MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018193	GC	3	6	23	28	0 %	0 %	50 %	50 %	398356355
2	NC_018193	GGC	2	6	46	51	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
3	NC_018193	CGGC	2	8	84	91	0 %	0 %	50 %	50 %	398356355
4	NC_018193	GGC	2	6	187	192	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
5	NC_018193	AAC	2	6	194	199	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356355
6	NC_018193	CTT	2	6	250	255	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356355
7	NC_018193	TCG	2	6	305	310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356355
8	NC_018193	CGG	2	6	334	339	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
9	NC_018193	CGA	2	6	375	380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356355
10	NC_018193	GCG	2	6	448	453	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
11	NC_018193	GCC	2	6	482	487	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356355
12	NC_018193	CGT	2	6	508	513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356355
13	NC_018193	CGG	2	6	520	525	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
14	NC_018193	CCA	2	6	543	548	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356355
15	NC_018193	GCG	2	6	573	578	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
16	NC_018193	CAG	2	6	718	723	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356355
17	NC_018193	GAT	2	6	724	729	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356355
18	NC_018193	GC	3	6	734	739	0 %	0 %	50 %	50 %	398356355
19	NC_018193	GCG	2	6	753	758	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
20	NC_018193	TGA	2	6	771	776	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356355
21	NC_018193	TCGG	2	8	797	804	0 %	25 %	50 %	25 %	398356355
22	NC_018193	GCG	2	6	997	1002	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356356
23	NC_018193	T	6	6	1874	1879	0 %	100 %	0 %	0 %	398356357
24	NC_018193	GCA	2	6	1899	1904	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356357
25	NC_018193	GCC	2	6	1935	1940	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356357
26	NC_018193	GA	3	6	2124	2129	50 %	0 %	50 %	0 %	398356357
27	NC_018193	CGC	2	6	2230	2235	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356357
28	NC_018193	GGC	2	6	2301	2306	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356357
29	NC_018193	CTG	2	6	2359	2364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356357
30	NC_018193	TC	3	6	2447	2452	0 %	50 %	0 %	50 %	398356357
31	NC_018193	GTG	2	6	2453	2458	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356357
32	NC_018193	GCT	2	6	2573	2578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356357
33	NC_018193	ACC	2	6	2857	2862	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356358
34	NC_018193	GCC	2	6	2865	2870	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356358
35	NC_018193	GTC	2	6	2871	2876	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356358
36	NC_018193	CGC	2	6	2940	2945	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356358
37	NC_018193	ATAAG	2	10	2948	2957	60 %	20 %	20 %	0 %	398356358
38	NC_018193	CGG	2	6	3432	3437	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356359
39	NC_018193	CCT	2	6	3505	3510	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356359
40	NC_018193	AT	3	6	3568	3573	50 %	50 %	0 %	0 %	398356359
41	NC_018193	CT	3	6	3623	3628	0 %	50 %	0 %	50 %	398356359
42	NC_018193	GAG	2	6	3629	3634	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356359
43	NC_018193	CGC	2	6	3712	3717	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356360
44	NC_018193	ATC	2	6	3740	3745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356360
45	NC_018193	GCG	2	6	3762	3767	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356360
46	NC_018193	GCT	2	6	3817	3822	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356360
47	NC_018193	CGA	2	6	3848	3853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356360
48	NC_018193	GCT	2	6	4204	4209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356361
49	NC_018193	GAC	2	6	4212	4217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356361
50	NC_018193	CGG	3	9	4237	4245	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356361
51	NC_018193	G	7	7	4249	4255	0 %	0 %	100 %	0 %	398356361
52	NC_018193	TTG	2	6	4257	4262	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356361
53	NC_018193	TTG	2	6	4308	4313	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356361
54	NC_018193	TTC	2	6	4324	4329	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356361
55	NC_018193	GAT	2	6	4366	4371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356361
56	NC_018193	CAG	2	6	4413	4418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356361
57	NC_018193	AC	3	6	4472	4477	50 %	0 %	0 %	50 %	398356361
58	NC_018193	TCA	2	6	4599	4604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356361
59	NC_018193	GGC	2	6	4755	4760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356361
60	NC_018193	CG	3	6	4781	4786	0 %	0 %	50 %	50 %	398356361
61	NC_018193	GCAC	2	8	4806	4813	25 %	0 %	25 %	50 %	398356361
62	NC_018193	ATC	2	6	4818	4823	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356361
63	NC_018193	CA	3	6	4829	4834	50 %	0 %	0 %	50 %	398356361
64	NC_018193	GGACA	2	10	4841	4850	40 %	0 %	40 %	20 %	398356361
65	NC_018193	GCT	2	6	4967	4972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356361
66	NC_018193	TGC	2	6	5052	5057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356361
67	NC_018193	GAGCAG	2	12	5075	5086	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	398356361
68	NC_018193	TGGCG	2	10	5203	5212	0 %	20 %	60 %	20 %	398356361
69	NC_018193	CGC	2	6	5222	5227	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356361
70	NC_018193	TGT	2	6	5292	5297	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356361
71	NC_018193	GCTGA	2	10	5376	5385	20 %	20 %	40 %	20 %	398356361
72	NC_018193	GAA	2	6	5800	5805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356362
73	NC_018193	CG	3	6	5810	5815	0 %	0 %	50 %	50 %	398356362
74	NC_018193	CTT	2	6	6394	6399	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356363
75	NC_018193	CTT	2	6	6401	6406	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356363
76	NC_018193	GTT	2	6	6436	6441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356363
77	NC_018193	GAA	2	6	6443	6448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356363
78	NC_018193	CTTT	2	8	6478	6485	0 %	75 %	0 %	25 %	398356363
79	NC_018193	CGA	2	6	6502	6507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356363
80	NC_018193	GCC	2	6	6511	6516	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356363
81	NC_018193	TCA	2	6	6583	6588	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356363
82	NC_018193	GTC	2	6	6677	6682	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356363
83	NC_018193	CTG	2	6	6766	6771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356364
84	NC_018193	GAT	2	6	6779	6784	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356364
85	NC_018193	CCA	2	6	6786	6791	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356364
86	NC_018193	AGC	2	6	6821	6826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356364
87	NC_018193	GCA	2	6	6838	6843	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356364
88	NC_018193	CGG	2	6	6854	6859	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356364
89	NC_018193	TGC	2	6	6978	6983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356364
90	NC_018193	ATG	2	6	6992	6997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356364
91	NC_018193	GCG	2	6	7016	7021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356364
92	NC_018193	TCA	2	6	7153	7158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356364
93	NC_018193	GC	4	8	7191	7198	0 %	0 %	50 %	50 %	398356364
94	NC_018193	CAC	2	6	7223	7228	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356364
95	NC_018193	CG	3	6	7236	7241	0 %	0 %	50 %	50 %	398356364
96	NC_018193	CCGG	2	8	7245	7252	0 %	0 %	50 %	50 %	398356364
97	NC_018193	CACCAT	2	12	7283	7294	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	398356364
98	NC_018193	TCT	2	6	7303	7308	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356364
99	NC_018193	GGC	2	6	7341	7346	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356364
100	NC_018193	CCA	2	6	7374	7379	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356364
101	NC_018193	CG	3	6	7423	7428	0 %	0 %	50 %	50 %	398356364
102	NC_018193	GCA	2	6	7528	7533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356364
103	NC_018193	GTC	2	6	7596	7601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356364
104	NC_018193	CGC	2	6	7624	7629	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356364
105	NC_018193	CGC	2	6	7659	7664	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356364
106	NC_018193	CAGG	2	8	7710	7717	25 %	0 %	50 %	25 %	398356364
107	NC_018193	CTC	2	6	7769	7774	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356364
108	NC_018193	GAA	2	6	7871	7876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356364
109	NC_018193	TGG	2	6	7979	7984	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356365
110	NC_018193	TTTC	2	8	7997	8004	0 %	75 %	0 %	25 %	398356365
111	NC_018193	GTC	2	6	8017	8022	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356365
112	NC_018193	TCG	2	6	8023	8028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356365
113	NC_018193	GATGC	2	10	8076	8085	20 %	20 %	40 %	20 %	398356365
114	NC_018193	CAC	2	6	8126	8131	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356365
115	NC_018193	TGC	2	6	8240	8245	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356365
116	NC_018193	GGC	2	6	8312	8317	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356365
117	NC_018193	GCT	2	6	8372	8377	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356365
118	NC_018193	GCA	2	6	8415	8420	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356365
119	NC_018193	TCG	2	6	8437	8442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356365
120	NC_018193	CG	3	6	8465	8470	0 %	0 %	50 %	50 %	398356365
121	NC_018193	GCTC	2	8	8558	8565	0 %	25 %	25 %	50 %	398356365
122	NC_018193	GCG	2	6	8642	8647	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356365
123	NC_018193	CTT	2	6	8678	8683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356365
124	NC_018193	GAC	2	6	8691	8696	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356365
125	NC_018193	CTTC	2	8	8711	8718	0 %	50 %	0 %	50 %	398356365
126	NC_018193	GCG	2	6	8731	8736	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356365
127	NC_018193	GCA	2	6	8743	8748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356365
128	NC_018193	GCC	2	6	8752	8757	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356365
129	NC_018193	CGC	2	6	8850	8855	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356365
130	NC_018193	CATCG	2	10	8896	8905	20 %	20 %	20 %	40 %	398356365
131	NC_018193	GAT	2	6	9224	9229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356366
132	NC_018193	CT	3	6	9327	9332	0 %	50 %	0 %	50 %	398356366
133	NC_018193	CGG	2	6	9338	9343	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356366
134	NC_018193	GGCA	2	8	9362	9369	25 %	0 %	50 %	25 %	398356366
135	NC_018193	GCT	2	6	9386	9391	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356366
136	NC_018193	CGC	2	6	9392	9397	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356366
137	NC_018193	GAA	2	6	9412	9417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356366
138	NC_018193	CGG	2	6	9434	9439	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356366
139	NC_018193	GT	3	6	9456	9461	0 %	50 %	50 %	0 %	398356366
140	NC_018193	AGGC	2	8	9540	9547	25 %	0 %	50 %	25 %	398356366
141	NC_018193	CGT	2	6	9585	9590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356366
142	NC_018193	CTT	2	6	9628	9633	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356366
143	NC_018193	CAT	2	6	9635	9640	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356366
144	NC_018193	CTCA	2	8	9681	9688	25 %	25 %	0 %	50 %	398356367
145	NC_018193	GC	3	6	9823	9828	0 %	0 %	50 %	50 %	398356367
146	NC_018193	CAGC	2	8	9973	9980	25 %	0 %	25 %	50 %	398356368
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148	NC_018193	CGCT	2	8	10013	10020	0 %	25 %	25 %	50 %	398356368
149	NC_018193	T	7	7	10034	10040	0 %	100 %	0 %	0 %	398356368
150	NC_018193	GCCC	2	8	10205	10212	0 %	0 %	25 %	75 %	398356368
151	NC_018193	CTGG	2	8	10585	10592	0 %	25 %	50 %	25 %	398356369
152	NC_018193	CGG	2	6	10642	10647	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356369
153	NC_018193	ACT	2	6	10660	10665	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356369
154	NC_018193	AGGCGC	2	12	10692	10703	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	398356369
155	NC_018193	TGG	2	6	10725	10730	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356369
156	NC_018193	GCC	2	6	10814	10819	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356369
157	NC_018193	CGC	2	6	10835	10840	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356369
158	NC_018193	TGTT	2	8	10921	10928	0 %	75 %	25 %	0 %	398356369
159	NC_018193	GGA	2	6	10951	10956	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356369
160	NC_018193	TCG	2	6	10963	10968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356369
161	NC_018193	CCT	2	6	11035	11040	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356369
162	NC_018193	GCG	2	6	11153	11158	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356369

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.