MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Javiana str. CFSAN001992

Total Repeats: 84801

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
10501	NC_020307	TGCAG	2	10	582661	582670	20 %	20 %	40 %	20 %	452120138
10502	NC_020307	AACGCA	2	12	582738	582749	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	452120138
10503	NC_020307	GCCA	2	8	582753	582760	25 %	0 %	25 %	50 %	452120138
10504	NC_020307	GAC	2	6	582818	582823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120138
10505	NC_020307	AGC	2	6	582900	582905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120138
10506	NC_020307	GC	3	6	582922	582927	0 %	0 %	50 %	50 %	452120138
10507	NC_020307	GGC	2	6	582968	582973	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452120138
10508	NC_020307	CATTTG	2	12	583000	583011	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	452120138
10509	NC_020307	ATG	2	6	583058	583063	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452120138
10510	NC_020307	GAAGG	2	10	583069	583078	40 %	0 %	60 %	0 %	452120138
10511	NC_020307	CAC	2	6	583109	583114	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452120138
10512	NC_020307	GCCA	2	8	583139	583146	25 %	0 %	25 %	50 %	452120138
10513	NC_020307	CGG	2	6	583168	583173	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452120138
10514	NC_020307	TAG	2	6	583205	583210	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452120138
10515	NC_020307	TGT	2	6	583493	583498	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452120139
10516	NC_020307	AGC	2	6	583511	583516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120139
10517	NC_020307	TGC	2	6	583531	583536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452120139
10518	NC_020307	GCCA	2	8	583715	583722	25 %	0 %	25 %	50 %	452120139
10519	NC_020307	CTGG	2	8	583877	583884	0 %	25 %	50 %	25 %	452120139
10520	NC_020307	TGG	2	6	584136	584141	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452120139
10521	NC_020307	CGA	2	6	584226	584231	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120139
10522	NC_020307	TGATAT	2	12	584248	584259	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	452120139
10523	NC_020307	ATT	2	6	584293	584298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452120139
10524	NC_020307	CGC	3	9	584325	584333	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452120139
10525	NC_020307	TTA	3	9	584344	584352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452120139
10526	NC_020307	CGG	2	6	584379	584384	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452120139
10527	NC_020307	GAA	2	6	584540	584545	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452120139
10528	NC_020307	TGC	2	6	584568	584573	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452120139
10529	NC_020307	GCA	2	6	584576	584581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120139
10530	NC_020307	GAA	2	6	584674	584679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452120139
10531	NC_020307	CCT	2	6	584769	584774	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452120139
10532	NC_020307	GGGT	2	8	584775	584782	0 %	25 %	75 %	0 %	452120139
10533	NC_020307	TTA	2	6	584813	584818	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452120139
10534	NC_020307	CGA	2	6	584886	584891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120139
10535	NC_020307	CCG	2	6	584901	584906	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452120139
10536	NC_020307	TTAA	2	8	584996	585003	50 %	50 %	0 %	0 %	452120139
10537	NC_020307	GT	3	6	585185	585190	0 %	50 %	50 %	0 %	452120140
10538	NC_020307	GGC	2	6	585200	585205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452120140
10539	NC_020307	GAT	2	6	585223	585228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452120140
10540	NC_020307	CCA	2	6	585257	585262	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452120140
10541	NC_020307	CAC	2	6	585271	585276	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452120140
10542	NC_020307	GCA	2	6	585298	585303	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120140
10543	NC_020307	GCT	2	6	585328	585333	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452120140
10544	NC_020307	TGC	2	6	585375	585380	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452120140
10545	NC_020307	GAC	2	6	585440	585445	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120140
10546	NC_020307	CCG	2	6	585537	585542	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452120140
10547	NC_020307	T	7	7	585556	585562	0 %	100 %	0 %	0 %	452120140
10548	NC_020307	CGCC	2	8	585760	585767	0 %	0 %	25 %	75 %	452120140
10549	NC_020307	CG	3	6	585776	585781	0 %	0 %	50 %	50 %	452120140
10550	NC_020307	TGA	2	6	585829	585834	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452120140
10551	NC_020307	GTT	2	6	585925	585930	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452120140
10552	NC_020307	CGT	2	6	585945	585950	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452120140
10553	NC_020307	TG	3	6	586008	586013	0 %	50 %	50 %	0 %	452120140
10554	NC_020307	CCG	2	6	586015	586020	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452120140
10555	NC_020307	ACG	2	6	586027	586032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120140
10556	NC_020307	ACCT	2	8	586082	586089	25 %	25 %	0 %	50 %	452120140
10557	NC_020307	ATT	2	6	586091	586096	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452120140
10558	NC_020307	GCC	2	6	586291	586296	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452120141
10559	NC_020307	GGT	2	6	586332	586337	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452120141
10560	NC_020307	GCG	2	6	586413	586418	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452120141
10561	NC_020307	TAC	2	6	586420	586425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452120141
10562	NC_020307	GTC	2	6	586467	586472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452120141
10563	NC_020307	CCGG	2	8	586478	586485	0 %	0 %	50 %	50 %	452120141
10564	NC_020307	TC	3	6	586528	586533	0 %	50 %	0 %	50 %	452120141
10565	NC_020307	GCATT	2	10	586539	586548	20 %	40 %	20 %	20 %	452120141
10566	NC_020307	GGAGCT	2	12	586584	586595	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	452120141
10567	NC_020307	GGA	2	6	586620	586625	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452120141
10568	NC_020307	TAT	2	6	586626	586631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452120141
10569	NC_020307	GAT	2	6	586672	586677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452120141
10570	NC_020307	CCA	2	6	586679	586684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452120141
10571	NC_020307	AGC	2	6	586725	586730	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120141
10572	NC_020307	GAT	2	6	586774	586779	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452120141
10573	NC_020307	ACC	2	6	586811	586816	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452120141
10574	NC_020307	ACC	2	6	586828	586833	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452120141
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10576	NC_020307	GAT	2	6	586897	586902	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452120141
10577	NC_020307	GCC	2	6	587064	587069	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452120141
10578	NC_020307	AGCC	2	8	587110	587117	25 %	0 %	25 %	50 %	452120141
10579	NC_020307	A	6	6	587132	587137	100 %	0 %	0 %	0 %	452120141
10580	NC_020307	AAC	2	6	587430	587435	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452120142
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10583	NC_020307	CAG	2	6	587493	587498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120142
10584	NC_020307	GAG	2	6	587619	587624	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452120142
10585	NC_020307	TTAT	2	8	587625	587632	25 %	75 %	0 %	0 %	452120142
10586	NC_020307	A	6	6	587703	587708	100 %	0 %	0 %	0 %	452120142
10587	NC_020307	ATT	2	6	587719	587724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452120142
10588	NC_020307	TATT	2	8	587733	587740	25 %	75 %	0 %	0 %	452120142
10589	NC_020307	ATT	2	6	587758	587763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452120142
10590	NC_020307	GC	4	8	587774	587781	0 %	0 %	50 %	50 %	452120142
10591	NC_020307	CGC	2	6	587924	587929	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452120142
10592	NC_020307	GGC	2	6	587982	587987	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452120142
10593	NC_020307	A	6	6	588043	588048	100 %	0 %	0 %	0 %	452120142
10594	NC_020307	CCA	2	6	588443	588448	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452120143
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10597	NC_020307	CG	3	6	588608	588613	0 %	0 %	50 %	50 %	452120143
10598	NC_020307	GGC	2	6	588639	588644	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452120143
10599	NC_020307	ATA	3	9	588694	588702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452120143
10600	NC_020307	GCT	2	6	588730	588735	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452120143
10601	NC_020307	ATCGC	2	10	588787	588796	20 %	20 %	20 %	40 %	452120143
10602	NC_020307	AG	3	6	588821	588826	50 %	0 %	50 %	0 %	452120143
10603	NC_020307	GAC	2	6	588840	588845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120143
10604	NC_020307	CACG	2	8	588869	588876	25 %	0 %	25 %	50 %	452120143
10605	NC_020307	TGA	2	6	588881	588886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452120143
10606	NC_020307	CGG	2	6	588950	588955	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452120143
10607	NC_020307	CGT	2	6	589009	589014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452120143
10608	NC_020307	TTG	2	6	589063	589068	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452120143
10609	NC_020307	CAT	2	6	589077	589082	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452120143
10610	NC_020307	GTC	2	6	589188	589193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452120144
10611	NC_020307	CG	3	6	589248	589253	0 %	0 %	50 %	50 %	452120144
10612	NC_020307	ACG	2	6	589257	589262	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120144
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10615	NC_020307	GCA	2	6	589329	589334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120144
10616	NC_020307	ACGTT	2	10	589462	589471	20 %	40 %	20 %	20 %	452120144
10617	NC_020307	GCC	2	6	589541	589546	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452120144
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10619	NC_020307	GAC	2	6	589621	589626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120144
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10981	NC_020307	TGC	2	6	609574	609579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452120165
10982	NC_020307	GCC	2	6	609618	609623	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452120165
10983	NC_020307	CTT	2	6	609650	609655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452120165
10984	NC_020307	TTG	2	6	609715	609720	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452120165
10985	NC_020307	T	7	7	609735	609741	0 %	100 %	0 %	0 %	452120165
10986	NC_020307	ATT	2	6	609763	609768	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452120165
10987	NC_020307	TCG	2	6	609850	609855	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452120166
10988	NC_020307	TCA	2	6	609862	609867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452120166
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10990	NC_020307	CGA	2	6	610000	610005	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452120167
10991	NC_020307	ATC	2	6	610082	610087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452120167
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10993	NC_020307	ATC	2	6	610234	610239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452120168
10994	NC_020307	TAT	2	6	610386	610391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452120168
10995	NC_020307	ATC	2	6	610405	610410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452120168
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10997	NC_020307	AATC	2	8	610425	610432	50 %	25 %	0 %	25 %	452120168
10998	NC_020307	GTCA	2	8	610447	610454	25 %	25 %	25 %	25 %	452120168
10999	NC_020307	ACC	2	6	610515	610520	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452120169
11000	NC_020307	GCG	2	6	610554	610559	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452120169

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