MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 chromosome

Total Repeats: 78676

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
10001	NC_007384	TGC	2	6	580268	580273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311124
10002	NC_007384	CCA	2	6	580315	580320	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74311124
10003	NC_007384	CGC	2	6	580324	580329	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74311124
10004	NC_007384	CGC	2	6	580402	580407	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74311124
10005	NC_007384	GCGCC	2	10	580417	580426	0 %	0 %	40 %	60 %	74311124
10006	NC_007384	ACC	2	6	580470	580475	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74311124
10007	NC_007384	GCG	2	6	580489	580494	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311124
10008	NC_007384	CA	3	6	580574	580579	50 %	0 %	0 %	50 %	74311124
10009	NC_007384	CAG	2	6	580589	580594	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74311124
10010	NC_007384	TGA	2	6	580603	580608	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74311124
10011	NC_007384	GA	3	6	580618	580623	50 %	0 %	50 %	0 %	74311124
10012	NC_007384	CAC	2	6	580635	580640	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74311125
10013	NC_007384	CCCG	2	8	580731	580738	0 %	0 %	25 %	75 %	74311125
10014	NC_007384	CAG	3	9	580753	580761	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74311125
10015	NC_007384	GAT	2	6	580800	580805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74311125
10016	NC_007384	CCAG	2	8	580815	580822	25 %	0 %	25 %	50 %	74311125
10017	NC_007384	CAT	2	6	580837	580842	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74311125
10018	NC_007384	CCG	2	6	580872	580877	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74311125
10019	NC_007384	CAG	2	6	580906	580911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74311125
10020	NC_007384	TG	3	6	580922	580927	0 %	50 %	50 %	0 %	74311125
10021	NC_007384	GC	3	6	580986	580991	0 %	0 %	50 %	50 %	74311125
10022	NC_007384	CAC	2	6	581038	581043	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74311125
10023	NC_007384	CCG	2	6	581154	581159	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74311125
10024	NC_007384	CGCC	2	8	581169	581176	0 %	0 %	25 %	75 %	74311125
10025	NC_007384	CGC	2	6	581205	581210	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74311125
10026	NC_007384	CAA	2	6	581229	581234	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74311125
10027	NC_007384	CCA	2	6	581244	581249	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74311125
10028	NC_007384	GTT	2	6	581274	581279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74311125
10029	NC_007384	CAAG	2	8	581349	581356	50 %	0 %	25 %	25 %	74311125
10030	NC_007384	CG	3	6	581456	581461	0 %	0 %	50 %	50 %	74311125
10031	NC_007384	ACT	2	6	581516	581521	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74311125
10032	NC_007384	TAA	2	6	581578	581583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74311125
10033	NC_007384	GCT	2	6	581762	581767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311126
10034	NC_007384	CTCG	2	8	581814	581821	0 %	25 %	25 %	50 %	74311126
10035	NC_007384	CGGTGC	2	12	581860	581871	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	74311126
10036	NC_007384	GAT	2	6	581879	581884	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74311126
10037	NC_007384	CGG	2	6	581927	581932	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311126
10038	NC_007384	TGTT	2	8	581938	581945	0 %	75 %	25 %	0 %	74311126
10039	NC_007384	A	6	6	581988	581993	100 %	0 %	0 %	0 %	74311126
10040	NC_007384	GC	3	6	582006	582011	0 %	0 %	50 %	50 %	74311126
10041	NC_007384	GCT	2	6	582053	582058	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311126
10042	NC_007384	T	6	6	582107	582112	0 %	100 %	0 %	0 %	74311126
10043	NC_007384	GGC	2	6	582140	582145	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311126
10044	NC_007384	CGG	2	6	582260	582265	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311126
10045	NC_007384	GGC	3	9	582287	582295	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311126
10046	NC_007384	TTA	2	6	582304	582309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74311126
10047	NC_007384	GTT	2	6	582320	582325	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74311126
10048	NC_007384	GCCACC	2	12	582341	582352	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	74311126
10049	NC_007384	CG	3	6	582358	582363	0 %	0 %	50 %	50 %	74311126
10050	NC_007384	AGG	2	6	582422	582427	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	74311126
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10052	NC_007384	GCTG	2	8	582488	582495	0 %	25 %	50 %	25 %	74311126
10053	NC_007384	CGG	2	6	582511	582516	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311126
10054	NC_007384	GCG	2	6	582537	582542	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311126
10055	NC_007384	TGC	2	6	582616	582621	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311126
10056	NC_007384	GGCT	2	8	582708	582715	0 %	25 %	50 %	25 %	74311126
10057	NC_007384	TGC	2	6	582733	582738	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311126
10058	NC_007384	TGC	2	6	582748	582753	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311126
10059	NC_007384	GGCGC	2	10	582831	582840	0 %	0 %	60 %	40 %	74311126
10060	NC_007384	GGT	2	6	582846	582851	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74311126
10061	NC_007384	GAT	2	6	582860	582865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74311126
10062	NC_007384	TTG	2	6	582903	582908	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74311126
10063	NC_007384	GTT	2	6	582920	582925	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74311126
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10065	NC_007384	CGC	3	9	582964	582972	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74311126
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10067	NC_007384	GTA	2	6	583127	583132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74311127
10068	NC_007384	GCAG	2	8	583185	583192	25 %	0 %	50 %	25 %	74311127
10069	NC_007384	CAG	2	6	583276	583281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74311127
10070	NC_007384	CCA	2	6	583293	583298	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74311127
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10073	NC_007384	GTT	2	6	583378	583383	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74311127
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10075	NC_007384	GCG	2	6	583437	583442	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311127
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10077	NC_007384	ATTTG	2	10	583477	583486	20 %	60 %	20 %	0 %	74311127
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10087	NC_007384	GGCT	2	8	583905	583912	0 %	25 %	50 %	25 %	74311127
10088	NC_007384	CGG	2	6	583960	583965	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311127
10089	NC_007384	CAG	2	6	584443	584448	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74311128
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10100	NC_007384	GTTA	2	8	584944	584951	25 %	50 %	25 %	0 %	74311128
10101	NC_007384	GCTG	2	8	584967	584974	0 %	25 %	50 %	25 %	74311128
10102	NC_007384	TGG	2	6	584976	584981	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74311128
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10104	NC_007384	CTG	2	6	585007	585012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311128
10105	NC_007384	CG	3	6	585060	585065	0 %	0 %	50 %	50 %	74311128
10106	NC_007384	CTG	2	6	585109	585114	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311128
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10110	NC_007384	CTG	2	6	585304	585309	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311128
10111	NC_007384	GGC	2	6	585397	585402	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311128
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10113	NC_007384	CGT	2	6	585515	585520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311128
10114	NC_007384	CATTC	2	10	585606	585615	20 %	40 %	0 %	40 %	74311129
10115	NC_007384	GCGA	2	8	585734	585741	25 %	0 %	50 %	25 %	74311129
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10119	NC_007384	TGAAC	2	10	585930	585939	40 %	20 %	20 %	20 %	74311129
10120	NC_007384	GCCA	2	8	585946	585953	25 %	0 %	25 %	50 %	74311129
10121	NC_007384	GAT	2	6	586006	586011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74311129
10122	NC_007384	TCC	2	6	586039	586044	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	74311129
10123	NC_007384	GTG	2	6	586051	586056	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74311129
10124	NC_007384	CTG	2	6	586139	586144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311129
10125	NC_007384	CGG	2	6	586170	586175	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311129
10126	NC_007384	CAC	2	6	586176	586181	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74311129
10127	NC_007384	ACT	3	9	586217	586225	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74311129
10128	NC_007384	GCGT	2	8	586229	586236	0 %	25 %	50 %	25 %	74311129
10129	NC_007384	CA	3	6	586260	586265	50 %	0 %	0 %	50 %	74311129
10130	NC_007384	CGG	2	6	586292	586297	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311129
10131	NC_007384	TCTT	2	8	586337	586344	0 %	75 %	0 %	25 %	74311129
10132	NC_007384	GGA	2	6	586348	586353	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	74311129
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10134	NC_007384	GGC	2	6	586365	586370	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311129
10135	NC_007384	GCC	2	6	586437	586442	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74311129
10136	NC_007384	GCTG	2	8	586467	586474	0 %	25 %	50 %	25 %	74311129
10137	NC_007384	CGG	2	6	586521	586526	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311129
10138	NC_007384	GCG	2	6	586549	586554	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311129
10139	NC_007384	GCA	2	6	586584	586589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74311129
10140	NC_007384	TGA	2	6	586632	586637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74311129
10141	NC_007384	TGCTGA	2	12	586701	586712	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	74311129
10142	NC_007384	TGA	2	6	586748	586753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74311129
10143	NC_007384	CG	3	6	586754	586759	0 %	0 %	50 %	50 %	74311129
10144	NC_007384	TTA	2	6	586779	586784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74311129
10145	NC_007384	GCA	2	6	586794	586799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74311129
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10147	NC_007384	AGATC	2	10	586896	586905	40 %	20 %	20 %	20 %	74311129
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10149	NC_007384	CTG	3	9	586948	586956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311129
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10151	NC_007384	A	6	6	587015	587020	100 %	0 %	0 %	0 %	74311129
10152	NC_007384	TGG	2	6	587033	587038	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74311129
10153	NC_007384	GC	3	6	587052	587057	0 %	0 %	50 %	50 %	74311129
10154	NC_007384	CGT	2	6	587068	587073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311129
10155	NC_007384	GT	3	6	587124	587129	0 %	50 %	50 %	0 %	74311129
10156	NC_007384	CGG	2	6	587147	587152	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311129
10157	NC_007384	A	6	6	587167	587172	100 %	0 %	0 %	0 %	74311129
10158	NC_007384	TGGC	2	8	587185	587192	0 %	25 %	50 %	25 %	74311129
10159	NC_007384	GTT	2	6	587320	587325	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74311130
10160	NC_007384	GAT	2	6	587377	587382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74311130
10161	NC_007384	TGC	2	6	587404	587409	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311130
10162	NC_007384	ACT	2	6	587418	587423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74311130
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10164	NC_007384	AGAGC	2	10	587467	587476	40 %	0 %	40 %	20 %	74311130
10165	NC_007384	GGGCC	2	10	587510	587519	0 %	0 %	60 %	40 %	74311130
10166	NC_007384	GGT	2	6	587545	587550	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74311130
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10169	NC_007384	ATT	2	6	587663	587668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74311130
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10171	NC_007384	TGG	2	6	587742	587747	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74311130
10172	NC_007384	GTG	2	6	587822	587827	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74311130
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10174	NC_007384	GAC	2	6	587927	587932	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74311130
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10182	NC_007384	TGC	2	6	588246	588251	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311131
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10187	NC_007384	CGC	2	6	588477	588482	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74311131
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10195	NC_007384	GGC	2	6	588805	588810	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311131
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10200	NC_007384	TCA	2	6	588968	588973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74311132
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10203	NC_007384	CGG	2	6	589003	589008	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311132
10204	NC_007384	GCTG	2	8	589010	589017	0 %	25 %	50 %	25 %	74311132
10205	NC_007384	ATG	2	6	589044	589049	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74311132
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10207	NC_007384	CAT	2	6	589095	589100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74311132
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10211	NC_007384	TGC	2	6	589206	589211	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311132
10212	NC_007384	CT	3	6	589461	589466	0 %	50 %	0 %	50 %	74311133
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10215	NC_007384	ACG	2	6	589648	589653	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74311133
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10220	NC_007384	CGGTG	2	10	589805	589814	0 %	20 %	60 %	20 %	74311133
10221	NC_007384	TGTT	2	8	589831	589838	0 %	75 %	25 %	0 %	74311133
10222	NC_007384	TCGC	2	8	589856	589863	0 %	25 %	25 %	50 %	74311133
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10228	NC_007384	GGC	2	6	590222	590227	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311133
10229	NC_007384	TGC	2	6	590230	590235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311133
10230	NC_007384	CTG	2	6	590247	590252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311133
10231	NC_007384	CT	3	6	590268	590273	0 %	50 %	0 %	50 %	74311133
10232	NC_007384	CAC	2	6	590468	590473	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74311133
10233	NC_007384	CGAA	2	8	590488	590495	50 %	0 %	25 %	25 %	74311133
10234	NC_007384	ATC	2	6	590574	590579	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74311133
10235	NC_007384	CGG	2	6	590638	590643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311133
10236	NC_007384	GGT	2	6	590666	590671	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74311133
10237	NC_007384	GCGG	2	8	590754	590761	0 %	0 %	75 %	25 %	74311133
10238	NC_007384	ATG	2	6	590817	590822	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74311133
10239	NC_007384	CGG	2	6	590878	590883	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74311133
10240	NC_007384	TGC	2	6	590900	590905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311133
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10242	NC_007384	CTG	2	6	590925	590930	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74311133
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