATAA	2	10	5185	5194	60 %	20 %	0 %	20 %	472455801
70	NC_020538	ACC	2	6	5197	5202	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455801
71	NC_020538	ATA	2	6	5258	5263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455801
72	NC_020538	TTA	2	6	5291	5296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455801
73	NC_020538	TTA	2	6	5323	5328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455801
74	NC_020538	A	7	7	5375	5381	100 %	0 %	0 %	0 %	472455801
75	NC_020538	GATAC	2	10	5389	5398	40 %	20 %	20 %	20 %	472455801
76	NC_020538	A	8	8	5416	5423	100 %	0 %	0 %	0 %	472455801
77	NC_020538	AT	3	6	5481	5486	50 %	50 %	0 %	0 %	472455801
78	NC_020538	AT	3	6	5538	5543	50 %	50 %	0 %	0 %	472455801
79	NC_020538	TCT	2	6	5606	5611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455801
80	NC_020538	TAT	3	9	5613	5621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455801
81	NC_020538	AAAG	2	8	5651	5658	75 %	0 %	25 %	0 %	472455801
82	NC_020538	TAA	2	6	5700	5705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455801
83	NC_020538	TAT	2	6	5742	5747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455801
84	NC_020538	T	6	6	5770	5775	0 %	100 %	0 %	0 %	472455801
85	NC_020538	AT	3	6	5783	5788	50 %	50 %	0 %	0 %	472455801
86	NC_020538	CATT	2	8	5794	5801	25 %	50 %	0 %	25 %	472455801
87	NC_020538	AGA	2	6	5827	5832	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455801
88	NC_020538	TTAA	2	8	5833	5840	50 %	50 %	0 %	0 %	472455801
89	NC_020538	AAG	2	6	5846	5851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455801
90	NC_020538	A	6	6	5860	5865	100 %	0 %	0 %	0 %	472455801
91	NC_020538	AATT	2	8	5873	5880	50 %	50 %	0 %	0 %	472455801
92	NC_020538	T	6	6	5904	5909	0 %	100 %	0 %	0 %	472455801
93	NC_020538	ATTATA	2	12	5957	5968	50 %	50 %	0 %	0 %	472455801
94	NC_020538	GAA	2	6	6054	6059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455801
95	NC_020538	AAAG	2	8	6085	6092	75 %	0 %	25 %	0 %	472455801
96	NC_020538	ATTT	2	8	6127	6134	25 %	75 %	0 %	0 %	472455801
97	NC_020538	ATG	2	6	6167	6172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455801
98	NC_020538	ACTCA	2	10	6316	6325	40 %	20 %	0 %	40 %	472455801
99	NC_020538	AATTA	2	10	6329	6338	60 %	40 %	0 %	0 %	472455801
100	NC_020538	TAA	2	6	6342	6347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455801
101	NC_020538	TGGA	2	8	6373	6380	25 %	25 %	50 %	0 %	472455801
102	NC_020538	ATG	2	6	6430	6435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455801
103	NC_020538	A	6	6	6457	6462	100 %	0 %	0 %	0 %	472455801
104	NC_020538	TCT	2	6	6478	6483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455801
105	NC_020538	ATT	2	6	6486	6491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455801
106	NC_020538	ACAGGT	2	12	6529	6540	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	472455801
107	NC_020538	TAA	2	6	6558	6563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455801
108	NC_020538	GGT	2	6	6566	6571	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	472455801
109	NC_020538	TAT	2	6	6604	6609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455801
110	NC_020538	A	6	6	6668	6673	100 %	0 %	0 %	0 %	472455801
111	NC_020538	AAATTT	2	12	7380	7391	50 %	50 %	0 %	0 %	472455802
112	NC_020538	TTG	2	6	7514	7519	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455802
113	NC_020538	TAGA	2	8	7529	7536	50 %	25 %	25 %	0 %	472455802
114	NC_020538	TAA	2	6	7581	7586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455802
115	NC_020538	AGA	2	6	7611	7616	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455802
116	NC_020538	GCA	2	6	7672	7677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455802
117	NC_020538	TTC	2	6	7713	7718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455802
118	NC_020538	GTC	2	6	7760	7765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455802
119	NC_020538	TAAA	2	8	7775	7782	75 %	25 %	0 %	0 %	472455802
120	NC_020538	AAT	2	6	7894	7899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455802
121	NC_020538	ATAA	2	8	7913	7920	75 %	25 %	0 %	0 %	472455802
122	NC_020538	ATGA	2	8	8042	8049	50 %	25 %	25 %	0 %	472455803
123	NC_020538	ATC	2	6	8069	8074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455803
124	NC_020538	AAG	2	6	8185	8190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455803
125	NC_020538	ATG	2	6	8257	8262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455803
126	NC_020538	ATT	2	6	8265	8270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455803
127	NC_020538	ATT	2	6	8281	8286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455803
128	NC_020538	AAAAGA	2	12	8288	8299	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	472455803
129	NC_020538	ATG	2	6	8328	8333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455803
130	NC_020538	AG	3	6	8414	8419	50 %	0 %	50 %	0 %	472455803
131	NC_020538	TA	3	6	8476	8481	50 %	50 %	0 %	0 %	472455803
132	NC_020538	CTTTA	2	10	8491	8500	20 %	60 %	0 %	20 %	472455803
133	NC_020538	TTAT	2	8	8533	8540	25 %	75 %	0 %	0 %	472455803
134	NC_020538	GTG	2	6	8547	8552	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	472455803
135	NC_020538	AGA	2	6	8561	8566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455803
136	NC_020538	AAG	2	6	8593	8598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455803
137	NC_020538	ATT	2	6	9560	9565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455804
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.