MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sphingobium japonicum UT26S plasmid pUT2

Total Repeats: 82

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014009	CCA	2	6	26	31	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	294057976
2	NC_014009	GC	3	6	85	90	0 %	0 %	50 %	50 %	294057976
3	NC_014009	TAC	2	6	122	127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294057976
4	NC_014009	ATA	2	6	152	157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294057976
5	NC_014009	TGT	2	6	162	167	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	294057976
6	NC_014009	GTT	2	6	319	324	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	294057976
7	NC_014009	GTC	3	9	373	381	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	294057976
8	NC_014009	GCAA	2	8	416	423	50 %	0 %	25 %	25 %	294057976
9	NC_014009	CGC	2	6	433	438	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057976
10	NC_014009	CCT	2	6	487	492	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	294057976
11	NC_014009	CAG	2	6	541	546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294057976
12	NC_014009	CG	3	6	610	615	0 %	0 %	50 %	50 %	294057976
13	NC_014009	AT	3	6	647	652	50 %	50 %	0 %	0 %	294057976
14	NC_014009	CAT	2	6	686	691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294057977
15	NC_014009	CCG	2	6	775	780	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057977
16	NC_014009	GCA	2	6	854	859	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294057977
17	NC_014009	TAACA	2	10	872	881	60 %	20 %	0 %	20 %	294057977
18	NC_014009	GAA	2	6	948	953	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294057977
19	NC_014009	GC	3	6	1001	1006	0 %	0 %	50 %	50 %	294057977
20	NC_014009	GCC	2	6	1054	1059	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057977
21	NC_014009	GAA	2	6	1256	1261	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294057978
22	NC_014009	ATT	2	6	1263	1268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	294057978
23	NC_014009	GTAT	2	8	1336	1343	25 %	50 %	25 %	0 %	294057978
24	NC_014009	CAA	2	6	1373	1378	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	294057978
25	NC_014009	CAT	2	6	1391	1396	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294057978
26	NC_014009	CGG	2	6	1487	1492	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	294057978
27	NC_014009	CAA	2	6	1526	1531	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	294057978
28	NC_014009	TGT	2	6	1595	1600	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	294057978
29	NC_014009	GAT	2	6	1635	1640	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294057978
30	NC_014009	CAC	2	6	1664	1669	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	294057978
31	NC_014009	CGG	2	6	1748	1753	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	294057978
32	NC_014009	TTCGC	2	10	1837	1846	0 %	40 %	20 %	40 %	294057978
33	NC_014009	CCG	2	6	1900	1905	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057978
34	NC_014009	GGTC	2	8	2000	2007	0 %	25 %	50 %	25 %	294057978
35	NC_014009	GC	4	8	2211	2218	0 %	0 %	50 %	50 %	294057979
36	NC_014009	GC	3	6	2353	2358	0 %	0 %	50 %	50 %	294057979
37	NC_014009	CTG	2	6	2420	2425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	294057979
38	NC_014009	CGG	2	6	2455	2460	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	294057979
39	NC_014009	GCC	2	6	2499	2504	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057979
40	NC_014009	ACCGC	2	10	2523	2532	20 %	0 %	20 %	60 %	294057979
41	NC_014009	GGCC	2	8	2623	2630	0 %	0 %	50 %	50 %	294057979
42	NC_014009	CGA	2	6	2635	2640	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294057979
43	NC_014009	CCG	2	6	2662	2667	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057979
44	NC_014009	GCCC	2	8	2682	2689	0 %	0 %	25 %	75 %	294057979
45	NC_014009	CG	3	6	2694	2699	0 %	0 %	50 %	50 %	294057979
46	NC_014009	CGC	2	6	2715	2720	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057979
47	NC_014009	CGC	2	6	2875	2880	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057979
48	NC_014009	CG	3	6	2899	2904	0 %	0 %	50 %	50 %	294057979
49	NC_014009	GGC	2	6	2932	2937	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	294057979
50	NC_014009	CGT	3	9	2939	2947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	294057979
51	NC_014009	CGCT	2	8	3027	3034	0 %	25 %	25 %	50 %	294057979
52	NC_014009	CG	3	6	3042	3047	0 %	0 %	50 %	50 %	294057979
53	NC_014009	TCG	2	6	3072	3077	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	294057979
54	NC_014009	GCC	2	6	3180	3185	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057979
55	NC_014009	GTCG	2	8	3197	3204	0 %	25 %	50 %	25 %	294057979
56	NC_014009	GCC	3	9	3303	3311	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057979
57	NC_014009	CGG	2	6	3325	3330	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	294057979
58	NC_014009	CGCC	2	8	3570	3577	0 %	0 %	25 %	75 %	294057980
59	NC_014009	GC	4	8	3619	3626	0 %	0 %	50 %	50 %	294057980
60	NC_014009	CGCC	2	8	3651	3658	0 %	0 %	25 %	75 %	294057980
61	NC_014009	ATC	2	6	3664	3669	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294057980
62	NC_014009	CGG	2	6	3672	3677	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	294057980
63	NC_014009	CTC	2	6	3682	3687	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	294057980
64	NC_014009	GGC	2	6	3793	3798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	294057980
65	NC_014009	CCG	2	6	3800	3805	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057980
66	NC_014009	CGCCC	2	10	3838	3847	0 %	0 %	20 %	80 %	294057981
67	NC_014009	CGATG	2	10	3883	3892	20 %	20 %	40 %	20 %	294057981
68	NC_014009	GCA	2	6	3919	3924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294057981
69	NC_014009	CGCC	2	8	3958	3965	0 %	0 %	25 %	75 %	294057981
70	NC_014009	CGG	2	6	3996	4001	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	294057981
71	NC_014009	GAT	2	6	4004	4009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294057981
72	NC_014009	TGG	2	6	4055	4060	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	294057981
73	NC_014009	GCC	2	6	4085	4090	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057981
74	NC_014009	CGC	2	6	4114	4119	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057981
75	NC_014009	CGA	2	6	4268	4273	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	294057982
76	NC_014009	GCC	2	6	4319	4324	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057982
77	NC_014009	CCA	2	6	4370	4375	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	294057982
78	NC_014009	GCC	2	6	4596	4601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057983
79	NC_014009	CCG	2	6	4633	4638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057983
80	NC_014009	CTTCAA	2	12	4646	4657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294057983
81	NC_014009	CG	3	6	4693	4698	0 %	0 %	50 %	50 %	294057983
82	NC_014009	CGC	2	6	4733	4738	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	294057983

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.