MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240 plasmid pSTMDT12_S

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016862	A	6	6	11	16	100 %	0 %	0 %	0 %	377542924
2	NC_016862	GGTC	2	8	26	33	0 %	25 %	50 %	25 %	377542924
3	NC_016862	CCTTGT	2	12	155	166	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	377542924
4	NC_016862	CTG	2	6	248	253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377542925
5	NC_016862	CGA	3	9	337	345	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542925
6	NC_016862	GAA	2	6	371	376	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377542925
7	NC_016862	GCG	2	6	383	388	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542925
8	NC_016862	ACC	2	6	421	426	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	377542925
9	NC_016862	CAAT	2	8	445	452	50 %	25 %	0 %	25 %	377542926
10	NC_016862	GCA	2	6	490	495	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542926
11	NC_016862	GCC	2	6	498	503	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542926
12	NC_016862	TGG	2	6	530	535	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377542926
13	NC_016862	GGT	2	6	565	570	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377542926
14	NC_016862	CTG	2	6	628	633	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377542926
15	NC_016862	CCG	2	6	674	679	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542926
16	NC_016862	TCA	2	6	699	704	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542926
17	NC_016862	CTG	2	6	766	771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377542926
18	NC_016862	CAT	2	6	801	806	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542926
19	NC_016862	GC	3	6	834	839	0 %	0 %	50 %	50 %	377542926
20	NC_016862	GCC	3	9	848	856	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542926
21	NC_016862	GAA	2	6	895	900	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377542926
22	NC_016862	CGC	2	6	948	953	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542926
23	NC_016862	ATG	2	6	1006	1011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377542926
24	NC_016862	CAG	3	9	1024	1032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542926
25	NC_016862	GCCGAG	2	12	1102	1113	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	377542926
26	NC_016862	GAC	3	9	1126	1134	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542926
27	NC_016862	TTC	2	6	1144	1149	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	377542926
28	NC_016862	GGT	2	6	1199	1204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377542926
29	NC_016862	GGC	2	6	1208	1213	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542926
30	NC_016862	CGG	2	6	1218	1223	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542926
31	NC_016862	CCG	2	6	1235	1240	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542926
32	NC_016862	GTG	2	6	1277	1282	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377542926
33	NC_016862	AGCGCA	2	12	1374	1385	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542927
34	NC_016862	GACGT	2	10	1394	1403	20 %	20 %	40 %	20 %	377542927
35	NC_016862	TGA	2	6	1459	1464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377542927
36	NC_016862	TGG	2	6	1485	1490	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377542927
37	NC_016862	TGG	2	6	1602	1607	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377542927
38	NC_016862	GTG	2	6	1659	1664	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377542927
39	NC_016862	CAT	2	6	1714	1719	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542927
40	NC_016862	GCT	2	6	1753	1758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377542927
41	NC_016862	CGA	2	6	1774	1779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542927
42	NC_016862	GGC	2	6	1838	1843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542927
43	NC_016862	CCGC	2	8	1893	1900	0 %	0 %	25 %	75 %	377542927
44	NC_016862	CTG	2	6	1901	1906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377542927
45	NC_016862	TG	3	6	1917	1922	0 %	50 %	50 %	0 %	377542927
46	NC_016862	GCC	2	6	2019	2024	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542927
47	NC_016862	GCTGG	2	10	2059	2068	0 %	20 %	60 %	20 %	377542927
48	NC_016862	CGG	2	6	2085	2090	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542927
49	NC_016862	C	8	8	2111	2118	0 %	0 %	0 %	100 %	377542927
50	NC_016862	TCA	2	6	2431	2436	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542928
51	NC_016862	CGC	2	6	2582	2587	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542928
52	NC_016862	CG	3	6	2612	2617	0 %	0 %	50 %	50 %	377542928
53	NC_016862	GTG	2	6	2710	2715	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377542928
54	NC_016862	ATC	2	6	2777	2782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542928
55	NC_016862	TCG	2	6	2791	2796	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377542928
56	NC_016862	GCAG	2	8	2819	2826	25 %	0 %	50 %	25 %	377542928
57	NC_016862	CAT	2	6	2852	2857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542928
58	NC_016862	GCG	2	6	2868	2873	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542928
59	NC_016862	CG	3	6	2882	2887	0 %	0 %	50 %	50 %	377542928
60	NC_016862	T	6	6	2952	2957	0 %	100 %	0 %	0 %	377542928
61	NC_016862	GCT	2	6	2964	2969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377542928
62	NC_016862	TCTG	2	8	3038	3045	0 %	50 %	25 %	25 %	377542928
63	NC_016862	GC	4	8	3065	3072	0 %	0 %	50 %	50 %	377542928
64	NC_016862	GCC	3	9	3126	3134	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542928
65	NC_016862	CA	3	6	3158	3163	50 %	0 %	0 %	50 %	377542928
66	NC_016862	GGC	2	6	3200	3205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542928
67	NC_016862	GAAA	2	8	3209	3216	75 %	0 %	25 %	0 %	377542928
68	NC_016862	T	8	8	3310	3317	0 %	100 %	0 %	0 %	377542929
69	NC_016862	GTG	2	6	3382	3387	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377542929
70	NC_016862	CGC	2	6	3423	3428	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542929
71	NC_016862	TCA	2	6	3496	3501	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542929
72	NC_016862	AGG	2	6	3508	3513	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	377542929
73	NC_016862	AGG	2	6	3517	3522	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	377542929
74	NC_016862	CGG	2	6	3559	3564	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542929
75	NC_016862	TCTG	2	8	3569	3576	0 %	50 %	25 %	25 %	377542929
76	NC_016862	GCA	2	6	3611	3616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542929
77	NC_016862	CTT	2	6	3728	3733	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	377542929
78	NC_016862	CGC	2	6	3754	3759	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542929
79	NC_016862	GTT	2	6	3828	3833	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377542929
80	NC_016862	TGG	2	6	3865	3870	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377542929
81	NC_016862	GGC	2	6	3910	3915	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542929
82	NC_016862	CAG	2	6	3922	3927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542929
83	NC_016862	GC	3	6	3998	4003	0 %	0 %	50 %	50 %	377542929
84	NC_016862	GCCTT	2	10	4054	4063	0 %	40 %	20 %	40 %	377542929
85	NC_016862	GCC	2	6	4105	4110	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542930
86	NC_016862	AGA	2	6	4234	4239	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377542930
87	NC_016862	TGA	2	6	4246	4251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377542930
88	NC_016862	GGGAG	2	10	4286	4295	20 %	0 %	80 %	0 %	377542930
89	NC_016862	CT	3	6	4358	4363	0 %	50 %	0 %	50 %	377542930
90	NC_016862	GC	3	6	4505	4510	0 %	0 %	50 %	50 %	377542930
91	NC_016862	GAT	2	6	4511	4516	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377542930
92	NC_016862	ATG	2	6	4571	4576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377542930
93	NC_016862	CAT	2	6	4616	4621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542930
94	NC_016862	CAT	2	6	4627	4632	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542930
95	NC_016862	GGCT	2	8	4646	4653	0 %	25 %	50 %	25 %	377542930
96	NC_016862	GCC	2	6	4697	4702	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542930
97	NC_016862	GAC	2	6	4730	4735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542930
98	NC_016862	TC	3	6	4779	4784	0 %	50 %	0 %	50 %	377542930
99	NC_016862	GTT	2	6	5090	5095	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377542931
100	NC_016862	TCA	2	6	5107	5112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542931
101	NC_016862	GGC	2	6	5121	5126	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542931
102	NC_016862	CCG	2	6	5139	5144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542931
103	NC_016862	GCC	2	6	5246	5251	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542931
104	NC_016862	TTC	2	6	5265	5270	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	377542931
105	NC_016862	ATCCCG	2	12	5403	5414	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	377542931
106	NC_016862	GCC	2	6	5428	5433	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542931
107	NC_016862	TGGCG	2	10	6017	6026	0 %	20 %	60 %	20 %	377542932
108	NC_016862	GCC	2	6	6077	6082	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542932
109	NC_016862	TCC	2	6	6092	6097	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	377542932
110	NC_016862	GCT	2	6	6106	6111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377542932
111	NC_016862	CCA	2	6	6138	6143	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	377542932
112	NC_016862	TGC	2	6	6176	6181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377542932
113	NC_016862	GTT	2	6	6228	6233	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377542932
114	NC_016862	CCG	2	6	6255	6260	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542932
115	NC_016862	TTG	2	6	6263	6268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377542932
116	NC_016862	GCA	2	6	6476	6481	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542933
117	NC_016862	GCA	2	6	6512	6517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542933
118	NC_016862	GGC	2	6	6523	6528	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542933
119	NC_016862	TCG	2	6	6629	6634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377542933
120	NC_016862	ACT	2	6	6647	6652	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542933
121	NC_016862	TGC	2	6	6657	6662	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377542933
122	NC_016862	GGC	2	6	6686	6691	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542933
123	NC_016862	AGG	2	6	6698	6703	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	377542933
124	NC_016862	CAG	2	6	6739	6744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542933
125	NC_016862	CCAT	2	8	6809	6816	25 %	25 %	0 %	50 %	377542933
126	NC_016862	GGC	2	6	6823	6828	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542933
127	NC_016862	TGA	2	6	6848	6853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377542933
128	NC_016862	CGC	2	6	6888	6893	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542933
129	NC_016862	AGA	2	6	6944	6949	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377542933
130	NC_016862	ACG	2	6	7037	7042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542933
131	NC_016862	GTG	2	6	7114	7119	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	377542933
132	NC_016862	ACCG	2	8	7144	7151	25 %	0 %	25 %	50 %	377542933
133	NC_016862	ATC	2	6	7192	7197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	377542933
134	NC_016862	GAA	2	6	7249	7254	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	377542933
135	NC_016862	CGA	2	6	7321	7326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542933
136	NC_016862	CAG	2	6	7352	7357	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542933
137	NC_016862	GGC	2	6	7372	7377	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542933
138	NC_016862	GGC	2	6	7408	7413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	377542933
139	NC_016862	GCC	2	6	7448	7453	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542933
140	NC_016862	AGC	2	6	7460	7465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377542933
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162	NC_016862	GCC	2	6	8279	8284	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542933
163	NC_016862	TGA	2	6	8346	8351	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	377542933
164	NC_016862	CGC	2	6	8373	8378	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377542933
165	NC_016862	CCAGC	2	10	8438	8447	20 %	0 %	20 %	60 %	377542933
166	NC_016862	GGCACC	2	12	8553	8564	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	377542933
167	NC_016862	GGGC	2	8	8586	8593	0 %	0 %	75 %	25 %	377542933

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.