MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 plasmid pAQ4

Total Repeats: 415

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010478	ATT	2	6	7	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079483
2	NC_010478	TGC	2	6	66	71	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079483
3	NC_010478	ATTG	2	8	99	106	25 %	50 %	25 %	0 %	170079483
4	NC_010478	CGAAC	2	10	116	125	40 %	0 %	20 %	40 %	170079483
5	NC_010478	G	6	6	146	151	0 %	0 %	100 %	0 %	170079483
6	NC_010478	TGA	2	6	171	176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079483
7	NC_010478	TGAT	2	8	218	225	25 %	50 %	25 %	0 %	170079483
8	NC_010478	CAA	2	6	293	298	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079483
9	NC_010478	ATG	2	6	341	346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079483
10	NC_010478	C	6	6	385	390	0 %	0 %	0 %	100 %	170079483
11	NC_010478	AAGG	2	8	400	407	50 %	0 %	50 %	0 %	170079483
12	NC_010478	CCG	2	6	465	470	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079483
13	NC_010478	AGC	2	6	597	602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079483
14	NC_010478	CAT	2	6	614	619	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079484
15	NC_010478	AAAC	2	8	630	637	75 %	0 %	0 %	25 %	170079484
16	NC_010478	A	6	6	694	699	100 %	0 %	0 %	0 %	170079484
17	NC_010478	TG	3	6	711	716	0 %	50 %	50 %	0 %	170079484
18	NC_010478	GGC	2	6	745	750	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079484
19	NC_010478	GGAAT	2	10	762	771	40 %	20 %	40 %	0 %	170079484
20	NC_010478	TGG	2	6	1513	1518	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079485
21	NC_010478	ATTT	2	8	1537	1544	25 %	75 %	0 %	0 %	170079485
22	NC_010478	CAG	2	6	1578	1583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079485
23	NC_010478	ATT	2	6	1626	1631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079485
24	NC_010478	CTG	2	6	1645	1650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079485
25	NC_010478	CGG	2	6	1701	1706	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079485
26	NC_010478	GGC	2	6	1724	1729	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079485
27	NC_010478	GGA	2	6	1770	1775	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170079485
28	NC_010478	GCAC	2	8	1814	1821	25 %	0 %	25 %	50 %	170079485
29	NC_010478	TTGAT	2	10	1885	1894	20 %	60 %	20 %	0 %	170079485
30	NC_010478	A	6	6	2226	2231	100 %	0 %	0 %	0 %	170079486
31	NC_010478	AAGTCA	2	12	2242	2253	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170079486
32	NC_010478	AAAC	2	8	2259	2266	75 %	0 %	0 %	25 %	170079486
33	NC_010478	TGA	2	6	2291	2296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079486
34	NC_010478	CAG	2	6	2370	2375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079486
35	NC_010478	CGA	2	6	2467	2472	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079486
36	NC_010478	GTG	2	6	2506	2511	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079486
37	NC_010478	GAC	2	6	2588	2593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079486
38	NC_010478	CTT	2	6	2877	2882	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079486
39	NC_010478	GAC	2	6	2925	2930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079486
40	NC_010478	CTG	2	6	3104	3109	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079486
41	NC_010478	CCA	2	6	3170	3175	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079486
42	NC_010478	GGC	2	6	3233	3238	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079486
43	NC_010478	GCA	2	6	3767	3772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079487
44	NC_010478	GTA	2	6	3785	3790	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079487
45	NC_010478	TGA	2	6	3804	3809	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079487
46	NC_010478	CGC	2	6	3913	3918	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079487
47	NC_010478	GGT	2	6	3944	3949	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079487
48	NC_010478	CAA	2	6	3961	3966	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079487
49	NC_010478	CGC	2	6	4099	4104	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079487
50	NC_010478	ACT	2	6	4121	4126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079487
51	NC_010478	GTTG	2	8	4192	4199	0 %	50 %	50 %	0 %	170079487
52	NC_010478	GTG	2	6	4219	4224	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079487
53	NC_010478	AGC	2	6	4237	4242	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079487
54	NC_010478	TGCAG	2	10	4357	4366	20 %	20 %	40 %	20 %	170079488
55	NC_010478	CGCCA	2	10	4571	4580	20 %	0 %	20 %	60 %	170079488
56	NC_010478	T	6	6	4588	4593	0 %	100 %	0 %	0 %	170079488
57	NC_010478	GCG	2	6	4630	4635	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079488
58	NC_010478	CTT	2	6	4639	4644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079488
59	NC_010478	CGC	2	6	4667	4672	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079488
60	NC_010478	CAT	2	6	4797	4802	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079489
61	NC_010478	G	6	6	4858	4863	0 %	0 %	100 %	0 %	170079489
62	NC_010478	CCA	2	6	4878	4883	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079489
63	NC_010478	CA	3	6	4906	4911	50 %	0 %	0 %	50 %	170079489
64	NC_010478	ATC	2	6	4926	4931	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079489
65	NC_010478	AC	3	6	5058	5063	50 %	0 %	0 %	50 %	170079489
66	NC_010478	ATG	2	6	5065	5070	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079489
67	NC_010478	GT	3	6	5084	5089	0 %	50 %	50 %	0 %	170079489
68	NC_010478	GGC	2	6	5157	5162	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079489
69	NC_010478	TGA	2	6	5291	5296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079489
70	NC_010478	TCAA	2	8	5305	5312	50 %	25 %	0 %	25 %	170079489
71	NC_010478	GTA	2	6	5445	5450	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079490
72	NC_010478	TCT	2	6	5539	5544	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079490
73	NC_010478	AAGT	2	8	5554	5561	50 %	25 %	25 %	0 %	170079490
74	NC_010478	CAC	2	6	5583	5588	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079490
75	NC_010478	TGG	2	6	5682	5687	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079490
76	NC_010478	CTT	2	6	5717	5722	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079490
77	NC_010478	GCA	2	6	5755	5760	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079490
78	NC_010478	GCC	3	9	5779	5787	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079490
79	NC_010478	CAG	2	6	5810	5815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079490
80	NC_010478	TTC	2	6	5829	5834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079490
81	NC_010478	A	7	7	5859	5865	100 %	0 %	0 %	0 %	170079490
82	NC_010478	CCT	2	6	5875	5880	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170079490
83	NC_010478	GTA	2	6	5892	5897	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079490
84	NC_010478	AGT	2	6	5909	5914	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079490
85	NC_010478	GTG	2	6	5977	5982	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079490
86	NC_010478	GAT	2	6	6023	6028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079490
87	NC_010478	CAT	2	6	6039	6044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079490
88	NC_010478	C	7	7	6129	6135	0 %	0 %	0 %	100 %	170079490
89	NC_010478	TCA	2	6	6152	6157	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079490
90	NC_010478	ATT	2	6	6221	6226	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079491
91	NC_010478	CGA	2	6	6311	6316	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079491
92	NC_010478	TTG	2	6	6334	6339	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079491
93	NC_010478	CAG	3	9	6344	6352	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079491
94	NC_010478	CA	3	6	6477	6482	50 %	0 %	0 %	50 %	170079491
95	NC_010478	AAT	3	9	6543	6551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079491
96	NC_010478	TAA	2	6	6578	6583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079491
97	NC_010478	C	6	6	6598	6603	0 %	0 %	0 %	100 %	170079491
98	NC_010478	A	6	6	6609	6614	100 %	0 %	0 %	0 %	170079491
99	NC_010478	CCG	2	6	6685	6690	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079491
100	NC_010478	ACCGC	2	10	6782	6791	20 %	0 %	20 %	60 %	170079492
101	NC_010478	GAC	2	6	7016	7021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079492
102	NC_010478	TCG	2	6	7056	7061	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079492
103	NC_010478	TCG	2	6	7077	7082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079492
104	NC_010478	CACC	2	8	7126	7133	25 %	0 %	0 %	75 %	170079492
105	NC_010478	GCT	2	6	7210	7215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079492
106	NC_010478	ACT	2	6	7301	7306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079492
107	NC_010478	ACG	2	6	7338	7343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079492
108	NC_010478	TAA	2	6	7358	7363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079492
109	NC_010478	A	6	6	7391	7396	100 %	0 %	0 %	0 %	170079492
110	NC_010478	CGT	2	6	7430	7435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079492
111	NC_010478	AGT	2	6	7447	7452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079492
112	NC_010478	GCA	2	6	7514	7519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079492
113	NC_010478	TCA	2	6	7551	7556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079492
114	NC_010478	ATCA	2	8	7559	7566	50 %	25 %	0 %	25 %	170079492
115	NC_010478	TC	3	6	7588	7593	0 %	50 %	0 %	50 %	170079492
116	NC_010478	AGT	2	6	7694	7699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079492
117	NC_010478	CTG	2	6	8463	8468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079493
118	NC_010478	CTT	2	6	8470	8475	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079493
119	NC_010478	ATT	2	6	8522	8527	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079493
120	NC_010478	TCTT	2	8	8548	8555	0 %	75 %	0 %	25 %	170079493
121	NC_010478	GTT	2	6	8558	8563	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079493
122	NC_010478	TTC	2	6	8755	8760	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079494
123	NC_010478	ATAG	2	8	8950	8957	50 %	25 %	25 %	0 %	170079494
124	NC_010478	GCTTG	2	10	9007	9016	0 %	40 %	40 %	20 %	170079494
125	NC_010478	TTGA	2	8	9040	9047	25 %	50 %	25 %	0 %	170079494
126	NC_010478	TAG	2	6	9112	9117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079494
127	NC_010478	CTGGG	2	10	9124	9133	0 %	20 %	60 %	20 %	170079494
128	NC_010478	TGA	2	6	9213	9218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079494
129	NC_010478	AAT	2	6	9265	9270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079495
130	NC_010478	GCA	2	6	9289	9294	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079495
131	NC_010478	CTT	2	6	9320	9325	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079495
132	NC_010478	CGTCTC	3	18	9326	9343	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	170079495
133	NC_010478	GA	4	8	9395	9402	50 %	0 %	50 %	0 %	170079495
134	NC_010478	CAGT	2	8	9416	9423	25 %	25 %	25 %	25 %	170079495
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392	NC_010478	GGTA	2	8	30058	30065	25 %	25 %	50 %	0 %	170079511
393	NC_010478	T	6	6	30069	30074	0 %	100 %	0 %	0 %	170079511
394	NC_010478	CTT	2	6	30082	30087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079511
395	NC_010478	TAGG	2	8	30158	30165	25 %	25 %	50 %	0 %	170079511
396	NC_010478	AAT	2	6	30434	30439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079512
397	NC_010478	CAT	2	6	30449	30454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079512
398	NC_010478	GT	3	6	30549	30554	0 %	50 %	50 %	0 %	170079512
399	NC_010478	GAC	2	6	30618	30623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079512
400	NC_010478	TGC	2	6	30650	30655	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079512
401	NC_010478	ATT	2	6	30657	30662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079512
402	NC_010478	CTG	2	6	30673	30678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079512
403	NC_010478	ATC	2	6	30792	30797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079512
404	NC_010478	CATGGC	2	12	30903	30914	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170079512
405	NC_010478	TGA	2	6	30932	30937	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079512
406	NC_010478	TC	3	6	30939	30944	0 %	50 %	0 %	50 %	170079512
407	NC_010478	GGA	2	6	30974	30979	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170079512
408	NC_010478	AT	3	6	31000	31005	50 %	50 %	0 %	0 %	170079512
409	NC_010478	TGGCA	2	10	31010	31019	20 %	20 %	40 %	20 %	170079512
410	NC_010478	ATC	2	6	31107	31112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079512
411	NC_010478	CGC	2	6	31143	31148	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079512
412	NC_010478	AGT	2	6	31242	31247	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079512
413	NC_010478	TCGGT	2	10	31265	31274	0 %	40 %	40 %	20 %	170079512
414	NC_010478	TGA	2	6	31280	31285	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079512
415	NC_010478	TGC	2	6	31292	31297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079512

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.