MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella dysenteriae Sd197 plasmid pSD197_spA

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009344	CAA	2	6	862	867	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294017
2	NC_009344	GCAC	2	8	906	913	25 %	0 %	25 %	50 %	145294017
3	NC_009344	ATTT	2	8	967	974	25 %	75 %	0 %	0 %	145294017
4	NC_009344	AATT	2	8	988	995	50 %	50 %	0 %	0 %	145294017
5	NC_009344	AGA	2	6	1058	1063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294017
6	NC_009344	AT	3	6	1091	1096	50 %	50 %	0 %	0 %	145294017
7	NC_009344	A	7	7	1118	1124	100 %	0 %	0 %	0 %	145294017
8	NC_009344	AAAT	2	8	1163	1170	75 %	25 %	0 %	0 %	145294017
9	NC_009344	AT	3	6	1182	1187	50 %	50 %	0 %	0 %	145294017
10	NC_009344	A	7	7	1279	1285	100 %	0 %	0 %	0 %	145294017
11	NC_009344	GTC	2	6	1384	1389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294017
12	NC_009344	CTG	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294017
13	NC_009344	AC	3	6	1396	1401	50 %	0 %	0 %	50 %	145294017
14	NC_009344	A	7	7	1469	1475	100 %	0 %	0 %	0 %	145294017
15	NC_009344	ACA	2	6	1530	1535	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294017
16	NC_009344	ATG	2	6	1540	1545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294017
17	NC_009344	CCT	2	6	2098	2103	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294018
18	NC_009344	G	7	7	2118	2124	0 %	0 %	100 %	0 %	145294018
19	NC_009344	A	6	6	2324	2329	100 %	0 %	0 %	0 %	145294018
20	NC_009344	GCTG	2	8	2436	2443	0 %	25 %	50 %	25 %	145294019
21	NC_009344	GTT	2	6	2474	2479	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294019
22	NC_009344	CTG	2	6	2531	2536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294019
23	NC_009344	GTG	2	6	2549	2554	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294019
24	NC_009344	TGGC	2	8	2569	2576	0 %	25 %	50 %	25 %	145294019
25	NC_009344	GCA	2	6	2665	2670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294019
26	NC_009344	TTA	2	6	2976	2981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
27	NC_009344	TAA	2	6	3003	3008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294020
28	NC_009344	ATT	2	6	3015	3020	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
29	NC_009344	TCT	2	6	3061	3066	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294020
30	NC_009344	ATT	2	6	3076	3081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
31	NC_009344	T	6	6	3080	3085	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
32	NC_009344	ATT	2	6	3090	3095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
33	NC_009344	T	6	6	3110	3115	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
34	NC_009344	T	7	7	3138	3144	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
35	NC_009344	ACA	2	6	3145	3150	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294020
36	NC_009344	AAT	2	6	3168	3173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294020
37	NC_009344	TAG	2	6	3197	3202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294020
38	NC_009344	CTT	2	6	3230	3235	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294020
39	NC_009344	TAC	2	6	3239	3244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294020
40	NC_009344	ATA	2	6	3261	3266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294020
41	NC_009344	GGAA	2	8	3267	3274	50 %	0 %	50 %	0 %	145294020
42	NC_009344	CAATC	2	10	3296	3305	40 %	20 %	0 %	40 %	145294020
43	NC_009344	TTAA	2	8	3349	3356	50 %	50 %	0 %	0 %	145294020
44	NC_009344	TCAGAT	2	12	3367	3378	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	145294020
45	NC_009344	TAA	2	6	3416	3421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294020
46	NC_009344	T	8	8	3440	3447	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
47	NC_009344	T	8	8	3449	3456	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
48	NC_009344	GCA	2	6	3460	3465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294020
49	NC_009344	ATGA	2	8	3511	3518	50 %	25 %	25 %	0 %	145294020
50	NC_009344	TGG	2	6	3531	3536	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294020
51	NC_009344	ATT	2	6	3552	3557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
52	NC_009344	CCA	2	6	3574	3579	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	145294020
53	NC_009344	ATTTTA	2	12	3593	3604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
54	NC_009344	TATC	2	8	3614	3621	25 %	50 %	0 %	25 %	145294020
55	NC_009344	ATC	2	6	3633	3638	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294020
56	NC_009344	ATT	2	6	3676	3681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
57	NC_009344	GCT	2	6	3740	3745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294020
58	NC_009344	TAAA	2	8	3749	3756	75 %	25 %	0 %	0 %	145294020
59	NC_009344	A	6	6	3754	3759	100 %	0 %	0 %	0 %	145294020
60	NC_009344	TTA	2	6	3781	3786	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
61	NC_009344	A	6	6	3800	3805	100 %	0 %	0 %	0 %	145294020
62	NC_009344	A	8	8	3839	3846	100 %	0 %	0 %	0 %	145294020
63	NC_009344	TCT	2	6	3869	3874	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294020
64	NC_009344	T	6	6	3879	3884	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
65	NC_009344	TAA	2	6	3888	3893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294020
66	NC_009344	T	7	7	3969	3975	0 %	100 %	0 %	0 %	145294020
67	NC_009344	ATT	2	6	3976	3981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
68	NC_009344	TTA	2	6	4049	4054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
69	NC_009344	TAT	2	6	4095	4100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
70	NC_009344	ATT	2	6	4111	4116	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294020
71	NC_009344	AT	3	6	4325	4330	50 %	50 %	0 %	0 %	145294021
72	NC_009344	T	7	7	4344	4350	0 %	100 %	0 %	0 %	145294021
73	NC_009344	AAT	2	6	4455	4460	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294021
74	NC_009344	ACA	2	6	4467	4472	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294021
75	NC_009344	ATT	2	6	4487	4492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294021
76	NC_009344	T	6	6	4510	4515	0 %	100 %	0 %	0 %	145294021
77	NC_009344	A	6	6	4571	4576	100 %	0 %	0 %	0 %	145294021
78	NC_009344	TCA	2	6	4586	4591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294021
79	NC_009344	TAA	2	6	4593	4598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294021
80	NC_009344	T	7	7	4618	4624	0 %	100 %	0 %	0 %	145294021
81	NC_009344	ATC	2	6	4636	4641	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294021
82	NC_009344	A	6	6	4658	4663	100 %	0 %	0 %	0 %	145294021
83	NC_009344	ATT	2	6	4723	4728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294021
84	NC_009344	TAT	2	6	4782	4787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294021
85	NC_009344	CAT	2	6	4797	4802	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294021
86	NC_009344	AAT	2	6	4810	4815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294021
87	NC_009344	GTTT	2	8	4832	4839	0 %	75 %	25 %	0 %	145294021
88	NC_009344	TTA	2	6	4877	4882	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	145294021
89	NC_009344	GAT	2	6	4891	4896	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294021
90	NC_009344	TCA	2	6	5352	5357	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294022
91	NC_009344	CAA	2	6	5395	5400	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294022
92	NC_009344	GAAT	2	8	5428	5435	50 %	25 %	25 %	0 %	145294022
93	NC_009344	A	8	8	5461	5468	100 %	0 %	0 %	0 %	145294022
94	NC_009344	A	6	6	5472	5477	100 %	0 %	0 %	0 %	145294022
95	NC_009344	CAT	2	6	5507	5512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294022
96	NC_009344	AATAT	2	10	5523	5532	60 %	40 %	0 %	0 %	145294022
97	NC_009344	TATT	2	8	5541	5548	25 %	75 %	0 %	0 %	145294022
98	NC_009344	CATAA	2	10	5583	5592	60 %	20 %	0 %	20 %	145294022
99	NC_009344	A	6	6	5659	5664	100 %	0 %	0 %	0 %	145294022
100	NC_009344	AAT	2	6	5706	5711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294022
101	NC_009344	CAA	2	6	5717	5722	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294022
102	NC_009344	A	6	6	5721	5726	100 %	0 %	0 %	0 %	145294022
103	NC_009344	AGA	2	6	5788	5793	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294022
104	NC_009344	TA	4	8	5816	5823	50 %	50 %	0 %	0 %	145294022
105	NC_009344	TA	3	6	5860	5865	50 %	50 %	0 %	0 %	145294022
106	NC_009344	ACT	2	6	5892	5897	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294022
107	NC_009344	CTTT	2	8	5936	5943	0 %	75 %	0 %	25 %	145294022
108	NC_009344	AG	3	6	5980	5985	50 %	0 %	50 %	0 %	145294022
109	NC_009344	ACC	2	6	6024	6029	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	145294022
110	NC_009344	TCCC	2	8	6037	6044	0 %	25 %	0 %	75 %	145294022
111	NC_009344	CA	3	6	7229	7234	50 %	0 %	0 %	50 %	145294023
112	NC_009344	AAT	2	6	7300	7305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294023
113	NC_009344	CCT	2	6	7349	7354	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294023
114	NC_009344	CGT	2	6	7435	7440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294023
115	NC_009344	GTG	3	9	7488	7496	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294023
116	NC_009344	CAAC	2	8	7530	7537	50 %	0 %	0 %	50 %	145294024
117	NC_009344	TCCT	2	8	7550	7557	0 %	50 %	0 %	50 %	145294024
118	NC_009344	TGCC	2	8	7705	7712	0 %	25 %	25 %	50 %	145294024
119	NC_009344	A	6	6	7723	7728	100 %	0 %	0 %	0 %	145294024
120	NC_009344	GCTG	2	8	7839	7846	0 %	25 %	50 %	25 %	145294024
121	NC_009344	CTG	2	6	7880	7885	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294024
122	NC_009344	GCC	2	6	7889	7894	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294024
123	NC_009344	TCT	2	6	7920	7925	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294024
124	NC_009344	CGT	2	6	7946	7951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294024
125	NC_009344	GCT	2	6	8077	8082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294024
126	NC_009344	ACG	2	6	8135	8140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294024
127	NC_009344	CGG	2	6	8173	8178	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294024
128	NC_009344	GAA	2	6	8203	8208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294024
129	NC_009344	CGG	2	6	8215	8220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294024
130	NC_009344	GC	3	6	8231	8236	0 %	0 %	50 %	50 %	145294024
131	NC_009344	GAA	2	6	8254	8259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294024
132	NC_009344	GCC	2	6	8260	8265	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294024
133	NC_009344	T	6	6	8411	8416	0 %	100 %	0 %	0 %	145294024
134	NC_009344	GT	4	8	8451	8458	0 %	50 %	50 %	0 %	145294024
135	NC_009344	GA	3	6	8460	8465	50 %	0 %	50 %	0 %	145294024
136	NC_009344	GGAT	2	8	8493	8500	25 %	25 %	50 %	0 %	145294024
137	NC_009344	TG	3	6	8580	8585	0 %	50 %	50 %	0 %	145294024
138	NC_009344	CCG	2	6	8602	8607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294024
139	NC_009344	GAA	2	6	8638	8643	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294024
140	NC_009344	CG	3	6	8647	8652	0 %	0 %	50 %	50 %	145294024
141	NC_009344	CTG	2	6	8663	8668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294024

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.