MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Shigella flexneri 2a str. 301 plasmid pCP301

Total Repeats: 3479

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004851	GCGA	2	8	244	251	25 %	0 %	50 %	25 %	31983709
2	NC_004851	TGC	2	6	314	319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	31983709
3	NC_004851	CCG	2	6	415	420	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	31983709
4	NC_004851	TTC	2	6	423	428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	31983709
5	NC_004851	CAA	2	6	433	438	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	31983709
6	NC_004851	GTCA	2	8	499	506	25 %	25 %	25 %	25 %	31983710
7	NC_004851	AAT	2	6	728	733	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983710
8	NC_004851	TTG	2	6	774	779	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	31983710
9	NC_004851	TCA	2	6	806	811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	31983710
10	NC_004851	GAT	2	6	928	933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	31983710
11	NC_004851	ATA	2	6	1257	1262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983559
12	NC_004851	A	6	6	1271	1276	100 %	0 %	0 %	0 %	31983559
13	NC_004851	TCA	2	6	1278	1283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	31983559
14	NC_004851	AGC	2	6	1298	1303	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	31983559
15	NC_004851	T	7	7	1309	1315	0 %	100 %	0 %	0 %	31983559
16	NC_004851	GA	3	6	1318	1323	50 %	0 %	50 %	0 %	31983559
17	NC_004851	ATG	2	6	1342	1347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	31983559
18	NC_004851	TCTA	2	8	1349	1356	25 %	50 %	0 %	25 %	31983559
19	NC_004851	ACA	2	6	1364	1369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	31983559
20	NC_004851	A	6	6	1423	1428	100 %	0 %	0 %	0 %	31983559
21	NC_004851	TAA	2	6	1486	1491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983559
22	NC_004851	ATG	3	9	1495	1503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	31983559
23	NC_004851	TGC	3	9	1514	1522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	31983559
24	NC_004851	A	7	7	1535	1541	100 %	0 %	0 %	0 %	31983559
25	NC_004851	TAA	2	6	1583	1588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983559
26	NC_004851	TCA	2	6	1622	1627	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	31983559
27	NC_004851	ACAA	2	8	1658	1665	75 %	0 %	0 %	25 %	31983559
28	NC_004851	CTG	2	6	1771	1776	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	31983559
29	NC_004851	TCTT	2	8	1781	1788	0 %	75 %	0 %	25 %	31983559
30	NC_004851	CT	3	6	1799	1804	0 %	50 %	0 %	50 %	31983559
31	NC_004851	T	7	7	1808	1814	0 %	100 %	0 %	0 %	31983559
32	NC_004851	A	7	7	1844	1850	100 %	0 %	0 %	0 %	31983559
33	NC_004851	CTG	2	6	1969	1974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	31983559
34	NC_004851	AAG	2	6	1994	1999	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	31983559
35	NC_004851	TAT	2	6	2018	2023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	31983559
36	NC_004851	TAA	2	6	2024	2029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983559
37	NC_004851	TCT	2	6	2388	2393	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	31983594
38	NC_004851	T	6	6	2393	2398	0 %	100 %	0 %	0 %	31983594
39	NC_004851	CAA	2	6	2464	2469	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	31983594
40	NC_004851	CCG	2	6	2497	2502	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	31983594
41	NC_004851	AGT	2	6	2520	2525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	31983594
42	NC_004851	CGCT	2	8	2560	2567	0 %	25 %	25 %	50 %	31983594
43	NC_004851	TAC	2	6	2608	2613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	31983594
44	NC_004851	GTT	2	6	2688	2693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	31983594
45	NC_004851	TAC	2	6	2702	2707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	31983594
46	NC_004851	TTAT	2	8	2771	2778	25 %	75 %	0 %	0 %	31983594
47	NC_004851	TTGG	2	8	2855	2862	0 %	50 %	50 %	0 %	31983594
48	NC_004851	GTT	2	6	3007	3012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	31983594
49	NC_004851	ATA	2	6	3023	3028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983594
50	NC_004851	A	6	6	3061	3066	100 %	0 %	0 %	0 %	31983594
51	NC_004851	GAA	2	6	3073	3078	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	31983594
52	NC_004851	T	6	6	3498	3503	0 %	100 %	0 %	0 %	31983555
53	NC_004851	A	7	7	3507	3513	100 %	0 %	0 %	0 %	31983555
54	NC_004851	CATTG	2	10	3540	3549	20 %	40 %	20 %	20 %	31983555
55	NC_004851	T	6	6	3585	3590	0 %	100 %	0 %	0 %	31983555
56	NC_004851	ATT	2	6	3609	3614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	31983555
57	NC_004851	TAAG	2	8	3656	3663	50 %	25 %	25 %	0 %	31983555
58	NC_004851	CAT	2	6	3671	3676	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	31983555
59	NC_004851	AAATT	2	10	3736	3745	60 %	40 %	0 %	0 %	31983555
60	NC_004851	TAAA	2	8	3753	3760	75 %	25 %	0 %	0 %	31983555
61	NC_004851	T	6	6	3774	3779	0 %	100 %	0 %	0 %	31983555
62	NC_004851	TGA	2	6	3805	3810	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	31983555
63	NC_004851	T	7	7	3815	3821	0 %	100 %	0 %	0 %	31983555
64	NC_004851	TCC	2	6	3871	3876	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	31983555
65	NC_004851	T	7	7	3899	3905	0 %	100 %	0 %	0 %	31983555
66	NC_004851	CT	3	6	4011	4016	0 %	50 %	0 %	50 %	31983555
67	NC_004851	A	6	6	4196	4201	100 %	0 %	0 %	0 %	31983555
68	NC_004851	AT	3	6	4240	4245	50 %	50 %	0 %	0 %	31983555
69	NC_004851	ATG	2	6	4299	4304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	31983555
70	NC_004851	TTTA	2	8	4308	4315	25 %	75 %	0 %	0 %	31983555
71	NC_004851	TGA	2	6	4330	4335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	31983555
72	NC_004851	A	8	8	4353	4360	100 %	0 %	0 %	0 %	31983555
73	NC_004851	GTAT	2	8	4398	4405	25 %	50 %	25 %	0 %	31983555
74	NC_004851	AAT	2	6	4461	4466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983555
75	NC_004851	TAA	3	9	4514	4522	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983555
76	NC_004851	AAGT	2	8	4527	4534	50 %	25 %	25 %	0 %	31983555
77	NC_004851	GAA	2	6	4546	4551	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	31983555
78	NC_004851	TAT	2	6	4569	4574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	31983555
79	NC_004851	ATG	2	6	4625	4630	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	31983555
80	NC_004851	GCT	2	6	4714	4719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	31983555
81	NC_004851	TG	3	6	5273	5278	0 %	50 %	50 %	0 %	56403996
82	NC_004851	TAG	2	6	5282	5287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56403996
83	NC_004851	AAC	2	6	5333	5338	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56403996
84	NC_004851	GTT	2	6	5440	5445	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56403996
85	NC_004851	GCT	2	6	5465	5470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56403996
86	NC_004851	GCT	2	6	5482	5487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56403996
87	NC_004851	ACATC	2	10	5493	5502	40 %	20 %	0 %	40 %	56403996
88	NC_004851	CAC	3	9	5518	5526	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56403996
89	NC_004851	CCGG	2	8	5548	5555	0 %	0 %	50 %	50 %	56403996
90	NC_004851	G	6	6	5563	5568	0 %	0 %	100 %	0 %	56403996
91	NC_004851	CAG	2	6	5868	5873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	31983711
92	NC_004851	CGAC	2	8	5980	5987	25 %	0 %	25 %	50 %	31983711
93	NC_004851	GCC	2	6	6020	6025	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	31983711
94	NC_004851	AGGTG	2	10	6061	6070	20 %	20 %	60 %	0 %	31983711
95	NC_004851	T	7	7	6102	6108	0 %	100 %	0 %	0 %	31983633
96	NC_004851	AGC	2	6	6110	6115	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	31983633
97	NC_004851	TGA	2	6	6120	6125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	31983633
98	NC_004851	GAC	2	6	6172	6177	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	31983633
99	NC_004851	TTA	2	6	6237	6242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	31983633
100	NC_004851	CAGAC	2	10	6341	6350	40 %	0 %	20 %	40 %	31983633
101	NC_004851	GTG	2	6	6404	6409	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	31983633
102	NC_004851	TG	3	6	6558	6563	0 %	50 %	50 %	0 %	31983633
103	NC_004851	CAG	2	6	6626	6631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	31983633
104	NC_004851	GGTTCG	2	12	6655	6666	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	31983633
105	NC_004851	GAT	2	6	6746	6751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	31983633
106	NC_004851	GCC	2	6	6778	6783	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	31983633
107	NC_004851	TCA	2	6	6843	6848	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	31983633
108	NC_004851	TCTG	2	8	6857	6864	0 %	50 %	25 %	25 %	31983633
109	NC_004851	TAA	2	6	6888	6893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983633
110	NC_004851	A	6	6	7439	7444	100 %	0 %	0 %	0 %	56403997
111	NC_004851	TATT	2	8	7455	7462	25 %	75 %	0 %	0 %	56403997
112	NC_004851	T	7	7	7476	7482	0 %	100 %	0 %	0 %	56403997
113	NC_004851	TCT	2	6	7485	7490	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56403997
114	NC_004851	TAT	2	6	7537	7542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56403997
115	NC_004851	TAC	2	6	7579	7584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56403997
116	NC_004851	TTA	2	6	7613	7618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56403997
117	NC_004851	T	6	6	7664	7669	0 %	100 %	0 %	0 %	56403997
118	NC_004851	T	6	6	7748	7753	0 %	100 %	0 %	0 %	56403997
119	NC_004851	ATA	2	6	7758	7763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56403997
120	NC_004851	TA	3	6	7771	7776	50 %	50 %	0 %	0 %	56403997
121	NC_004851	G	6	6	7787	7792	0 %	0 %	100 %	0 %	56403997
122	NC_004851	TG	3	6	7831	7836	0 %	50 %	50 %	0 %	56403997
123	NC_004851	AAC	2	6	7856	7861	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56403997
124	NC_004851	AAT	2	6	7877	7882	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56403997
125	NC_004851	ACT	2	6	7897	7902	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56403997
126	NC_004851	TTA	2	6	7913	7918	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56403997
127	NC_004851	TGCAA	2	10	7961	7970	40 %	20 %	20 %	20 %	56403997
128	NC_004851	A	6	6	7969	7974	100 %	0 %	0 %	0 %	56403997
129	NC_004851	GCA	2	6	8135	8140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56403997
130	NC_004851	AAT	2	6	8203	8208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56403997
131	NC_004851	TA	3	6	8233	8238	50 %	50 %	0 %	0 %	56403997
132	NC_004851	ATA	2	6	8334	8339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56403997
133	NC_004851	AT	3	6	8368	8373	50 %	50 %	0 %	0 %	56403997
134	NC_004851	TGTT	2	8	8415	8422	0 %	75 %	25 %	0 %	56403997
135	NC_004851	ATC	2	6	8494	8499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56403997
136	NC_004851	A	7	7	8500	8506	100 %	0 %	0 %	0 %	56403997
137	NC_004851	AAC	2	6	8599	8604	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56403997
138	NC_004851	TGG	2	6	8654	8659	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56403997
139	NC_004851	T	8	8	8699	8706	0 %	100 %	0 %	0 %	56403997
140	NC_004851	A	8	8	8715	8722	100 %	0 %	0 %	0 %	56403997
141	NC_004851	TAA	2	6	8727	8732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56403997
142	NC_004851	AAAT	2	8	8759	8766	75 %	25 %	0 %	0 %	56403997
143	NC_004851	T	6	6	8796	8801	0 %	100 %	0 %	0 %	56403997
144	NC_004851	ACAT	2	8	8806	8813	50 %	25 %	0 %	25 %	56403997
145	NC_004851	T	6	6	8813	8818	0 %	100 %	0 %	0 %	56403997
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148	NC_004851	ATA	2	6	9038	9043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56403997
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150	NC_004851	T	6	6	9098	9103	0 %	100 %	0 %	0 %	56403997
151	NC_004851	TTTA	2	8	9130	9137	25 %	75 %	0 %	0 %	56403997
152	NC_004851	ATC	2	6	9583	9588	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	31983551
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154	NC_004851	TAA	2	6	9786	9791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983551
155	NC_004851	CTGAT	2	10	9813	9822	20 %	40 %	20 %	20 %	31983551
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158	NC_004851	CATG	2	8	10033	10040	25 %	25 %	25 %	25 %	31983551
159	NC_004851	AT	3	6	10106	10111	50 %	50 %	0 %	0 %	31983551
160	NC_004851	AT	3	6	10181	10186	50 %	50 %	0 %	0 %	31983551
161	NC_004851	T	6	6	10282	10287	0 %	100 %	0 %	0 %	31983551
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165	NC_004851	TGC	2	6	10804	10809	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56403998
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173	NC_004851	TA	3	6	11338	11343	50 %	50 %	0 %	0 %	31983672
174	NC_004851	TCAT	2	8	11382	11389	25 %	50 %	0 %	25 %	31983672
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182	NC_004851	TTG	2	6	11666	11671	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	31983672
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185	NC_004851	T	7	7	11813	11819	0 %	100 %	0 %	0 %	31983672
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256	NC_004851	ATCC	2	8	16943	16950	25 %	25 %	0 %	50 %	31983611
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260	NC_004851	CAC	2	6	17107	17112	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	31983611
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264	NC_004851	TAT	2	6	17297	17302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	31983611
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269	NC_004851	AATA	2	8	18903	18910	75 %	25 %	0 %	0 %	31983554
270	NC_004851	ACA	2	6	18932	18937	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	31983554
271	NC_004851	TAA	2	6	18950	18955	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983554
272	NC_004851	GCA	2	6	18959	18964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	31983554
273	NC_004851	ATA	2	6	18995	19000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	31983554
274	NC_004851	GAA	2	6	19042	19047	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	31983554
275	NC_004851	G	8	8	19054	19061	0 %	0 %	100 %	0 %	31983554
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288	NC_004851	CAT	2	6	19474	19479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	31983554
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401	NC_004851	AGA	2	6	27377	27382	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	31983549
402	NC_004851	TCA	2	6	27417	27422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	31983549
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