MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Streptococcus suis BM407 plasmid pBM407

Total Repeats: 365

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012923	A	7	7	21	27	100 %	0 %	0 %	0 %	253750613
2	NC_012923	GAAG	2	8	48	55	50 %	0 %	50 %	0 %	253750613
3	NC_012923	GAA	2	6	70	75	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
4	NC_012923	AAT	2	6	121	126	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750613
5	NC_012923	GGT	2	6	136	141	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253750613
6	NC_012923	GACA	2	8	180	187	50 %	0 %	25 %	25 %	253750613
7	NC_012923	CTT	2	6	317	322	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750613
8	NC_012923	TTTGA	2	10	367	376	20 %	60 %	20 %	0 %	253750613
9	NC_012923	TTGC	2	8	427	434	0 %	50 %	25 %	25 %	253750613
10	NC_012923	ATT	3	9	472	480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750613
11	NC_012923	AAT	2	6	511	516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750613
12	NC_012923	AGA	3	9	558	566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
13	NC_012923	ACAA	2	8	571	578	75 %	0 %	0 %	25 %	253750613
14	NC_012923	TGAT	2	8	602	609	25 %	50 %	25 %	0 %	253750613
15	NC_012923	GAA	2	6	700	705	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
16	NC_012923	AGA	2	6	723	728	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
17	NC_012923	TAA	2	6	762	767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750613
18	NC_012923	AGTA	2	8	768	775	50 %	25 %	25 %	0 %	253750613
19	NC_012923	A	6	6	817	822	100 %	0 %	0 %	0 %	253750613
20	NC_012923	T	6	6	847	852	0 %	100 %	0 %	0 %	253750613
21	NC_012923	ATT	2	6	868	873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750613
22	NC_012923	AGAAT	2	10	891	900	60 %	20 %	20 %	0 %	253750613
23	NC_012923	GTGA	2	8	985	992	25 %	25 %	50 %	0 %	253750614
24	NC_012923	A	7	7	1048	1054	100 %	0 %	0 %	0 %	253750614
25	NC_012923	GTTCGT	2	12	1076	1087	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	253750614
26	NC_012923	AAG	2	6	1143	1148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750614
27	NC_012923	AGA	2	6	1165	1170	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750614
28	NC_012923	AT	3	6	1171	1176	50 %	50 %	0 %	0 %	253750614
29	NC_012923	AAATG	2	10	1214	1223	60 %	20 %	20 %	0 %	253750615
30	NC_012923	A	6	6	1237	1242	100 %	0 %	0 %	0 %	253750615
31	NC_012923	TAAA	2	8	1321	1328	75 %	25 %	0 %	0 %	253750615
32	NC_012923	ATT	2	6	1340	1345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750615
33	NC_012923	TTA	2	6	1356	1361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750615
34	NC_012923	ATT	2	6	1399	1404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750615
35	NC_012923	AGA	2	6	1409	1414	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750615
36	NC_012923	ACAA	2	8	1520	1527	75 %	0 %	0 %	25 %	253750616
37	NC_012923	AGA	2	6	1554	1559	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750616
38	NC_012923	A	7	7	1572	1578	100 %	0 %	0 %	0 %	253750616
39	NC_012923	T	6	6	1599	1604	0 %	100 %	0 %	0 %	253750616
40	NC_012923	TGG	2	6	1608	1613	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253750616
41	NC_012923	GAA	2	6	1657	1662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750616
42	NC_012923	ACA	2	6	1704	1709	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
43	NC_012923	TGA	2	6	1722	1727	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750616
44	NC_012923	GTA	2	6	1753	1758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750616
45	NC_012923	AAC	2	6	1854	1859	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
46	NC_012923	CAA	2	6	1880	1885	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
47	NC_012923	ATGT	2	8	1915	1922	25 %	50 %	25 %	0 %	253750616
48	NC_012923	GAT	2	6	1987	1992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750616
49	NC_012923	TTG	2	6	2033	2038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750616
50	NC_012923	TA	3	6	2102	2107	50 %	50 %	0 %	0 %	253750616
51	NC_012923	GAAA	2	8	2202	2209	75 %	0 %	25 %	0 %	253750616
52	NC_012923	A	6	6	2237	2242	100 %	0 %	0 %	0 %	253750616
53	NC_012923	TAAA	2	8	2249	2256	75 %	25 %	0 %	0 %	253750616
54	NC_012923	CAA	2	6	2287	2292	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
55	NC_012923	ACC	2	6	2319	2324	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253750616
56	NC_012923	AAT	2	6	2679	2684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750617
57	NC_012923	AG	3	6	2716	2721	50 %	0 %	50 %	0 %	253750617
58	NC_012923	CTT	2	6	2725	2730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750617
59	NC_012923	TA	3	6	2743	2748	50 %	50 %	0 %	0 %	253750617
60	NC_012923	TCAA	2	8	2844	2851	50 %	25 %	0 %	25 %	253750617
61	NC_012923	ATT	2	6	2852	2857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750617
62	NC_012923	TCA	2	6	2967	2972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750617
63	NC_012923	GCT	2	6	3006	3011	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750617
64	NC_012923	TG	3	6	3012	3017	0 %	50 %	50 %	0 %	253750617
65	NC_012923	T	6	6	3023	3028	0 %	100 %	0 %	0 %	253750617
66	NC_012923	AAT	2	6	3079	3084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750617
67	NC_012923	T	6	6	3140	3145	0 %	100 %	0 %	0 %	253750617
68	NC_012923	TTTTTC	2	12	3147	3158	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	253750617
69	NC_012923	AGT	2	6	3171	3176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750617
70	NC_012923	TCG	2	6	3205	3210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750617
71	NC_012923	TAG	2	6	3282	3287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750617
72	NC_012923	AAT	2	6	3299	3304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750617
73	NC_012923	CTG	2	6	3311	3316	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750617
74	NC_012923	TTTA	2	8	4087	4094	25 %	75 %	0 %	0 %	253750618
75	NC_012923	CAT	2	6	4137	4142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750618
76	NC_012923	A	6	6	4222	4227	100 %	0 %	0 %	0 %	253750618
77	NC_012923	TCT	2	6	4244	4249	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750618
78	NC_012923	AT	3	6	4341	4346	50 %	50 %	0 %	0 %	253750618
79	NC_012923	ATC	2	6	4372	4377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750618
80	NC_012923	TTA	2	6	4379	4384	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750618
81	NC_012923	A	6	6	4391	4396	100 %	0 %	0 %	0 %	253750618
82	NC_012923	ATTAT	2	10	4982	4991	40 %	60 %	0 %	0 %	253750619
83	NC_012923	GTT	2	6	4992	4997	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750619
84	NC_012923	TCT	2	6	5024	5029	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
85	NC_012923	TCT	2	6	5058	5063	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
86	NC_012923	AAT	2	6	5091	5096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
87	NC_012923	ATGC	2	8	5101	5108	25 %	25 %	25 %	25 %	253750619
88	NC_012923	CCTTT	2	10	5160	5169	0 %	60 %	0 %	40 %	253750619
89	NC_012923	TC	3	6	5195	5200	0 %	50 %	0 %	50 %	253750619
90	NC_012923	AAT	2	6	5246	5251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
91	NC_012923	ATT	2	6	5255	5260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750619
92	NC_012923	CTT	2	6	5268	5273	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
93	NC_012923	ATC	2	6	5279	5284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750619
94	NC_012923	AAG	2	6	5299	5304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750619
95	NC_012923	TGAA	2	8	5336	5343	50 %	25 %	25 %	0 %	253750619
96	NC_012923	TAT	2	6	5371	5376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750619
97	NC_012923	ACA	3	9	5403	5411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750619
98	NC_012923	TAA	2	6	5425	5430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
99	NC_012923	AAT	2	6	5436	5441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
100	NC_012923	TCT	2	6	5442	5447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
101	NC_012923	TCTA	2	8	5525	5532	25 %	50 %	0 %	25 %	253750619
102	NC_012923	TAC	2	6	5545	5550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750619
103	NC_012923	TATT	2	8	5718	5725	25 %	75 %	0 %	0 %	253750620
104	NC_012923	CTTA	2	8	5811	5818	25 %	50 %	0 %	25 %	253750620
105	NC_012923	ATA	2	6	5844	5849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750620
106	NC_012923	GA	3	6	5884	5889	50 %	0 %	50 %	0 %	253750620
107	NC_012923	CCT	2	6	5920	5925	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750620
108	NC_012923	TTTC	2	8	6026	6033	0 %	75 %	0 %	25 %	253750620
109	NC_012923	GTTT	2	8	6063	6070	0 %	75 %	25 %	0 %	253750620
110	NC_012923	T	6	6	6068	6073	0 %	100 %	0 %	0 %	253750620
111	NC_012923	TCT	2	6	6094	6099	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
112	NC_012923	ACGTTG	2	12	6120	6131	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	253750620
113	NC_012923	CTT	2	6	6141	6146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
114	NC_012923	GAAT	2	8	6167	6174	50 %	25 %	25 %	0 %	253750620
115	NC_012923	TGT	2	6	6183	6188	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750620
116	NC_012923	AGC	2	6	6240	6245	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750620
117	NC_012923	TTC	2	6	6295	6300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
118	NC_012923	TTC	2	6	6336	6341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
119	NC_012923	ATA	2	6	6415	6420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750620
120	NC_012923	AAG	2	6	6453	6458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750620
121	NC_012923	AAG	2	6	6510	6515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750620
122	NC_012923	ATC	2	6	6540	6545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750620
123	NC_012923	TTG	2	6	6546	6551	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750620
124	NC_012923	ATT	2	6	6588	6593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750620
125	NC_012923	ATC	2	6	6706	6711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750620
126	NC_012923	AGC	2	6	6741	6746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750620
127	NC_012923	AGC	2	6	6756	6761	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750620
128	NC_012923	GAT	2	6	6838	6843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750620
129	NC_012923	CTGA	2	8	6872	6879	25 %	25 %	25 %	25 %	253750620
130	NC_012923	T	6	6	6880	6885	0 %	100 %	0 %	0 %	253750620
131	NC_012923	ATT	2	6	6924	6929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750620
132	NC_012923	TAC	2	6	7082	7087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750620
133	NC_012923	TGA	2	6	7186	7191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750620
134	NC_012923	TC	3	6	7214	7219	0 %	50 %	0 %	50 %	253750620
135	NC_012923	AT	3	6	10000	10005	50 %	50 %	0 %	0 %	253750621
136	NC_012923	GCA	2	6	10063	10068	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750621
137	NC_012923	ATC	2	6	10071	10076	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750621
138	NC_012923	CTT	2	6	10115	10120	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750621
139	NC_012923	AT	3	6	10259	10264	50 %	50 %	0 %	0 %	253750621
140	NC_012923	CTAC	2	8	11869	11876	25 %	25 %	0 %	50 %	253750622
141	NC_012923	AT	3	6	11939	11944	50 %	50 %	0 %	0 %	253750622
142	NC_012923	GCA	2	6	12002	12007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750622
143	NC_012923	ATC	2	6	12010	12015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750622
144	NC_012923	CTT	2	6	12054	12059	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750622
145	NC_012923	TTG	2	6	12182	12187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750622
146	NC_012923	TTC	2	6	12202	12207	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750622
147	NC_012923	AGG	2	6	12219	12224	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	253750622
148	NC_012923	T	6	6	12231	12236	0 %	100 %	0 %	0 %	253750622
149	NC_012923	TTG	2	6	12270	12275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750622
150	NC_012923	CTT	2	6	12294	12299	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750622
151	NC_012923	AATC	2	8	12327	12334	50 %	25 %	0 %	25 %	253750622
152	NC_012923	T	8	8	12339	12346	0 %	100 %	0 %	0 %	253750622
153	NC_012923	ACC	2	6	12349	12354	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253750622
154	NC_012923	GATA	2	8	12358	12365	50 %	25 %	25 %	0 %	253750622
155	NC_012923	TATT	2	8	12371	12378	25 %	75 %	0 %	0 %	253750622
156	NC_012923	TTTAT	2	10	12410	12419	20 %	80 %	0 %	0 %	253750622
157	NC_012923	TCC	2	6	12463	12468	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750622
158	NC_012923	CGAA	2	8	12519	12526	50 %	0 %	25 %	25 %	253750622
159	NC_012923	TCTG	2	8	12543	12550	0 %	50 %	25 %	25 %	253750622
160	NC_012923	TTGA	2	8	12617	12624	25 %	50 %	25 %	0 %	253750622
161	NC_012923	TCC	2	6	12679	12684	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750622
162	NC_012923	CTA	2	6	12702	12707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750622
163	NC_012923	A	6	6	12982	12987	100 %	0 %	0 %	0 %	253750623
164	NC_012923	A	7	7	13006	13012	100 %	0 %	0 %	0 %	253750623
165	NC_012923	TGA	2	6	13049	13054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750623
166	NC_012923	ATCA	2	8	13103	13110	50 %	25 %	0 %	25 %	253750623
167	NC_012923	A	6	6	13149	13154	100 %	0 %	0 %	0 %	253750623
168	NC_012923	AGTA	2	8	13163	13170	50 %	25 %	25 %	0 %	253750623
169	NC_012923	ATT	2	6	13304	13309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750623
170	NC_012923	CTTTC	2	10	13318	13327	0 %	60 %	0 %	40 %	253750623
171	NC_012923	CAA	2	6	13364	13369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750623
172	NC_012923	AT	5	10	13378	13387	50 %	50 %	0 %	0 %	253750623
173	NC_012923	A	7	7	13403	13409	100 %	0 %	0 %	0 %	253750623
174	NC_012923	TC	3	6	13438	13443	0 %	50 %	0 %	50 %	253750623
175	NC_012923	GAA	2	6	13447	13452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750623
176	NC_012923	A	7	7	13470	13476	100 %	0 %	0 %	0 %	253750623
177	NC_012923	ATG	2	6	13510	13515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750623
178	NC_012923	AAT	2	6	13557	13562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750623
179	NC_012923	GTT	2	6	13569	13574	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750623
180	NC_012923	GTA	2	6	13584	13589	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750623
181	NC_012923	TGAT	2	8	13633	13640	25 %	50 %	25 %	0 %	253750623
182	NC_012923	GGT	2	6	13665	13670	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253750623
183	NC_012923	A	6	6	13703	13708	100 %	0 %	0 %	0 %	253750623
184	NC_012923	AAC	2	6	13723	13728	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750623
185	NC_012923	A	6	6	13743	13748	100 %	0 %	0 %	0 %	253750623
186	NC_012923	ACT	2	6	13753	13758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750623
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189	NC_012923	TAG	2	6	13825	13830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750623
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192	NC_012923	AAT	2	6	14038	14043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750624
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196	NC_012923	TCAA	2	8	14203	14210	50 %	25 %	0 %	25 %	253750624
197	NC_012923	ATT	2	6	14211	14216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750624
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201	NC_012923	T	6	6	14382	14387	0 %	100 %	0 %	0 %	253750624
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213	NC_012923	T	6	6	14971	14976	0 %	100 %	0 %	0 %	253750625
214	NC_012923	TTGG	2	8	15030	15037	0 %	50 %	50 %	0 %	253750625
215	NC_012923	TGTC	2	8	15045	15052	0 %	50 %	25 %	25 %	253750625
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219	NC_012923	ATC	2	6	15233	15238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750625
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239	NC_012923	T	6	6	16260	16265	0 %	100 %	0 %	0 %	253750625
240	NC_012923	TGC	2	6	16314	16319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750625
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248	NC_012923	CTT	2	6	16800	16805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
249	NC_012923	AAT	2	6	16819	16824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750625
250	NC_012923	CAG	2	6	16851	16856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750625
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252	NC_012923	CTG	2	6	16903	16908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750625
253	NC_012923	TGGGC	2	10	16938	16947	0 %	20 %	60 %	20 %	253750625
254	NC_012923	T	6	6	16950	16955	0 %	100 %	0 %	0 %	253750625
255	NC_012923	GTC	2	6	16987	16992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750625
256	NC_012923	TTG	2	6	17043	17048	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750625
257	NC_012923	ATC	2	6	17147	17152	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750625
258	NC_012923	CACC	2	8	17193	17200	25 %	0 %	0 %	75 %	253750625
259	NC_012923	CAG	2	6	17224	17229	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750625
260	NC_012923	GTT	2	6	17254	17259	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750625
261	NC_012923	CCA	2	6	17274	17279	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253750625
262	NC_012923	TCT	2	6	17327	17332	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
263	NC_012923	GCT	2	6	17375	17380	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750625
264	NC_012923	TAA	2	6	17434	17439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750625
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266	NC_012923	CAG	2	6	17476	17481	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750625
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.