MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 main chromosome

Total Repeats: 103989

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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5502	NC_022569	CAT	2	6	254417	254422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899637
5503	NC_022569	CTGAA	2	10	254464	254473	40 %	20 %	20 %	20 %	550899637
5504	NC_022569	AAGCG	2	10	254528	254537	40 %	0 %	40 %	20 %	550899637
5505	NC_022569	GCT	2	6	254547	254552	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899637
5506	NC_022569	TTC	2	6	254568	254573	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899637
5507	NC_022569	GCTG	2	8	254584	254591	0 %	25 %	50 %	25 %	550899637
5508	NC_022569	AAGA	2	8	254691	254698	75 %	0 %	25 %	0 %	550899637
5509	NC_022569	AAC	2	6	254829	254834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899637
5510	NC_022569	GAA	2	6	255000	255005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899637
5511	NC_022569	TAA	2	6	255024	255029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899637
5512	NC_022569	GGC	2	6	255068	255073	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5513	NC_022569	GTA	2	6	255181	255186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5514	NC_022569	ATG	2	6	255341	255346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899638
5515	NC_022569	A	6	6	255353	255358	100 %	0 %	0 %	0 %	550899638
5516	NC_022569	CTGA	2	8	255362	255369	25 %	25 %	25 %	25 %	550899638
5517	NC_022569	GCG	2	6	255428	255433	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899638
5518	NC_022569	A	6	6	255434	255439	100 %	0 %	0 %	0 %	550899638
5519	NC_022569	GCT	2	6	255452	255457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899638
5520	NC_022569	GACT	2	8	255520	255527	25 %	25 %	25 %	25 %	550899638
5521	NC_022569	CGC	2	6	255577	255582	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899638
5522	NC_022569	GAA	2	6	255629	255634	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899638
5523	NC_022569	TCG	2	6	255679	255684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899638
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5525	NC_022569	GCAA	2	8	255806	255813	50 %	0 %	25 %	25 %	550899638
5526	NC_022569	CTG	2	6	255843	255848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899638
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5528	NC_022569	GAA	2	6	255943	255948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899638
5529	NC_022569	CTG	2	6	256016	256021	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899638
5530	NC_022569	GACT	2	8	256090	256097	25 %	25 %	25 %	25 %	550899638
5531	NC_022569	GCA	2	6	256100	256105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899638
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5533	NC_022569	GAG	2	6	256143	256148	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5534	NC_022569	CTT	2	6	256163	256168	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5535	NC_022569	CT	3	6	256176	256181	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5536	NC_022569	GAAA	2	8	256271	256278	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
5537	NC_022569	GCG	2	6	256329	256334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899639
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5541	NC_022569	CTG	2	6	256652	256657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899639
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5543	NC_022569	TCTG	2	8	256678	256685	0 %	50 %	25 %	25 %	550899639
5544	NC_022569	TTC	2	6	256703	256708	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899639
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5547	NC_022569	CGT	2	6	256958	256963	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899639
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5551	NC_022569	TTA	2	6	257054	257059	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5552	NC_022569	TG	3	6	257104	257109	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5553	NC_022569	GTCTG	2	10	257113	257122	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5554	NC_022569	CTG	2	6	257257	257262	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899640
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5558	NC_022569	CGT	2	6	257476	257481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899640
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5560	NC_022569	CTG	2	6	257575	257580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899640
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5569	NC_022569	GCA	2	6	257893	257898	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899641
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5582	NC_022569	GCA	2	6	258271	258276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899641
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5588	NC_022569	TCAT	2	8	258613	258620	25 %	50 %	0 %	25 %	550899641
5589	NC_022569	ATGGC	2	10	258699	258708	20 %	20 %	40 %	20 %	550899641
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5591	NC_022569	GC	3	6	258757	258762	0 %	0 %	50 %	50 %	550899641
5592	NC_022569	GC	3	6	258772	258777	0 %	0 %	50 %	50 %	550899641
5593	NC_022569	GGC	2	6	258836	258841	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899641
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5596	NC_022569	CG	3	6	259001	259006	0 %	0 %	50 %	50 %	550899641
5597	NC_022569	AGA	2	6	259062	259067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5598	NC_022569	T	6	6	259134	259139	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5599	NC_022569	T	6	6	259169	259174	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5600	NC_022569	CG	3	6	259263	259268	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5601	NC_022569	A	6	6	259347	259352	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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5605	NC_022569	GTCC	2	8	259499	259506	0 %	25 %	25 %	50 %	550899642
5606	NC_022569	TGC	2	6	259523	259528	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899642
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5608	NC_022569	ACCG	2	8	259582	259589	25 %	0 %	25 %	50 %	550899642
5609	NC_022569	TG	3	6	259622	259627	0 %	50 %	50 %	0 %	550899642
5610	NC_022569	TAT	2	6	259679	259684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899642
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5612	NC_022569	CGG	2	6	259790	259795	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899642
5613	NC_022569	TGC	2	6	259852	259857	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899642
5614	NC_022569	TGA	2	6	259871	259876	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899642
5615	NC_022569	AG	3	6	259877	259882	50 %	0 %	50 %	0 %	550899642
5616	NC_022569	ACTTT	2	10	259994	260003	20 %	60 %	0 %	20 %	550899642
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5619	NC_022569	TGA	2	6	260102	260107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899642
5620	NC_022569	T	7	7	260188	260194	0 %	100 %	0 %	0 %	550899643
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5622	NC_022569	ATT	2	6	260217	260222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899643
5623	NC_022569	CGC	2	6	260276	260281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899643
5624	NC_022569	TGGC	2	8	260298	260305	0 %	25 %	50 %	25 %	550899643
5625	NC_022569	TG	3	6	260311	260316	0 %	50 %	50 %	0 %	550899643
5626	NC_022569	TTG	2	6	260343	260348	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899643
5627	NC_022569	ATC	2	6	260356	260361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899643
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5630	NC_022569	CTG	2	6	260430	260435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899643
5631	NC_022569	CGG	2	6	260455	260460	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899643
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5633	NC_022569	ATT	2	6	260648	260653	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899643
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5663	NC_022569	TTAG	2	8	262357	262364	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5664	NC_022569	GAA	2	6	262365	262370	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5665	NC_022569	ATA	2	6	262374	262379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5666	NC_022569	GCT	2	6	262412	262417	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899645
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5682	NC_022569	CG	3	6	263341	263346	0 %	0 %	50 %	50 %	550899645
5683	NC_022569	CTT	2	6	263561	263566	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899645
5684	NC_022569	CGACAC	2	12	263576	263587	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	550899645
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5689	NC_022569	GAC	2	6	263871	263876	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899645
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5691	NC_022569	TACGG	2	10	263907	263916	20 %	20 %	40 %	20 %	550899645
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5697	NC_022569	CG	3	6	264142	264147	0 %	0 %	50 %	50 %	550899645
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5703	NC_022569	ATG	2	6	264424	264429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899645
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5719	NC_022569	TGG	2	6	265323	265328	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899646
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5726	NC_022569	TGAT	2	8	265722	265729	25 %	50 %	25 %	0 %	550899647
5727	NC_022569	TCG	2	6	265830	265835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899647
5728	NC_022569	A	6	6	265837	265842	100 %	0 %	0 %	0 %	550899647
5729	NC_022569	TCCAG	2	10	265923	265932	20 %	20 %	20 %	40 %	550899647
5730	NC_022569	ATT	2	6	266012	266017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899647
5731	NC_022569	ACC	2	6	266045	266050	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899647
5732	NC_022569	GAT	2	6	266069	266074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899647
5733	NC_022569	ATT	2	6	266096	266101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899647
5734	NC_022569	CGT	2	6	266128	266133	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899647
5735	NC_022569	GGC	2	6	266210	266215	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899647
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5738	NC_022569	CTG	2	6	266355	266360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899647
5739	NC_022569	TGA	2	6	266367	266372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899647
5740	NC_022569	TGA	2	6	266377	266382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899647
5741	NC_022569	CAA	2	6	266423	266428	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899647
5742	NC_022569	TTA	2	6	266500	266505	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5743	NC_022569	ACT	2	6	266543	266548	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899648
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5867	NC_022569	CGG	2	6	272482	272487	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899652
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5873	NC_022569	TGA	2	6	272830	272835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899652
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5913	NC_022569	TACT	2	8	274506	274513	25 %	50 %	0 %	25 %	550899654
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5938	NC_022569	CAT	2	6	276030	276035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899655
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5943	NC_022569	T	6	6	276328	276333	0 %	100 %	0 %	0 %	550899655
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5982	NC_022569	GCG	2	6	278735	278740	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5983	NC_022569	TCA	2	6	278823	278828	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899657
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5985	NC_022569	GCA	2	6	279018	279023	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899657
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5989	NC_022569	GA	3	6	279144	279149	50 %	0 %	50 %	0 %	550899657
5990	NC_022569	T	6	6	279240	279245	0 %	100 %	0 %	0 %	550899657
5991	NC_022569	GC	4	8	279252	279259	0 %	0 %	50 %	50 %	550899657
5992	NC_022569	CAG	2	6	279271	279276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899657
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5994	NC_022569	GCT	2	6	279339	279344	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899657
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5996	NC_022569	CGG	2	6	279383	279388	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899657
5997	NC_022569	CT	3	6	279403	279408	0 %	50 %	0 %	50 %	550899657
5998	NC_022569	CGG	2	6	279433	279438	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899657
5999	NC_022569	GCG	2	6	279439	279444	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899657
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