MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Synechococcus sp. CC9902 chromosome

Total Repeats: 40135

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007513	CGAC	2	8	316	323	25 %	0 %	25 %	50 %	78183585
2	NC_007513	GATTT	2	10	389	398	20 %	60 %	20 %	0 %	78183585
3	NC_007513	GC	3	6	463	468	0 %	0 %	50 %	50 %	78183585
4	NC_007513	GGA	2	6	525	530	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	78183585
5	NC_007513	TGG	2	6	617	622	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183585
6	NC_007513	CGA	2	6	699	704	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183585
7	NC_007513	GCT	2	6	714	719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183585
8	NC_007513	GGA	2	6	813	818	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	78183585
9	NC_007513	GCC	3	9	820	828	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	78183585
10	NC_007513	CGA	2	6	834	839	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183585
11	NC_007513	CGA	2	6	918	923	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183585
12	NC_007513	GTG	2	6	955	960	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183585
13	NC_007513	CGC	2	6	966	971	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	78183585
14	NC_007513	CAA	2	6	1119	1124	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	78183585
15	NC_007513	GTG	2	6	1126	1131	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183585
16	NC_007513	TGC	2	6	1212	1217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183585
17	NC_007513	GTT	2	6	1300	1305	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	78183585
18	NC_007513	ACG	2	6	1324	1329	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183585
19	NC_007513	GGT	2	6	1405	1410	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183586
20	NC_007513	TTG	2	6	1439	1444	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	78183586
21	NC_007513	CCG	2	6	1508	1513	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	78183586
22	NC_007513	TTG	2	6	1523	1528	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	78183586
23	NC_007513	GGGT	2	8	1529	1536	0 %	25 %	75 %	0 %	78183586
24	NC_007513	TGA	2	6	1674	1679	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	78183586
25	NC_007513	TCGA	2	8	1692	1699	25 %	25 %	25 %	25 %	78183586
26	NC_007513	CAGGT	2	10	1848	1857	20 %	20 %	40 %	20 %	78183586
27	NC_007513	GC	3	6	1897	1902	0 %	0 %	50 %	50 %	78183586
28	NC_007513	CCT	2	6	2006	2011	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	78183586
29	NC_007513	TGAACC	2	12	2017	2028	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	78183586
30	NC_007513	GAC	2	6	2090	2095	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183586
31	NC_007513	GTC	2	6	2107	2112	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183586
32	NC_007513	GCGTC	2	10	2119	2128	0 %	20 %	40 %	40 %	78183586
33	NC_007513	GTG	2	6	2195	2200	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183587
34	NC_007513	CGA	2	6	2276	2281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183587
35	NC_007513	TCGG	2	8	2283	2290	0 %	25 %	50 %	25 %	78183587
36	NC_007513	CTG	2	6	2341	2346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183587
37	NC_007513	TGG	2	6	2403	2408	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183587
38	NC_007513	ACC	2	6	2481	2486	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	78183587
39	NC_007513	GAC	2	6	2606	2611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183587
40	NC_007513	GTG	2	6	2639	2644	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183587
41	NC_007513	GTGG	2	8	2687	2694	0 %	25 %	75 %	0 %	78183587
42	NC_007513	CCT	2	6	2712	2717	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	78183587
43	NC_007513	GTG	2	6	2810	2815	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183587
44	NC_007513	CAC	2	6	2827	2832	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	78183587
45	NC_007513	GCG	2	6	2850	2855	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	78183587
46	NC_007513	TGA	2	6	2893	2898	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	78183587
47	NC_007513	GGTG	2	8	2914	2921	0 %	25 %	75 %	0 %	78183587
48	NC_007513	GCTT	2	8	2951	2958	0 %	50 %	25 %	25 %	78183587
49	NC_007513	GTG	2	6	2973	2978	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183587
50	NC_007513	TGG	2	6	2982	2987	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183587
51	NC_007513	TGC	2	6	3004	3009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183587
52	NC_007513	TTG	2	6	3119	3124	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	78183587
53	NC_007513	TGT	2	6	3144	3149	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	78183587
54	NC_007513	GAA	2	6	3170	3175	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	78183587
55	NC_007513	TGA	2	6	3180	3185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	78183587
56	NC_007513	TCGT	2	8	3246	3253	0 %	50 %	25 %	25 %	78183587
57	NC_007513	CGA	2	6	3304	3309	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183587
58	NC_007513	GCTTT	2	10	3329	3338	0 %	60 %	20 %	20 %	78183587
59	NC_007513	GCC	2	6	3343	3348	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	78183587
60	NC_007513	GCA	2	6	3410	3415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183587
61	NC_007513	GTT	2	6	3427	3432	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	78183587
62	NC_007513	CCA	2	6	3441	3446	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	78183587
63	NC_007513	GCTA	2	8	3490	3497	25 %	25 %	25 %	25 %	78183587
64	NC_007513	GTC	2	6	3508	3513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183587
65	NC_007513	TGC	2	6	3517	3522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183587
66	NC_007513	TTCGGC	2	12	3537	3548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183587
67	NC_007513	CAA	2	6	3551	3556	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	78183587
68	NC_007513	ACG	2	6	3578	3583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183587
69	NC_007513	GTG	2	6	3585	3590	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183587
70	NC_007513	GTG	2	6	3642	3647	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183587
71	NC_007513	GGC	2	6	3652	3657	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	78183587
72	NC_007513	TG	3	6	3686	3691	0 %	50 %	50 %	0 %	78183587
73	NC_007513	TCG	2	6	3853	3858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183587
74	NC_007513	TGG	2	6	3906	3911	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183587
75	NC_007513	GTG	2	6	3914	3919	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183587
76	NC_007513	GAC	2	6	3920	3925	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183587
77	NC_007513	TTGG	2	8	3945	3952	0 %	50 %	50 %	0 %	78183587
78	NC_007513	TGG	2	6	3969	3974	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183587
79	NC_007513	GAT	2	6	4007	4012	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	78183587
80	NC_007513	GATT	2	8	4081	4088	25 %	50 %	25 %	0 %	78183587
81	NC_007513	GGTT	2	8	4113	4120	0 %	50 %	50 %	0 %	78183587
82	NC_007513	CAG	2	6	4162	4167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183587
83	NC_007513	GTT	3	9	4264	4272	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	78183587
84	NC_007513	CAA	2	6	4362	4367	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	78183587
85	NC_007513	CGGT	2	8	4393	4400	0 %	25 %	50 %	25 %	78183587
86	NC_007513	GCA	2	6	4422	4427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183587
87	NC_007513	GCA	2	6	4453	4458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183587
88	NC_007513	GCA	4	12	4533	4544	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183588
89	NC_007513	GAA	2	6	4573	4578	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	78183588
90	NC_007513	GGC	2	6	4602	4607	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	78183588
91	NC_007513	GCA	2	6	4653	4658	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183588
92	NC_007513	CGA	2	6	4805	4810	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183588
93	NC_007513	GGT	2	6	4842	4847	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183588
94	NC_007513	TGA	2	6	4850	4855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	78183588
95	NC_007513	TGG	2	6	4922	4927	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183588
96	NC_007513	GCA	2	6	4986	4991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183588
97	NC_007513	GTG	2	6	5167	5172	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183588
98	NC_007513	ATT	2	6	5197	5202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	78183588
99	NC_007513	GAT	2	6	5218	5223	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	78183588
100	NC_007513	TGA	2	6	5289	5294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	78183588
101	NC_007513	TG	3	6	5308	5313	0 %	50 %	50 %	0 %	78183588
102	NC_007513	GC	3	6	5332	5337	0 %	0 %	50 %	50 %	78183588
103	NC_007513	TA	3	6	5366	5371	50 %	50 %	0 %	0 %	78183588
104	NC_007513	CTG	2	6	5459	5464	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183588
105	NC_007513	AG	3	6	5481	5486	50 %	0 %	50 %	0 %	78183588
106	NC_007513	TTAA	2	8	5509	5516	50 %	50 %	0 %	0 %	78183588
107	NC_007513	CT	3	6	5608	5613	0 %	50 %	0 %	50 %	78183588
108	NC_007513	ATC	2	6	5623	5628	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	78183588
109	NC_007513	TGAT	2	8	5630	5637	25 %	50 %	25 %	0 %	78183588
110	NC_007513	ACC	2	6	5656	5661	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	78183588
111	NC_007513	TTG	2	6	5672	5677	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	78183588
112	NC_007513	CAC	2	6	5726	5731	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	78183588
113	NC_007513	ACCC	2	8	5737	5744	25 %	0 %	0 %	75 %	78183588
114	NC_007513	GGA	2	6	5805	5810	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	78183588
115	NC_007513	AGG	2	6	5855	5860	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	78183588
116	NC_007513	AGC	2	6	5871	5876	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183588
117	NC_007513	TGG	2	6	6033	6038	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183589
118	NC_007513	TTC	2	6	6059	6064	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	78183589
119	NC_007513	GTG	2	6	6087	6092	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183589
120	NC_007513	GTT	2	6	6112	6117	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	78183589
121	NC_007513	TGA	2	6	6221	6226	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	78183589
122	NC_007513	GC	3	6	6248	6253	0 %	0 %	50 %	50 %	78183589
123	NC_007513	TCAC	2	8	6267	6274	25 %	25 %	0 %	50 %	78183589
124	NC_007513	GTC	2	6	6361	6366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183589
125	NC_007513	GCA	2	6	6403	6408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183589
126	NC_007513	AGATC	2	10	6430	6439	40 %	20 %	20 %	20 %	78183589
127	NC_007513	GTG	2	6	6440	6445	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183589
128	NC_007513	TGG	2	6	6502	6507	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183589
129	NC_007513	GCT	2	6	6563	6568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183589
130	NC_007513	CT	3	6	6594	6599	0 %	50 %	0 %	50 %	78183589
131	NC_007513	TAGG	2	8	6649	6656	25 %	25 %	50 %	0 %	78183589
132	NC_007513	GTT	2	6	6676	6681	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	78183589
133	NC_007513	GAC	2	6	6820	6825	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183589
134	NC_007513	AGC	2	6	6896	6901	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183589
135	NC_007513	CCA	2	6	6979	6984	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	78183589
136	NC_007513	GTGGA	2	10	6997	7006	20 %	20 %	60 %	0 %	78183589
137	NC_007513	T	7	7	7013	7019	0 %	100 %	0 %	0 %	78183589
138	NC_007513	AGC	2	6	7071	7076	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183589
139	NC_007513	GCA	2	6	7233	7238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183589
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141	NC_007513	ATC	2	6	7254	7259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	78183589
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143	NC_007513	CCA	2	6	7303	7308	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	78183589
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145	NC_007513	GGA	2	6	7390	7395	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	78183589
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149	NC_007513	CTT	2	6	7705	7710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	78183589
150	NC_007513	TG	3	6	7712	7717	0 %	50 %	50 %	0 %	78183589
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152	NC_007513	TCG	2	6	7839	7844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183589
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159	NC_007513	TCA	2	6	8118	8123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	78183589
160	NC_007513	TCCA	2	8	8144	8151	25 %	25 %	0 %	50 %	78183589
161	NC_007513	CGT	2	6	8197	8202	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183589
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167	NC_007513	GCT	2	6	8608	8613	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183590
168	NC_007513	CTT	2	6	8659	8664	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	78183590
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170	NC_007513	GTT	2	6	8819	8824	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	78183590
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252	NC_007513	TGG	2	6	12881	12886	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183595
253	NC_007513	CTTG	2	8	12890	12897	0 %	50 %	25 %	25 %	78183595
254	NC_007513	CAA	2	6	12927	12932	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	78183595
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261	NC_007513	GTC	2	6	13414	13419	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183595
262	NC_007513	TGG	2	6	13435	13440	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183595
263	NC_007513	GCA	2	6	13542	13547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183595
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265	NC_007513	GTG	2	6	13632	13637	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	78183595
266	NC_007513	TGC	2	6	13652	13657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	78183595
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391	NC_007513	AGCGA	2	10	19071	19080	40 %	0 %	40 %	20 %	78183600
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393	NC_007513	CAA	2	6	19202	19207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	78183600
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490	NC_007513	GTGTG	2	10	23634	23643	0 %	40 %	60 %	0 %	78183606
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497	NC_007513	GTTG	2	8	23878	23885	0 %	50 %	50 %	0 %	78183607
498	NC_007513	AG	3	6	23888	23893	50 %	0 %	50 %	0 %	78183607
499	NC_007513	CTT	2	6	23950	23955	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	78183607
500	NC_007513	GCA	2	6	24078	24083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	78183608

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