MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 chromosome

Total Repeats: 54239

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010079	TAT	2	6	668	673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508267
2	NC_010079	CAA	2	6	706	711	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508267
3	NC_010079	TGT	2	6	744	749	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508267
4	NC_010079	TAC	2	6	777	782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508267
5	NC_010079	GAA	2	6	784	789	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
6	NC_010079	TAA	2	6	804	809	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508267
7	NC_010079	ACA	2	6	832	837	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508267
8	NC_010079	AAC	2	6	852	857	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508267
9	NC_010079	AG	3	6	880	885	50 %	0 %	50 %	0 %	161508267
10	NC_010079	ATT	2	6	996	1001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508267
11	NC_010079	ATGC	2	8	1039	1046	25 %	25 %	25 %	25 %	161508267
12	NC_010079	TCA	2	6	1053	1058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508267
13	NC_010079	ATA	2	6	1067	1072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508267
14	NC_010079	TTA	2	6	1124	1129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508267
15	NC_010079	TTA	2	6	1189	1194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508267
16	NC_010079	GAT	2	6	1198	1203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508267
17	NC_010079	AAG	2	6	1235	1240	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
18	NC_010079	ACC	2	6	1305	1310	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161508267
19	NC_010079	AGA	2	6	1329	1334	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
20	NC_010079	TTG	2	6	1367	1372	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508267
21	NC_010079	CCA	2	6	1381	1386	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161508267
22	NC_010079	AGA	2	6	1415	1420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
23	NC_010079	GAA	3	9	1426	1434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
24	NC_010079	CCA	2	6	1447	1452	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161508267
25	NC_010079	TA	3	6	1465	1470	50 %	50 %	0 %	0 %	161508267
26	NC_010079	CAAAT	2	10	1472	1481	60 %	20 %	0 %	20 %	161508267
27	NC_010079	ATT	2	6	1539	1544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508267
28	NC_010079	CTG	2	6	1571	1576	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161508267
29	NC_010079	A	6	6	1637	1642	100 %	0 %	0 %	0 %	161508267
30	NC_010079	A	7	7	1686	1692	100 %	0 %	0 %	0 %	161508267
31	NC_010079	AG	3	6	1741	1746	50 %	0 %	50 %	0 %	161508267
32	NC_010079	GAA	2	6	1777	1782	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
33	NC_010079	TGG	2	6	1785	1790	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508267
34	NC_010079	TCAT	2	8	1808	1815	25 %	50 %	0 %	25 %	161508267
35	NC_010079	A	6	6	1823	1828	100 %	0 %	0 %	0 %	161508267
36	NC_010079	AGA	2	6	1845	1850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
37	NC_010079	AAG	2	6	1865	1870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508267
38	NC_010079	TAAT	2	8	2177	2184	50 %	50 %	0 %	0 %	161508268
39	NC_010079	ATT	2	6	2208	2213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
40	NC_010079	TTA	2	6	2214	2219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
41	NC_010079	AAC	2	6	2257	2262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508268
42	NC_010079	AGT	2	6	2407	2412	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508268
43	NC_010079	TTG	2	6	2430	2435	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508268
44	NC_010079	A	7	7	2443	2449	100 %	0 %	0 %	0 %	161508268
45	NC_010079	ATTA	2	8	2497	2504	50 %	50 %	0 %	0 %	161508268
46	NC_010079	AATTT	2	10	2520	2529	40 %	60 %	0 %	0 %	161508268
47	NC_010079	TTA	2	6	2558	2563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
48	NC_010079	CAATT	2	10	2586	2595	40 %	40 %	0 %	20 %	161508268
49	NC_010079	CAAA	2	8	2627	2634	75 %	0 %	0 %	25 %	161508268
50	NC_010079	GACT	2	8	2719	2726	25 %	25 %	25 %	25 %	161508268
51	NC_010079	AGA	2	6	2758	2763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508268
52	NC_010079	TCA	2	6	2784	2789	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508268
53	NC_010079	TAAA	2	8	2814	2821	75 %	25 %	0 %	0 %	161508268
54	NC_010079	GAA	2	6	2837	2842	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508268
55	NC_010079	TCT	2	6	2853	2858	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161508268
56	NC_010079	TTTA	2	8	2875	2882	25 %	75 %	0 %	0 %	161508268
57	NC_010079	ATT	2	6	2911	2916	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
58	NC_010079	ACA	2	6	2936	2941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508268
59	NC_010079	AAATT	2	10	2964	2973	60 %	40 %	0 %	0 %	161508268
60	NC_010079	TTA	2	6	3020	3025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
61	NC_010079	GGT	2	6	3035	3040	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508268
62	NC_010079	TTA	2	6	3048	3053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508268
63	NC_010079	TGA	2	6	3067	3072	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508268
64	NC_010079	GTT	2	6	3074	3079	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508268
65	NC_010079	TCT	2	6	3086	3091	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161508268
66	NC_010079	AGA	2	6	3118	3123	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508268
67	NC_010079	GGT	2	6	3146	3151	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508268
68	NC_010079	TTCA	2	8	3163	3170	25 %	50 %	0 %	25 %	161508268
69	NC_010079	AT	3	6	3178	3183	50 %	50 %	0 %	0 %	161508268
70	NC_010079	GATG	2	8	3184	3191	25 %	25 %	50 %	0 %	161508268
71	NC_010079	ATG	2	6	3210	3215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508268
72	NC_010079	GTTGAA	2	12	3218	3229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508268
73	NC_010079	TTC	2	6	3230	3235	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161508268
74	NC_010079	GAC	2	6	3272	3277	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161508268
75	NC_010079	AATT	2	8	3288	3295	50 %	50 %	0 %	0 %	161508268
76	NC_010079	ATT	2	6	3700	3705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508269
77	NC_010079	AAG	2	6	3713	3718	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508269
78	NC_010079	GTA	2	6	3721	3726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508269
79	NC_010079	ATT	2	6	3769	3774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508269
80	NC_010079	TGG	2	6	3780	3785	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508269
81	NC_010079	ATTA	2	8	3819	3826	50 %	50 %	0 %	0 %	161508269
82	NC_010079	TTCT	2	8	3909	3916	0 %	75 %	0 %	25 %	161508269
83	NC_010079	TCAT	2	8	3920	3927	25 %	50 %	0 %	25 %	161508269
84	NC_010079	ATG	2	6	3979	3984	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508270
85	NC_010079	A	6	6	4203	4208	100 %	0 %	0 %	0 %	161508270
86	NC_010079	GTC	2	6	4243	4248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161508270
87	NC_010079	AT	3	6	4256	4261	50 %	50 %	0 %	0 %	161508270
88	NC_010079	AGA	2	6	4292	4297	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508270
89	NC_010079	CTC	2	6	4318	4323	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161508270
90	NC_010079	GAC	2	6	4330	4335	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161508270
91	NC_010079	CTG	2	6	4366	4371	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161508270
92	NC_010079	AAT	2	6	4419	4424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508270
93	NC_010079	A	7	7	4450	4456	100 %	0 %	0 %	0 %	161508270
94	NC_010079	CAG	2	6	4485	4490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161508270
95	NC_010079	AAG	2	6	4591	4596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508270
96	NC_010079	ATT	2	6	4609	4614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508270
97	NC_010079	GAA	2	6	4662	4667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508270
98	NC_010079	ATA	2	6	4687	4692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508270
99	NC_010079	GAT	2	6	4740	4745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508270
100	NC_010079	TTA	3	9	4875	4883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508270
101	NC_010079	GAT	2	6	4905	4910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508270
102	NC_010079	TTA	2	6	4926	4931	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508270
103	NC_010079	ACA	2	6	5086	5091	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161508271
104	NC_010079	GTAT	2	8	5158	5165	25 %	50 %	25 %	0 %	161508271
105	NC_010079	AG	4	8	5180	5187	50 %	0 %	50 %	0 %	161508271
106	NC_010079	ATA	2	6	5218	5223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161508271
107	NC_010079	CAAAT	2	10	5251	5260	60 %	20 %	0 %	20 %	161508271
108	NC_010079	GTT	2	6	5265	5270	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161508271
109	NC_010079	A	6	6	5335	5340	100 %	0 %	0 %	0 %	161508271
110	NC_010079	TGG	2	6	5384	5389	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508271
111	NC_010079	TGGCGG	2	12	5396	5407	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	161508271
112	NC_010079	TGG	2	6	5420	5425	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508271
113	NC_010079	TCA	2	6	5442	5447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508271
114	NC_010079	TA	3	6	5501	5506	50 %	50 %	0 %	0 %	161508271
115	NC_010079	TCA	2	6	5507	5512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508271
116	NC_010079	A	6	6	5520	5525	100 %	0 %	0 %	0 %	161508271
117	NC_010079	AAG	2	6	5548	5553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508271
118	NC_010079	CAG	2	6	5646	5651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161508271
119	NC_010079	AG	3	6	5658	5663	50 %	0 %	50 %	0 %	161508271
120	NC_010079	TGA	2	6	5711	5716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508271
121	NC_010079	AGA	2	6	5729	5734	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508271
122	NC_010079	ATG	2	6	5803	5808	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508271
123	NC_010079	TCA	2	6	5822	5827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508271
124	NC_010079	GAT	2	6	5835	5840	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161508271
125	NC_010079	GGT	2	6	5925	5930	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508271
126	NC_010079	AGA	2	6	6005	6010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508271
127	NC_010079	TATC	2	8	6061	6068	25 %	50 %	0 %	25 %	161508271
128	NC_010079	ATT	2	6	6146	6151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508271
129	NC_010079	TAT	2	6	6218	6223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508271
130	NC_010079	GGC	2	6	6224	6229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	161508271
131	NC_010079	TGC	2	6	6242	6247	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161508271
132	NC_010079	A	6	6	6249	6254	100 %	0 %	0 %	0 %	161508271
133	NC_010079	CGT	2	6	6270	6275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161508271
134	NC_010079	GAA	2	6	6339	6344	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508271
135	NC_010079	G	6	6	6378	6383	0 %	0 %	100 %	0 %	161508271
136	NC_010079	TAGA	2	8	6466	6473	50 %	25 %	25 %	0 %	161508271
137	NC_010079	TGGA	2	8	6592	6599	25 %	25 %	50 %	0 %	161508271
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249	NC_010079	CT	3	6	11333	11338	0 %	50 %	0 %	50 %	161508274
250	NC_010079	TAGCAT	2	12	11374	11385	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	161508274
251	NC_010079	GAA	2	6	11418	11423	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508274
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254	NC_010079	AGA	2	6	11552	11557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508274
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257	NC_010079	ACG	2	6	11715	11720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161508274
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259	NC_010079	AATG	2	8	11831	11838	50 %	25 %	25 %	0 %	161508274
260	NC_010079	GGT	2	6	11895	11900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	161508274
261	NC_010079	ATC	2	6	11935	11940	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161508274
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265	NC_010079	AAG	2	6	12160	12165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161508274
266	NC_010079	GCT	2	6	12189	12194	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161508274
267	NC_010079	ATT	2	6	12210	12215	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161508274
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271	NC_010079	CAAT	2	8	12402	12409	50 %	25 %	0 %	25 %	161508274
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