MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757 plasmid pUSA01

Total Repeats: 54

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007790	ATA	2	6	8	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159840
2	NC_007790	CTA	2	6	14	19	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	87159840
3	NC_007790	ATA	2	6	41	46	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159840
4	NC_007790	AAC	2	6	77	82	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	87159840
5	NC_007790	GA	3	6	90	95	50 %	0 %	50 %	0 %	87159840
6	NC_007790	TGA	2	6	201	206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159840
7	NC_007790	GTTG	2	8	344	351	0 %	50 %	50 %	0 %	87159840
8	NC_007790	CAA	2	6	365	370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	87159840
9	NC_007790	A	6	6	369	374	100 %	0 %	0 %	0 %	87159840
10	NC_007790	CTAA	2	8	415	422	50 %	25 %	0 %	25 %	87159840
11	NC_007790	TTG	2	6	467	472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	87159840
12	NC_007790	TAA	2	6	501	506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159840
13	NC_007790	CATG	2	8	531	538	25 %	25 %	25 %	25 %	87159840
14	NC_007790	A	7	7	570	576	100 %	0 %	0 %	0 %	87159840
15	NC_007790	TA	3	6	583	588	50 %	50 %	0 %	0 %	87159840
16	NC_007790	AAG	2	6	593	598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159840
17	NC_007790	ATC	2	6	735	740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	87159840
18	NC_007790	T	6	6	744	749	0 %	100 %	0 %	0 %	87159840
19	NC_007790	TGA	4	12	753	764	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159840
20	NC_007790	A	7	7	764	770	100 %	0 %	0 %	0 %	87159840
21	NC_007790	TGG	2	6	828	833	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	87159840
22	NC_007790	TGA	2	6	903	908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159840
23	NC_007790	ACA	2	6	916	921	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	87159840
24	NC_007790	GAA	3	9	925	933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159840
25	NC_007790	ATT	3	9	977	985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159840
26	NC_007790	A	6	6	1360	1365	100 %	0 %	0 %	0 %	87159839
27	NC_007790	TTTG	2	8	1390	1397	0 %	75 %	25 %	0 %	87159839
28	NC_007790	AT	3	6	1408	1413	50 %	50 %	0 %	0 %	87159839
29	NC_007790	TA	3	6	1447	1452	50 %	50 %	0 %	0 %	87159839
30	NC_007790	T	6	6	1555	1560	0 %	100 %	0 %	0 %	87159842
31	NC_007790	A	6	6	1561	1566	100 %	0 %	0 %	0 %	87159842
32	NC_007790	TA	4	8	1679	1686	50 %	50 %	0 %	0 %	87159842
33	NC_007790	TATT	2	8	1722	1729	25 %	75 %	0 %	0 %	87159842
34	NC_007790	GTT	2	6	1732	1737	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	87159842
35	NC_007790	AAT	2	6	1759	1764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159842
36	NC_007790	TAG	2	6	2140	2145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159841
37	NC_007790	T	7	7	2189	2195	0 %	100 %	0 %	0 %	87159841
38	NC_007790	CTG	2	6	2236	2241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	87159841
39	NC_007790	CCA	2	6	2322	2327	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	87159841
40	NC_007790	T	6	6	2376	2381	0 %	100 %	0 %	0 %	87159841
41	NC_007790	CATATC	2	12	2404	2415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	87159841
42	NC_007790	ATA	2	6	2469	2474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159841
43	NC_007790	AT	3	6	2483	2488	50 %	50 %	0 %	0 %	87159841
44	NC_007790	TTTTG	2	10	2554	2563	0 %	80 %	20 %	0 %	87159841
45	NC_007790	CTT	2	6	2572	2577	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	87159841
46	NC_007790	TAC	2	6	2627	2632	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	87159841
47	NC_007790	TCTT	2	8	2638	2645	0 %	75 %	0 %	25 %	87159841
48	NC_007790	CATT	2	8	2668	2675	25 %	50 %	0 %	25 %	87159841
49	NC_007790	T	7	7	2758	2764	0 %	100 %	0 %	0 %	87159838
50	NC_007790	ATT	2	6	2773	2778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159838
51	NC_007790	TTA	2	6	2779	2784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159838
52	NC_007790	TATT	2	8	2856	2863	25 %	75 %	0 %	0 %	87159838
53	NC_007790	ATTT	2	8	2881	2888	25 %	75 %	0 %	0 %	87159838
54	NC_007790	AGA	2	6	2909	2914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159838

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.