MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus ATCC 15305 plasmid pSSP2

Total Repeats: 382

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007352	A	6	6	199	204	100 %	0 %	0 %	0 %	73663803
2	NC_007352	GAA	2	6	288	293	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663803
3	NC_007352	GTA	2	6	307	312	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663803
4	NC_007352	TA	3	6	382	387	50 %	50 %	0 %	0 %	73663803
5	NC_007352	AT	3	6	432	437	50 %	50 %	0 %	0 %	73663803
6	NC_007352	TAA	2	6	449	454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663803
7	NC_007352	A	6	6	453	458	100 %	0 %	0 %	0 %	73663803
8	NC_007352	ATC	2	6	479	484	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663803
9	NC_007352	GCA	2	6	523	528	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	73663803
10	NC_007352	ATG	2	6	559	564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663803
11	NC_007352	AGT	2	6	621	626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663803
12	NC_007352	ATT	2	6	630	635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663803
13	NC_007352	A	7	7	655	661	100 %	0 %	0 %	0 %	73663803
14	NC_007352	TAG	2	6	688	693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663803
15	NC_007352	AAG	2	6	703	708	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663803
16	NC_007352	ATA	2	6	715	720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663803
17	NC_007352	TA	3	6	911	916	50 %	50 %	0 %	0 %	73663804
18	NC_007352	TG	3	6	928	933	0 %	50 %	50 %	0 %	73663804
19	NC_007352	AGA	2	6	935	940	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663804
20	NC_007352	TAA	2	6	961	966	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663804
21	NC_007352	AATT	2	8	994	1001	50 %	50 %	0 %	0 %	73663804
22	NC_007352	TTA	2	6	1013	1018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663804
23	NC_007352	TA	3	6	1035	1040	50 %	50 %	0 %	0 %	73663804
24	NC_007352	ATC	2	6	1051	1056	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663804
25	NC_007352	T	6	6	1057	1062	0 %	100 %	0 %	0 %	73663804
26	NC_007352	ATA	2	6	1073	1078	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663804
27	NC_007352	AATT	2	8	1541	1548	50 %	50 %	0 %	0 %	73663805
28	NC_007352	T	6	6	1573	1578	0 %	100 %	0 %	0 %	73663805
29	NC_007352	CAG	2	6	1599	1604	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	73663805
30	NC_007352	CT	3	6	1610	1615	0 %	50 %	0 %	50 %	73663805
31	NC_007352	TTC	2	6	1618	1623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663805
32	NC_007352	ATC	2	6	1633	1638	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663805
33	NC_007352	TCT	2	6	1652	1657	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663805
34	NC_007352	TGT	2	6	1697	1702	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	73663805
35	NC_007352	TTCTTG	2	12	1723	1734	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	73663805
36	NC_007352	TTC	2	6	1750	1755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663805
37	NC_007352	CTT	2	6	1767	1772	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663805
38	NC_007352	AAT	2	6	1815	1820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663805
39	NC_007352	TCTT	2	8	1828	1835	0 %	75 %	0 %	25 %	73663805
40	NC_007352	TTA	2	6	1868	1873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663805
41	NC_007352	TATT	2	8	1920	1927	25 %	75 %	0 %	0 %	73663805
42	NC_007352	TA	4	8	1956	1963	50 %	50 %	0 %	0 %	73663805
43	NC_007352	TA	3	6	1974	1979	50 %	50 %	0 %	0 %	73663805
44	NC_007352	ATT	2	6	2014	2019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663805
45	NC_007352	CTT	3	9	2028	2036	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663805
46	NC_007352	T	8	8	2035	2042	0 %	100 %	0 %	0 %	73663805
47	NC_007352	ATC	2	6	2053	2058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663805
48	NC_007352	T	6	6	2072	2077	0 %	100 %	0 %	0 %	73663805
49	NC_007352	TAC	2	6	2089	2094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663805
50	NC_007352	T	6	6	2136	2141	0 %	100 %	0 %	0 %	73663805
51	NC_007352	T	6	6	2158	2163	0 %	100 %	0 %	0 %	73663805
52	NC_007352	ATT	2	6	2167	2172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663805
53	NC_007352	T	6	6	2804	2809	0 %	100 %	0 %	0 %	73663806
54	NC_007352	AAT	2	6	2894	2899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663806
55	NC_007352	AT	3	6	2919	2924	50 %	50 %	0 %	0 %	73663806
56	NC_007352	T	6	6	2924	2929	0 %	100 %	0 %	0 %	73663806
57	NC_007352	TAG	2	6	2968	2973	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663806
58	NC_007352	A	6	6	2996	3001	100 %	0 %	0 %	0 %	73663806
59	NC_007352	TCAA	2	8	3024	3031	50 %	25 %	0 %	25 %	73663806
60	NC_007352	TAAA	2	8	3045	3052	75 %	25 %	0 %	0 %	73663806
61	NC_007352	TAA	2	6	3055	3060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663806
62	NC_007352	TA	3	6	3063	3068	50 %	50 %	0 %	0 %	73663806
63	NC_007352	A	6	6	3071	3076	100 %	0 %	0 %	0 %	73663806
64	NC_007352	TATAT	2	10	3099	3108	40 %	60 %	0 %	0 %	73663806
65	NC_007352	CAA	2	6	3113	3118	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	73663806
66	NC_007352	TAA	2	6	3139	3144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663806
67	NC_007352	ATGATA	2	12	3177	3188	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	73663806
68	NC_007352	CAT	2	6	3212	3217	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663806
69	NC_007352	TA	3	6	3266	3271	50 %	50 %	0 %	0 %	73663806
70	NC_007352	AAT	2	6	3281	3286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663806
71	NC_007352	ATGA	2	8	3299	3306	50 %	25 %	25 %	0 %	73663806
72	NC_007352	CAA	2	6	3321	3326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	73663806
73	NC_007352	ATC	2	6	3351	3356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663806
74	NC_007352	TAA	2	6	3370	3375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663806
75	NC_007352	GAA	2	6	3401	3406	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663806
76	NC_007352	CAA	2	6	3413	3418	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	73663806
77	NC_007352	GTAA	2	8	3431	3438	50 %	25 %	25 %	0 %	73663806
78	NC_007352	TAT	2	6	3460	3465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663806
79	NC_007352	GAA	2	6	3487	3492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663806
80	NC_007352	TAA	2	6	3499	3504	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663806
81	NC_007352	TAT	2	6	3518	3523	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663806
82	NC_007352	AGA	2	6	3529	3534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663806
83	NC_007352	TGC	2	6	3579	3584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	73663806
84	NC_007352	GAA	2	6	3650	3655	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663806
85	NC_007352	CGT	2	6	3674	3679	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	73663806
86	NC_007352	ACA	2	6	3691	3696	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	73663806
87	NC_007352	AAT	2	6	3711	3716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663806
88	NC_007352	TGA	2	6	3932	3937	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663807
89	NC_007352	ACA	2	6	3945	3950	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	73663807
90	NC_007352	GAA	3	9	3954	3962	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663807
91	NC_007352	ATT	2	6	4006	4011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663807
92	NC_007352	A	7	7	4016	4022	100 %	0 %	0 %	0 %	73663807
93	NC_007352	A	6	6	4984	4989	100 %	0 %	0 %	0 %	73663808
94	NC_007352	TCA	2	6	5005	5010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663808
95	NC_007352	GGT	2	6	5090	5095	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	73663808
96	NC_007352	A	6	6	5163	5168	100 %	0 %	0 %	0 %	73663808
97	NC_007352	AATT	2	8	5175	5182	50 %	50 %	0 %	0 %	73663808
98	NC_007352	TACT	2	8	5197	5204	25 %	50 %	0 %	25 %	73663808
99	NC_007352	GGGATT	2	12	5214	5225	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	73663808
100	NC_007352	A	6	6	5260	5265	100 %	0 %	0 %	0 %	73663808
101	NC_007352	TGT	2	6	5317	5322	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	73663808
102	NC_007352	TTTTGA	2	12	5328	5339	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	73663808
103	NC_007352	TAA	2	6	5347	5352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663808
104	NC_007352	ATT	2	6	5356	5361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663808
105	NC_007352	A	6	6	5366	5371	100 %	0 %	0 %	0 %	73663808
106	NC_007352	GATA	2	8	5473	5480	50 %	25 %	25 %	0 %	73663808
107	NC_007352	TA	3	6	5489	5494	50 %	50 %	0 %	0 %	73663808
108	NC_007352	AT	3	6	5517	5522	50 %	50 %	0 %	0 %	73663808
109	NC_007352	CAT	2	6	5561	5566	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663808
110	NC_007352	GAA	2	6	5567	5572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663808
111	NC_007352	AAG	2	6	5575	5580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663808
112	NC_007352	A	6	6	5634	5639	100 %	0 %	0 %	0 %	73663808
113	NC_007352	GAA	2	6	5642	5647	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663808
114	NC_007352	A	6	6	5874	5879	100 %	0 %	0 %	0 %	73663809
115	NC_007352	GAT	2	6	5949	5954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663809
116	NC_007352	GAA	2	6	5982	5987	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663809
117	NC_007352	TCT	2	6	5994	5999	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663809
118	NC_007352	GGT	2	6	6003	6008	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	73663809
119	NC_007352	ATTAT	2	10	6025	6034	40 %	60 %	0 %	0 %	73663809
120	NC_007352	GTTA	2	8	6062	6069	25 %	50 %	25 %	0 %	73663809
121	NC_007352	ATA	2	6	6091	6096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663809
122	NC_007352	TTG	2	6	6118	6123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	73663809
123	NC_007352	TAA	2	6	6134	6139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663809
124	NC_007352	ATT	2	6	6175	6180	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663809
125	NC_007352	T	6	6	6194	6199	0 %	100 %	0 %	0 %	73663809
126	NC_007352	A	6	6	6249	6254	100 %	0 %	0 %	0 %	73663809
127	NC_007352	GAAT	2	8	6266	6273	50 %	25 %	25 %	0 %	73663809
128	NC_007352	GTT	2	6	6291	6296	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	73663809
129	NC_007352	ATA	2	6	6298	6303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663809
130	NC_007352	AG	3	6	6357	6362	50 %	0 %	50 %	0 %	73663809
131	NC_007352	TTGATT	2	12	6364	6375	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	73663809
132	NC_007352	GGTTT	2	10	6412	6421	0 %	60 %	40 %	0 %	73663809
133	NC_007352	ATTT	2	8	6911	6918	25 %	75 %	0 %	0 %	73663810
134	NC_007352	AGA	2	6	6960	6965	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663810
135	NC_007352	GTG	2	6	7004	7009	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	73663810
136	NC_007352	CTA	2	6	7016	7021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663810
137	NC_007352	GTT	2	6	7024	7029	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	73663810
138	NC_007352	ATG	2	6	7113	7118	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663811
139	NC_007352	TA	3	6	7174	7179	50 %	50 %	0 %	0 %	73663811
140	NC_007352	AT	3	6	7188	7193	50 %	50 %	0 %	0 %	73663811
141	NC_007352	TCTT	2	8	7243	7250	0 %	75 %	0 %	25 %	73663811
142	NC_007352	GAT	2	6	7264	7269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663811
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263	NC_007352	GTAA	2	8	16700	16707	50 %	25 %	25 %	0 %	73663820
264	NC_007352	TTC	2	6	16802	16807	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663820
265	NC_007352	A	6	6	16816	16821	100 %	0 %	0 %	0 %	73663820
266	NC_007352	TCTT	2	8	16833	16840	0 %	75 %	0 %	25 %	73663820
267	NC_007352	TGAAA	2	10	16990	16999	60 %	20 %	20 %	0 %	73663821
268	NC_007352	TA	3	6	17000	17005	50 %	50 %	0 %	0 %	73663821
269	NC_007352	GCTA	2	8	17071	17078	25 %	25 %	25 %	25 %	73663821
270	NC_007352	T	7	7	17079	17085	0 %	100 %	0 %	0 %	73663821
271	NC_007352	CTATTG	2	12	17127	17138	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	73663821
272	NC_007352	GAT	2	6	17144	17149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663821
273	NC_007352	TAAA	2	8	17184	17191	75 %	25 %	0 %	0 %	73663821
274	NC_007352	ATA	2	6	17205	17210	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663821
275	NC_007352	AAGA	2	8	17213	17220	75 %	0 %	25 %	0 %	73663821
276	NC_007352	AGTC	2	8	17372	17379	25 %	25 %	25 %	25 %	73663821
277	NC_007352	CAA	2	6	17394	17399	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	73663821
278	NC_007352	ACT	2	6	17438	17443	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663821
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280	NC_007352	TTAG	2	8	17630	17637	25 %	50 %	25 %	0 %	73663822
281	NC_007352	ATTTA	2	10	17641	17650	40 %	60 %	0 %	0 %	73663822
282	NC_007352	ATT	2	6	17677	17682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663822
283	NC_007352	TAG	2	6	17730	17735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663822
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299	NC_007352	TA	3	6	18524	18529	50 %	50 %	0 %	0 %	73663823
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311	NC_007352	A	6	6	19533	19538	100 %	0 %	0 %	0 %	73663824
312	NC_007352	GAT	3	9	19572	19580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663824
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323	NC_007352	TTA	2	6	20242	20247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663824
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.