MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 chromosome

Total Repeats: 78676

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007384	CAC	2	6	204	209	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310615
2	NC_007384	ACC	3	9	214	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310615
3	NC_007384	CGG	2	6	354	359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310616
4	NC_007384	CAGG	2	8	420	427	25 %	0 %	50 %	25 %	74310616
5	NC_007384	CT	3	6	445	450	0 %	50 %	0 %	50 %	74310616
6	NC_007384	ACCA	2	8	466	473	50 %	0 %	0 %	50 %	74310616
7	NC_007384	TGG	2	6	476	481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310616
8	NC_007384	GAT	2	6	483	488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
9	NC_007384	A	6	6	491	496	100 %	0 %	0 %	0 %	74310616
10	NC_007384	CGC	3	9	570	578	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310616
11	NC_007384	TCG	2	6	614	619	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
12	NC_007384	CGCTG	2	10	693	702	0 %	20 %	40 %	40 %	74310616
13	NC_007384	ACT	2	6	795	800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
14	NC_007384	CCG	2	6	849	854	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310616
15	NC_007384	CCG	2	6	908	913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310616
16	NC_007384	TGG	2	6	932	937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310616
17	NC_007384	ACT	2	6	959	964	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
18	NC_007384	CGG	2	6	968	973	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310616
19	NC_007384	GCTG	2	8	975	982	0 %	25 %	50 %	25 %	74310616
20	NC_007384	TTG	2	6	999	1004	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310616
21	NC_007384	GGAC	2	8	1013	1020	25 %	0 %	50 %	25 %	74310616
22	NC_007384	GTT	2	6	1068	1073	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310616
23	NC_007384	TTC	2	6	1127	1132	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310616
24	NC_007384	TGA	2	6	1233	1238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
25	NC_007384	GGC	2	6	1329	1334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310616
26	NC_007384	GC	3	6	1333	1338	0 %	0 %	50 %	50 %	74310616
27	NC_007384	GTG	2	6	1372	1377	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310616
28	NC_007384	ATC	2	6	1389	1394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
29	NC_007384	TG	3	6	1435	1440	0 %	50 %	50 %	0 %	74310616
30	NC_007384	AAG	2	6	1484	1489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310616
31	NC_007384	GGT	2	6	1536	1541	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310616
32	NC_007384	TCT	2	6	1636	1641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310616
33	NC_007384	GAT	2	6	1672	1677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
34	NC_007384	TCA	2	6	1701	1706	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
35	NC_007384	GCT	2	6	1773	1778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
36	NC_007384	GCTG	2	8	1802	1809	0 %	25 %	50 %	25 %	74310616
37	NC_007384	GCG	2	6	1838	1843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310616
38	NC_007384	GAA	2	6	1903	1908	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310616
39	NC_007384	ATC	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
40	NC_007384	TTG	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310616
41	NC_007384	CCAG	2	8	2003	2010	25 %	0 %	25 %	50 %	74310616
42	NC_007384	TCG	2	6	2086	2091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
43	NC_007384	ATC	2	6	2102	2107	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
44	NC_007384	GCG	2	6	2119	2124	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310616
45	NC_007384	TGA	2	6	2214	2219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
46	NC_007384	GAT	2	6	2350	2355	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
47	NC_007384	GAACTG	2	12	2413	2424	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	74310616
48	NC_007384	ATTGAA	2	12	2431	2442	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	74310616
49	NC_007384	TGC	2	6	2447	2452	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
50	NC_007384	CGA	2	6	2511	2516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310616
51	NC_007384	CG	4	8	2526	2533	0 %	0 %	50 %	50 %	74310616
52	NC_007384	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
53	NC_007384	TGA	2	6	2583	2588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
54	NC_007384	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310616
55	NC_007384	TGC	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
56	NC_007384	GCT	2	6	2743	2748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
57	NC_007384	GCG	2	6	2864	2869	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310617
58	NC_007384	GGC	2	6	2917	2922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310617
59	NC_007384	CAA	2	6	2938	2943	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310617
60	NC_007384	GCAA	2	8	3030	3037	50 %	0 %	25 %	25 %	74310617
61	NC_007384	GGT	2	6	3106	3111	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310617
62	NC_007384	ATGA	2	8	3128	3135	50 %	25 %	25 %	0 %	74310617
63	NC_007384	GCA	2	6	3207	3212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310617
64	NC_007384	TGG	2	6	3244	3249	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310617
65	NC_007384	TGA	2	6	3258	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310617
66	NC_007384	GAA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310617
67	NC_007384	CAT	2	6	3277	3282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310617
68	NC_007384	CAGC	2	8	3283	3290	25 %	0 %	25 %	50 %	74310617
69	NC_007384	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310617
70	NC_007384	CGC	2	6	3386	3391	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310617
71	NC_007384	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	74310617
72	NC_007384	CTGG	2	8	3419	3426	0 %	25 %	50 %	25 %	74310617
73	NC_007384	TTCA	2	8	3428	3435	25 %	50 %	0 %	25 %	74310617
74	NC_007384	TGA	2	6	3474	3479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310617
75	NC_007384	AGCG	2	8	3565	3572	25 %	0 %	50 %	25 %	74310617
76	NC_007384	TCCGGC	2	12	3578	3589	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	74310617
77	NC_007384	CGG	2	6	3705	3710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310617
78	NC_007384	T	6	6	3821	3826	0 %	100 %	0 %	0 %	74310618
79	NC_007384	CTGA	2	8	3851	3858	25 %	25 %	25 %	25 %	74310618
80	NC_007384	TGA	2	6	3862	3867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310618
81	NC_007384	TGA	2	6	3925	3930	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310618
82	NC_007384	GC	3	6	3961	3966	0 %	0 %	50 %	50 %	74310618
83	NC_007384	CGG	2	6	4060	4065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310618
84	NC_007384	GGC	2	6	4253	4258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310618
85	NC_007384	TGA	3	9	4324	4332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310618
86	NC_007384	CTA	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310618
87	NC_007384	GC	3	6	4442	4447	0 %	0 %	50 %	50 %	74310618
88	NC_007384	CGG	2	6	4494	4499	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310618
89	NC_007384	CTG	2	6	4502	4507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310618
90	NC_007384	TGC	2	6	4543	4548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310618
91	NC_007384	ACG	2	6	4584	4589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310618
92	NC_007384	AAC	2	6	4652	4657	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310618
93	NC_007384	GTT	2	6	4675	4680	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310618
94	NC_007384	CCG	2	6	4681	4686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310618
95	NC_007384	GAT	2	6	4727	4732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310618
96	NC_007384	TG	3	6	4815	4820	0 %	50 %	50 %	0 %	74310618
97	NC_007384	AG	3	6	4882	4887	50 %	0 %	50 %	0 %	74310618
98	NC_007384	CCG	2	6	4974	4979	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310618
99	NC_007384	TGC	2	6	4984	4989	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310618
100	NC_007384	TGA	3	9	5001	5009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310618
101	NC_007384	ATC	2	6	5010	5015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310618
102	NC_007384	GCA	2	6	5291	5296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310619
103	NC_007384	TGG	2	6	5399	5404	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310619
104	NC_007384	ACA	2	6	5407	5412	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310619
105	NC_007384	CCG	2	6	5450	5455	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310619
106	NC_007384	CCG	2	6	5459	5464	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310619
107	NC_007384	CCA	2	6	5467	5472	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310619
108	NC_007384	CTC	2	6	5481	5486	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	74310619
109	NC_007384	ATC	2	6	5490	5495	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310619
110	NC_007384	CGG	2	6	5497	5502	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310619
111	NC_007384	GCT	2	6	5688	5693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310620
112	NC_007384	GGA	2	6	5725	5730	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	74310620
113	NC_007384	TCA	2	6	5735	5740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310620
114	NC_007384	AAG	2	6	5741	5746	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310620
115	NC_007384	CAGT	2	8	5766	5773	25 %	25 %	25 %	25 %	74310620
116	NC_007384	AAT	2	6	5800	5805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310620
117	NC_007384	TCA	2	6	5814	5819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310620
118	NC_007384	TTC	2	6	5867	5872	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310620
119	NC_007384	TTC	2	6	5912	5917	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310620
120	NC_007384	CAC	2	6	5959	5964	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310620
121	NC_007384	TGC	2	6	5977	5982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310620
122	NC_007384	TTG	2	6	5999	6004	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310620
123	NC_007384	TGA	2	6	6006	6011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310620
124	NC_007384	AAATCG	2	12	6152	6163	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	74310620
125	NC_007384	AGCG	2	8	6270	6277	25 %	0 %	50 %	25 %	74310620
126	NC_007384	GTG	2	6	6401	6406	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310620
127	NC_007384	A	6	6	7503	7508	100 %	0 %	0 %	0 %	74310621
128	NC_007384	GCTG	2	8	7615	7622	0 %	25 %	50 %	25 %	74310621
129	NC_007384	GTT	2	6	7653	7658	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310621
130	NC_007384	CTG	2	6	7710	7715	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310621
131	NC_007384	GTG	2	6	7728	7733	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310621
132	NC_007384	TGGC	2	8	7748	7755	0 %	25 %	50 %	25 %	74310621
133	NC_007384	ACC	2	6	9047	9052	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310622
134	NC_007384	CAAC	2	8	9111	9118	50 %	0 %	0 %	50 %	74310622
135	NC_007384	TC	3	6	9122	9127	0 %	50 %	0 %	50 %	74310622
136	NC_007384	CGCAG	2	10	9136	9145	20 %	0 %	40 %	40 %	74310622
137	NC_007384	TTGA	2	8	9164	9171	25 %	50 %	25 %	0 %	74310622
138	NC_007384	CAG	2	6	9194	9199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310622
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140	NC_007384	CAG	2	6	9215	9220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310622
141	NC_007384	CGAC	2	8	9231	9238	25 %	0 %	25 %	50 %	74310622
142	NC_007384	TGC	2	6	9436	9441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310622
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146	NC_007384	AAGA	2	8	9587	9594	75 %	0 %	25 %	0 %	74310622
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148	NC_007384	TAC	2	6	9647	9652	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310622
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157	NC_007384	ATC	2	6	10238	10243	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310623
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262	NC_007384	GGC	2	6	15762	15767	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310628
263	NC_007384	GTC	2	6	15919	15924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310628
264	NC_007384	TGC	2	6	15962	15967	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310628
265	NC_007384	CTT	2	6	16029	16034	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310628
266	NC_007384	GAA	2	6	16044	16049	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310628
267	NC_007384	T	6	6	16051	16056	0 %	100 %	0 %	0 %	74310628
268	NC_007384	GAC	2	6	16057	16062	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310628
269	NC_007384	GCC	2	6	16266	16271	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310629
270	NC_007384	CGG	2	6	16276	16281	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310629
271	NC_007384	ATC	2	6	16308	16313	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310629
272	NC_007384	TGC	2	6	16320	16325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310629
273	NC_007384	CT	3	6	16333	16338	0 %	50 %	0 %	50 %	74310629
274	NC_007384	T	6	6	17024	17029	0 %	100 %	0 %	0 %	74310630
275	NC_007384	GTT	2	6	17045	17050	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310630
276	NC_007384	GACA	2	8	17055	17062	50 %	0 %	25 %	25 %	74310630
277	NC_007384	GCAACA	2	12	17107	17118	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	74310630
278	NC_007384	CGGGG	2	10	17207	17216	0 %	0 %	80 %	20 %	74310630
279	NC_007384	T	6	6	17231	17236	0 %	100 %	0 %	0 %	74310630
280	NC_007384	TGC	2	6	17327	17332	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310630
281	NC_007384	TAA	2	6	17453	17458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310630
282	NC_007384	CTA	2	6	17489	17494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310630
283	NC_007384	CCT	2	6	17522	17527	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	74310630
284	NC_007384	TGCC	2	8	17556	17563	0 %	25 %	25 %	50 %	74310630
285	NC_007384	TCT	2	6	17566	17571	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310630
286	NC_007384	ACG	2	6	17577	17582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310630
287	NC_007384	AGA	2	6	17695	17700	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310630
288	NC_007384	ATC	2	6	17733	17738	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310630
289	NC_007384	ATGCCC	2	12	17747	17758	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	74310630
290	NC_007384	CAG	2	6	17804	17809	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310630
291	NC_007384	AG	3	6	17930	17935	50 %	0 %	50 %	0 %	74310631
292	NC_007384	CAG	2	6	17963	17968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310631
293	NC_007384	TCG	2	6	17979	17984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310631
294	NC_007384	ACGG	2	8	18013	18020	25 %	0 %	50 %	25 %	74310631
295	NC_007384	GCCA	2	8	18049	18056	25 %	0 %	25 %	50 %	74310631
296	NC_007384	TGC	2	6	18192	18197	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310631
297	NC_007384	TAC	2	6	18200	18205	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310631
298	NC_007384	CGTC	2	8	18227	18234	0 %	25 %	25 %	50 %	74310631
299	NC_007384	CGC	2	6	18379	18384	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310631
300	NC_007384	GGT	2	6	18443	18448	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310631
301	NC_007384	TG	3	6	18449	18454	0 %	50 %	50 %	0 %	74310631
302	NC_007384	GAA	2	6	18493	18498	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310631
303	NC_007384	AAC	2	6	18500	18505	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310631
304	NC_007384	GCTG	2	8	18538	18545	0 %	25 %	50 %	25 %	74310631
305	NC_007384	AAGGT	2	10	18597	18606	40 %	20 %	40 %	0 %	74310631
306	NC_007384	CTT	2	6	18637	18642	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310631
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308	NC_007384	TGG	2	6	18862	18867	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310631
309	NC_007384	TG	3	6	18894	18899	0 %	50 %	50 %	0 %	74310631
310	NC_007384	TGG	2	6	18963	18968	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310631
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312	NC_007384	GCA	2	6	19036	19041	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310631
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314	NC_007384	GAG	2	6	19079	19084	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	74310631
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321	NC_007384	CTGG	2	8	19354	19361	0 %	25 %	50 %	25 %	74310632
322	NC_007384	CTG	2	6	19396	19401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310632
323	NC_007384	CCT	2	6	19405	19410	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	74310632
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326	NC_007384	TTC	2	6	19630	19635	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310632
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329	NC_007384	GCT	2	6	19752	19757	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310632
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331	NC_007384	TGA	3	9	19854	19862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310632
332	NC_007384	TGG	2	6	19865	19870	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310632
333	NC_007384	T	6	6	20017	20022	0 %	100 %	0 %	0 %	74310633
334	NC_007384	TTG	2	6	20279	20284	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310633
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343	NC_007384	CCGAT	2	10	20924	20933	20 %	20 %	20 %	40 %	74310634
344	NC_007384	CGG	2	6	20957	20962	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310634
345	NC_007384	TAT	2	6	21051	21056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310634
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347	NC_007384	CAT	2	6	21072	21077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310634
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363	NC_007384	ATT	2	6	21950	21955	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310635
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372	NC_007384	TGA	2	6	22483	22488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310635
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379	NC_007384	AATA	2	8	22819	22826	75 %	25 %	0 %	0 %	74310636
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388	NC_007384	AAAGGA	2	12	23267	23278	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310636
389	NC_007384	TCT	2	6	23366	23371	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310636
390	NC_007384	T	8	8	23403	23410	0 %	100 %	0 %	0 %	74310636
391	NC_007384	AT	4	8	23722	23729	50 %	50 %	0 %	0 %	74310637
392	NC_007384	GTTTT	2	10	23730	23739	0 %	80 %	20 %	0 %	74310637
393	NC_007384	TCA	2	6	23784	23789	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310637
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