MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sphaerochaeta pleomorpha str. Grapes chromosome

Total Repeats: 55528

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016633	TGAAT	2	10	99	108	40 %	40 %	20 %	0 %	374314451
2	NC_016633	TTC	2	6	148	153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314451
3	NC_016633	CAG	2	6	161	166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374314451
4	NC_016633	CAT	2	6	342	347	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314451
5	NC_016633	CCT	2	6	349	354	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	374314451
6	NC_016633	GAA	2	6	366	371	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374314451
7	NC_016633	ATC	2	6	378	383	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314451
8	NC_016633	AT	3	6	410	415	50 %	50 %	0 %	0 %	374314451
9	NC_016633	ATCAA	2	10	517	526	60 %	20 %	0 %	20 %	374314451
10	NC_016633	TTC	2	6	540	545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314451
11	NC_016633	GC	3	6	584	589	0 %	0 %	50 %	50 %	374314451
12	NC_016633	TTA	2	6	694	699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	374314451
13	NC_016633	AAT	2	6	737	742	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374314451
14	NC_016633	GGAAG	2	10	867	876	40 %	0 %	60 %	0 %	374314451
15	NC_016633	ATG	2	6	877	882	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374314451
16	NC_016633	GTA	2	6	1005	1010	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374314451
17	NC_016633	AAAG	2	8	1093	1100	75 %	0 %	25 %	0 %	374314451
18	NC_016633	GCT	2	6	1164	1169	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374314452
19	NC_016633	ATC	2	6	1228	1233	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314452
20	NC_016633	AAG	2	6	1327	1332	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374314452
21	NC_016633	TCC	2	6	1345	1350	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	374314452
22	NC_016633	ATG	2	6	1408	1413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374314452
23	NC_016633	TTCG	2	8	1434	1441	0 %	50 %	25 %	25 %	374314452
24	NC_016633	CG	3	6	1451	1456	0 %	0 %	50 %	50 %	374314452
25	NC_016633	CAT	2	6	1503	1508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314452
26	NC_016633	GAAAA	2	10	1582	1591	80 %	0 %	20 %	0 %	374314452
27	NC_016633	GAT	2	6	1608	1613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374314452
28	NC_016633	CTG	2	6	1729	1734	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374314452
29	NC_016633	GCC	2	6	1765	1770	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	374314452
30	NC_016633	CATTC	2	10	1828	1837	20 %	40 %	0 %	40 %	374314452
31	NC_016633	GAT	2	6	1893	1898	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374314452
32	NC_016633	CAT	2	6	1911	1916	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314452
33	NC_016633	AGGAAA	2	12	1919	1930	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374314452
34	NC_016633	GGC	2	6	1987	1992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	374314453
35	NC_016633	T	6	6	2025	2030	0 %	100 %	0 %	0 %	374314453
36	NC_016633	CGA	2	6	2164	2169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374314453
37	NC_016633	AAG	2	6	2207	2212	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374314453
38	NC_016633	ATGA	2	8	2253	2260	50 %	25 %	25 %	0 %	374314453
39	NC_016633	AG	3	6	2380	2385	50 %	0 %	50 %	0 %	374314453
40	NC_016633	TTG	2	6	2439	2444	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	374314453
41	NC_016633	TAT	2	6	2468	2473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	374314453
42	NC_016633	TCA	2	6	2482	2487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314453
43	NC_016633	GT	3	6	2491	2496	0 %	50 %	50 %	0 %	374314453
44	NC_016633	TGA	2	6	2497	2502	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374314453
45	NC_016633	AT	3	6	2534	2539	50 %	50 %	0 %	0 %	374314453
46	NC_016633	TGA	2	6	2542	2547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374314453
47	NC_016633	TGCT	2	8	2598	2605	0 %	50 %	25 %	25 %	374314453
48	NC_016633	AAC	2	6	2687	2692	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	374314453
49	NC_016633	TTCCA	2	10	2742	2751	20 %	40 %	0 %	40 %	374314453
50	NC_016633	AGA	2	6	2815	2820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374314453
51	NC_016633	TCCCTT	2	12	2871	2882	0 %	50 %	0 %	50 %	374314453
52	NC_016633	CTT	2	6	2894	2899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314453
53	NC_016633	GCG	2	6	2933	2938	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	374314454
54	NC_016633	TC	3	6	2960	2965	0 %	50 %	0 %	50 %	374314454
55	NC_016633	TCA	2	6	2984	2989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314454
56	NC_016633	ATA	2	6	3020	3025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374314454
57	NC_016633	TTGGA	2	10	3059	3068	20 %	40 %	40 %	0 %	374314454
58	NC_016633	AT	3	6	3260	3265	50 %	50 %	0 %	0 %	374314454
59	NC_016633	CAGGA	2	10	3284	3293	40 %	0 %	40 %	20 %	374314454
60	NC_016633	CGA	2	6	3333	3338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374314454
61	NC_016633	CCTTT	2	10	3390	3399	0 %	60 %	0 %	40 %	374314454
62	NC_016633	AAG	2	6	3505	3510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374314454
63	NC_016633	CCG	2	6	3614	3619	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	374314454
64	NC_016633	T	6	6	3634	3639	0 %	100 %	0 %	0 %	374314454
65	NC_016633	AAT	2	6	3877	3882	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374314454
66	NC_016633	AAG	2	6	3919	3924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374314454
67	NC_016633	T	6	6	3940	3945	0 %	100 %	0 %	0 %	374314454
68	NC_016633	TCC	2	6	4078	4083	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	374314455
69	NC_016633	TAC	2	6	4128	4133	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314455
70	NC_016633	A	8	8	4152	4159	100 %	0 %	0 %	0 %	374314455
71	NC_016633	A	8	8	4169	4176	100 %	0 %	0 %	0 %	374314455
72	NC_016633	TAAA	2	8	4177	4184	75 %	25 %	0 %	0 %	374314455
73	NC_016633	TA	3	6	4187	4192	50 %	50 %	0 %	0 %	374314455
74	NC_016633	T	6	6	4227	4232	0 %	100 %	0 %	0 %	374314455
75	NC_016633	ATAAA	2	10	4301	4310	80 %	20 %	0 %	0 %	374314455
76	NC_016633	GAAC	2	8	4507	4514	50 %	0 %	25 %	25 %	374314456
77	NC_016633	TCAT	2	8	4652	4659	25 %	50 %	0 %	25 %	374314456
78	NC_016633	ATC	2	6	4694	4699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314456
79	NC_016633	G	6	6	4700	4705	0 %	0 %	100 %	0 %	374314456
80	NC_016633	CGA	2	6	4768	4773	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374314456
81	NC_016633	TGC	2	6	4900	4905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374314456
82	NC_016633	GAA	2	6	4933	4938	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374314456
83	NC_016633	CCTT	2	8	5023	5030	0 %	50 %	0 %	50 %	374314456
84	NC_016633	TTGC	2	8	5033	5040	0 %	50 %	25 %	25 %	374314456
85	NC_016633	CGCT	2	8	5069	5076	0 %	25 %	25 %	50 %	374314456
86	NC_016633	CGA	2	6	5100	5105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374314456
87	NC_016633	TGC	2	6	5106	5111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374314456
88	NC_016633	A	7	7	5131	5137	100 %	0 %	0 %	0 %	374314456
89	NC_016633	CGAT	2	8	5138	5145	25 %	25 %	25 %	25 %	374314456
90	NC_016633	TGG	2	6	5256	5261	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	374314456
91	NC_016633	GCA	2	6	5318	5323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374314456
92	NC_016633	CTT	2	6	5354	5359	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314456
93	NC_016633	CT	3	6	5393	5398	0 %	50 %	0 %	50 %	374314456
94	NC_016633	TC	3	6	5449	5454	0 %	50 %	0 %	50 %	374314457
95	NC_016633	CTT	2	6	5502	5507	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314457
96	NC_016633	TCT	2	6	5510	5515	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314457
97	NC_016633	TCA	2	6	5660	5665	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314457
98	NC_016633	ATA	2	6	5677	5682	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374314457
99	NC_016633	AGG	2	6	5723	5728	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	374314457
100	NC_016633	CCT	2	6	5735	5740	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	374314457
101	NC_016633	CGA	2	6	5799	5804	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374314457
102	NC_016633	GGC	2	6	5818	5823	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	374314457
103	NC_016633	GTC	2	6	5968	5973	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374314457
104	NC_016633	CCA	2	6	6003	6008	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	374314457
105	NC_016633	CGG	2	6	6057	6062	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	374314457
106	NC_016633	TTCC	2	8	6141	6148	0 %	50 %	0 %	50 %	374314457
107	NC_016633	CTT	2	6	6169	6174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314457
108	NC_016633	CAG	2	6	6178	6183	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374314457
109	NC_016633	TCC	2	6	6197	6202	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	374314457
110	NC_016633	ATC	2	6	6283	6288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314457
111	NC_016633	CGG	2	6	6315	6320	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	374314457
112	NC_016633	TGCC	2	8	6323	6330	0 %	25 %	25 %	50 %	374314457
113	NC_016633	CGA	2	6	6360	6365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374314457
114	NC_016633	GCCTTT	2	12	6370	6381	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	374314457
115	NC_016633	GAAA	2	8	6477	6484	75 %	0 %	25 %	0 %	374314457
116	NC_016633	TTC	2	6	6518	6523	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314457
117	NC_016633	CATC	2	8	6625	6632	25 %	25 %	0 %	50 %	374314458
118	NC_016633	CCA	2	6	6671	6676	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	374314458
119	NC_016633	TAC	2	6	6699	6704	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314458
120	NC_016633	GGAA	2	8	6800	6807	50 %	0 %	50 %	0 %	374314458
121	NC_016633	AGCTT	2	10	6877	6886	20 %	40 %	20 %	20 %	374314458
122	NC_016633	TAA	2	6	6919	6924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374314458
123	NC_016633	T	6	6	6996	7001	0 %	100 %	0 %	0 %	374314458
124	NC_016633	GTTG	2	8	7061	7068	0 %	50 %	50 %	0 %	374314458
125	NC_016633	GAATT	2	10	7138	7147	40 %	40 %	20 %	0 %	374314458
126	NC_016633	GAT	2	6	7215	7220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374314458
127	NC_016633	AG	3	6	7224	7229	50 %	0 %	50 %	0 %	374314458
128	NC_016633	TGA	2	6	7298	7303	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374314458
129	NC_016633	GGAC	2	8	7480	7487	25 %	0 %	50 %	25 %	374314458
130	NC_016633	TGAT	2	8	7521	7528	25 %	50 %	25 %	0 %	374314458
131	NC_016633	GGCA	2	8	7620	7627	25 %	0 %	50 %	25 %	374314458
132	NC_016633	AGCG	2	8	7634	7641	25 %	0 %	50 %	25 %	374314458
133	NC_016633	TCT	2	6	7646	7651	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314458
134	NC_016633	AT	3	6	7663	7668	50 %	50 %	0 %	0 %	374314458
135	NC_016633	T	7	7	7708	7714	0 %	100 %	0 %	0 %	374314458
136	NC_016633	TTC	2	6	7767	7772	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314458
137	NC_016633	GA	3	6	7827	7832	50 %	0 %	50 %	0 %	374314458
138	NC_016633	GTC	2	6	7839	7844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374314458
139	NC_016633	TCC	2	6	7996	8001	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	374314458
140	NC_016633	T	6	6	8019	8024	0 %	100 %	0 %	0 %	374314458
141	NC_016633	TC	3	6	8062	8067	0 %	50 %	0 %	50 %	374314458
142	NC_016633	CATCC	2	10	8078	8087	20 %	20 %	0 %	60 %	374314458
143	NC_016633	T	7	7	8109	8115	0 %	100 %	0 %	0 %	374314458
144	NC_016633	GAAG	2	8	8166	8173	50 %	0 %	50 %	0 %	374314458
145	NC_016633	AAT	2	6	8210	8215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374314458
146	NC_016633	ATCAA	2	10	8284	8293	60 %	20 %	0 %	20 %	374314458
147	NC_016633	TCA	2	6	8335	8340	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314458
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149	NC_016633	TGC	2	6	8508	8513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374314458
150	NC_016633	CTTT	2	8	8584	8591	0 %	75 %	0 %	25 %	374314458
151	NC_016633	GTT	2	6	8612	8617	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	374314458
152	NC_016633	TTCCCG	2	12	8691	8702	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	374314458
153	NC_016633	GTT	2	6	8717	8722	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	374314458
154	NC_016633	GGTC	2	8	8729	8736	0 %	25 %	50 %	25 %	374314458
155	NC_016633	GTC	2	6	8739	8744	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374314458
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157	NC_016633	TTG	2	6	8761	8766	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	374314458
158	NC_016633	AGA	2	6	8779	8784	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374314458
159	NC_016633	CAA	2	6	8852	8857	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	374314458
160	NC_016633	GTT	2	6	8868	8873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	374314458
161	NC_016633	TTC	3	9	8931	8939	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314458
162	NC_016633	TTTC	2	8	9071	9078	0 %	75 %	0 %	25 %	374314458
163	NC_016633	GAAG	2	8	9164	9171	50 %	0 %	50 %	0 %	374314458
164	NC_016633	CTT	2	6	9218	9223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314458
165	NC_016633	CTT	2	6	9234	9239	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314458
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167	NC_016633	ACGTT	2	10	9523	9532	20 %	40 %	20 %	20 %	374314458
168	NC_016633	GTC	2	6	9733	9738	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374314458
169	NC_016633	TTC	2	6	9770	9775	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314458
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172	NC_016633	GTCG	2	8	10145	10152	0 %	25 %	50 %	25 %	374314459
173	NC_016633	TAG	2	6	10244	10249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374314459
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179	NC_016633	TTC	2	6	10552	10557	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314459
180	NC_016633	AG	3	6	10563	10568	50 %	0 %	50 %	0 %	374314459
181	NC_016633	TGGTA	2	10	10634	10643	20 %	40 %	40 %	0 %	374314460
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185	NC_016633	CTT	2	6	10765	10770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314460
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230	NC_016633	TGCATG	2	12	13873	13884	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	374314462
231	NC_016633	A	6	6	13909	13914	100 %	0 %	0 %	0 %	374314462
232	NC_016633	AAG	2	6	13996	14001	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374314462
233	NC_016633	CAT	3	9	14390	14398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374314463
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241	NC_016633	A	6	6	14882	14887	100 %	0 %	0 %	0 %	374314463
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243	NC_016633	GAG	2	6	15029	15034	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	374314463
244	NC_016633	GGT	2	6	15095	15100	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	374314463
245	NC_016633	AG	4	8	15129	15136	50 %	0 %	50 %	0 %	374314463
246	NC_016633	AT	3	6	15144	15149	50 %	50 %	0 %	0 %	374314463
247	NC_016633	TTG	2	6	15191	15196	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	374314463
248	NC_016633	CCTT	2	8	15373	15380	0 %	50 %	0 %	50 %	374314463
249	NC_016633	TTG	2	6	15416	15421	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	374314463
250	NC_016633	CGA	2	6	15505	15510	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374314463
251	NC_016633	GAAGCA	2	12	15527	15538	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	374314463
252	NC_016633	GT	3	6	15549	15554	0 %	50 %	50 %	0 %	374314463
253	NC_016633	TCCA	2	8	15580	15587	25 %	25 %	0 %	50 %	374314463
254	NC_016633	GAA	2	6	15654	15659	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374314464
255	NC_016633	GGT	2	6	15715	15720	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	374314464
256	NC_016633	AGAAA	2	10	15726	15735	80 %	0 %	20 %	0 %	374314464
257	NC_016633	GCT	2	6	15892	15897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374314464
258	NC_016633	AATCG	2	10	16008	16017	40 %	20 %	20 %	20 %	374314464
259	NC_016633	GCC	2	6	16036	16041	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	374314464
260	NC_016633	TGGT	2	8	16124	16131	0 %	50 %	50 %	0 %	374314464
261	NC_016633	CAGG	2	8	16315	16322	25 %	0 %	50 %	25 %	374314464
262	NC_016633	TTGC	2	8	16357	16364	0 %	50 %	25 %	25 %	374314464
263	NC_016633	TCTG	2	8	16446	16453	0 %	50 %	25 %	25 %	374314464
264	NC_016633	GTG	2	6	16487	16492	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	374314464
265	NC_016633	AGCT	2	8	16653	16660	25 %	25 %	25 %	25 %	374314464
266	NC_016633	TTG	2	6	16744	16749	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	374314465
267	NC_016633	CTT	2	6	16773	16778	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	374314465
268	NC_016633	TGA	2	6	16871	16876	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374314465
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270	NC_016633	GGAA	2	8	16923	16930	50 %	0 %	50 %	0 %	374314465
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301	NC_016633	TGCA	2	8	18799	18806	25 %	25 %	25 %	25 %	374314466
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393	NC_016633	A	6	6	25447	25452	100 %	0 %	0 %	0 %	374314472
394	NC_016633	A	6	6	25502	25507	100 %	0 %	0 %	0 %	374314472
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