MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 plasmid pSC138

Total Repeats: 2310

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2001	NC_006856	TCGT	2	8	117731	117738	0 %	50 %	25 %	25 %	60115660
2002	NC_006856	CGT	2	6	117770	117775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115660
2003	NC_006856	CAAA	2	8	117777	117784	75 %	0 %	0 %	25 %	60115660
2004	NC_006856	A	7	7	117782	117788	100 %	0 %	0 %	0 %	60115660
2005	NC_006856	ACC	2	6	117866	117871	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	60115660
2006	NC_006856	TAT	2	6	117890	117895	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	60115660
2007	NC_006856	CTG	2	6	117971	117976	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115660
2008	NC_006856	AGC	2	6	118149	118154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115660
2009	NC_006856	TCA	2	6	118239	118244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	60115660
2010	NC_006856	GAA	2	6	118274	118279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	60115660
2011	NC_006856	GCT	2	6	118328	118333	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115660
2012	NC_006856	CTGT	2	8	118752	118759	0 %	50 %	25 %	25 %	60115661
2013	NC_006856	TTC	2	6	118859	118864	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	60115661
2014	NC_006856	T	7	7	118907	118913	0 %	100 %	0 %	0 %	60115661
2015	NC_006856	AAG	2	6	119200	119205	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	60115662
2016	NC_006856	TTC	2	6	119275	119280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	60115662
2017	NC_006856	GCC	2	6	119313	119318	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115662
2018	NC_006856	GCGA	2	8	119382	119389	25 %	0 %	50 %	25 %	60115662
2019	NC_006856	CCA	2	6	119689	119694	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	60115663
2020	NC_006856	GCG	2	6	119711	119716	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	60115663
2021	NC_006856	GGC	2	6	119748	119753	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	60115663
2022	NC_006856	CAG	2	6	119781	119786	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115663
2023	NC_006856	A	7	7	119810	119816	100 %	0 %	0 %	0 %	60115663
2024	NC_006856	GCT	2	6	119843	119848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115663
2025	NC_006856	CAA	2	6	119873	119878	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	60115663
2026	NC_006856	GCA	2	6	119891	119896	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115663
2027	NC_006856	GAT	2	6	119945	119950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115663
2028	NC_006856	ACG	2	6	119953	119958	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115663
2029	NC_006856	TGC	2	6	119998	120003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115663
2030	NC_006856	CGC	3	9	120035	120043	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115663
2031	NC_006856	CAT	3	9	120071	120079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	60115663
2032	NC_006856	A	6	6	120111	120116	100 %	0 %	0 %	0 %	60115663
2033	NC_006856	ACA	2	6	120127	120132	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	60115663
2034	NC_006856	CGC	2	6	120229	120234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115663
2035	NC_006856	CG	3	6	120286	120291	0 %	0 %	50 %	50 %	60115663
2036	NC_006856	CCG	2	6	120301	120306	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115663
2037	NC_006856	CG	3	6	120305	120310	0 %	0 %	50 %	50 %	60115663
2038	NC_006856	GCA	3	9	120332	120340	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115663
2039	NC_006856	A	7	7	120471	120477	100 %	0 %	0 %	0 %	60115664
2040	NC_006856	CT	3	6	120482	120487	0 %	50 %	0 %	50 %	60115664
2041	NC_006856	ACC	2	6	120498	120503	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	60115664
2042	NC_006856	GCC	2	6	120519	120524	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115664
2043	NC_006856	GCC	2	6	120581	120586	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115664
2044	NC_006856	CAG	3	9	120615	120623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115664
2045	NC_006856	GGA	2	6	120689	120694	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	60115664
2046	NC_006856	GAA	2	6	120755	120760	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	60115664
2047	NC_006856	CTT	2	6	120770	120775	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	60115664
2048	NC_006856	CTG	2	6	120837	120842	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115664
2049	NC_006856	ACA	2	6	120984	120989	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	60115665
2050	NC_006856	CGG	2	6	121043	121048	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	60115665
2051	NC_006856	ACGCC	2	10	121137	121146	20 %	0 %	20 %	60 %	60115665
2052	NC_006856	CTGACG	2	12	121158	121169	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	60115665
2053	NC_006856	GCG	2	6	121174	121179	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	60115665
2054	NC_006856	GCC	2	6	121202	121207	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115665
2055	NC_006856	ATG	2	6	121210	121215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115665
2056	NC_006856	CGG	2	6	121243	121248	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	60115665
2057	NC_006856	ATG	2	6	121333	121338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115665
2058	NC_006856	AGG	2	6	121360	121365	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	60115665
2059	NC_006856	CCG	2	6	121381	121386	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115665
2060	NC_006856	GGA	2	6	121418	121423	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	60115665
2061	NC_006856	TGC	2	6	121447	121452	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115665
2062	NC_006856	GC	3	6	121502	121507	0 %	0 %	50 %	50 %	60115665
2063	NC_006856	CGCGC	2	10	121519	121528	0 %	0 %	40 %	60 %	60115665
2064	NC_006856	GCT	2	6	121529	121534	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115665
2065	NC_006856	CGTT	2	8	121603	121610	0 %	50 %	25 %	25 %	60115665
2066	NC_006856	TTC	2	6	121644	121649	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	60115665
2067	NC_006856	TGA	2	6	121669	121674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115665
2068	NC_006856	GCC	2	6	121759	121764	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115665
2069	NC_006856	GCT	2	6	121808	121813	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115665
2070	NC_006856	TGA	2	6	121876	121881	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115665
2071	NC_006856	ACT	2	6	121888	121893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	60115665
2072	NC_006856	TGA	2	6	121907	121912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115665
2073	NC_006856	CAC	2	6	122091	122096	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	60115666
2074	NC_006856	GCTGGA	2	12	122136	122147	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	60115666
2075	NC_006856	GGCA	2	8	122286	122293	25 %	0 %	50 %	25 %	60115666
2076	NC_006856	GCG	2	6	122313	122318	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	60115666
2077	NC_006856	GAAACC	2	12	122335	122346	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	60115666
2078	NC_006856	AGA	2	6	122424	122429	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	60115666
2079	NC_006856	CCG	2	6	122454	122459	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115666
2080	NC_006856	CGT	2	6	122462	122467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115666
2081	NC_006856	TGA	2	6	122474	122479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115666
2082	NC_006856	AAC	2	6	122506	122511	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	60115666
2083	NC_006856	TCGGC	2	10	122663	122672	0 %	20 %	40 %	40 %	60115666
2084	NC_006856	GC	4	8	122676	122683	0 %	0 %	50 %	50 %	60115666
2085	NC_006856	GGC	3	9	122733	122741	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	60115666
2086	NC_006856	CGA	2	6	122766	122771	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115666
2087	NC_006856	GCT	3	9	122772	122780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115666
2088	NC_006856	ACA	2	6	122828	122833	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	60115666
2089	NC_006856	CGG	2	6	122835	122840	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	60115666
2090	NC_006856	GAT	3	9	122850	122858	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115666
2091	NC_006856	CGG	2	6	122891	122896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	60115666
2092	NC_006856	TGC	2	6	123008	123013	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115666
2093	NC_006856	TGG	2	6	123137	123142	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	60115666
2094	NC_006856	ATA	2	6	123288	123293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	60115668
2095	NC_006856	GGCCT	2	10	123303	123312	0 %	20 %	40 %	40 %	60115668
2096	NC_006856	TGG	2	6	123347	123352	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	60115668
2097	NC_006856	GTT	2	6	123432	123437	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	60115668
2098	NC_006856	GAGCA	2	10	123492	123501	40 %	0 %	40 %	20 %	60115668
2099	NC_006856	GC	3	6	123503	123508	0 %	0 %	50 %	50 %	60115668
2100	NC_006856	GGCG	2	8	123516	123523	0 %	0 %	75 %	25 %	60115668
2101	NC_006856	TGA	2	6	123536	123541	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115668
2102	NC_006856	CTT	2	6	123558	123563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	60115668
2103	NC_006856	GTT	2	6	123567	123572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	60115668
2104	NC_006856	ACG	2	6	123612	123617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115668
2105	NC_006856	GGA	2	6	123618	123623	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	60115668
2106	NC_006856	GA	3	6	123622	123627	50 %	0 %	50 %	0 %	60115668
2107	NC_006856	CAGC	2	8	123833	123840	25 %	0 %	25 %	50 %	60115668
2108	NC_006856	ATG	2	6	123901	123906	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115668
2109	NC_006856	GAT	2	6	123965	123970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115667
2110	NC_006856	CAC	2	6	123979	123984	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	60115667
2111	NC_006856	GGT	2	6	124042	124047	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	60115667
2112	NC_006856	AC	3	6	124345	124350	50 %	0 %	0 %	50 %	60115669
2113	NC_006856	CAT	2	6	124403	124408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	60115669
2114	NC_006856	TCA	2	6	124434	124439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	60115669
2115	NC_006856	TCT	3	9	124497	124505	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	60115669
2116	NC_006856	TTC	2	6	124611	124616	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	60115669
2117	NC_006856	ATG	2	6	124635	124640	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115669
2118	NC_006856	GCT	2	6	124641	124646	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115669
2119	NC_006856	GTT	2	6	124696	124701	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	60115669
2120	NC_006856	TG	3	6	124792	124797	0 %	50 %	50 %	0 %	60115669
2121	NC_006856	GAAA	2	8	124909	124916	75 %	0 %	25 %	0 %	60115669
2122	NC_006856	CAT	2	6	125014	125019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	60115669
2123	NC_006856	T	6	6	125069	125074	0 %	100 %	0 %	0 %	60115669
2124	NC_006856	ACTA	2	8	125147	125154	50 %	25 %	0 %	25 %	60115669
2125	NC_006856	GCC	2	6	125229	125234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115669
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2127	NC_006856	CCA	2	6	125360	125365	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	60115670
2128	NC_006856	ACA	2	6	125459	125464	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	60115670
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2130	NC_006856	A	6	6	125874	125879	100 %	0 %	0 %	0 %	60115671
2131	NC_006856	TGA	2	6	125968	125973	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115671
2132	NC_006856	TAAGCC	2	12	126013	126024	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	60115671
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2144	NC_006856	AGC	2	6	126995	127000	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115674
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2152	NC_006856	GAT	2	6	127463	127468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115675
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2156	NC_006856	TCC	2	6	127561	127566	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	60115675
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2227	NC_006856	GA	3	6	132853	132858	50 %	0 %	50 %	0 %	60115677
2228	NC_006856	TTGGC	2	10	133078	133087	0 %	40 %	40 %	20 %	60115677
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2232	NC_006856	GAA	2	6	133263	133268	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	60115677
2233	NC_006856	TTTTG	2	10	133358	133367	0 %	80 %	20 %	0 %	60115677
2234	NC_006856	GTC	2	6	133416	133421	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115677
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2242	NC_006856	AC	3	6	133899	133904	50 %	0 %	0 %	50 %	60115677
2243	NC_006856	ATTA	2	8	133943	133950	50 %	50 %	0 %	0 %	60115677
2244	NC_006856	AAT	2	6	134162	134167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	60115678
2245	NC_006856	TCA	2	6	134221	134226	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	60115678
2246	NC_006856	GAT	2	6	134252	134257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115678
2247	NC_006856	CTGC	2	8	134264	134271	0 %	25 %	25 %	50 %	60115678
2248	NC_006856	ACG	2	6	134293	134298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115678
2249	NC_006856	GCGG	2	8	134549	134556	0 %	0 %	75 %	25 %	60115679
2250	NC_006856	GCC	2	6	134573	134578	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115679
2251	NC_006856	TAA	2	6	134585	134590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	60115679
2252	NC_006856	TCG	2	6	134783	134788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115679
2253	NC_006856	ATC	2	6	134889	134894	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	60115679
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2259	NC_006856	ACG	2	6	135120	135125	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115679
2260	NC_006856	CAG	2	6	135185	135190	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115679
2261	NC_006856	ACG	2	6	135249	135254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115679
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2266	NC_006856	CGGG	2	8	135507	135514	0 %	0 %	75 %	25 %	60115680
2267	NC_006856	GCTTCG	2	12	135522	135533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115680
2268	NC_006856	TGA	2	6	135544	135549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	60115680
2269	NC_006856	TCG	2	6	135555	135560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115680
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2272	NC_006856	ACCG	2	8	135670	135677	25 %	0 %	25 %	50 %	60115681
2273	NC_006856	CT	3	6	135685	135690	0 %	50 %	0 %	50 %	60115681
2274	NC_006856	CGC	2	6	135712	135717	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115681
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2276	NC_006856	GCG	2	6	135852	135857	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	60115681
2277	NC_006856	CG	3	6	136028	136033	0 %	0 %	50 %	50 %	60115682
2278	NC_006856	CTG	2	6	136066	136071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115682
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2280	NC_006856	TCC	2	6	136121	136126	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	60115682
2281	NC_006856	ACG	2	6	136267	136272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115682
2282	NC_006856	CCGG	2	8	136346	136353	0 %	0 %	50 %	50 %	60115682
2283	NC_006856	ACT	2	6	136439	136444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	60115682
2284	NC_006856	TCG	2	6	136450	136455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115682
2285	NC_006856	CTTC	2	8	136656	136663	0 %	50 %	0 %	50 %	60115682
2286	NC_006856	CGGTGG	2	12	136698	136709	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	60115682
2287	NC_006856	CCGG	2	8	136711	136718	0 %	0 %	50 %	50 %	60115682
2288	NC_006856	GCA	2	6	136725	136730	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115682
2289	NC_006856	CGA	2	6	136812	136817	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115682
2290	NC_006856	CGGGC	2	10	136880	136889	0 %	0 %	60 %	40 %	60115682
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2292	NC_006856	CCT	2	6	137200	137205	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	60115683
2293	NC_006856	GTG	2	6	137223	137228	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	60115683
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2299	NC_006856	CCCAG	2	10	138150	138159	20 %	0 %	20 %	60 %	60115684
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2301	NC_006856	GCC	2	6	138260	138265	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115684
2302	NC_006856	GCT	3	9	138297	138305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115684
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2309	NC_006856	GCC	2	6	138616	138621	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	60115684
2310	NC_006856	GCGCG	2	10	138697	138706	0 %	0 %	60 %	40 %	60115684

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.