MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476 plasmid pSAS

Total Repeats: 337

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005951	A	7	7	38	44	100 %	0 %	0 %	0 %	49398099
2	NC_005951	TAA	2	6	47	52	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398099
3	NC_005951	TACTT	2	10	134	143	20 %	60 %	0 %	20 %	49398099
4	NC_005951	AT	4	8	183	190	50 %	50 %	0 %	0 %	49398099
5	NC_005951	A	6	6	206	211	100 %	0 %	0 %	0 %	49398099
6	NC_005951	ATTTAG	2	12	292	303	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	49398099
7	NC_005951	A	6	6	324	329	100 %	0 %	0 %	0 %	49398099
8	NC_005951	ATA	2	6	331	336	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398099
9	NC_005951	AAAG	2	8	344	351	75 %	0 %	25 %	0 %	49398099
10	NC_005951	A	6	6	359	364	100 %	0 %	0 %	0 %	49398099
11	NC_005951	GGT	2	6	411	416	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49398099
12	NC_005951	AAC	2	6	418	423	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	49398099
13	NC_005951	TGA	2	6	476	481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398099
14	NC_005951	TAT	2	6	529	534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398099
15	NC_005951	TGA	2	6	545	550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398099
16	NC_005951	ATT	2	6	2178	2183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398100
17	NC_005951	T	6	6	2182	2187	0 %	100 %	0 %	0 %	49398100
18	NC_005951	AT	3	6	2223	2228	50 %	50 %	0 %	0 %	49398100
19	NC_005951	CAA	2	6	2279	2284	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	49398100
20	NC_005951	ATA	2	6	2434	2439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398100
21	NC_005951	AGT	2	6	2441	2446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398100
22	NC_005951	GA	3	6	2534	2539	50 %	0 %	50 %	0 %	49398101
23	NC_005951	TA	3	6	2546	2551	50 %	50 %	0 %	0 %	49398101
24	NC_005951	ATGAA	2	10	2555	2564	60 %	20 %	20 %	0 %	49398101
25	NC_005951	ATTT	2	8	2603	2610	25 %	75 %	0 %	0 %	49398101
26	NC_005951	T	6	6	2608	2613	0 %	100 %	0 %	0 %	49398101
27	NC_005951	TAA	2	6	2622	2627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398101
28	NC_005951	TGA	2	6	2667	2672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398101
29	NC_005951	A	7	7	2676	2682	100 %	0 %	0 %	0 %	49398101
30	NC_005951	GAT	3	9	2782	2790	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398101
31	NC_005951	CTT	2	6	2861	2866	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	49398101
32	NC_005951	TAA	2	6	2898	2903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398101
33	NC_005951	GAT	2	6	3016	3021	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398101
34	NC_005951	TAT	3	9	3090	3098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398101
35	NC_005951	TAA	2	6	3117	3122	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398101
36	NC_005951	A	6	6	3148	3153	100 %	0 %	0 %	0 %	49398101
37	NC_005951	AGAT	2	8	3233	3240	50 %	25 %	25 %	0 %	49398101
38	NC_005951	AGA	2	6	3285	3290	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	49398101
39	NC_005951	AGAA	2	8	3338	3345	75 %	0 %	25 %	0 %	49398101
40	NC_005951	T	6	6	3354	3359	0 %	100 %	0 %	0 %	49398101
41	NC_005951	AAC	2	6	3362	3367	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	49398101
42	NC_005951	AG	3	6	3502	3507	50 %	0 %	50 %	0 %	49398102
43	NC_005951	AT	3	6	3541	3546	50 %	50 %	0 %	0 %	49398102
44	NC_005951	TCCT	2	8	3596	3603	0 %	50 %	0 %	50 %	49398102
45	NC_005951	TTAA	2	8	3654	3661	50 %	50 %	0 %	0 %	49398102
46	NC_005951	A	6	6	3678	3683	100 %	0 %	0 %	0 %	49398102
47	NC_005951	AG	4	8	3705	3712	50 %	0 %	50 %	0 %	49398102
48	NC_005951	TGG	2	6	3753	3758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49398102
49	NC_005951	TTTC	2	8	3761	3768	0 %	75 %	0 %	25 %	49398102
50	NC_005951	CATT	2	8	3794	3801	25 %	50 %	0 %	25 %	49398102
51	NC_005951	AGA	2	6	3900	3905	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	49398103
52	NC_005951	AT	3	6	3927	3932	50 %	50 %	0 %	0 %	49398103
53	NC_005951	T	6	6	3999	4004	0 %	100 %	0 %	0 %	49398103
54	NC_005951	TAT	2	6	4028	4033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398103
55	NC_005951	T	6	6	4033	4038	0 %	100 %	0 %	0 %	49398103
56	NC_005951	TAA	2	6	4055	4060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398103
57	NC_005951	TAACG	2	10	4066	4075	40 %	20 %	20 %	20 %	49398103
58	NC_005951	AAG	2	6	4293	4298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	49398104
59	NC_005951	AAG	2	6	4317	4322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	49398104
60	NC_005951	ATTT	2	8	4334	4341	25 %	75 %	0 %	0 %	49398104
61	NC_005951	CAA	2	6	4345	4350	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	49398104
62	NC_005951	TAT	2	6	4364	4369	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398104
63	NC_005951	AAG	2	6	4378	4383	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	49398104
64	NC_005951	ATT	2	6	4403	4408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398104
65	NC_005951	GAC	2	6	4692	4697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	49398105
66	NC_005951	TTC	2	6	4723	4728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	49398105
67	NC_005951	TCT	2	6	4736	4741	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	49398105
68	NC_005951	TCT	2	6	4778	4783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	49398105
69	NC_005951	CTT	2	6	4791	4796	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	49398105
70	NC_005951	TCG	2	6	4811	4816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	49398105
71	NC_005951	AT	3	6	4830	4835	50 %	50 %	0 %	0 %	49398105
72	NC_005951	TTC	2	6	4864	4869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	49398105
73	NC_005951	TAG	2	6	4896	4901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398105
74	NC_005951	T	6	6	4908	4913	0 %	100 %	0 %	0 %	49398105
75	NC_005951	TAG	2	6	4941	4946	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398105
76	NC_005951	TTTTTC	2	12	4972	4983	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	49398105
77	NC_005951	CT	3	6	5018	5023	0 %	50 %	0 %	50 %	49398105
78	NC_005951	TCTT	2	8	5059	5066	0 %	75 %	0 %	25 %	49398105
79	NC_005951	TTG	2	6	5091	5096	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	49398105
80	NC_005951	GAC	2	6	5103	5108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	49398105
81	NC_005951	ATT	2	6	5128	5133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398105
82	NC_005951	CTA	2	6	5163	5168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	49398105
83	NC_005951	T	8	8	5212	5219	0 %	100 %	0 %	0 %	49398105
84	NC_005951	T	6	6	5283	5288	0 %	100 %	0 %	0 %	49398105
85	NC_005951	TCT	2	6	5300	5305	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	49398105
86	NC_005951	TAA	2	6	5307	5312	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398105
87	NC_005951	ATT	2	6	5359	5364	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398105
88	NC_005951	TTC	2	6	5392	5397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	49398105
89	NC_005951	TAT	2	6	8006	8011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398106
90	NC_005951	GTT	2	6	8022	8027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	49398106
91	NC_005951	GCT	3	9	8028	8036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	49398106
92	NC_005951	CAG	2	6	8053	8058	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	49398106
93	NC_005951	TTA	2	6	8064	8069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398106
94	NC_005951	TTA	2	6	8076	8081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398106
95	NC_005951	T	6	6	8085	8090	0 %	100 %	0 %	0 %	49398106
96	NC_005951	TAT	2	6	8150	8155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398106
97	NC_005951	TTAG	2	8	8163	8170	25 %	50 %	25 %	0 %	49398106
98	NC_005951	ATG	2	6	8269	8274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398106
99	NC_005951	AG	3	6	8290	8295	50 %	0 %	50 %	0 %	49398106
100	NC_005951	A	6	6	8298	8303	100 %	0 %	0 %	0 %	49398106
101	NC_005951	TGAA	2	8	8308	8315	50 %	25 %	25 %	0 %	49398106
102	NC_005951	ATA	2	6	8377	8382	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398106
103	NC_005951	TTAC	2	8	8430	8437	25 %	50 %	0 %	25 %	49398106
104	NC_005951	TAATTT	2	12	8452	8463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398106
105	NC_005951	TCT	2	6	8464	8469	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	49398106
106	NC_005951	TTG	2	6	8518	8523	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	49398106
107	NC_005951	TA	3	6	8556	8561	50 %	50 %	0 %	0 %	49398106
108	NC_005951	TTTA	2	8	8570	8577	25 %	75 %	0 %	0 %	49398106
109	NC_005951	TTA	3	9	8575	8583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398106
110	NC_005951	TGTGA	2	10	8664	8673	20 %	40 %	40 %	0 %	49398107
111	NC_005951	T	6	6	8711	8716	0 %	100 %	0 %	0 %	49398107
112	NC_005951	AGA	2	6	8717	8722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	49398107
113	NC_005951	A	6	6	8755	8760	100 %	0 %	0 %	0 %	49398107
114	NC_005951	TGA	2	6	8765	8770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398107
115	NC_005951	GAA	2	6	8771	8776	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	49398107
116	NC_005951	AGA	2	6	8804	8809	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	49398107
117	NC_005951	TG	3	6	8815	8820	0 %	50 %	50 %	0 %	49398107
118	NC_005951	CAT	2	6	8868	8873	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	49398107
119	NC_005951	TA	3	6	8884	8889	50 %	50 %	0 %	0 %	49398107
120	NC_005951	ATT	2	6	8932	8937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398107
121	NC_005951	TTA	2	6	8938	8943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398107
122	NC_005951	AG	3	6	8958	8963	50 %	0 %	50 %	0 %	49398107
123	NC_005951	AGG	2	6	8980	8985	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	49398107
124	NC_005951	AT	3	6	9462	9467	50 %	50 %	0 %	0 %	49398108
125	NC_005951	TCA	2	6	9502	9507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	49398108
126	NC_005951	AGA	2	6	9525	9530	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	49398108
127	NC_005951	AGT	2	6	9540	9545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398108
128	NC_005951	TAA	2	6	9564	9569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398108
129	NC_005951	CAG	2	6	9575	9580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	49398108
130	NC_005951	AGT	2	6	9601	9606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	49398108
131	NC_005951	ATA	2	6	9622	9627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398108
132	NC_005951	ATT	2	6	9660	9665	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398108
133	NC_005951	GAA	2	6	9697	9702	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	49398108
134	NC_005951	TA	3	6	9756	9761	50 %	50 %	0 %	0 %	49398108
135	NC_005951	A	6	6	9808	9813	100 %	0 %	0 %	0 %	49398108
136	NC_005951	AAAGT	2	10	9887	9896	60 %	20 %	20 %	0 %	49398108
137	NC_005951	TGGA	2	8	9945	9952	25 %	25 %	50 %	0 %	49398108
138	NC_005951	A	8	8	9981	9988	100 %	0 %	0 %	0 %	49398108
139	NC_005951	A	7	7	9990	9996	100 %	0 %	0 %	0 %	49398108
140	NC_005951	T	6	6	10032	10037	0 %	100 %	0 %	0 %	49398108
141	NC_005951	AGA	2	6	10041	10046	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	49398108
142	NC_005951	ATGT	2	8	10063	10070	25 %	50 %	25 %	0 %	49398108
143	NC_005951	CA	3	6	10090	10095	50 %	0 %	0 %	50 %	49398108
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148	NC_005951	TTAA	2	8	10231	10238	50 %	50 %	0 %	0 %	49398108
149	NC_005951	A	6	6	10245	10250	100 %	0 %	0 %	0 %	49398108
150	NC_005951	A	7	7	10313	10319	100 %	0 %	0 %	0 %	49398108
151	NC_005951	ATA	2	6	10397	10402	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	49398108
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154	NC_005951	TAT	2	6	10558	10563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398109
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160	NC_005951	T	6	6	10866	10871	0 %	100 %	0 %	0 %	49398109
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261	NC_005951	AACAA	2	10	17925	17934	80 %	0 %	0 %	20 %	49398114
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263	NC_005951	ATT	2	6	17962	17967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398114
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270	NC_005951	TTA	2	6	18181	18186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398115
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272	NC_005951	GTG	2	6	18243	18248	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49398115
273	NC_005951	AAACA	2	10	18301	18310	80 %	0 %	0 %	20 %	49398115
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275	NC_005951	ATT	2	6	18417	18422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	49398116
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337	NC_005951	T	6	6	20544	20549	0 %	100 %	0 %	0 %	49398117

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.