MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018195	ATC	2	6	798	803	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701678
2	NC_018195	GC	4	8	841	848	0 %	0 %	50 %	50 %	397701678
3	NC_018195	GCA	2	6	863	868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701678
4	NC_018195	CGG	2	6	899	904	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701678
5	NC_018195	ACG	2	6	906	911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701678
6	NC_018195	CCG	2	6	928	933	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701678
7	NC_018195	GCTT	2	8	986	993	0 %	50 %	25 %	25 %	397701678
8	NC_018195	TCT	2	6	1000	1005	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	397701678
9	NC_018195	ATG	2	6	1434	1439	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701679
10	NC_018195	TCA	3	9	1510	1518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701679
11	NC_018195	GGGC	2	8	1519	1526	0 %	0 %	75 %	25 %	397701679
12	NC_018195	CGG	2	6	1604	1609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701679
13	NC_018195	GCAC	2	8	1616	1623	25 %	0 %	25 %	50 %	397701679
14	NC_018195	TTC	2	6	1701	1706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	397701679
15	NC_018195	CGA	2	6	1724	1729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701679
16	NC_018195	AG	3	6	1814	1819	50 %	0 %	50 %	0 %	397701679
17	NC_018195	GAA	2	6	1860	1865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	397701679
18	NC_018195	CGG	2	6	1891	1896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701679
19	NC_018195	G	6	6	1898	1903	0 %	0 %	100 %	0 %	397701679
20	NC_018195	CAC	2	6	1907	1912	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	397701679
21	NC_018195	GGT	2	6	1958	1963	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	397701679
22	NC_018195	GTT	2	6	2046	2051	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	397701679
23	NC_018195	GGGT	2	8	2068	2075	0 %	25 %	75 %	0 %	397701679
24	NC_018195	CGACCG	2	12	2294	2305	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	397701679
25	NC_018195	AC	3	6	2314	2319	50 %	0 %	0 %	50 %	397701679
26	NC_018195	CGT	2	6	2374	2379	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701679
27	NC_018195	CTA	2	6	2430	2435	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701679
28	NC_018195	GCT	2	6	2463	2468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701679
29	NC_018195	TGA	3	9	2501	2509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701679
30	NC_018195	TTA	2	6	2527	2532	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	397701679
31	NC_018195	TCG	2	6	2533	2538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701679
32	NC_018195	TACGA	2	10	2547	2556	40 %	20 %	20 %	20 %	397701679
33	NC_018195	GAT	2	6	2622	2627	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701679
34	NC_018195	TTC	2	6	2673	2678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	397701679
35	NC_018195	AT	4	8	2815	2822	50 %	50 %	0 %	0 %	397701679
36	NC_018195	CAA	2	6	2844	2849	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	397701679
37	NC_018195	CAG	2	6	2856	2861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701679
38	NC_018195	ATT	2	6	2947	2952	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	397701679
39	NC_018195	AGG	2	6	2965	2970	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	397701679
40	NC_018195	CTT	2	6	3079	3084	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	397701679
41	NC_018195	CGG	2	6	3089	3094	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701680
42	NC_018195	CCG	2	6	3119	3124	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701680
43	NC_018195	CGG	2	6	3139	3144	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701680
44	NC_018195	CCT	2	6	3187	3192	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	397701680
45	NC_018195	GCCA	2	8	3193	3200	25 %	0 %	25 %	50 %	397701680
46	NC_018195	CCGG	2	8	3294	3301	0 %	0 %	50 %	50 %	397701680
47	NC_018195	CGA	2	6	3590	3595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701681
48	NC_018195	CGGC	2	8	3661	3668	0 %	0 %	50 %	50 %	397701681
49	NC_018195	GAC	2	6	3734	3739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701681
50	NC_018195	GCC	2	6	3888	3893	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701682
51	NC_018195	GCC	2	6	3923	3928	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701682
52	NC_018195	CAG	2	6	3932	3937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701682
53	NC_018195	AGC	2	6	4038	4043	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701683
54	NC_018195	GTC	2	6	4108	4113	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701683
55	NC_018195	ACG	3	9	4127	4135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701683
56	NC_018195	CG	3	6	4140	4145	0 %	0 %	50 %	50 %	397701683
57	NC_018195	TCG	2	6	4148	4153	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701683
58	NC_018195	ACG	2	6	4175	4180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701683
59	NC_018195	GCT	2	6	4439	4444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701684
60	NC_018195	TGC	2	6	4446	4451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701684
61	NC_018195	GCA	2	6	4462	4467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701684
62	NC_018195	TCG	2	6	4553	4558	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701684
63	NC_018195	AGC	2	6	4579	4584	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701684
64	NC_018195	GGC	2	6	4594	4599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
65	NC_018195	TCCT	2	8	4699	4706	0 %	50 %	0 %	50 %	397701684
66	NC_018195	GCAT	2	8	4714	4721	25 %	25 %	25 %	25 %	397701684
67	NC_018195	CGA	2	6	4793	4798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701684
68	NC_018195	CGG	2	6	4843	4848	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
69	NC_018195	GTT	2	6	4857	4862	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	397701684
70	NC_018195	CAG	2	6	4892	4897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701684
71	NC_018195	TTC	2	6	4905	4910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	397701684
72	NC_018195	GGT	2	6	4967	4972	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	397701684
73	NC_018195	CGTT	2	8	4985	4992	0 %	50 %	25 %	25 %	397701684
74	NC_018195	GCG	2	6	5029	5034	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
75	NC_018195	CGC	2	6	5181	5186	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701684
76	NC_018195	GCG	2	6	5209	5214	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
77	NC_018195	GCG	2	6	5252	5257	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
78	NC_018195	CGT	2	6	5270	5275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701684
79	NC_018195	TGA	2	6	5305	5310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701684
80	NC_018195	GGC	2	6	5344	5349	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	397701684
81	NC_018195	TCA	2	6	5416	5421	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701684
82	NC_018195	CAA	2	6	5468	5473	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	397701684
83	NC_018195	ATC	2	6	5611	5616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701685
84	NC_018195	CCCG	2	8	5650	5657	0 %	0 %	25 %	75 %	397701685
85	NC_018195	CTG	2	6	5662	5667	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701685
86	NC_018195	TGC	2	6	5679	5684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701685
87	NC_018195	ACC	2	6	5695	5700	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	397701685
88	NC_018195	CAT	3	9	5709	5717	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	397701685
89	NC_018195	GGA	2	6	5739	5744	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	397701685
90	NC_018195	CAG	2	6	5822	5827	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701685
91	NC_018195	A	6	6	6068	6073	100 %	0 %	0 %	0 %	397701686
92	NC_018195	TGC	2	6	6097	6102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701686
93	NC_018195	ACC	2	6	6113	6118	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	397701686
94	NC_018195	CGC	2	6	6133	6138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	397701686
95	NC_018195	TTG	2	6	6164	6169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	397701686
96	NC_018195	GAA	2	6	6209	6214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	397701686
97	NC_018195	GAC	2	6	6239	6244	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701686
98	NC_018195	GAT	2	6	6323	6328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701686
99	NC_018195	GAC	2	6	6336	6341	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	397701686
100	NC_018195	GGGAT	2	10	6376	6385	20 %	20 %	60 %	0 %	397701686
101	NC_018195	CCT	2	6	6406	6411	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	397701686
102	NC_018195	G	6	6	6426	6431	0 %	0 %	100 %	0 %	397701686
103	NC_018195	GTC	2	6	6520	6525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	397701686
104	NC_018195	GAT	2	6	6555	6560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701686
105	NC_018195	ATG	2	6	6652	6657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	397701686

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.