MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pCol1B9_SL1344

Total Repeats: 1427

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017718	GAA	2	6	466	471	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730550
2	NC_017718	CGT	3	9	596	604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730551
3	NC_017718	CCA	2	6	615	620	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730551
4	NC_017718	GTCG	2	8	791	798	0 %	25 %	50 %	25 %	386730551
5	NC_017718	TCCG	2	8	810	817	0 %	25 %	25 %	50 %	386730551
6	NC_017718	CCT	2	6	829	834	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730551
7	NC_017718	CA	3	6	877	882	50 %	0 %	0 %	50 %	386730551
8	NC_017718	CAG	3	9	1139	1147	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730551
9	NC_017718	GTGAAA	2	12	1158	1169	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386730551
10	NC_017718	CAG	2	6	1175	1180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730551
11	NC_017718	CGT	2	6	1280	1285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730551
12	NC_017718	AGC	3	9	1291	1299	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730551
13	NC_017718	GC	3	6	1306	1311	0 %	0 %	50 %	50 %	386730551
14	NC_017718	GAA	2	6	1321	1326	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730551
15	NC_017718	CTGC	2	8	1328	1335	0 %	25 %	25 %	50 %	386730551
16	NC_017718	CAG	2	6	1340	1345	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730551
17	NC_017718	GCTG	2	8	1462	1469	0 %	25 %	50 %	25 %	386730551
18	NC_017718	CTGAA	2	10	2429	2438	40 %	20 %	20 %	20 %	386730552
19	NC_017718	GCA	2	6	2523	2528	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730552
20	NC_017718	CTG	2	6	2615	2620	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730552
21	NC_017718	ATG	2	6	2661	2666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730552
22	NC_017718	GCCA	2	8	2688	2695	25 %	0 %	25 %	50 %	386730553
23	NC_017718	CAGC	2	8	2776	2783	25 %	0 %	25 %	50 %	386730553
24	NC_017718	AAT	2	6	2985	2990	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386730554
25	NC_017718	CCA	2	6	3001	3006	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730554
26	NC_017718	TGG	2	6	3122	3127	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730554
27	NC_017718	ACA	2	6	3194	3199	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730554
28	NC_017718	GCTG	2	8	3200	3207	0 %	25 %	50 %	25 %	386730554
29	NC_017718	GGCA	2	8	3262	3269	25 %	0 %	50 %	25 %	386730554
30	NC_017718	ATA	2	6	3325	3330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386730554
31	NC_017718	GGT	2	6	3374	3379	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730554
32	NC_017718	GCC	2	6	3423	3428	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730554
33	NC_017718	CT	3	6	3454	3459	0 %	50 %	0 %	50 %	386730554
34	NC_017718	GCG	2	6	3460	3465	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730554
35	NC_017718	CAT	2	6	3469	3474	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730554
36	NC_017718	GACC	2	8	3513	3520	25 %	0 %	25 %	50 %	386730554
37	NC_017718	CTG	2	6	3568	3573	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730554
38	NC_017718	CTGG	2	8	3596	3603	0 %	25 %	50 %	25 %	386730554
39	NC_017718	GCTG	2	8	3632	3639	0 %	25 %	50 %	25 %	386730554
40	NC_017718	CCA	2	6	3655	3660	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730554
41	NC_017718	TGC	2	6	3689	3694	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730554
42	NC_017718	GGCA	2	8	3721	3728	25 %	0 %	50 %	25 %	386730554
43	NC_017718	GGT	2	6	3764	3769	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730554
44	NC_017718	TGC	2	6	3779	3784	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730554
45	NC_017718	ATC	2	6	3787	3792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730554
46	NC_017718	CTG	2	6	3798	3803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730554
47	NC_017718	T	7	7	3978	3984	0 %	100 %	0 %	0 %	386730555
48	NC_017718	GGC	2	6	3986	3991	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730555
49	NC_017718	TGC	2	6	4125	4130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730555
50	NC_017718	CGATCC	2	12	4156	4167	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386730555
51	NC_017718	GTT	2	6	4238	4243	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386730555
52	NC_017718	TGG	2	6	4299	4304	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730555
53	NC_017718	A	6	6	4305	4310	100 %	0 %	0 %	0 %	386730555
54	NC_017718	GCC	2	6	4331	4336	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730555
55	NC_017718	A	6	6	4412	4417	100 %	0 %	0 %	0 %	386730555
56	NC_017718	GTC	2	6	4557	4562	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730556
57	NC_017718	TGC	2	6	4589	4594	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730556
58	NC_017718	GCT	2	6	4602	4607	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730556
59	NC_017718	GTTG	2	8	4608	4615	0 %	50 %	50 %	0 %	386730556
60	NC_017718	GGT	2	6	4616	4621	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730556
61	NC_017718	GAT	2	6	4651	4656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730556
62	NC_017718	ATTT	2	8	4695	4702	25 %	75 %	0 %	0 %	386730556
63	NC_017718	GA	3	6	4744	4749	50 %	0 %	50 %	0 %	386730556
64	NC_017718	TTA	2	6	5027	5032	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386730557
65	NC_017718	ATC	2	6	5092	5097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730557
66	NC_017718	ATC	3	9	5159	5167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730557
67	NC_017718	T	6	6	5175	5180	0 %	100 %	0 %	0 %	386730558
68	NC_017718	TTC	2	6	5203	5208	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730558
69	NC_017718	CTG	2	6	5229	5234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730558
70	NC_017718	CCCG	2	8	5306	5313	0 %	0 %	25 %	75 %	386730558
71	NC_017718	AAG	2	6	5343	5348	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730558
72	NC_017718	AAG	2	6	5419	5424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730558
73	NC_017718	GAAA	2	8	5449	5456	75 %	0 %	25 %	0 %	386730558
74	NC_017718	GTA	2	6	5457	5462	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730558
75	NC_017718	ATA	2	6	5555	5560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386730558
76	NC_017718	A	7	7	5569	5575	100 %	0 %	0 %	0 %	386730558
77	NC_017718	TA	3	6	5576	5581	50 %	50 %	0 %	0 %	386730558
78	NC_017718	TCT	2	6	5633	5638	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730558
79	NC_017718	CA	3	6	5651	5656	50 %	0 %	0 %	50 %	386730558
80	NC_017718	CTG	2	6	5734	5739	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730559
81	NC_017718	CGG	2	6	5885	5890	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730559
82	NC_017718	CCA	2	6	6005	6010	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730559
83	NC_017718	T	6	6	6045	6050	0 %	100 %	0 %	0 %	386730559
84	NC_017718	GGGA	2	8	6084	6091	25 %	0 %	75 %	0 %	386730559
85	NC_017718	TCTTT	2	10	6106	6115	0 %	80 %	0 %	20 %	386730559
86	NC_017718	TTC	3	9	6116	6124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730559
87	NC_017718	CTGG	2	8	6125	6132	0 %	25 %	50 %	25 %	386730559
88	NC_017718	CGG	2	6	6174	6179	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730559
89	NC_017718	ATA	2	6	6218	6223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386730559
90	NC_017718	T	6	6	6228	6233	0 %	100 %	0 %	0 %	386730559
91	NC_017718	ACG	2	6	6259	6264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730559
92	NC_017718	T	6	6	6265	6270	0 %	100 %	0 %	0 %	386730559
93	NC_017718	CAC	2	6	6271	6276	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730559
94	NC_017718	TTC	2	6	6295	6300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730559
95	NC_017718	T	6	6	6305	6310	0 %	100 %	0 %	0 %	386730559
96	NC_017718	AGA	2	6	6688	6693	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730560
97	NC_017718	ATG	2	6	6829	6834	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730560
98	NC_017718	TGC	2	6	6884	6889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730560
99	NC_017718	ACC	2	6	7049	7054	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730560
100	NC_017718	TGA	2	6	7055	7060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730560
101	NC_017718	CTC	2	6	7115	7120	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730560
102	NC_017718	GCA	2	6	7265	7270	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730560
103	NC_017718	AGA	2	6	7389	7394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730560
104	NC_017718	GCA	2	6	7424	7429	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730560
105	NC_017718	TCA	2	6	7480	7485	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730560
106	NC_017718	ATC	2	6	7584	7589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730560
107	NC_017718	ATGCTC	2	12	7603	7614	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386730560
108	NC_017718	AAAG	2	8	7702	7709	75 %	0 %	25 %	0 %	386730560
109	NC_017718	GCA	2	6	7895	7900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730560
110	NC_017718	ATC	2	6	7960	7965	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730560
111	NC_017718	GAT	2	6	8477	8482	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730561
112	NC_017718	A	6	6	8505	8510	100 %	0 %	0 %	0 %	386730561
113	NC_017718	GCA	2	6	8551	8556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730561
114	NC_017718	TGC	2	6	8611	8616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730561
115	NC_017718	AC	3	6	8634	8639	50 %	0 %	0 %	50 %	386730561
116	NC_017718	GCAG	2	8	8704	8711	25 %	0 %	50 %	25 %	386730561
117	NC_017718	GA	3	6	8716	8721	50 %	0 %	50 %	0 %	386730561
118	NC_017718	ATG	2	6	8751	8756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730561
119	NC_017718	AG	3	6	8773	8778	50 %	0 %	50 %	0 %	386730561
120	NC_017718	TGCTGA	2	12	8791	8802	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386730561
121	NC_017718	AAG	2	6	8885	8890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730561
122	NC_017718	TGCT	2	8	8901	8908	0 %	50 %	25 %	25 %	386730561
123	NC_017718	A	7	7	8958	8964	100 %	0 %	0 %	0 %	386730561
124	NC_017718	GCA	2	6	9016	9021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730561
125	NC_017718	AAC	2	6	9117	9122	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730561
126	NC_017718	TCA	2	6	9191	9196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730561
127	NC_017718	TTG	2	6	9210	9215	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386730561
128	NC_017718	GTG	2	6	9219	9224	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730561
129	NC_017718	TCT	2	6	9295	9300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730561
130	NC_017718	GGT	2	6	9352	9357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730561
131	NC_017718	CTG	2	6	9459	9464	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730561
132	NC_017718	ATG	2	6	9528	9533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730561
133	NC_017718	AGAAA	2	10	9609	9618	80 %	0 %	20 %	0 %	386730561
134	NC_017718	AAAT	2	8	9627	9634	75 %	25 %	0 %	0 %	386730561
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261	NC_017718	ATGA	2	8	19568	19575	50 %	25 %	25 %	0 %	386730573
262	NC_017718	AGC	2	6	19581	19586	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730573
263	NC_017718	CCT	2	6	19654	19659	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730573
264	NC_017718	CTGGAA	2	12	19682	19693	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386730573
265	NC_017718	GC	3	6	19881	19886	0 %	0 %	50 %	50 %	386730574
266	NC_017718	GGA	2	6	19889	19894	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386730574
267	NC_017718	TTC	2	6	19928	19933	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730574
268	NC_017718	ATC	2	6	19950	19955	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730574
269	NC_017718	CTG	2	6	19990	19995	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730574
270	NC_017718	CTG	2	6	19998	20003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730574
271	NC_017718	GCC	2	6	20052	20057	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730574
272	NC_017718	CCG	2	6	20093	20098	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730574
273	NC_017718	CTG	2	6	20127	20132	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730574
274	NC_017718	ACA	2	6	20137	20142	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730574
275	NC_017718	ACA	2	6	20217	20222	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730575
276	NC_017718	GTC	2	6	20239	20244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730575
277	NC_017718	CTG	3	9	20256	20264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730575
278	NC_017718	CTG	2	6	20340	20345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730575
279	NC_017718	CGG	2	6	20384	20389	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730575
280	NC_017718	GCC	2	6	20396	20401	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730575
281	NC_017718	CAGT	2	8	20462	20469	25 %	25 %	25 %	25 %	386730575
282	NC_017718	TGGC	2	8	20532	20539	0 %	25 %	50 %	25 %	386730575
283	NC_017718	AGA	2	6	20609	20614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730575
284	NC_017718	GCG	2	6	20631	20636	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730575
285	NC_017718	ACC	3	9	20640	20648	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730575
286	NC_017718	CGC	2	6	20676	20681	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730575
287	NC_017718	CTG	2	6	20714	20719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730575
288	NC_017718	GAC	2	6	20730	20735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730575
289	NC_017718	GTG	2	6	20748	20753	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730575
290	NC_017718	CGG	2	6	20788	20793	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730575
291	NC_017718	TGGC	2	8	20841	20848	0 %	25 %	50 %	25 %	386730575
292	NC_017718	TGC	2	6	20857	20862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730575
293	NC_017718	CCGCC	2	10	20877	20886	0 %	0 %	20 %	80 %	386730575
294	NC_017718	GTG	2	6	20899	20904	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730575
295	NC_017718	GGT	2	6	20915	20920	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730575
296	NC_017718	GCA	2	6	20944	20949	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730575
297	NC_017718	ATG	2	6	20978	20983	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730575
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301	NC_017718	CCT	2	6	21201	21206	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730576
302	NC_017718	GGCAC	2	10	21347	21356	20 %	0 %	40 %	40 %	386730576
303	NC_017718	AAC	2	6	21380	21385	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730576
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330	NC_017718	GAC	2	6	23760	23765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730579
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334	NC_017718	CTGTC	2	10	24197	24206	0 %	40 %	20 %	40 %	386730580
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339	NC_017718	CGC	2	6	24390	24395	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730580
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347	NC_017718	CAGGTG	2	12	24751	24762	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386730580
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372	NC_017718	TGG	2	6	25843	25848	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730580
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375	NC_017718	CTGG	2	8	26012	26019	0 %	25 %	50 %	25 %	386730580
376	NC_017718	TG	3	6	26021	26026	0 %	50 %	50 %	0 %	386730580
377	NC_017718	CAC	2	6	26027	26032	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730580
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379	NC_017718	GCC	2	6	26077	26082	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730580
380	NC_017718	TGA	2	6	26083	26088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730580
381	NC_017718	TGA	2	6	26138	26143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730581
382	NC_017718	ACTGA	2	10	26146	26155	40 %	20 %	20 %	20 %	386730581
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384	NC_017718	TCAC	2	8	26234	26241	25 %	25 %	0 %	50 %	386730581
385	NC_017718	GAT	2	6	26277	26282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730581
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388	NC_017718	CGT	2	6	26439	26444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730581
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