MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS_046

Total Repeats: 3563

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3501	NC_007385	TCT	2	6	209762	209767	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74315073
3502	NC_007385	A	7	7	209773	209779	100 %	0 %	0 %	0 %	74315073
3503	NC_007385	CTT	2	6	209819	209824	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74315073
3504	NC_007385	GTTTAC	2	12	209835	209846	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	74315073
3505	NC_007385	GCA	2	6	209967	209972	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74315074
3506	NC_007385	AAG	2	6	210079	210084	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74315074
3507	NC_007385	CAG	2	6	210173	210178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74315074
3508	NC_007385	GTG	2	6	210198	210203	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74315074
3509	NC_007385	GTG	2	6	210271	210276	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74315074
3510	NC_007385	GTT	2	6	210326	210331	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74315074
3511	NC_007385	TGGGC	2	10	210357	210366	0 %	20 %	60 %	20 %	74315074
3512	NC_007385	CAG	2	6	210385	210390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74315074
3513	NC_007385	CGG	2	6	210439	210444	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74315074
3514	NC_007385	GCAG	2	8	210483	210490	25 %	0 %	50 %	25 %	74315074
3515	NC_007385	CAGA	2	8	210520	210527	50 %	0 %	25 %	25 %	74315074
3516	NC_007385	CTG	2	6	210547	210552	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74315074
3517	NC_007385	CTT	2	6	210574	210579	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74315074
3518	NC_007385	GAA	2	6	210589	210594	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74315074
3519	NC_007385	TGG	2	6	210609	210614	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74315074
3520	NC_007385	AG	3	6	210629	210634	50 %	0 %	50 %	0 %	74315074
3521	NC_007385	TTG	2	6	210766	210771	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74315074
3522	NC_007385	TCAT	2	8	210836	210843	25 %	50 %	0 %	25 %	74315075
3523	NC_007385	CTAT	2	8	210857	210864	25 %	50 %	0 %	25 %	74315075
3524	NC_007385	AAT	3	9	210907	210915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74315075
3525	NC_007385	TC	3	6	210969	210974	0 %	50 %	0 %	50 %	74315075
3526	NC_007385	ACA	2	6	211043	211048	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74315075
3527	NC_007385	TA	3	6	211051	211056	50 %	50 %	0 %	0 %	74315075
3528	NC_007385	A	6	6	211058	211063	100 %	0 %	0 %	0 %	74315075
3529	NC_007385	CTTC	2	8	211196	211203	0 %	50 %	0 %	50 %	74315075
3530	NC_007385	GTC	2	6	211281	211286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74315075
3531	NC_007385	TAA	2	6	211299	211304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74315075
3532	NC_007385	CTC	2	6	211306	211311	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	74315075
3533	NC_007385	CTT	2	6	211354	211359	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74315075
3534	NC_007385	AT	3	6	211363	211368	50 %	50 %	0 %	0 %	74315075
3535	NC_007385	TA	3	6	211423	211428	50 %	50 %	0 %	0 %	74315075
3536	NC_007385	TATT	2	8	211443	211450	25 %	75 %	0 %	0 %	74315075
3537	NC_007385	TAC	2	6	213125	213130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74315076
3538	NC_007385	ACTA	2	8	213141	213148	50 %	25 %	0 %	25 %	74315076
3539	NC_007385	ACA	2	6	213166	213171	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74315076
3540	NC_007385	CAAAA	2	10	213206	213215	80 %	0 %	0 %	20 %	74315076
3541	NC_007385	ATC	2	6	213226	213231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74315076
3542	NC_007385	AAGG	2	8	213234	213241	50 %	0 %	50 %	0 %	74315076
3543	NC_007385	G	6	6	213240	213245	0 %	0 %	100 %	0 %	74315076
3544	NC_007385	ACTGG	2	10	213260	213269	20 %	20 %	40 %	20 %	74315076
3545	NC_007385	ACT	2	6	213351	213356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74315076
3546	NC_007385	AGCA	2	8	213371	213378	50 %	0 %	25 %	25 %	74315076
3547	NC_007385	GACC	2	8	213422	213429	25 %	0 %	25 %	50 %	74315076
3548	NC_007385	GGTT	2	8	213489	213496	0 %	50 %	50 %	0 %	74315076
3549	NC_007385	AAT	2	6	213501	213506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74315076
3550	NC_007385	AG	3	6	213542	213547	50 %	0 %	50 %	0 %	74315076
3551	NC_007385	GGGA	2	8	213569	213576	25 %	0 %	75 %	0 %	74315076
3552	NC_007385	G	6	6	213597	213602	0 %	0 %	100 %	0 %	74315076
3553	NC_007385	A	6	6	213612	213617	100 %	0 %	0 %	0 %	74315076
3554	NC_007385	GTG	2	6	213631	213636	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74315076
3555	NC_007385	GTTC	2	8	213747	213754	0 %	50 %	25 %	25 %	74315076
3556	NC_007385	A	6	6	213806	213811	100 %	0 %	0 %	0 %	74315076
3557	NC_007385	TGC	2	6	213830	213835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74315076
3558	NC_007385	TA	3	6	213873	213878	50 %	50 %	0 %	0 %	74315076
3559	NC_007385	TAA	2	6	213902	213907	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74315076
3560	NC_007385	A	6	6	213906	213911	100 %	0 %	0 %	0 %	74315076
3561	NC_007385	AT	3	6	213943	213948	50 %	50 %	0 %	0 %	74315076
3562	NC_007385	AT	3	6	213980	213985	50 %	50 %	0 %	0 %	74315076
3563	NC_007385	T	6	6	214018	214023	0 %	100 %	0 %	0 %	74315076

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.