MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Staphylococcus warneri SG1 plasmid clone pvSw2 genomic sequence

Total Repeats: 235

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020264	A	7	7	17	23	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020264	ATG	2	6	73	78	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338575
3	NC_020264	TA	3	6	134	139	50 %	50 %	0 %	0 %	449338575
4	NC_020264	TCTT	2	8	203	210	0 %	75 %	0 %	25 %	449338575
5	NC_020264	GTTTAA	2	12	278	289	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	449338575
6	NC_020264	ATGT	2	8	437	444	25 %	50 %	25 %	0 %	449338575
7	NC_020264	TCA	2	6	505	510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338575
8	NC_020264	TAA	2	6	523	528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338575
9	NC_020264	T	6	6	531	536	0 %	100 %	0 %	0 %	449338575
10	NC_020264	TTC	2	6	544	549	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338575
11	NC_020264	ATG	2	6	603	608	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338575
12	NC_020264	AT	3	6	641	646	50 %	50 %	0 %	0 %	449338575
13	NC_020264	TAG	2	6	673	678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338575
14	NC_020264	AGA	2	6	737	742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020264	TCTAT	2	10	811	820	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020264	TAAT	2	8	823	830	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020264	ACA	2	6	844	849	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020264	T	6	6	854	859	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020264	ATT	2	6	868	873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020264	ATTAA	2	10	877	886	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020264	TTG	2	6	889	894	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020264	A	6	6	907	912	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020264	AT	3	6	916	921	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020264	TAT	3	9	919	927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020264	A	6	6	931	936	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020264	A	6	6	950	955	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020264	TTG	2	6	1012	1017	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020264	ATT	2	6	1058	1063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338576
29	NC_020264	TCT	3	9	1066	1074	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338576
30	NC_020264	CAA	2	6	1094	1099	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	449338576
31	NC_020264	AGT	2	6	1106	1111	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338576
32	NC_020264	ATA	2	6	1224	1229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020264	A	6	6	1250	1255	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020264	AC	3	6	1272	1277	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_020264	TAA	3	9	1370	1378	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020264	ATTTAT	2	12	1395	1406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020264	ATTTT	2	10	1462	1471	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020264	TAA	2	6	1485	1490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020264	A	6	6	1489	1494	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020264	TA	3	6	1571	1576	50 %	50 %	0 %	0 %	449338577
41	NC_020264	T	6	6	1631	1636	0 %	100 %	0 %	0 %	449338577
42	NC_020264	A	6	6	1661	1666	100 %	0 %	0 %	0 %	449338577
43	NC_020264	TGA	2	6	1684	1689	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338577
44	NC_020264	ATG	2	6	1698	1703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	449338577
45	NC_020264	CCT	2	6	1732	1737	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_020264	CT	3	6	1736	1741	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_020264	GAC	2	6	1753	1758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_020264	GA	3	6	1760	1765	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020264	TAT	2	6	1779	1784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020264	TTAT	2	8	1830	1837	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020264	TAT	2	6	1848	1853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020264	T	7	7	1904	1910	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020264	CTTTTA	2	12	1958	1969	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_020264	ATAG	2	8	1983	1990	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020264	CAAT	2	8	2060	2067	50 %	25 %	0 %	25 %	449338578
56	NC_020264	T	6	6	2136	2141	0 %	100 %	0 %	0 %	449338578
57	NC_020264	TTC	2	6	2152	2157	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338578
58	NC_020264	T	6	6	2172	2177	0 %	100 %	0 %	0 %	449338578
59	NC_020264	CTA	2	6	2180	2185	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338578
60	NC_020264	AT	3	6	2186	2191	50 %	50 %	0 %	0 %	449338578
61	NC_020264	TAT	2	6	2232	2237	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338578
62	NC_020264	AT	3	6	2236	2241	50 %	50 %	0 %	0 %	449338578
63	NC_020264	T	6	6	2291	2296	0 %	100 %	0 %	0 %	449338578
64	NC_020264	TAA	2	6	2346	2351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338578
65	NC_020264	TTA	2	6	2369	2374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338578
66	NC_020264	CT	3	6	2413	2418	0 %	50 %	0 %	50 %	449338578
67	NC_020264	ATTT	2	8	2425	2432	25 %	75 %	0 %	0 %	449338578
68	NC_020264	CGT	2	6	2506	2511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	449338578
69	NC_020264	TCT	2	6	2516	2521	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338578
70	NC_020264	ATT	2	6	2539	2544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338578
71	NC_020264	T	6	6	2605	2610	0 %	100 %	0 %	0 %	449338578
72	NC_020264	T	7	7	2688	2694	0 %	100 %	0 %	0 %	449338578
73	NC_020264	CAT	2	6	2700	2705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338578
74	NC_020264	CTA	2	6	2723	2728	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338578
75	NC_020264	TCA	2	6	2771	2776	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338578
76	NC_020264	A	6	6	2830	2835	100 %	0 %	0 %	0 %	449338578
77	NC_020264	AATT	2	8	2838	2845	50 %	50 %	0 %	0 %	449338578
78	NC_020264	TA	3	6	2892	2897	50 %	50 %	0 %	0 %	449338578
79	NC_020264	TAT	2	6	2919	2924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020264	CAT	2	6	2930	2935	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_020264	CAT	2	6	2942	2947	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_020264	A	7	7	2961	2967	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020264	GCG	2	6	3016	3021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_020264	ACT	2	6	3052	3057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_020264	ACT	2	6	3074	3079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_020264	ACT	2	6	3096	3101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020264	ACT	2	6	3118	3123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_020264	ACT	2	6	3140	3145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_020264	TC	3	6	3170	3175	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020264	AT	3	6	3222	3227	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020264	AGT	2	6	3252	3257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020264	A	6	6	3265	3270	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020264	TACA	2	8	3289	3296	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020264	TATACT	2	12	3299	3310	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_020264	TTAT	2	8	3312	3319	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020264	ATT	2	6	3409	3414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020264	CAAAC	2	10	3448	3457	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_020264	GTA	2	6	3463	3468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020264	TAA	2	6	3479	3484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020264	A	6	6	3483	3488	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020264	TAA	2	6	3642	3647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020264	ATT	3	9	3664	3672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020264	T	6	6	3700	3705	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020264	ATG	2	6	3740	3745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020264	TCA	2	6	3752	3757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_020264	TAA	2	6	3798	3803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338579
107	NC_020264	TAT	2	6	3815	3820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	449338579
108	NC_020264	AT	3	6	3848	3853	50 %	50 %	0 %	0 %	449338579
109	NC_020264	TG	3	6	3898	3903	0 %	50 %	50 %	0 %	449338579
110	NC_020264	TTA	2	6	4006	4011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020264	TTAA	2	8	4087	4094	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020264	ACC	2	6	4163	4168	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_020264	CAA	2	6	4174	4179	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_020264	ATC	2	6	4253	4258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338580
115	NC_020264	TA	3	6	4327	4332	50 %	50 %	0 %	0 %	449338580
116	NC_020264	TGT	2	6	4343	4348	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	449338580
117	NC_020264	TATCC	2	10	4424	4433	20 %	40 %	0 %	40 %	449338580
118	NC_020264	CTTCAA	2	12	4436	4447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	449338580
119	NC_020264	T	7	7	4492	4498	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020264	T	6	6	4616	4621	0 %	100 %	0 %	0 %	449338581
121	NC_020264	ATA	2	6	4629	4634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338581
122	NC_020264	TAAAAG	2	12	4712	4723	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020264	TTTTGA	2	12	4779	4790	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020264	GAG	2	6	4842	4847	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020264	T	6	6	4926	4931	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020264	A	6	6	4947	4952	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020264	CAA	2	6	4964	4969	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_020264	AAATTC	2	12	5072	5083	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_020264	T	6	6	5091	5096	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020264	CAA	2	6	5104	5109	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_020264	TA	3	6	5113	5118	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020264	TAA	2	6	5252	5257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020264	ATAA	2	8	5291	5298	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020264	CAA	2	6	5332	5337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_020264	TAT	3	9	5341	5349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020264	AAAGA	2	10	5353	5362	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020264	CAA	2	6	5367	5372	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_020264	ATCAA	2	10	5407	5416	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_020264	A	6	6	5427	5432	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020264	AAT	2	6	5547	5552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020264	AAT	2	6	5556	5561	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020264	CA	3	6	5572	5577	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_020264	ATT	2	6	5624	5629	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020264	GAA	2	6	5656	5661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020264	TA	3	6	5717	5722	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020264	GAA	2	6	5767	5772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020264	TTA	2	6	5789	5794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020264	GAT	2	6	5870	5875	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020264	TA	3	6	5884	5889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020264	TAA	2	6	5928	5933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020264	TTA	2	6	6005	6010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020264	TTTA	2	8	6012	6019	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020264	TA	3	6	6031	6036	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020264	TAA	3	9	6054	6062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020264	ATT	2	6	6096	6101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020264	TCT	3	9	6102	6110	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_020264	AAT	2	6	6119	6124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_020264	TTA	2	6	6141	6146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_020264	ATTTCA	2	12	6162	6173	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
160	NC_020264	T	6	6	6175	6180	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_020264	TTC	2	6	6185	6190	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_020264	TA	3	6	6194	6199	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020264	TA	3	6	6225	6230	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_020264	GAT	2	6	6240	6245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020264	AGT	2	6	6296	6301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_020264	ATC	2	6	6308	6313	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_020264	CTATT	2	10	6333	6342	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
168	NC_020264	AT	3	6	6418	6423	50 %	50 %	0 %	0 %	449338582
169	NC_020264	TTC	2	6	6449	6454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	449338582
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171	NC_020264	AT	3	6	6485	6490	50 %	50 %	0 %	0 %	449338582
172	NC_020264	T	7	7	6565	6571	0 %	100 %	0 %	0 %	449338582
173	NC_020264	CTC	2	6	6572	6577	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
174	NC_020264	TTCT	2	8	6578	6585	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
175	NC_020264	T	6	6	6585	6590	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_020264	TTA	2	6	6594	6599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_020264	AT	4	8	6629	6636	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_020264	AT	3	6	6669	6674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_020264	TG	3	6	6696	6701	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
180	NC_020264	TATGTT	2	12	6702	6713	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
181	NC_020264	AGG	2	6	6724	6729	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
182	NC_020264	ATA	2	6	6743	6748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338583
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185	NC_020264	A	7	7	6894	6900	100 %	0 %	0 %	0 %	449338583
186	NC_020264	A	6	6	6921	6926	100 %	0 %	0 %	0 %	449338583
187	NC_020264	GAA	2	6	6944	6949	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	449338583
188	NC_020264	TAA	2	6	6970	6975	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	449338583
189	NC_020264	TA	3	6	7059	7064	50 %	50 %	0 %	0 %	449338583
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209	NC_020264	AT	3	6	7605	7610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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231	NC_020264	TA	5	10	8151	8160	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
232	NC_020264	TAAA	2	8	8171	8178	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
233	NC_020264	TA	5	10	8187	8196	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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235	NC_020264	TA	5	10	8223	8232	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.