MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 main chromosome

Total Repeats: 103989

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
17001	NC_022569	GAC	2	6	800590	800595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900135
17002	NC_022569	CA	3	6	800598	800603	50 %	0 %	0 %	50 %	550900135
17003	NC_022569	GCC	2	6	800707	800712	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900135
17004	NC_022569	CTG	2	6	800713	800718	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900135
17005	NC_022569	CAGGGT	2	12	800746	800757	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	550900135
17006	NC_022569	AGAC	2	8	800859	800866	50 %	0 %	25 %	25 %	550900135
17007	NC_022569	CAGAA	2	10	800876	800885	60 %	0 %	20 %	20 %	550900135
17008	NC_022569	CAGC	2	8	800923	800930	25 %	0 %	25 %	50 %	550900135
17009	NC_022569	GCA	2	6	800940	800945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900135
17010	NC_022569	ACA	2	6	800961	800966	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550900135
17011	NC_022569	GGT	2	6	800983	800988	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550900135
17012	NC_022569	CA	3	6	801009	801014	50 %	0 %	0 %	50 %	550900135
17013	NC_022569	GGC	2	6	801046	801051	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900135
17014	NC_022569	CTC	2	6	801079	801084	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	550900135
17015	NC_022569	AGC	2	6	801143	801148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900135
17016	NC_022569	CGCGG	2	10	801162	801171	0 %	0 %	60 %	40 %	550900135
17017	NC_022569	CAG	2	6	801196	801201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900135
17018	NC_022569	GCC	2	6	801373	801378	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900135
17019	NC_022569	TCG	2	6	801440	801445	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900135
17020	NC_022569	GC	3	6	801482	801487	0 %	0 %	50 %	50 %	550900135
17021	NC_022569	GTA	2	6	801532	801537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550900135
17022	NC_022569	CTTT	2	8	801625	801632	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
17023	NC_022569	TTA	2	6	801639	801644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17024	NC_022569	T	6	6	801698	801703	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17025	NC_022569	CAAA	2	8	801802	801809	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
17026	NC_022569	CGA	2	6	801817	801822	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17027	NC_022569	GAT	2	6	801895	801900	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550900136
17028	NC_022569	AAC	2	6	801918	801923	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550900136
17029	NC_022569	GCT	2	6	802039	802044	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900136
17030	NC_022569	TCA	2	6	802084	802089	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550900136
17031	NC_022569	CAA	2	6	802219	802224	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550900136
17032	NC_022569	GGC	2	6	802234	802239	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900136
17033	NC_022569	GCG	2	6	802368	802373	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900136
17034	NC_022569	CGG	3	9	802414	802422	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900136
17035	NC_022569	GCC	2	6	802442	802447	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900136
17036	NC_022569	CATT	2	8	802495	802502	25 %	50 %	0 %	25 %	550900136
17037	NC_022569	CG	4	8	802504	802511	0 %	0 %	50 %	50 %	550900136
17038	NC_022569	GCC	2	6	802532	802537	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900136
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17040	NC_022569	AGCG	2	8	802662	802669	25 %	0 %	50 %	25 %	550900137
17041	NC_022569	GTT	2	6	802671	802676	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550900137
17042	NC_022569	CGG	2	6	802692	802697	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900137
17043	NC_022569	CCG	2	6	802715	802720	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900137
17044	NC_022569	GTG	2	6	802784	802789	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550900137
17045	NC_022569	TGG	2	6	802877	802882	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550900137
17046	NC_022569	AG	3	6	802885	802890	50 %	0 %	50 %	0 %	550900137
17047	NC_022569	GGC	2	6	802940	802945	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900137
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17049	NC_022569	GGCAC	2	10	802972	802981	20 %	0 %	40 %	40 %	550900137
17050	NC_022569	GTC	2	6	803033	803038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900137
17051	NC_022569	CG	3	6	803108	803113	0 %	0 %	50 %	50 %	550900137
17052	NC_022569	CCGG	2	8	803132	803139	0 %	0 %	50 %	50 %	550900137
17053	NC_022569	CGG	2	6	803152	803157	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900137
17054	NC_022569	GGC	2	6	803192	803197	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900137
17055	NC_022569	AGG	2	6	803298	803303	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	550900137
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17057	NC_022569	CG	3	6	803323	803328	0 %	0 %	50 %	50 %	550900138
17058	NC_022569	GAT	2	6	803551	803556	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550900138
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17062	NC_022569	CTG	2	6	803977	803982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900138
17063	NC_022569	TGC	2	6	803993	803998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900138
17064	NC_022569	AATG	2	8	804042	804049	50 %	25 %	25 %	0 %	550900138
17065	NC_022569	GGC	2	6	804064	804069	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900138
17066	NC_022569	CAT	2	6	804087	804092	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550900138
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17068	NC_022569	CG	3	6	804177	804182	0 %	0 %	50 %	50 %	550900138
17069	NC_022569	CAGCGA	2	12	804271	804282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900139
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17072	NC_022569	TGCG	2	8	804356	804363	0 %	25 %	50 %	25 %	550900139
17073	NC_022569	GC	3	6	804393	804398	0 %	0 %	50 %	50 %	550900139
17074	NC_022569	GCC	2	6	804448	804453	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900139
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17076	NC_022569	GGC	2	6	804518	804523	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900139
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17080	NC_022569	ACG	2	6	804774	804779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900139
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17085	NC_022569	TAT	2	6	804983	804988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17086	NC_022569	GCT	2	6	804995	805000	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17087	NC_022569	GTTCT	2	10	805013	805022	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
17088	NC_022569	TA	3	6	805055	805060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17089	NC_022569	AT	3	6	805073	805078	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17090	NC_022569	ATG	2	6	805117	805122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17091	NC_022569	AGC	2	6	805137	805142	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17092	NC_022569	TTA	2	6	805223	805228	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17093	NC_022569	TGAT	2	8	805237	805244	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17094	NC_022569	TCA	2	6	805283	805288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550900140
17095	NC_022569	GAC	2	6	805290	805295	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900140
17096	NC_022569	GATT	2	8	805316	805323	25 %	50 %	25 %	0 %	550900140
17097	NC_022569	T	6	6	805402	805407	0 %	100 %	0 %	0 %	550900140
17098	NC_022569	T	6	6	805437	805442	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17099	NC_022569	ATG	2	6	805463	805468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17100	NC_022569	TTTGT	2	10	805471	805480	0 %	80 %	20 %	0 %	550900141
17101	NC_022569	GAAAA	2	10	805481	805490	80 %	0 %	20 %	0 %	550900141
17102	NC_022569	AAG	2	6	805501	805506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550900141
17103	NC_022569	CTG	2	6	805518	805523	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900141
17104	NC_022569	CGAC	2	8	805528	805535	25 %	0 %	25 %	50 %	550900141
17105	NC_022569	GAAA	2	8	805551	805558	75 %	0 %	25 %	0 %	550900141
17106	NC_022569	GCT	2	6	805561	805566	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900141
17107	NC_022569	GCT	2	6	805607	805612	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900141
17108	NC_022569	CCT	2	6	805697	805702	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	550900141
17109	NC_022569	ACG	2	6	805793	805798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900141
17110	NC_022569	CAG	2	6	805808	805813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900141
17111	NC_022569	CAA	2	6	805815	805820	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550900141
17112	NC_022569	T	7	7	805821	805827	0 %	100 %	0 %	0 %	550900141
17113	NC_022569	TGC	2	6	805885	805890	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900141
17114	NC_022569	A	7	7	806027	806033	100 %	0 %	0 %	0 %	550900141
17115	NC_022569	TCA	2	6	806087	806092	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17116	NC_022569	CA	3	6	806114	806119	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
17117	NC_022569	TTA	2	6	806146	806151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17118	NC_022569	A	7	7	806173	806179	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17119	NC_022569	CCTG	2	8	806232	806239	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
17120	NC_022569	A	7	7	806264	806270	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17121	NC_022569	ATA	2	6	806279	806284	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17122	NC_022569	ATTA	2	8	806295	806302	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17123	NC_022569	TAC	2	6	806481	806486	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17124	NC_022569	AG	3	6	806538	806543	50 %	0 %	50 %	0 %	550900142
17125	NC_022569	TGT	2	6	806620	806625	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550900142
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17128	NC_022569	CTG	2	6	806781	806786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900142
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17146	NC_022569	AAAT	2	8	807653	807660	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17147	NC_022569	ATC	2	6	807667	807672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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17154	NC_022569	GAT	2	6	808101	808106	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550900144
17155	NC_022569	ATCA	2	8	808177	808184	50 %	25 %	0 %	25 %	550900144
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17173	NC_022569	GA	3	6	809080	809085	50 %	0 %	50 %	0 %	550900145
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17230	NC_022569	TAA	2	6	811623	811628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550900147
17231	NC_022569	CATC	2	8	811629	811636	25 %	25 %	0 %	50 %	550900147
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17242	NC_022569	A	7	7	812027	812033	100 %	0 %	0 %	0 %	550900148
17243	NC_022569	GCT	2	6	812045	812050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900148
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17491	NC_022569	GT	3	6	822566	822571	0 %	50 %	50 %	0 %	550900158
17492	NC_022569	TGT	2	6	822602	822607	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550900159
17493	NC_022569	GC	3	6	822632	822637	0 %	0 %	50 %	50 %	550900159
17494	NC_022569	GCT	2	6	822674	822679	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900159
17495	NC_022569	AT	3	6	822830	822835	50 %	50 %	0 %	0 %	550900159
17496	NC_022569	GACCG	2	10	822842	822851	20 %	0 %	40 %	40 %	550900159
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17498	NC_022569	TATC	2	8	822911	822918	25 %	50 %	0 %	25 %	550900159
17499	NC_022569	CGG	2	6	822929	822934	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900159
17500	NC_022569	GGC	2	6	822951	822956	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900159

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