MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 main chromosome

Total Repeats: 103989

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
13501	NC_022569	ATT	2	6	642395	642400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13502	NC_022569	GGGA	2	8	642580	642587	25 %	0 %	75 %	0 %	550899995
13503	NC_022569	CAA	2	6	642655	642660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899995
13504	NC_022569	GTC	2	6	642674	642679	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899995
13505	NC_022569	CTT	2	6	642682	642687	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899995
13506	NC_022569	CGG	2	6	642713	642718	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899995
13507	NC_022569	AG	3	6	642737	642742	50 %	0 %	50 %	0 %	550899995
13508	NC_022569	GCA	2	6	642763	642768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899995
13509	NC_022569	CAG	2	6	642789	642794	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13510	NC_022569	TGA	2	6	642960	642965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899996
13511	NC_022569	TCA	2	6	642996	643001	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899996
13512	NC_022569	TCG	2	6	643039	643044	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899996
13513	NC_022569	GCG	2	6	643074	643079	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13514	NC_022569	GC	3	6	643119	643124	0 %	0 %	50 %	50 %	550899997
13515	NC_022569	AGA	2	6	643186	643191	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899997
13516	NC_022569	TCGC	2	8	643193	643200	0 %	25 %	25 %	50 %	550899997
13517	NC_022569	ATCACC	2	12	643220	643231	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	550899997
13518	NC_022569	GCA	2	6	643233	643238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899997
13519	NC_022569	GCG	2	6	643259	643264	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899997
13520	NC_022569	GTT	2	6	643280	643285	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899997
13521	NC_022569	TAA	2	6	643441	643446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899997
13522	NC_022569	CTG	2	6	643519	643524	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899997
13523	NC_022569	CTG	2	6	643567	643572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899997
13524	NC_022569	TGG	2	6	643584	643589	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899997
13525	NC_022569	GCG	3	9	643617	643625	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899997
13526	NC_022569	CGT	2	6	643672	643677	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899997
13527	NC_022569	CAC	2	6	643762	643767	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899997
13528	NC_022569	GCG	2	6	643865	643870	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899997
13529	NC_022569	CGC	2	6	643887	643892	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899997
13530	NC_022569	ATTT	2	8	643979	643986	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13531	NC_022569	ACC	2	6	644065	644070	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13532	NC_022569	A	6	6	644088	644093	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13533	NC_022569	T	6	6	644118	644123	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13534	NC_022569	TTAT	2	8	644128	644135	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13535	NC_022569	AGA	2	6	644173	644178	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899998
13536	NC_022569	ATT	2	6	644199	644204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899998
13537	NC_022569	GGC	2	6	644231	644236	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899998
13538	NC_022569	CGG	2	6	644294	644299	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899998
13539	NC_022569	ATG	2	6	644344	644349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899998
13540	NC_022569	GCG	2	6	644391	644396	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899998
13541	NC_022569	T	6	6	644405	644410	0 %	100 %	0 %	0 %	550899998
13542	NC_022569	TTA	2	6	644548	644553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899998
13543	NC_022569	AAC	2	6	644594	644599	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899998
13544	NC_022569	GGT	2	6	644673	644678	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899998
13545	NC_022569	AGC	2	6	644741	644746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899998
13546	NC_022569	AGG	2	6	644860	644865	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	550899998
13547	NC_022569	GC	3	6	644893	644898	0 %	0 %	50 %	50 %	550899998
13548	NC_022569	CTG	2	6	644913	644918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899998
13549	NC_022569	GGCT	2	8	644945	644952	0 %	25 %	50 %	25 %	550899998
13550	NC_022569	GAAC	2	8	644981	644988	50 %	0 %	25 %	25 %	550899998
13551	NC_022569	GCG	2	6	644989	644994	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899998
13552	NC_022569	GAT	2	6	645006	645011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899998
13553	NC_022569	CGG	2	6	645025	645030	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899998
13554	NC_022569	GAT	2	6	645090	645095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899998
13555	NC_022569	CGC	3	9	645181	645189	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899998
13556	NC_022569	TC	3	6	645190	645195	0 %	50 %	0 %	50 %	550899998
13557	NC_022569	GAA	2	6	645210	645215	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899998
13558	NC_022569	GCG	2	6	645229	645234	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899998
13559	NC_022569	GGT	2	6	645245	645250	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899998
13560	NC_022569	GGC	2	6	645263	645268	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899998
13561	NC_022569	TGAG	2	8	645463	645470	25 %	25 %	50 %	0 %	550899998
13562	NC_022569	TCTCT	2	10	645482	645491	0 %	60 %	0 %	40 %	550899998
13563	NC_022569	ATAA	2	8	645507	645514	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13564	NC_022569	T	8	8	645536	645543	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13565	NC_022569	GAAA	2	8	645590	645597	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13566	NC_022569	TAT	2	6	645619	645624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13567	NC_022569	ATT	2	6	645689	645694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899999
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13570	NC_022569	CGT	2	6	645826	645831	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899999
13571	NC_022569	ATA	2	6	645859	645864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899999
13572	NC_022569	TA	3	6	645886	645891	50 %	50 %	0 %	0 %	550899999
13573	NC_022569	ACT	2	6	646001	646006	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550900000
13574	NC_022569	T	6	6	646070	646075	0 %	100 %	0 %	0 %	550900000
13575	NC_022569	GAA	2	6	646089	646094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550900000
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13579	NC_022569	GGCG	2	8	646253	646260	0 %	0 %	75 %	25 %	550900000
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13582	NC_022569	TGA	2	6	646420	646425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550900000
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13584	NC_022569	TCG	2	6	646499	646504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13585	NC_022569	TGA	2	6	646534	646539	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13586	NC_022569	ATG	2	6	646540	646545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13587	NC_022569	GCC	2	6	646670	646675	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900001
13588	NC_022569	TGCG	2	8	646726	646733	0 %	25 %	50 %	25 %	550900001
13589	NC_022569	CAT	2	6	646788	646793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550900001
13590	NC_022569	CG	3	6	646827	646832	0 %	0 %	50 %	50 %	550900001
13591	NC_022569	GCC	2	6	646837	646842	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900001
13592	NC_022569	CAT	2	6	646878	646883	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550900001
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13595	NC_022569	GTC	2	6	647088	647093	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900001
13596	NC_022569	CTG	3	9	647157	647165	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900001
13597	NC_022569	CG	3	6	647192	647197	0 %	0 %	50 %	50 %	550900001
13598	NC_022569	GGC	2	6	647199	647204	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900001
13599	NC_022569	CTG	2	6	647220	647225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900001
13600	NC_022569	AAAT	2	8	647258	647265	75 %	25 %	0 %	0 %	550900001
13601	NC_022569	GCAG	2	8	647267	647274	25 %	0 %	50 %	25 %	550900001
13602	NC_022569	CTT	2	6	647309	647314	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550900001
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13604	NC_022569	GAT	2	6	647387	647392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550900001
13605	NC_022569	TCG	2	6	647407	647412	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900001
13606	NC_022569	GGC	2	6	647490	647495	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900001
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13608	NC_022569	CGA	2	6	647575	647580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900001
13609	NC_022569	GCT	2	6	647645	647650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900001
13610	NC_022569	TGA	2	6	647690	647695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550900001
13611	NC_022569	TGA	2	6	647708	647713	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550900001
13612	NC_022569	A	6	6	647796	647801	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13613	NC_022569	GC	3	6	647895	647900	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13614	NC_022569	CTTTT	2	10	647904	647913	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13615	NC_022569	T	7	7	647930	647936	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13616	NC_022569	TAACGT	2	12	647943	647954	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13617	NC_022569	GAA	2	6	648099	648104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550900002
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13620	NC_022569	CGG	2	6	648422	648427	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900002
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13622	NC_022569	T	6	6	648484	648489	0 %	100 %	0 %	0 %	550900002
13623	NC_022569	GCT	2	6	648603	648608	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900002
13624	NC_022569	CGG	2	6	648621	648626	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900002
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13628	NC_022569	A	6	6	648776	648781	100 %	0 %	0 %	0 %	550900002
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13634	NC_022569	GTCGC	2	10	648964	648973	0 %	20 %	40 %	40 %	550900002
13635	NC_022569	GCG	2	6	648989	648994	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900002
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13642	NC_022569	GC	3	6	649508	649513	0 %	0 %	50 %	50 %	550900003
13643	NC_022569	TGA	2	6	649537	649542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550900003
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13647	NC_022569	GCG	2	6	649773	649778	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900003
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13680	NC_022569	CGT	2	6	651006	651011	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13681	NC_022569	CAA	2	6	651018	651023	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13682	NC_022569	CGCTGG	2	12	651083	651094	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	550900004
13683	NC_022569	CT	3	6	651123	651128	0 %	50 %	0 %	50 %	550900004
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13714	NC_022569	CTG	2	6	652321	652326	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900004
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13719	NC_022569	CAT	2	6	652752	652757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550900004
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13721	NC_022569	GAT	2	6	652798	652803	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550900004
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13724	NC_022569	AGGG	2	8	653023	653030	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
13725	NC_022569	CGTT	2	8	653038	653045	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
13726	NC_022569	AGTA	2	8	653089	653096	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13727	NC_022569	CGT	2	6	653125	653130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13728	NC_022569	GCA	2	6	653298	653303	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900005
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13730	NC_022569	TAA	2	6	653320	653325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550900005
13731	NC_022569	AGC	2	6	653337	653342	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900005
13732	NC_022569	GGT	2	6	653344	653349	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550900005
13733	NC_022569	GCC	2	6	653361	653366	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900005
13734	NC_022569	CGT	2	6	653396	653401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900005
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13739	NC_022569	T	6	6	653599	653604	0 %	100 %	0 %	0 %	550900005
13740	NC_022569	TAA	2	6	653692	653697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550900005
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13742	NC_022569	CAGA	2	8	653754	653761	50 %	0 %	25 %	25 %	550900005
13743	NC_022569	GGC	2	6	653792	653797	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900005
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13755	NC_022569	GCTG	2	8	654669	654676	0 %	25 %	50 %	25 %	550900005
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13772	NC_022569	ATATTA	2	12	655311	655322	50 %	50 %	0 %	0 %	550900005
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13811	NC_022569	TAA	2	6	657081	657086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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13862	NC_022569	CGT	2	6	658987	658992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900008
13863	NC_022569	TCACT	2	10	659008	659017	20 %	40 %	0 %	40 %	550900008
13864	NC_022569	CCT	2	6	659028	659033	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	550900009
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13870	NC_022569	CAT	2	6	659170	659175	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550900009
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13877	NC_022569	ATC	2	6	659687	659692	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550900009
13878	NC_022569	AGC	2	6	659744	659749	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13879	NC_022569	CGG	2	6	659804	659809	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900010
13880	NC_022569	CTG	2	6	659910	659915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900010
13881	NC_022569	CCG	2	6	659938	659943	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900010
13882	NC_022569	CGA	2	6	659975	659980	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550900010
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13908	NC_022569	A	6	6	660842	660847	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13909	NC_022569	ATG	2	6	660950	660955	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550900012
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13948	NC_022569	GTCGC	2	10	662626	662635	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13949	NC_022569	ACTC	2	8	662702	662709	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
13950	NC_022569	TG	3	6	662781	662786	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
13951	NC_022569	TTA	2	6	662788	662793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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13963	NC_022569	AAACA	2	10	663292	663301	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
13964	NC_022569	GCA	3	9	663386	663394	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13965	NC_022569	TCA	2	6	663434	663439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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13979	NC_022569	A	6	6	664088	664093	100 %	0 %	0 %	0 %	550900016
13980	NC_022569	GC	4	8	664101	664108	0 %	0 %	50 %	50 %	550900016
13981	NC_022569	CGG	2	6	664148	664153	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550900016
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13983	NC_022569	GCGT	2	8	664289	664296	0 %	25 %	50 %	25 %	550900016
13984	NC_022569	CCT	2	6	664319	664324	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	550900016
13985	NC_022569	CCG	3	9	664354	664362	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900016
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13987	NC_022569	TGC	2	6	664405	664410	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550900016
13988	NC_022569	GCC	3	9	664426	664434	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550900016
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