MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 main chromosome

Total Repeats: 103989

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_022569	CTGG	2	8	23000	23007	0 %	25 %	50 %	25 %	550899450
502	NC_022569	TAT	2	6	23025	23030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899450
503	NC_022569	ATA	2	6	23051	23056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899450
504	NC_022569	TTA	2	6	23166	23171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
505	NC_022569	TCTTAA	2	12	23203	23214	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
506	NC_022569	TTAT	2	8	23265	23272	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
507	NC_022569	A	7	7	23338	23344	100 %	0 %	0 %	0 %	550899451
508	NC_022569	TGA	2	6	23345	23350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899451
509	NC_022569	ACG	2	6	23351	23356	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899451
510	NC_022569	ATA	2	6	23369	23374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899451
511	NC_022569	CTTTT	2	10	23393	23402	0 %	80 %	0 %	20 %	550899451
512	NC_022569	T	6	6	23399	23404	0 %	100 %	0 %	0 %	550899451
513	NC_022569	CAG	2	6	23407	23412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899451
514	NC_022569	TTG	2	6	23452	23457	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899451
515	NC_022569	TTTA	2	8	23498	23505	25 %	75 %	0 %	0 %	550899451
516	NC_022569	GTT	2	6	23548	23553	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899451
517	NC_022569	ATG	2	6	23564	23569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899451
518	NC_022569	AT	3	6	23582	23587	50 %	50 %	0 %	0 %	550899451
519	NC_022569	CG	3	6	23652	23657	0 %	0 %	50 %	50 %	550899451
520	NC_022569	ACG	2	6	23753	23758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899451
521	NC_022569	TGA	2	6	23789	23794	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899451
522	NC_022569	GC	4	8	23795	23802	0 %	0 %	50 %	50 %	550899451
523	NC_022569	GCT	2	6	23847	23852	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899451
524	NC_022569	TCTG	2	8	23955	23962	0 %	50 %	25 %	25 %	550899451
525	NC_022569	A	7	7	23967	23973	100 %	0 %	0 %	0 %	550899451
526	NC_022569	GGC	2	6	23999	24004	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899451
527	NC_022569	AT	3	6	24056	24061	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
528	NC_022569	GTT	2	6	24116	24121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
529	NC_022569	ACA	2	6	24195	24200	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
530	NC_022569	GAT	2	6	24232	24237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
531	NC_022569	TAA	2	6	24259	24264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
532	NC_022569	TAA	2	6	24266	24271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
533	NC_022569	ACG	2	6	24306	24311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
534	NC_022569	AAG	2	6	24353	24358	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
535	NC_022569	T	7	7	24363	24369	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
536	NC_022569	GAA	2	6	24399	24404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
537	NC_022569	CAG	2	6	24409	24414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
538	NC_022569	A	6	6	24425	24430	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
539	NC_022569	TGAA	2	8	24466	24473	50 %	25 %	25 %	0 %	550899452
540	NC_022569	TGT	2	6	24521	24526	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899452
541	NC_022569	TAC	2	6	24543	24548	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899452
542	NC_022569	CGGTA	2	10	24561	24570	20 %	20 %	40 %	20 %	550899452
543	NC_022569	CGC	2	6	24594	24599	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899452
544	NC_022569	CTGTT	2	10	24600	24609	0 %	60 %	20 %	20 %	550899452
545	NC_022569	TGG	2	6	24680	24685	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899452
546	NC_022569	AGA	2	6	24696	24701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899452
547	NC_022569	CCAG	2	8	24737	24744	25 %	0 %	25 %	50 %	550899452
548	NC_022569	GCG	2	6	24748	24753	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899452
549	NC_022569	CGA	2	6	24824	24829	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899452
550	NC_022569	ATG	2	6	24905	24910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899452
551	NC_022569	T	7	7	25025	25031	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
552	NC_022569	CG	3	6	25064	25069	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
553	NC_022569	A	8	8	25115	25122	100 %	0 %	0 %	0 %	550899453
554	NC_022569	ATT	2	6	25141	25146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899453
555	NC_022569	CTG	2	6	25151	25156	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899453
556	NC_022569	CGG	2	6	25158	25163	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899453
557	NC_022569	CCT	2	6	25245	25250	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	550899453
558	NC_022569	ATT	2	6	25256	25261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899453
559	NC_022569	TTC	2	6	25264	25269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899453
560	NC_022569	T	7	7	25281	25287	0 %	100 %	0 %	0 %	550899453
561	NC_022569	CGC	2	6	25344	25349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899453
562	NC_022569	CT	3	6	25350	25355	0 %	50 %	0 %	50 %	550899453
563	NC_022569	A	6	6	25370	25375	100 %	0 %	0 %	0 %	550899453
564	NC_022569	AT	3	6	25380	25385	50 %	50 %	0 %	0 %	550899453
565	NC_022569	TAT	2	6	25390	25395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899453
566	NC_022569	ACCG	2	8	25414	25421	25 %	0 %	25 %	50 %	550899453
567	NC_022569	TATTT	2	10	25434	25443	20 %	80 %	0 %	0 %	550899453
568	NC_022569	AAAT	2	8	25474	25481	75 %	25 %	0 %	0 %	550899453
569	NC_022569	TAC	2	6	25631	25636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899453
570	NC_022569	A	6	6	25667	25672	100 %	0 %	0 %	0 %	550899453
571	NC_022569	CCG	2	6	25691	25696	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899453
572	NC_022569	ACG	2	6	25766	25771	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899453
573	NC_022569	ATG	2	6	25795	25800	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899453
574	NC_022569	TCTG	2	8	25931	25938	0 %	50 %	25 %	25 %	550899454
575	NC_022569	GGC	2	6	25988	25993	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899454
576	NC_022569	ACG	2	6	26070	26075	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899454
577	NC_022569	GC	3	6	26083	26088	0 %	0 %	50 %	50 %	550899454
578	NC_022569	GCCT	2	8	26112	26119	0 %	25 %	25 %	50 %	550899454
579	NC_022569	GGC	3	9	26180	26188	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899454
580	NC_022569	GCC	2	6	26223	26228	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899454
581	NC_022569	GCA	2	6	26249	26254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899454
582	NC_022569	GGC	2	6	26279	26284	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899454
583	NC_022569	GGC	2	6	26397	26402	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899454
584	NC_022569	ACT	2	6	26470	26475	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899454
585	NC_022569	GCG	2	6	26494	26499	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899454
586	NC_022569	AGCGAC	2	12	26508	26519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899454
587	NC_022569	GCA	2	6	26522	26527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899454
588	NC_022569	ATT	2	6	26606	26611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899454
589	NC_022569	CCTT	2	8	26618	26625	0 %	50 %	0 %	50 %	550899454
590	NC_022569	GAC	2	6	26649	26654	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899454
591	NC_022569	CAT	2	6	26747	26752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899454
592	NC_022569	GCC	2	6	26768	26773	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899454
593	NC_022569	CCG	2	6	26806	26811	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899454
594	NC_022569	GCG	2	6	26815	26820	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899454
595	NC_022569	CCG	2	6	26881	26886	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899454
596	NC_022569	GGC	2	6	26908	26913	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899454
597	NC_022569	GCG	2	6	26922	26927	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899454
598	NC_022569	TAG	2	6	26951	26956	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899454
599	NC_022569	TCAG	2	8	26977	26984	25 %	25 %	25 %	25 %	550899454
600	NC_022569	GCG	2	6	27073	27078	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899454
601	NC_022569	ATA	2	6	27142	27147	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899454
602	NC_022569	GAT	2	6	27261	27266	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899454
603	NC_022569	ATT	2	6	27343	27348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899454
604	NC_022569	TTA	2	6	27356	27361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899454
605	NC_022569	AGG	2	6	27366	27371	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	550899454
606	NC_022569	ATCA	2	8	27390	27397	50 %	25 %	0 %	25 %	550899454
607	NC_022569	TTA	2	6	27424	27429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899454
608	NC_022569	CAGC	2	8	27434	27441	25 %	0 %	25 %	50 %	550899454
609	NC_022569	TGA	2	6	27458	27463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899454
610	NC_022569	TTG	2	6	27474	27479	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899454
611	NC_022569	ACA	2	6	27529	27534	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899454
612	NC_022569	TGA	2	6	27620	27625	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899454
613	NC_022569	CTG	2	6	27717	27722	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899454
614	NC_022569	ACA	2	6	27742	27747	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899454
615	NC_022569	GCG	2	6	27784	27789	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899454
616	NC_022569	CAG	2	6	27864	27869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899454
617	NC_022569	GGC	2	6	27888	27893	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899454
618	NC_022569	TGG	2	6	27895	27900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899454
619	NC_022569	AGCC	2	8	27924	27931	25 %	0 %	25 %	50 %	550899454
620	NC_022569	CG	3	6	28013	28018	0 %	0 %	50 %	50 %	550899454
621	NC_022569	GGT	2	6	28028	28033	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899454
622	NC_022569	ACA	2	6	28044	28049	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899454
623	NC_022569	GAT	2	6	28092	28097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899454
624	NC_022569	TGA	2	6	28106	28111	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899454
625	NC_022569	CCGA	2	8	28131	28138	25 %	0 %	25 %	50 %	550899454
626	NC_022569	GC	3	6	28141	28146	0 %	0 %	50 %	50 %	550899454
627	NC_022569	GC	3	6	28177	28182	0 %	0 %	50 %	50 %	550899454
628	NC_022569	ACGGTG	2	12	28233	28244	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	550899454
629	NC_022569	TTG	2	6	28267	28272	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899454
630	NC_022569	GCGTC	2	10	28357	28366	0 %	20 %	40 %	40 %	550899454
631	NC_022569	ATC	2	6	28369	28374	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899454
632	NC_022569	TC	3	6	28373	28378	0 %	50 %	0 %	50 %	550899454
633	NC_022569	TCC	2	6	28380	28385	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	550899454
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638	NC_022569	A	6	6	28591	28596	100 %	0 %	0 %	0 %	550899455
639	NC_022569	GT	3	6	28620	28625	0 %	50 %	50 %	0 %	550899455
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652	NC_022569	AAT	2	6	29838	29843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899456
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664	NC_022569	GGC	2	6	30450	30455	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899457
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753	NC_022569	A	6	6	33926	33931	100 %	0 %	0 %	0 %	550899462
754	NC_022569	TA	3	6	33938	33943	50 %	50 %	0 %	0 %	550899462
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