MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Synechococcus sp. JA-3-3Ab chromosome

Total Repeats: 54433

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007775	TGG	2	6	180	185	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	86604734
2	NC_007775	GCTG	2	8	228	235	0 %	25 %	50 %	25 %	86604734
3	NC_007775	CCA	2	6	252	257	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604734
4	NC_007775	GGT	2	6	265	270	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	86604734
5	NC_007775	GAA	2	6	335	340	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	86604734
6	NC_007775	CAA	2	6	490	495	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	86604734
7	NC_007775	TGGCCG	2	12	519	530	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86604734
8	NC_007775	GGGC	2	8	539	546	0 %	0 %	75 %	25 %	86604734
9	NC_007775	GCG	2	6	567	572	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604734
10	NC_007775	TGG	2	6	753	758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	86604734
11	NC_007775	CAAA	2	8	838	845	75 %	0 %	0 %	25 %	86604734
12	NC_007775	CCTCA	2	10	869	878	20 %	20 %	0 %	60 %	86604734
13	NC_007775	GCC	2	6	940	945	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604734
14	NC_007775	A	6	6	977	982	100 %	0 %	0 %	0 %	86604734
15	NC_007775	GAT	2	6	997	1002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	86604734
16	NC_007775	ACC	2	6	1034	1039	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604734
17	NC_007775	C	7	7	1147	1153	0 %	0 %	0 %	100 %	86604734
18	NC_007775	ATT	2	6	1184	1189	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	86604734
19	NC_007775	GAA	2	6	1202	1207	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	86604734
20	NC_007775	CAC	2	6	1351	1356	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604734
21	NC_007775	TGC	2	6	1646	1651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604735
22	NC_007775	GGGCT	2	10	1658	1667	0 %	20 %	60 %	20 %	86604735
23	NC_007775	GGCC	2	8	1679	1686	0 %	0 %	50 %	50 %	86604735
24	NC_007775	GGA	2	6	1782	1787	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	86604735
25	NC_007775	GCTG	2	8	1805	1812	0 %	25 %	50 %	25 %	86604735
26	NC_007775	GAA	2	6	1834	1839	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	86604735
27	NC_007775	GCG	2	6	1949	1954	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604735
28	NC_007775	TCT	2	6	1966	1971	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	86604735
29	NC_007775	C	6	6	2048	2053	0 %	0 %	0 %	100 %	86604735
30	NC_007775	GAA	2	6	2074	2079	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	86604735
31	NC_007775	A	7	7	2078	2084	100 %	0 %	0 %	0 %	86604735
32	NC_007775	CCG	2	6	2085	2090	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604735
33	NC_007775	TGT	2	6	2118	2123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	86604735
34	NC_007775	GCC	2	6	2143	2148	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604735
35	NC_007775	GAA	2	6	2191	2196	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	86604735
36	NC_007775	CCG	2	6	2222	2227	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604735
37	NC_007775	CCCTT	2	10	2241	2250	0 %	40 %	0 %	60 %	86604735
38	NC_007775	TGC	2	6	2256	2261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604735
39	NC_007775	CTGC	2	8	2342	2349	0 %	25 %	25 %	50 %	86604736
40	NC_007775	ACC	2	6	2356	2361	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604736
41	NC_007775	CTG	2	6	2463	2468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604736
42	NC_007775	CTG	2	6	2493	2498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604736
43	NC_007775	GCT	2	6	2630	2635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604736
44	NC_007775	CTG	2	6	2682	2687	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604736
45	NC_007775	GCC	2	6	2689	2694	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604736
46	NC_007775	AGG	2	6	2758	2763	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	86604736
47	NC_007775	C	6	6	2775	2780	0 %	0 %	0 %	100 %	86604736
48	NC_007775	CCA	2	6	2816	2821	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604736
49	NC_007775	CGCT	2	8	2845	2852	0 %	25 %	25 %	50 %	86604736
50	NC_007775	ACA	2	6	2870	2875	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	86604736
51	NC_007775	GCC	2	6	2891	2896	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604736
52	NC_007775	CG	3	6	2968	2973	0 %	0 %	50 %	50 %	86604736
53	NC_007775	A	6	6	2980	2985	100 %	0 %	0 %	0 %	86604736
54	NC_007775	CCG	2	6	3047	3052	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604736
55	NC_007775	AG	4	8	3135	3142	50 %	0 %	50 %	0 %	86604736
56	NC_007775	AG	3	6	3144	3149	50 %	0 %	50 %	0 %	86604736
57	NC_007775	TCT	2	6	3285	3290	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	86604737
58	NC_007775	CCA	2	6	3354	3359	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604737
59	NC_007775	CAG	2	6	3379	3384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604737
60	NC_007775	CAG	2	6	3397	3402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604737
61	NC_007775	AGC	2	6	3423	3428	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604737
62	NC_007775	GGC	2	6	3463	3468	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604737
63	NC_007775	GCC	3	9	3502	3510	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604737
64	NC_007775	GTT	2	6	3523	3528	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	86604737
65	NC_007775	TGC	2	6	3605	3610	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604737
66	NC_007775	CGT	2	6	3628	3633	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604737
67	NC_007775	TCC	2	6	3659	3664	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	86604737
68	NC_007775	GCC	2	6	3665	3670	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604737
69	NC_007775	ACC	3	9	3686	3694	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604737
70	NC_007775	CTC	2	6	3739	3744	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	86604737
71	NC_007775	GCC	2	6	3766	3771	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604737
72	NC_007775	GAT	2	6	3790	3795	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	86604737
73	NC_007775	TCA	2	6	3834	3839	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	86604737
74	NC_007775	GCTT	2	8	3876	3883	0 %	50 %	25 %	25 %	86604737
75	NC_007775	GCG	2	6	3897	3902	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604737
76	NC_007775	CGT	2	6	3936	3941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604737
77	NC_007775	TGGT	2	8	3950	3957	0 %	50 %	50 %	0 %	86604737
78	NC_007775	CGG	2	6	3974	3979	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604737
79	NC_007775	GCC	2	6	3980	3985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604737
80	NC_007775	GCC	2	6	3992	3997	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604737
81	NC_007775	GCG	2	6	4042	4047	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604737
82	NC_007775	CTT	2	6	4081	4086	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	86604737
83	NC_007775	GGTT	2	8	4203	4210	0 %	50 %	50 %	0 %	86604737
84	NC_007775	CCAT	2	8	4247	4254	25 %	25 %	0 %	50 %	86604737
85	NC_007775	TCG	2	6	4289	4294	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604737
86	NC_007775	GCC	3	9	4297	4305	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604737
87	NC_007775	TCG	2	6	4343	4348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604737
88	NC_007775	CTT	2	6	4381	4386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	86604737
89	NC_007775	CGA	2	6	4419	4424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604737
90	NC_007775	AG	3	6	4447	4452	50 %	0 %	50 %	0 %	86604737
91	NC_007775	A	6	6	4457	4462	100 %	0 %	0 %	0 %	86604737
92	NC_007775	CGG	2	6	4516	4521	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604737
93	NC_007775	CCA	2	6	4524	4529	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604737
94	NC_007775	CTT	2	6	4579	4584	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	86604737
95	NC_007775	ACC	2	6	4595	4600	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604737
96	NC_007775	CTT	2	6	4611	4616	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	86604737
97	NC_007775	CCT	2	6	4620	4625	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	86604737
98	NC_007775	CTC	2	6	4725	4730	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	86604737
99	NC_007775	GCG	2	6	4738	4743	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604737
100	NC_007775	GAACAA	2	12	4747	4758	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	86604737
101	NC_007775	C	7	7	4759	4765	0 %	0 %	0 %	100 %	86604737
102	NC_007775	AGC	3	9	4766	4774	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604737
103	NC_007775	CCA	2	6	4869	4874	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604737
104	NC_007775	GCA	2	6	4893	4898	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604737
105	NC_007775	TGC	2	6	4922	4927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604737
106	NC_007775	GTT	2	6	4963	4968	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	86604737
107	NC_007775	GAG	2	6	4972	4977	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	86604737
108	NC_007775	CTC	2	6	4999	5004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	86604737
109	NC_007775	AAG	2	6	5015	5020	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	86604737
110	NC_007775	GCG	2	6	5048	5053	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604737
111	NC_007775	CGC	2	6	5311	5316	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604738
112	NC_007775	GCG	2	6	5335	5340	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604738
113	NC_007775	GCA	2	6	5342	5347	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604738
114	NC_007775	GCC	2	6	5373	5378	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604738
115	NC_007775	CCA	2	6	5438	5443	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604738
116	NC_007775	GGCCA	2	10	5455	5464	20 %	0 %	40 %	40 %	86604738
117	NC_007775	ACA	2	6	5533	5538	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	86604738
118	NC_007775	GCA	2	6	5539	5544	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604738
119	NC_007775	TGG	2	6	5669	5674	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	86604738
120	NC_007775	GGCC	2	8	5708	5715	0 %	0 %	50 %	50 %	86604738
121	NC_007775	GCC	2	6	5816	5821	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604738
122	NC_007775	CGC	2	6	5826	5831	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604738
123	NC_007775	GTT	2	6	5874	5879	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	86604738
124	NC_007775	CAC	2	6	5964	5969	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604738
125	NC_007775	CCA	2	6	5993	5998	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604738
126	NC_007775	AGC	2	6	6016	6021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604738
127	NC_007775	TCC	2	6	6022	6027	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	86604738
128	NC_007775	CGG	2	6	6028	6033	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604738
129	NC_007775	GCC	2	6	6034	6039	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604738
130	NC_007775	CAC	2	6	6117	6122	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604738
131	NC_007775	CT	3	6	6151	6156	0 %	50 %	0 %	50 %	86604739
132	NC_007775	TTC	2	6	6164	6169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	86604739
133	NC_007775	CTCG	2	8	6380	6387	0 %	25 %	25 %	50 %	86604740
134	NC_007775	GGA	2	6	6485	6490	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	86604740
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136	NC_007775	AGC	2	6	6586	6591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604740
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398	NC_007775	ATC	2	6	19550	19555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	86604752
399	NC_007775	TTC	2	6	19567	19572	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	86604752
400	NC_007775	CGA	2	6	19590	19595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604752
401	NC_007775	TGG	2	6	19665	19670	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	86604752
402	NC_007775	GGC	2	6	19675	19680	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604752
403	NC_007775	GGC	2	6	19687	19692	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604752
404	NC_007775	CCAG	2	8	19732	19739	25 %	0 %	25 %	50 %	86604753
405	NC_007775	CAGC	2	8	19753	19760	25 %	0 %	25 %	50 %	86604753
406	NC_007775	CAT	2	6	19844	19849	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	86604753
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419	NC_007775	TCAA	2	8	20373	20380	50 %	25 %	0 %	25 %	86604754
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430	NC_007775	CGG	2	6	20831	20836	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86604755
431	NC_007775	GCT	2	6	20957	20962	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86604755
432	NC_007775	ATG	2	6	20992	20997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	86604755
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440	NC_007775	CGC	2	6	21255	21260	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86604755
441	NC_007775	CTGC	2	8	21275	21282	0 %	25 %	25 %	50 %	86604755
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444	NC_007775	GA	3	6	21422	21427	50 %	0 %	50 %	0 %	86604755
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451	NC_007775	AAGTA	2	10	22323	22332	60 %	20 %	20 %	0 %	86604757
452	NC_007775	CAG	2	6	22345	22350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86604757
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464	NC_007775	CCA	2	6	22944	22949	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86604757
465	NC_007775	CAA	2	6	22962	22967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	86604757
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