MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 plasmid pUSA300HOUMR

Total Repeats: 409

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010063	AAAG	2	8	267	274	75 %	0 %	25 %	0 %	161510925
2	NC_010063	CTAA	2	8	324	331	50 %	25 %	0 %	25 %	161510925
3	NC_010063	TGA	2	6	398	403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510925
4	NC_010063	A	6	6	462	467	100 %	0 %	0 %	0 %	161510925
5	NC_010063	A	7	7	485	491	100 %	0 %	0 %	0 %	161510925
6	NC_010063	ACG	2	6	524	529	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510925
7	NC_010063	TAAA	2	8	535	542	75 %	25 %	0 %	0 %	161510925
8	NC_010063	AGA	2	6	605	610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510925
9	NC_010063	GAAG	2	8	635	642	50 %	0 %	50 %	0 %	161510925
10	NC_010063	AAT	2	6	771	776	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510925
11	NC_010063	ATGA	2	8	780	787	50 %	25 %	25 %	0 %	161510925
12	NC_010063	TGA	2	6	860	865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510925
13	NC_010063	AAC	2	6	895	900	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510925
14	NC_010063	ATT	2	6	907	912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510925
15	NC_010063	A	7	7	968	974	100 %	0 %	0 %	0 %	161510925
16	NC_010063	CTT	2	6	1039	1044	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510925
17	NC_010063	A	6	6	1056	1061	100 %	0 %	0 %	0 %	161510925
18	NC_010063	GAA	2	6	1149	1154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510925
19	NC_010063	AATAT	2	10	1192	1201	60 %	40 %	0 %	0 %	161510925
20	NC_010063	AAT	2	6	1210	1215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510925
21	NC_010063	TA	3	6	2182	2187	50 %	50 %	0 %	0 %	161510926
22	NC_010063	T	6	6	2200	2205	0 %	100 %	0 %	0 %	161510926
23	NC_010063	ATAA	2	8	2212	2219	75 %	25 %	0 %	0 %	161510926
24	NC_010063	CCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	161510927
25	NC_010063	AGT	2	6	2479	2484	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510927
26	NC_010063	TAC	2	6	2509	2514	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510927
27	NC_010063	TAA	2	6	2608	2613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510927
28	NC_010063	CTT	2	6	2643	2648	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
29	NC_010063	T	6	6	2647	2652	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
30	NC_010063	T	7	7	2671	2677	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
31	NC_010063	AT	3	6	2690	2695	50 %	50 %	0 %	0 %	161510927
32	NC_010063	T	6	6	2722	2727	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
33	NC_010063	TTA	2	6	2742	2747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510927
34	NC_010063	TCT	2	6	2814	2819	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
35	NC_010063	T	7	7	2827	2833	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
36	NC_010063	CTT	2	6	2839	2844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
37	NC_010063	T	6	6	2843	2848	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
38	NC_010063	TTTC	2	8	2911	2918	0 %	75 %	0 %	25 %	161510927
39	NC_010063	T	6	6	2986	2991	0 %	100 %	0 %	0 %	161510927
40	NC_010063	TTC	2	6	2993	2998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510927
41	NC_010063	ATT	2	6	3051	3056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510927
42	NC_010063	AAT	2	6	3060	3065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510927
43	NC_010063	ATGA	2	8	3189	3196	50 %	25 %	25 %	0 %	161510928
44	NC_010063	AT	3	6	3209	3214	50 %	50 %	0 %	0 %	161510928
45	NC_010063	T	6	6	3270	3275	0 %	100 %	0 %	0 %	161510928
46	NC_010063	TGA	2	6	3287	3292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510928
47	NC_010063	T	7	7	3307	3313	0 %	100 %	0 %	0 %	161510928
48	NC_010063	AAAG	2	8	3373	3380	75 %	0 %	25 %	0 %	161510928
49	NC_010063	GTA	2	6	3901	3906	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510929
50	NC_010063	AATT	2	8	3922	3929	50 %	50 %	0 %	0 %	161510929
51	NC_010063	A	7	7	3977	3983	100 %	0 %	0 %	0 %	161510929
52	NC_010063	CGA	2	6	3985	3990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510929
53	NC_010063	TAT	2	6	4495	4500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
54	NC_010063	GTT	2	6	4511	4516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510930
55	NC_010063	GCT	3	9	4517	4525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	161510930
56	NC_010063	CAG	2	6	4542	4547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510930
57	NC_010063	TTA	2	6	4553	4558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
58	NC_010063	TTA	2	6	4565	4570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
59	NC_010063	T	6	6	4574	4579	0 %	100 %	0 %	0 %	161510930
60	NC_010063	TAT	2	6	4639	4644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
61	NC_010063	TTAG	2	8	4652	4659	25 %	50 %	25 %	0 %	161510930
62	NC_010063	ATG	2	6	4758	4763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510930
63	NC_010063	AG	3	6	4779	4784	50 %	0 %	50 %	0 %	161510930
64	NC_010063	A	6	6	4787	4792	100 %	0 %	0 %	0 %	161510930
65	NC_010063	TGAA	2	8	4797	4804	50 %	25 %	25 %	0 %	161510930
66	NC_010063	ATA	2	6	4866	4871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510930
67	NC_010063	TTAC	2	8	4919	4926	25 %	50 %	0 %	25 %	161510930
68	NC_010063	TAATTT	2	12	4941	4952	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
69	NC_010063	TCT	2	6	4953	4958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510930
70	NC_010063	TTG	2	6	5007	5012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510930
71	NC_010063	TAT	2	6	5038	5043	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
72	NC_010063	TA	3	6	5045	5050	50 %	50 %	0 %	0 %	161510930
73	NC_010063	TTTA	2	8	5059	5066	25 %	75 %	0 %	0 %	161510930
74	NC_010063	TTA	3	9	5064	5072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510930
75	NC_010063	TGTGA	2	10	5153	5162	20 %	40 %	40 %	0 %	161510931
76	NC_010063	T	6	6	5200	5205	0 %	100 %	0 %	0 %	161510931
77	NC_010063	AGA	2	6	5206	5211	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
78	NC_010063	A	6	6	5244	5249	100 %	0 %	0 %	0 %	161510931
79	NC_010063	TGA	2	6	5254	5259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510931
80	NC_010063	GAA	2	6	5260	5265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
81	NC_010063	AGA	2	6	5293	5298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510931
82	NC_010063	TG	3	6	5304	5309	0 %	50 %	50 %	0 %	161510931
83	NC_010063	CAT	2	6	5357	5362	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510931
84	NC_010063	TA	3	6	5373	5378	50 %	50 %	0 %	0 %	161510931
85	NC_010063	ATT	2	6	5421	5426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510931
86	NC_010063	TTA	2	6	5427	5432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510931
87	NC_010063	AG	3	6	5447	5452	50 %	0 %	50 %	0 %	161510931
88	NC_010063	ATT	2	6	6992	6997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510932
89	NC_010063	TTA	2	6	7042	7047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510932
90	NC_010063	CAG	2	6	7067	7072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510932
91	NC_010063	CAA	2	6	7154	7159	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510932
92	NC_010063	TAA	2	6	7196	7201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510932
93	NC_010063	AGA	2	6	7225	7230	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510932
94	NC_010063	TAA	2	6	7238	7243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510932
95	NC_010063	AGAAA	2	10	7281	7290	80 %	0 %	20 %	0 %	161510932
96	NC_010063	TAA	2	6	7302	7307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510932
97	NC_010063	GAA	2	6	7333	7338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510932
98	NC_010063	ATAA	2	8	7369	7376	75 %	25 %	0 %	0 %	161510932
99	NC_010063	CAT	2	6	8049	8054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510933
100	NC_010063	TTAA	2	8	8123	8130	50 %	50 %	0 %	0 %	161510933
101	NC_010063	TAT	2	6	8145	8150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510933
102	NC_010063	ATTTTT	2	12	8173	8184	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	161510933
103	NC_010063	T	8	8	8180	8187	0 %	100 %	0 %	0 %	161510933
104	NC_010063	TTTA	2	8	8212	8219	25 %	75 %	0 %	0 %	161510933
105	NC_010063	AGC	2	6	8233	8238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510933
106	NC_010063	T	6	6	8254	8259	0 %	100 %	0 %	0 %	161510933
107	NC_010063	TAATT	2	10	8276	8285	40 %	60 %	0 %	0 %	161510933
108	NC_010063	GTT	2	6	8337	8342	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510933
109	NC_010063	T	6	6	8347	8352	0 %	100 %	0 %	0 %	161510933
110	NC_010063	TAT	2	6	8391	8396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510933
111	NC_010063	ATC	2	6	8485	8490	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510933
112	NC_010063	T	6	6	8506	8511	0 %	100 %	0 %	0 %	161510933
113	NC_010063	TTA	2	6	8519	8524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510933
114	NC_010063	T	8	8	8662	8669	0 %	100 %	0 %	0 %	161510933
115	NC_010063	CAATTA	2	12	8730	8741	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	161510933
116	NC_010063	TAA	2	6	8880	8885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
117	NC_010063	GTA	2	6	8891	8896	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510934
118	NC_010063	T	6	6	8927	8932	0 %	100 %	0 %	0 %	161510934
119	NC_010063	TGCT	2	8	8994	9001	0 %	50 %	25 %	25 %	161510934
120	NC_010063	TAA	2	6	9046	9051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
121	NC_010063	AAT	2	6	9056	9061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
122	NC_010063	AAGT	2	8	9079	9086	50 %	25 %	25 %	0 %	161510934
123	NC_010063	CATAA	2	10	9101	9110	60 %	20 %	0 %	20 %	161510934
124	NC_010063	ACC	2	6	9113	9118	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	161510934
125	NC_010063	ATA	2	6	9174	9179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
126	NC_010063	TTA	2	6	9207	9212	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
127	NC_010063	TTA	2	6	9239	9244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
128	NC_010063	A	7	7	9291	9297	100 %	0 %	0 %	0 %	161510934
129	NC_010063	GATAC	2	10	9305	9314	40 %	20 %	20 %	20 %	161510934
130	NC_010063	A	8	8	9332	9339	100 %	0 %	0 %	0 %	161510934
131	NC_010063	AT	3	6	9397	9402	50 %	50 %	0 %	0 %	161510934
132	NC_010063	AT	3	6	9454	9459	50 %	50 %	0 %	0 %	161510934
133	NC_010063	TCT	2	6	9522	9527	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510934
134	NC_010063	TAT	3	9	9529	9537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
135	NC_010063	AAAG	2	8	9567	9574	75 %	0 %	25 %	0 %	161510934
136	NC_010063	TAA	2	6	9616	9621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
137	NC_010063	TAT	2	6	9658	9663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510934
138	NC_010063	CAA	2	6	9691	9696	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	161510934
139	NC_010063	AT	3	6	9699	9704	50 %	50 %	0 %	0 %	161510934
140	NC_010063	CATT	2	8	9710	9717	25 %	50 %	0 %	25 %	161510934
141	NC_010063	A	6	6	9725	9730	100 %	0 %	0 %	0 %	161510934
142	NC_010063	ATTA	2	8	9748	9755	50 %	50 %	0 %	0 %	161510934
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144	NC_010063	AATT	2	8	9789	9796	50 %	50 %	0 %	0 %	161510934
145	NC_010063	T	7	7	9820	9826	0 %	100 %	0 %	0 %	161510934
146	NC_010063	ATTATA	2	12	9873	9884	50 %	50 %	0 %	0 %	161510934
147	NC_010063	GAA	2	6	9970	9975	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510934
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151	NC_010063	AATTA	2	10	10245	10254	60 %	40 %	0 %	0 %	161510934
152	NC_010063	TGGA	2	8	10289	10296	25 %	25 %	50 %	0 %	161510934
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161	NC_010063	TAA	2	6	10575	10580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510934
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168	NC_010063	ATTT	2	8	10809	10816	25 %	75 %	0 %	0 %	161510935
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172	NC_010063	GAA	2	6	10929	10934	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510935
173	NC_010063	GAA	2	6	10953	10958	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510935
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265	NC_010063	TAT	2	6	17820	17825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510942
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269	NC_010063	TAA	2	6	17930	17935	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510942
270	NC_010063	AAG	2	6	17936	17941	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161510942
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273	NC_010063	AT	3	6	17995	18000	50 %	50 %	0 %	0 %	161510942
274	NC_010063	TAA	2	6	18014	18019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510942
275	NC_010063	CCT	2	6	18053	18058	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	161510943
276	NC_010063	TCT	2	6	18089	18094	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510943
277	NC_010063	TAA	2	6	18133	18138	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510943
278	NC_010063	TTG	2	6	18151	18156	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510943
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290	NC_010063	AAT	2	6	18497	18502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510943
291	NC_010063	AAT	2	6	18558	18563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510943
292	NC_010063	CTA	2	6	18597	18602	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510943
293	NC_010063	CTT	2	6	18612	18617	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510943
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304	NC_010063	TCTT	2	8	20538	20545	0 %	75 %	0 %	25 %	161510944
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398	NC_010063	TTG	2	6	26516	26521	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	161510950
399	NC_010063	GAC	2	6	26528	26533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	161510950
400	NC_010063	ATT	2	6	26553	26558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510950
401	NC_010063	CTA	2	6	26588	26593	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510950
402	NC_010063	T	8	8	26637	26644	0 %	100 %	0 %	0 %	161510950
403	NC_010063	AGT	2	6	26655	26660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	161510950
404	NC_010063	T	6	6	26708	26713	0 %	100 %	0 %	0 %	161510950
405	NC_010063	TCT	2	6	26725	26730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510950
406	NC_010063	TAA	2	6	26732	26737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	161510950
407	NC_010063	ATT	2	6	26784	26789	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	161510950
408	NC_010063	TTC	2	6	26817	26822	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	161510950
409	NC_010063	ATC	2	6	26847	26852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161510950

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.