MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 plasmid pUSA01-HOU

Total Repeats: 60

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012417	ATA	2	6	8	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225631040
2	NC_012417	CTA	2	6	14	19	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225631040
3	NC_012417	ATA	2	6	41	46	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225631040
4	NC_012417	AAC	2	6	77	82	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	225631040
5	NC_012417	GA	3	6	90	95	50 %	0 %	50 %	0 %	225631040
6	NC_012417	TGA	2	6	201	206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225631040
7	NC_012417	GTTG	2	8	344	351	0 %	50 %	50 %	0 %	225631040
8	NC_012417	CAA	2	6	365	370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	225631040
9	NC_012417	A	6	6	369	374	100 %	0 %	0 %	0 %	225631040
10	NC_012417	CTAA	2	8	415	422	50 %	25 %	0 %	25 %	225631040
11	NC_012417	TTG	2	6	467	472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225631040
12	NC_012417	TAA	2	6	501	506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225631040
13	NC_012417	CATG	2	8	531	538	25 %	25 %	25 %	25 %	225631040
14	NC_012417	A	7	7	570	576	100 %	0 %	0 %	0 %	225631040
15	NC_012417	TA	3	6	583	588	50 %	50 %	0 %	0 %	225631040
16	NC_012417	AAG	2	6	593	598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225631040
17	NC_012417	ATC	2	6	735	740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225631040
18	NC_012417	T	6	6	744	749	0 %	100 %	0 %	0 %	225631040
19	NC_012417	TGA	4	12	753	764	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225631040
20	NC_012417	A	7	7	764	770	100 %	0 %	0 %	0 %	225631040
21	NC_012417	TGG	2	6	828	833	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	225631040
22	NC_012417	TGA	2	6	903	908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225631040
23	NC_012417	ACA	2	6	916	921	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	225631040
24	NC_012417	GAA	3	9	925	933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225631040
25	NC_012417	ATT	3	9	977	985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225631040
26	NC_012417	A	6	6	1360	1365	100 %	0 %	0 %	0 %	225631041
27	NC_012417	TTTG	2	8	1390	1397	0 %	75 %	25 %	0 %	225631041
28	NC_012417	AT	3	6	1408	1413	50 %	50 %	0 %	0 %	225631041
29	NC_012417	TA	3	6	1447	1452	50 %	50 %	0 %	0 %	225631041
30	NC_012417	TA	4	8	1679	1686	50 %	50 %	0 %	0 %	225631042
31	NC_012417	TATT	2	8	1722	1729	25 %	75 %	0 %	0 %	225631042
32	NC_012417	GTT	2	6	1732	1737	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225631042
33	NC_012417	AAT	2	6	1759	1764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225631042
34	NC_012417	TCT	2	6	1796	1801	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225631043
35	NC_012417	T	7	7	1815	1821	0 %	100 %	0 %	0 %	225631043
36	NC_012417	GTT	2	6	1834	1839	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225631043
37	NC_012417	GAT	2	6	1864	1869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225631043
38	NC_012417	GAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225631043
39	NC_012417	ATA	2	6	1910	1915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225631043
40	NC_012417	A	6	6	1915	1920	100 %	0 %	0 %	0 %	225631043
41	NC_012417	GAC	2	6	1923	1928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225631043
42	NC_012417	TAG	2	6	2140	2145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225631044
43	NC_012417	T	7	7	2189	2195	0 %	100 %	0 %	0 %	225631044
44	NC_012417	CTG	2	6	2236	2241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	225631044
45	NC_012417	CCA	2	6	2322	2327	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	225631044
46	NC_012417	T	6	6	2376	2381	0 %	100 %	0 %	0 %	225631044
47	NC_012417	CATATC	2	12	2404	2415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225631044
48	NC_012417	ATA	2	6	2469	2474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225631044
49	NC_012417	AT	3	6	2483	2488	50 %	50 %	0 %	0 %	225631044
50	NC_012417	TTTTG	2	10	2554	2563	0 %	80 %	20 %	0 %	225631044
51	NC_012417	CTT	2	6	2572	2577	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225631044
52	NC_012417	TAC	2	6	2627	2632	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225631044
53	NC_012417	TCTT	2	8	2638	2645	0 %	75 %	0 %	25 %	225631044
54	NC_012417	CATT	2	8	2668	2675	25 %	50 %	0 %	25 %	225631044
55	NC_012417	T	7	7	2758	2764	0 %	100 %	0 %	0 %	225631045
56	NC_012417	ATT	2	6	2773	2778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225631045
57	NC_012417	TTA	2	6	2779	2784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225631045
58	NC_012417	TATT	2	8	2856	2863	25 %	75 %	0 %	0 %	225631045
59	NC_012417	ATTT	2	8	2881	2888	25 %	75 %	0 %	0 %	225631045
60	NC_012417	AGA	2	6	2909	2914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225631045

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.