MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. UK-1 chromosome

Total Repeats: 88570

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016863	CAC	3	9	204	212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987405
2	NC_016863	ACC	2	6	217	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987405
3	NC_016863	CGG	2	6	355	360	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987406
4	NC_016863	ACCA	2	8	467	474	50 %	0 %	0 %	50 %	378987406
5	NC_016863	TGG	2	6	477	482	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378987406
6	NC_016863	A	6	6	492	497	100 %	0 %	0 %	0 %	378987406
7	NC_016863	CGG	2	6	502	507	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987406
8	NC_016863	T	6	6	546	551	0 %	100 %	0 %	0 %	378987406
9	NC_016863	GC	3	6	576	581	0 %	0 %	50 %	50 %	378987406
10	NC_016863	CTG	2	6	665	670	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987406
11	NC_016863	CGC	2	6	694	699	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987406
12	NC_016863	A	6	6	717	722	100 %	0 %	0 %	0 %	378987406
13	NC_016863	GATC	2	8	778	785	25 %	25 %	25 %	25 %	378987406
14	NC_016863	CGC	2	6	859	864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987406
15	NC_016863	CCG	2	6	909	914	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987406
16	NC_016863	TGG	2	6	933	938	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378987406
17	NC_016863	CCG	3	9	966	974	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987406
18	NC_016863	GCC	2	6	980	985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987406
19	NC_016863	CTG	2	6	1000	1005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987406
20	NC_016863	GCT	2	6	1069	1074	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987406
21	NC_016863	CT	3	6	1106	1111	0 %	50 %	0 %	50 %	378987406
22	NC_016863	CGA	2	6	1234	1239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987406
23	NC_016863	AAC	2	6	1274	1279	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378987406
24	NC_016863	GAT	2	6	1318	1323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987406
25	NC_016863	GGC	2	6	1330	1335	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987406
26	NC_016863	CGC	2	6	1345	1350	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987406
27	NC_016863	GGT	2	6	1372	1377	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378987406
28	NC_016863	TCC	2	6	1391	1396	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378987406
29	NC_016863	TG	3	6	1418	1423	0 %	50 %	50 %	0 %	378987406
30	NC_016863	GC	3	6	1437	1442	0 %	0 %	50 %	50 %	378987406
31	NC_016863	CCG	2	6	1447	1452	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987406
32	NC_016863	GCT	2	6	1492	1497	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987406
33	NC_016863	TGT	2	6	1537	1542	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378987406
34	NC_016863	TTC	2	6	1583	1588	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378987406
35	NC_016863	AATATC	2	12	1607	1618	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378987406
36	NC_016863	TCT	2	6	1637	1642	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378987406
37	NC_016863	TGG	2	6	1659	1664	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378987406
38	NC_016863	ACG	2	6	1671	1676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987406
39	NC_016863	CCA	2	6	1680	1685	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987406
40	NC_016863	CGG	2	6	1756	1761	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987406
41	NC_016863	CGG	2	6	1765	1770	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987406
42	NC_016863	GAA	2	6	1810	1815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378987406
43	NC_016863	GCG	2	6	1839	1844	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987406
44	NC_016863	ATC	2	6	1968	1973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987406
45	NC_016863	TTG	2	6	1989	1994	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378987406
46	NC_016863	ACT	2	6	2097	2102	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987406
47	NC_016863	CGC	3	9	2119	2127	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987406
48	NC_016863	CTG	2	6	2201	2206	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987406
49	NC_016863	TGA	2	6	2215	2220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987406
50	NC_016863	CT	3	6	2255	2260	0 %	50 %	0 %	50 %	378987406
51	NC_016863	TC	3	6	2293	2298	0 %	50 %	0 %	50 %	378987406
52	NC_016863	GC	3	6	2315	2320	0 %	0 %	50 %	50 %	378987406
53	NC_016863	CG	3	6	2346	2351	0 %	0 %	50 %	50 %	378987406
54	NC_016863	GAC	2	6	2513	2518	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987406
55	NC_016863	GCC	2	6	2525	2530	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987406
56	NC_016863	TGA	2	6	2548	2553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987406
57	NC_016863	AGGTA	2	10	2554	2563	40 %	20 %	40 %	0 %	378987406
58	NC_016863	TAT	2	6	2687	2692	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378987406
59	NC_016863	TGC	2	6	2709	2714	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987406
60	NC_016863	ATG	2	6	2733	2738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987406
61	NC_016863	CGG	3	9	2742	2750	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987406
62	NC_016863	AGC	2	6	2918	2923	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987407
63	NC_016863	GCC	2	6	2969	2974	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987407
64	NC_016863	A	7	7	3061	3067	100 %	0 %	0 %	0 %	378987407
65	NC_016863	CGT	2	6	3107	3112	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987407
66	NC_016863	CGC	2	6	3113	3118	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987407
67	NC_016863	ATGA	2	8	3129	3136	50 %	25 %	25 %	0 %	378987407
68	NC_016863	GCA	2	6	3208	3213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987407
69	NC_016863	TGA	2	6	3259	3264	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987407
70	NC_016863	GAA	2	6	3267	3272	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378987407
71	NC_016863	ATT	2	6	3279	3284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378987407
72	NC_016863	CAG	2	6	3288	3293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987407
73	NC_016863	TGA	2	6	3305	3310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987407
74	NC_016863	ATTGC	2	10	3397	3406	20 %	40 %	20 %	20 %	378987407
75	NC_016863	GCC	2	6	3465	3470	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987407
76	NC_016863	TGA	2	6	3475	3480	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987407
77	NC_016863	CG	4	8	3504	3511	0 %	0 %	50 %	50 %	378987407
78	NC_016863	GC	3	6	3559	3564	0 %	0 %	50 %	50 %	378987407
79	NC_016863	CGG	2	6	3706	3711	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987407
80	NC_016863	AGT	2	6	3719	3724	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987407
81	NC_016863	CAG	2	6	3810	3815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987408
82	NC_016863	T	8	8	3820	3827	0 %	100 %	0 %	0 %	378987408
83	NC_016863	TGA	2	6	3863	3868	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987408
84	NC_016863	GCA	2	6	3938	3943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987408
85	NC_016863	CG	3	6	3963	3968	0 %	0 %	50 %	50 %	378987408
86	NC_016863	CGG	2	6	4061	4066	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987408
87	NC_016863	GCG	2	6	4099	4104	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987408
88	NC_016863	CGGCG	2	10	4145	4154	0 %	0 %	60 %	40 %	378987408
89	NC_016863	GTC	2	6	4191	4196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987408
90	NC_016863	CG	3	6	4207	4212	0 %	0 %	50 %	50 %	378987408
91	NC_016863	GGC	2	6	4254	4259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987408
92	NC_016863	TGA	2	6	4325	4330	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987408
93	NC_016863	GAA	2	6	4332	4337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378987408
94	NC_016863	GCC	2	6	4384	4389	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987408
95	NC_016863	CTA	2	6	4406	4411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987408
96	NC_016863	GCT	2	6	4502	4507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987408
97	NC_016863	CGC	2	6	4544	4549	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987408
98	NC_016863	GATG	2	8	4634	4641	25 %	25 %	50 %	0 %	378987408
99	NC_016863	CAGC	2	8	4643	4650	25 %	0 %	25 %	50 %	378987408
100	NC_016863	CG	3	6	4663	4668	0 %	0 %	50 %	50 %	378987408
101	NC_016863	GGA	2	6	4670	4675	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378987408
102	NC_016863	CCG	2	6	4682	4687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987408
103	NC_016863	CTGA	2	8	4701	4708	25 %	25 %	25 %	25 %	378987408
104	NC_016863	GCG	2	6	4719	4724	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987408
105	NC_016863	GAT	2	6	4728	4733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987408
106	NC_016863	CAG	2	6	4743	4748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987408
107	NC_016863	GCG	2	6	4794	4799	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987408
108	NC_016863	AG	3	6	4883	4888	50 %	0 %	50 %	0 %	378987408
109	NC_016863	GCT	2	6	4955	4960	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987408
110	NC_016863	CAT	2	6	4965	4970	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987408
111	NC_016863	CTGC	2	8	4971	4978	0 %	25 %	25 %	50 %	378987408
112	NC_016863	GCC	2	6	4986	4991	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987408
113	NC_016863	TGA	3	9	5002	5010	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987408
114	NC_016863	TG	3	6	5149	5154	0 %	50 %	50 %	0 %	378987409
115	NC_016863	TCA	2	6	5164	5169	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987409
116	NC_016863	AAT	2	6	5229	5234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378987409
117	NC_016863	TCA	2	6	5243	5248	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987409
118	NC_016863	CG	3	6	5252	5257	0 %	0 %	50 %	50 %	378987409
119	NC_016863	T	6	6	5259	5264	0 %	100 %	0 %	0 %	378987409
120	NC_016863	ACC	2	6	5278	5283	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987409
121	NC_016863	TCA	2	6	5302	5307	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987409
122	NC_016863	TTC	2	6	5341	5346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378987409
123	NC_016863	CAC	3	9	5385	5393	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987409
124	NC_016863	CG	3	6	5471	5476	0 %	0 %	50 %	50 %	378987409
125	NC_016863	AG	3	6	5553	5558	50 %	0 %	50 %	0 %	378987409
126	NC_016863	TGT	2	6	5569	5574	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378987409
127	NC_016863	CAAAAT	2	12	5579	5590	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378987409
128	NC_016863	CGT	2	6	5594	5599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987409
129	NC_016863	GCG	2	6	5756	5761	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378987409
130	NC_016863	GCT	2	6	5789	5794	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378987409
131	NC_016863	AATCAG	2	12	5874	5885	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378987409
132	NC_016863	CG	3	6	5972	5977	0 %	0 %	50 %	50 %	378987410
133	NC_016863	GCC	2	6	5980	5985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378987410
134	NC_016863	ACC	2	6	6097	6102	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378987410
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