MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 plasmid pSTU288-2

Total Repeats: 243

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021156	TTC	2	6	2	7	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_021156	TGCC	2	8	35	42	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_021156	GCCA	2	8	56	63	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_021156	C	6	6	116	121	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
5	NC_021156	CAG	2	6	178	183	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_021156	ATCC	2	8	212	219	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_021156	AAT	2	6	233	238	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021156	GCT	2	6	273	278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_021156	AC	3	6	339	344	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_021156	TGGCG	2	10	532	541	0 %	20 %	60 %	20 %	482907336
11	NC_021156	GCC	2	6	592	597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907336
12	NC_021156	TCC	2	6	607	612	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482907336
13	NC_021156	GCT	2	6	621	626	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907336
14	NC_021156	CCA	2	6	653	658	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482907336
15	NC_021156	TGC	2	6	691	696	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907336
16	NC_021156	GTT	2	6	743	748	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907336
17	NC_021156	CCG	2	6	770	775	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907336
18	NC_021156	TTG	2	6	778	783	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907336
19	NC_021156	GCG	2	6	849	854	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021156	AAAAGC	2	12	970	981	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021156	GCA	2	6	991	996	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
22	NC_021156	GCA	2	6	1027	1032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
23	NC_021156	GGC	2	6	1038	1043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907337
24	NC_021156	TCG	2	6	1144	1149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907337
25	NC_021156	ACT	2	6	1162	1167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907337
26	NC_021156	TGC	2	6	1172	1177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907337
27	NC_021156	GGC	2	6	1201	1206	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907337
28	NC_021156	AGG	2	6	1213	1218	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482907337
29	NC_021156	CAG	2	6	1254	1259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
30	NC_021156	CCAT	2	8	1324	1331	25 %	25 %	0 %	50 %	482907337
31	NC_021156	GGC	2	6	1338	1343	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907337
32	NC_021156	TGA	2	6	1363	1368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907337
33	NC_021156	CGC	2	6	1403	1408	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
34	NC_021156	AGA	2	6	1459	1464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907337
35	NC_021156	ACG	2	6	1552	1557	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
36	NC_021156	GTG	2	6	1629	1634	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907337
37	NC_021156	ACCG	2	8	1659	1666	25 %	0 %	25 %	50 %	482907337
38	NC_021156	ATC	2	6	1707	1712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907337
39	NC_021156	GAA	2	6	1764	1769	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907337
40	NC_021156	CGA	2	6	1836	1841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
41	NC_021156	CAG	2	6	1867	1872	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
42	NC_021156	GGC	2	6	1887	1892	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907337
43	NC_021156	GGC	2	6	1923	1928	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907337
44	NC_021156	GCC	2	6	1963	1968	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
45	NC_021156	AGC	2	6	1975	1980	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
46	NC_021156	ATG	2	6	2053	2058	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907337
47	NC_021156	GGT	2	6	2064	2069	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907337
48	NC_021156	GCT	2	6	2070	2075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907337
49	NC_021156	TTGCTC	2	12	2086	2097	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482907337
50	NC_021156	TGG	2	6	2144	2149	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907337
51	NC_021156	GAA	2	6	2156	2161	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907337
52	NC_021156	CCA	2	6	2239	2244	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482907337
53	NC_021156	GAT	2	6	2252	2257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907337
54	NC_021156	GCC	2	6	2274	2279	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
55	NC_021156	CCG	2	6	2347	2352	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
56	NC_021156	CTGGTG	2	12	2370	2381	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	482907337
57	NC_021156	GAC	2	6	2382	2387	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
58	NC_021156	GAA	2	6	2459	2464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907337
59	NC_021156	CGC	2	6	2492	2497	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
60	NC_021156	ACG	2	6	2545	2550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
61	NC_021156	GCC	2	6	2572	2577	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
62	NC_021156	CAC	2	6	2621	2626	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482907337
63	NC_021156	TGC	3	9	2650	2658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907337
64	NC_021156	GCA	2	6	2702	2707	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
65	NC_021156	CAG	2	6	2715	2720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
66	NC_021156	GCA	2	6	2738	2743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
67	NC_021156	GCC	2	6	2794	2799	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
68	NC_021156	TGA	2	6	2861	2866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907337
69	NC_021156	CGC	2	6	2888	2893	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
70	NC_021156	CCAGC	2	10	2953	2962	20 %	0 %	20 %	60 %	482907337
71	NC_021156	GGCACC	2	12	3068	3079	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	482907337
72	NC_021156	GGGC	2	8	3101	3108	0 %	0 %	75 %	25 %	482907337
73	NC_021156	A	6	6	3196	3201	100 %	0 %	0 %	0 %	482907338
74	NC_021156	GGTC	2	8	3211	3218	0 %	25 %	50 %	25 %	482907338
75	NC_021156	CCTTGT	2	12	3340	3351	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482907338
76	NC_021156	CTG	2	6	3433	3438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907339
77	NC_021156	CGA	3	9	3522	3530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907339
78	NC_021156	GAA	2	6	3556	3561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907339
79	NC_021156	GCG	2	6	3568	3573	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907339
80	NC_021156	ACC	2	6	3606	3611	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482907339
81	NC_021156	CTGC	2	8	3614	3621	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_021156	AGG	2	6	3624	3629	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021156	CAAT	2	8	3630	3637	50 %	25 %	0 %	25 %	482907340
84	NC_021156	GCA	2	6	3675	3680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907340
85	NC_021156	GCC	2	6	3683	3688	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907340
86	NC_021156	TGG	2	6	3715	3720	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907340
87	NC_021156	GGT	2	6	3750	3755	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907340
88	NC_021156	CTG	2	6	3813	3818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907340
89	NC_021156	CCG	2	6	3859	3864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907340
90	NC_021156	TCA	2	6	3884	3889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907340
91	NC_021156	CTG	2	6	3951	3956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907340
92	NC_021156	CAT	2	6	3986	3991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907340
93	NC_021156	GC	3	6	4019	4024	0 %	0 %	50 %	50 %	482907340
94	NC_021156	GCC	3	9	4033	4041	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907340
95	NC_021156	GAA	2	6	4080	4085	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907340
96	NC_021156	CGC	2	6	4133	4138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907340
97	NC_021156	ATG	2	6	4191	4196	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907340
98	NC_021156	CAG	3	9	4209	4217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907340
99	NC_021156	GCCGAG	2	12	4287	4298	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	482907340
100	NC_021156	GAC	3	9	4311	4319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907340
101	NC_021156	TTC	2	6	4329	4334	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482907340
102	NC_021156	GGT	2	6	4384	4389	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907340
103	NC_021156	GGC	2	6	4393	4398	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907340
104	NC_021156	CGG	2	6	4403	4408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907340
105	NC_021156	CCG	2	6	4420	4425	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907340
106	NC_021156	GTG	2	6	4462	4467	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907340
107	NC_021156	AGCGCA	2	12	4559	4570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907341
108	NC_021156	GACGT	2	10	4579	4588	20 %	20 %	40 %	20 %	482907341
109	NC_021156	TGA	2	6	4644	4649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907341
110	NC_021156	TGG	2	6	4670	4675	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907341
111	NC_021156	TGG	2	6	4787	4792	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907341
112	NC_021156	GTG	2	6	4844	4849	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907341
113	NC_021156	CAT	2	6	4899	4904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907341
114	NC_021156	GCT	2	6	4938	4943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907341
115	NC_021156	CGA	2	6	4959	4964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907341
116	NC_021156	GGC	2	6	5023	5028	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907341
117	NC_021156	CCGC	2	8	5078	5085	0 %	0 %	25 %	75 %	482907341
118	NC_021156	CTG	2	6	5086	5091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907341
119	NC_021156	TG	3	6	5102	5107	0 %	50 %	50 %	0 %	482907341
120	NC_021156	GCC	2	6	5204	5209	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907341
121	NC_021156	GCTGG	2	10	5244	5253	0 %	20 %	60 %	20 %	482907341
122	NC_021156	CGG	2	6	5270	5275	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907341
123	NC_021156	GGC	2	6	5301	5306	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907341
124	NC_021156	C	8	8	5314	5321	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
125	NC_021156	ATT	4	12	5597	5608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021156	TCA	2	6	5634	5639	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907342
127	NC_021156	CGC	2	6	5785	5790	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907342
128	NC_021156	CG	3	6	5815	5820	0 %	0 %	50 %	50 %	482907342
129	NC_021156	GTG	2	6	5913	5918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907342
130	NC_021156	ATC	2	6	5980	5985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907342
131	NC_021156	TCG	2	6	5994	5999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907342
132	NC_021156	GCAG	2	8	6022	6029	25 %	0 %	50 %	25 %	482907342
133	NC_021156	CAT	2	6	6055	6060	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907342
134	NC_021156	GCG	2	6	6071	6076	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907342
135	NC_021156	CG	3	6	6085	6090	0 %	0 %	50 %	50 %	482907342
136	NC_021156	T	6	6	6155	6160	0 %	100 %	0 %	0 %	482907342
137	NC_021156	GCT	2	6	6167	6172	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907342
138	NC_021156	TCTG	2	8	6241	6248	0 %	50 %	25 %	25 %	482907342
139	NC_021156	GC	4	8	6268	6275	0 %	0 %	50 %	50 %	482907342
140	NC_021156	GCC	3	9	6329	6337	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907342
141	NC_021156	CA	3	6	6361	6366	50 %	0 %	0 %	50 %	482907342
142	NC_021156	GGC	2	6	6403	6408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907342
143	NC_021156	GAAA	2	8	6412	6419	75 %	0 %	25 %	0 %	482907342
144	NC_021156	TCA	2	6	6471	6476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_021156	T	8	8	6513	6520	0 %	100 %	0 %	0 %	482907343
146	NC_021156	GTG	2	6	6585	6590	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907343
147	NC_021156	CGC	2	6	6626	6631	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907343
148	NC_021156	TCA	2	6	6699	6704	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907343
149	NC_021156	AGG	2	6	6711	6716	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482907343
150	NC_021156	AGG	2	6	6720	6725	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482907343
151	NC_021156	CGG	2	6	6762	6767	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907343
152	NC_021156	TCTG	2	8	6772	6779	0 %	50 %	25 %	25 %	482907343
153	NC_021156	GCA	2	6	6814	6819	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907343
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155	NC_021156	CGC	2	6	6957	6962	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907343
156	NC_021156	GTT	2	6	7031	7036	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907343
157	NC_021156	TGG	2	6	7068	7073	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907343
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161	NC_021156	GCCTT	2	10	7257	7266	0 %	40 %	20 %	40 %	482907343
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165	NC_021156	GGGAG	2	10	7489	7498	20 %	0 %	80 %	0 %	482907344
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167	NC_021156	GC	3	6	7708	7713	0 %	0 %	50 %	50 %	482907344
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171	NC_021156	CAT	2	6	7830	7835	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907344
172	NC_021156	GGCT	2	8	7849	7856	0 %	25 %	50 %	25 %	482907344
173	NC_021156	GCC	2	6	7900	7905	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907344
174	NC_021156	GAC	2	6	7933	7938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907344
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177	NC_021156	GCG	2	6	8284	8289	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_021156	GCA	2	6	8383	8388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_021156	ATCT	2	8	8496	8503	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
180	NC_021156	GCC	2	6	8532	8537	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907345
181	NC_021156	GC	3	6	8575	8580	0 %	0 %	50 %	50 %	482907345
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184	NC_021156	AG	3	6	8637	8642	50 %	0 %	50 %	0 %	482907345
185	NC_021156	AGGGC	2	10	8672	8681	20 %	0 %	60 %	20 %	482907345
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188	NC_021156	TGT	2	6	8740	8745	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907345
189	NC_021156	CTG	2	6	8756	8761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907345
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191	NC_021156	CCT	2	6	8841	8846	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
192	NC_021156	TCG	2	6	8908	8913	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
193	NC_021156	GCG	2	6	8939	8944	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
194	NC_021156	GCC	2	6	8967	8972	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
195	NC_021156	CTC	2	6	9003	9008	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
196	NC_021156	TCA	2	6	9041	9046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
197	NC_021156	GAAGC	2	10	9089	9098	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
198	NC_021156	GC	4	8	9152	9159	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
199	NC_021156	AGC	2	6	9174	9179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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201	NC_021156	GTC	3	9	9224	9232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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230	NC_021156	GATG	2	8	10449	10456	25 %	25 %	50 %	0 %	482907346
231	NC_021156	TGCT	2	8	10476	10483	0 %	50 %	25 %	25 %	482907346
232	NC_021156	GCAA	2	8	10510	10517	50 %	0 %	25 %	25 %	482907346
233	NC_021156	TGT	2	6	10518	10523	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907346
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239	NC_021156	CTGC	2	8	10690	10697	0 %	25 %	25 %	50 %	482907346
240	NC_021156	GCG	2	6	10722	10727	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907346
241	NC_021156	CCGC	2	8	10830	10837	0 %	0 %	25 %	75 %	482907347
242	NC_021156	AGC	2	6	10838	10843	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907347
243	NC_021156	TCC	2	6	10925	10930	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482907347

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.