MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018194	CCA	2	6	1261	1266	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356371
2	NC_018194	CGAA	2	8	1270	1277	50 %	0 %	25 %	25 %	398356371
3	NC_018194	GC	3	6	1296	1301	0 %	0 %	50 %	50 %	398356371
4	NC_018194	GCC	2	6	1379	1384	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356371
5	NC_018194	CATC	2	8	1414	1421	25 %	25 %	0 %	50 %	398356371
6	NC_018194	AGCC	2	8	1444	1451	25 %	0 %	25 %	50 %	398356371
7	NC_018194	AGC	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356371
8	NC_018194	CAT	2	6	1759	1764	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356371
9	NC_018194	AG	3	6	1887	1892	50 %	0 %	50 %	0 %	398356371
10	NC_018194	CTT	2	6	1903	1908	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356371
11	NC_018194	GATT	2	8	2120	2127	25 %	50 %	25 %	0 %	398356372
12	NC_018194	GC	3	6	2158	2163	0 %	0 %	50 %	50 %	398356372
13	NC_018194	ACGCT	2	10	2179	2188	20 %	20 %	20 %	40 %	398356372
14	NC_018194	AAC	2	6	2305	2310	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356372
15	NC_018194	GCAC	2	8	2395	2402	25 %	0 %	25 %	50 %	398356372
16	NC_018194	GGC	2	6	2422	2427	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356372
17	NC_018194	TCC	2	6	2452	2457	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
18	NC_018194	CTT	2	6	2472	2477	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356372
19	NC_018194	TCCA	2	8	2502	2509	25 %	25 %	0 %	50 %	398356372
20	NC_018194	GGT	2	6	2514	2519	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356372
21	NC_018194	ATT	2	6	2568	2573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	398356372
22	NC_018194	TGA	2	6	2627	2632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356372
23	NC_018194	TTGA	2	8	2646	2653	25 %	50 %	25 %	0 %	398356372
24	NC_018194	GC	3	6	2676	2681	0 %	0 %	50 %	50 %	398356372
25	NC_018194	CGTG	2	8	2693	2700	0 %	25 %	50 %	25 %	398356372
26	NC_018194	CCTG	2	8	2765	2772	0 %	25 %	25 %	50 %	398356372
27	NC_018194	TCC	3	9	2803	2811	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
28	NC_018194	CTT	2	6	2847	2852	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356372
29	NC_018194	GATCC	2	10	2865	2874	20 %	20 %	20 %	40 %	398356372
30	NC_018194	TTGT	2	8	2875	2882	0 %	75 %	25 %	0 %	398356372
31	NC_018194	GGCC	2	8	2883	2890	0 %	0 %	50 %	50 %	398356372
32	NC_018194	GCT	2	6	2989	2994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
33	NC_018194	CTG	2	6	2995	3000	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
34	NC_018194	CAT	2	6	3005	3010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356372
35	NC_018194	GCC	2	6	3033	3038	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356372
36	NC_018194	AATT	2	8	3045	3052	50 %	50 %	0 %	0 %	398356372
37	NC_018194	CCT	2	6	3098	3103	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
38	NC_018194	CAT	2	6	3144	3149	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356372
39	NC_018194	CAGC	2	8	3169	3176	25 %	0 %	25 %	50 %	398356372
40	NC_018194	CTC	2	6	3260	3265	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
41	NC_018194	CTT	2	6	3341	3346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356372
42	NC_018194	TGC	2	6	3370	3375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
43	NC_018194	TGC	2	6	3410	3415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
44	NC_018194	AGC	2	6	3418	3423	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356372
45	NC_018194	AGAT	2	8	3442	3449	50 %	25 %	25 %	0 %	398356372
46	NC_018194	TCA	2	6	3547	3552	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356372
47	NC_018194	ATA	2	6	3915	3920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356373
48	NC_018194	GCTGA	2	10	3938	3947	20 %	20 %	40 %	20 %	398356373
49	NC_018194	TTG	2	6	3993	3998	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356373
50	NC_018194	CTC	2	6	4022	4027	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356373
51	NC_018194	CAG	2	6	4033	4038	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356373
52	NC_018194	CGT	2	6	4075	4080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356373
53	NC_018194	GCC	2	6	5250	5255	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356374
54	NC_018194	TCG	2	6	5287	5292	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356374
55	NC_018194	GGC	2	6	5306	5311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356374
56	NC_018194	TCCG	2	8	5324	5331	0 %	25 %	25 %	50 %	398356374
57	NC_018194	AC	3	6	5341	5346	50 %	0 %	0 %	50 %	398356374
58	NC_018194	CAA	2	6	5415	5420	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356374
59	NC_018194	CCG	2	6	5545	5550	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356374
60	NC_018194	CGAGC	2	10	5585	5594	20 %	0 %	40 %	40 %	398356374
61	NC_018194	GTG	2	6	5606	5611	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356374
62	NC_018194	CG	3	6	5675	5680	0 %	0 %	50 %	50 %	398356374
63	NC_018194	GT	3	6	5699	5704	0 %	50 %	50 %	0 %	398356374
64	NC_018194	ACC	2	6	5716	5721	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356374
65	NC_018194	GC	3	6	5733	5738	0 %	0 %	50 %	50 %	398356374
66	NC_018194	CG	4	8	5743	5750	0 %	0 %	50 %	50 %	398356374
67	NC_018194	TCA	2	6	5788	5793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356374
68	NC_018194	GCC	2	6	6032	6037	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356375
69	NC_018194	TGAC	2	8	6141	6148	25 %	25 %	25 %	25 %	398356375
70	NC_018194	GAG	2	6	6361	6366	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356376
71	NC_018194	CGC	2	6	6412	6417	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
72	NC_018194	CGC	2	6	6420	6425	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
73	NC_018194	ATC	2	6	6449	6454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356376
74	NC_018194	TCG	2	6	6459	6464	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
75	NC_018194	AGC	2	6	6527	6532	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356376
76	NC_018194	TGC	2	6	6621	6626	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
77	NC_018194	GTT	2	6	6639	6644	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356376
78	NC_018194	CGC	2	6	6682	6687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
79	NC_018194	GCCT	2	8	6771	6778	0 %	25 %	25 %	50 %	398356376
80	NC_018194	AGC	2	6	6806	6811	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356376
81	NC_018194	CCG	2	6	6826	6831	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
82	NC_018194	GCA	2	6	6850	6855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356376
83	NC_018194	TGC	2	6	6883	6888	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
84	NC_018194	CGC	2	6	6979	6984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
85	NC_018194	GAT	2	6	7079	7084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356376
86	NC_018194	CGCA	2	8	7158	7165	25 %	0 %	25 %	50 %	398356376
87	NC_018194	ATG	2	6	7184	7189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356376
88	NC_018194	CGT	2	6	7209	7214	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
89	NC_018194	GC	4	8	7281	7288	0 %	0 %	50 %	50 %	398356376
90	NC_018194	CGG	2	6	7327	7332	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356376
91	NC_018194	TTG	2	6	7374	7379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356376
92	NC_018194	TA	3	6	7388	7393	50 %	50 %	0 %	0 %	398356376
93	NC_018194	TGC	2	6	7423	7428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
94	NC_018194	AGCG	2	8	7504	7511	25 %	0 %	50 %	25 %	398356377
95	NC_018194	GAGAC	2	10	7545	7554	40 %	0 %	40 %	20 %	398356377
96	NC_018194	CGC	2	6	7557	7562	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356377
97	NC_018194	TCG	2	6	7603	7608	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356377
98	NC_018194	CGA	2	6	7670	7675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356377
99	NC_018194	GCC	2	6	7729	7734	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356377
100	NC_018194	TGT	2	6	7752	7757	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356377
101	NC_018194	GCAG	2	8	7878	7885	25 %	0 %	50 %	25 %	398356377
102	NC_018194	GAA	2	6	7986	7991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356377
103	NC_018194	CGT	2	6	8057	8062	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356377
104	NC_018194	TTCG	2	8	8149	8156	0 %	50 %	25 %	25 %	398356378
105	NC_018194	GGC	2	6	8235	8240	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356378
106	NC_018194	GCCA	2	8	8282	8289	25 %	0 %	25 %	50 %	398356378
107	NC_018194	GAACG	2	10	8363	8372	40 %	0 %	40 %	20 %	398356378
108	NC_018194	GCT	2	6	8377	8382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356378
109	NC_018194	GCA	2	6	8383	8388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356378
110	NC_018194	C	6	6	8446	8451	0 %	0 %	0 %	100 %	398356378
111	NC_018194	CCA	2	6	8467	8472	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356378
112	NC_018194	GCG	2	6	8501	8506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356378
113	NC_018194	GCC	2	6	9152	9157	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356379
114	NC_018194	AAG	2	6	9165	9170	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356379
115	NC_018194	TCG	2	6	9266	9271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356379
116	NC_018194	ATG	2	6	9275	9280	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356379
117	NC_018194	GTC	2	6	9464	9469	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356379
118	NC_018194	GGTT	2	8	9489	9496	0 %	50 %	50 %	0 %	398356379
119	NC_018194	AGA	2	6	9644	9649	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356379
120	NC_018194	TCT	2	6	9668	9673	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356379
121	NC_018194	TGA	2	6	9678	9683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356379
122	NC_018194	TGGT	2	8	9684	9691	0 %	50 %	50 %	0 %	398356379
123	NC_018194	CCG	2	6	9698	9703	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356379
124	NC_018194	GCG	2	6	9732	9737	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356379
125	NC_018194	GCT	2	6	9743	9748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356379
126	NC_018194	CGA	2	6	9802	9807	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356379
127	NC_018194	CGAC	2	8	9843	9850	25 %	0 %	25 %	50 %	398356379
128	NC_018194	TGGA	2	8	9920	9927	25 %	25 %	50 %	0 %	398356380
129	NC_018194	GAT	2	6	9961	9966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356380
130	NC_018194	CGG	2	6	9978	9983	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356380
131	NC_018194	GTT	2	6	10002	10007	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356380
132	NC_018194	GGC	2	6	10036	10041	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356380
133	NC_018194	CGC	2	6	10068	10073	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356380
134	NC_018194	GAA	2	6	10102	10107	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356380
135	NC_018194	GC	3	6	10184	10189	0 %	0 %	50 %	50 %	398356380

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.