MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 main chromosome

Total Repeats: 103989

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
11001	NC_022569	AGCC	2	8	526425	526432	25 %	0 %	25 %	50 %	550899889
11002	NC_022569	CAGTA	2	10	526496	526505	40 %	20 %	20 %	20 %	550899889
11003	NC_022569	TCC	2	6	526517	526522	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11004	NC_022569	TCA	2	6	526565	526570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11005	NC_022569	TAT	2	6	526601	526606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11006	NC_022569	GCAAC	2	10	526607	526616	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11007	NC_022569	GAA	2	6	526630	526635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899890
11008	NC_022569	TGAAC	2	10	526755	526764	40 %	20 %	20 %	20 %	550899890
11009	NC_022569	GC	3	6	526833	526838	0 %	0 %	50 %	50 %	550899890
11010	NC_022569	GCT	2	6	526842	526847	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899890
11011	NC_022569	GAAGC	2	10	526921	526930	40 %	0 %	40 %	20 %	550899890
11012	NC_022569	AGA	2	6	526958	526963	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899890
11013	NC_022569	CGG	2	6	527082	527087	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899890
11014	NC_022569	GTT	2	6	527131	527136	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11015	NC_022569	CGC	2	6	527153	527158	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11016	NC_022569	GTC	2	6	527315	527320	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899891
11017	NC_022569	GCT	2	6	527354	527359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899891
11018	NC_022569	GGC	2	6	527367	527372	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899891
11019	NC_022569	GCCA	2	8	527394	527401	25 %	0 %	25 %	50 %	550899891
11020	NC_022569	GCC	2	6	527465	527470	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899891
11021	NC_022569	GCC	2	6	527477	527482	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899891
11022	NC_022569	ACTG	2	8	527500	527507	25 %	25 %	25 %	25 %	550899891
11023	NC_022569	TAA	2	6	527560	527565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899891
11024	NC_022569	GCA	2	6	527572	527577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899891
11025	NC_022569	CGA	2	6	527671	527676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899891
11026	NC_022569	CCG	2	6	527714	527719	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899891
11027	NC_022569	ATA	2	6	527736	527741	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899891
11028	NC_022569	ACG	2	6	527748	527753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899891
11029	NC_022569	CGG	2	6	527800	527805	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899891
11030	NC_022569	AGC	2	6	527898	527903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899891
11031	NC_022569	TGGT	2	8	527967	527974	0 %	50 %	50 %	0 %	550899891
11032	NC_022569	ACC	2	6	527985	527990	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899891
11033	NC_022569	AGA	2	6	528000	528005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899891
11034	NC_022569	GCG	2	6	528024	528029	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899891
11035	NC_022569	ATC	2	6	528030	528035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899891
11036	NC_022569	AAC	2	6	528039	528044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899891
11037	NC_022569	CGG	3	9	528184	528192	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899891
11038	NC_022569	AAT	2	6	528227	528232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899891
11039	NC_022569	CCG	2	6	528291	528296	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899891
11040	NC_022569	CAG	2	6	528329	528334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899891
11041	NC_022569	GC	3	6	528504	528509	0 %	0 %	50 %	50 %	550899891
11042	NC_022569	AGT	2	6	528566	528571	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11043	NC_022569	A	6	6	528643	528648	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11044	NC_022569	TCAT	2	8	528704	528711	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11045	NC_022569	TG	3	6	528788	528793	0 %	50 %	50 %	0 %	550899892
11046	NC_022569	TGGC	2	8	528864	528871	0 %	25 %	50 %	25 %	550899892
11047	NC_022569	GGTG	2	8	528873	528880	0 %	25 %	75 %	0 %	550899892
11048	NC_022569	TTTGC	2	10	528891	528900	0 %	60 %	20 %	20 %	550899892
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11050	NC_022569	CAA	2	6	528969	528974	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11051	NC_022569	GC	3	6	529008	529013	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11052	NC_022569	AGA	2	6	529025	529030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11053	NC_022569	CAG	2	6	529036	529041	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11054	NC_022569	TAT	2	6	529049	529054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11055	NC_022569	ATT	2	6	529055	529060	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11056	NC_022569	AAATT	2	10	529082	529091	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11057	NC_022569	AAC	2	6	529150	529155	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11058	NC_022569	GAT	2	6	529162	529167	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11059	NC_022569	TGC	2	6	529176	529181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11060	NC_022569	A	6	6	529217	529222	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11061	NC_022569	ATTG	2	8	529440	529447	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
11062	NC_022569	AT	3	6	529455	529460	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11063	NC_022569	GCGG	2	8	529521	529528	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
11064	NC_022569	TTA	2	6	529532	529537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11065	NC_022569	ATA	2	6	529559	529564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11066	NC_022569	T	8	8	529583	529590	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11067	NC_022569	A	6	6	529613	529618	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11068	NC_022569	GGCT	2	8	529625	529632	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11069	NC_022569	CGC	3	9	529761	529769	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11070	NC_022569	CGT	2	6	529779	529784	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11071	NC_022569	TC	3	6	529795	529800	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11072	NC_022569	G	6	6	529803	529808	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
11073	NC_022569	TATT	2	8	529809	529816	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11074	NC_022569	G	6	6	529818	529823	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
11075	NC_022569	GGC	2	6	529884	529889	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11076	NC_022569	TAT	2	6	529933	529938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11077	NC_022569	ATT	2	6	529980	529985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11078	NC_022569	ATG	2	6	530000	530005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11079	NC_022569	TAT	2	6	530044	530049	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11080	NC_022569	A	6	6	530135	530140	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11081	NC_022569	A	6	6	530178	530183	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11082	NC_022569	A	6	6	530215	530220	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11083	NC_022569	GA	3	6	530221	530226	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11084	NC_022569	TC	3	6	530231	530236	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11085	NC_022569	GAA	2	6	530334	530339	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11086	NC_022569	TGA	2	6	530369	530374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11087	NC_022569	GATA	2	8	530403	530410	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11088	NC_022569	ATG	2	6	530420	530425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11089	NC_022569	CTTT	2	8	530640	530647	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
11090	NC_022569	CAGG	2	8	530661	530668	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11091	NC_022569	TGA	2	6	530669	530674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11092	NC_022569	ATA	2	6	530749	530754	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11093	NC_022569	TTTA	2	8	530781	530788	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11094	NC_022569	GCAA	2	8	530822	530829	50 %	0 %	25 %	25 %	550899893
11095	NC_022569	TAC	2	6	530835	530840	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899893
11096	NC_022569	A	6	6	530962	530967	100 %	0 %	0 %	0 %	550899893
11097	NC_022569	GTGA	2	8	531000	531007	25 %	25 %	50 %	0 %	550899893
11098	NC_022569	TAA	2	6	531032	531037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899893
11099	NC_022569	CTG	2	6	531129	531134	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899893
11100	NC_022569	TCA	2	6	531153	531158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899893
11101	NC_022569	GA	3	6	531188	531193	50 %	0 %	50 %	0 %	550899893
11102	NC_022569	TAA	2	6	531248	531253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899893
11103	NC_022569	AAACGA	2	12	531256	531267	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	550899893
11104	NC_022569	GA	3	6	531385	531390	50 %	0 %	50 %	0 %	550899893
11105	NC_022569	GGC	2	6	531413	531418	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899893
11106	NC_022569	GCA	2	6	531419	531424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899893
11107	NC_022569	T	7	7	531509	531515	0 %	100 %	0 %	0 %	550899893
11108	NC_022569	A	6	6	531516	531521	100 %	0 %	0 %	0 %	550899893
11109	NC_022569	A	6	6	531531	531536	100 %	0 %	0 %	0 %	550899893
11110	NC_022569	AGG	2	6	531541	531546	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	550899893
11111	NC_022569	ATT	2	6	531553	531558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899893
11112	NC_022569	CAA	2	6	531603	531608	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899893
11113	NC_022569	TA	3	6	531633	531638	50 %	50 %	0 %	0 %	550899893
11114	NC_022569	A	6	6	531638	531643	100 %	0 %	0 %	0 %	550899893
11115	NC_022569	ATT	2	6	531667	531672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899893
11116	NC_022569	ATT	2	6	531746	531751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899893
11117	NC_022569	ATA	2	6	531763	531768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899893
11118	NC_022569	TGT	2	6	531791	531796	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899893
11119	NC_022569	A	6	6	531848	531853	100 %	0 %	0 %	0 %	550899893
11120	NC_022569	TCC	2	6	531890	531895	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	550899893
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11122	NC_022569	TG	3	6	531982	531987	0 %	50 %	50 %	0 %	550899893
11123	NC_022569	ACTT	2	8	531998	532005	25 %	50 %	0 %	25 %	550899893
11124	NC_022569	CAA	2	6	532027	532032	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899893
11125	NC_022569	A	6	6	532041	532046	100 %	0 %	0 %	0 %	550899893
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11127	NC_022569	TGA	2	6	532114	532119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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11245	NC_022569	TTA	2	6	537399	537404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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11489	NC_022569	GTC	2	6	548518	548523	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899906
11490	NC_022569	TGG	2	6	548535	548540	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899906
11491	NC_022569	GAT	2	6	548549	548554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899906
11492	NC_022569	CGA	2	6	548593	548598	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899906
11493	NC_022569	GCA	2	6	548650	548655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899906
11494	NC_022569	GCAA	2	8	548672	548679	50 %	0 %	25 %	25 %	550899906
11495	NC_022569	TGG	2	6	548814	548819	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899906
11496	NC_022569	ATA	2	6	548964	548969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899906
11497	NC_022569	AAC	2	6	548976	548981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899906
11498	NC_022569	CTG	2	6	549005	549010	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899906
11499	NC_022569	GCG	2	6	549050	549055	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899906
11500	NC_022569	GGC	2	6	549115	549120	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899906

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