MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 71

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018188	GTT	2	6	37	42	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356081
2	NC_018188	GGC	2	6	57	62	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356081
3	NC_018188	ACG	2	6	79	84	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356081
4	NC_018188	GA	3	6	115	120	50 %	0 %	50 %	0 %	398356081
5	NC_018188	GCG	2	6	182	187	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356081
6	NC_018188	GC	3	6	232	237	0 %	0 %	50 %	50 %	398356081
7	NC_018188	CT	3	6	289	294	0 %	50 %	0 %	50 %	398356081
8	NC_018188	AAT	2	6	311	316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018188	CTC	2	6	317	322	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_018188	TCG	2	6	327	332	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_018188	CAC	2	6	377	382	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_018188	GCA	2	6	433	438	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_018188	TGAGC	2	10	502	511	20 %	20 %	40 %	20 %	398356082
14	NC_018188	CAG	2	6	536	541	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356082
15	NC_018188	TCG	2	6	564	569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356082
16	NC_018188	GAA	2	6	587	592	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356082
17	NC_018188	GAC	2	6	603	608	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356082
18	NC_018188	GC	4	8	666	673	0 %	0 %	50 %	50 %	398356082
19	NC_018188	CTT	2	6	707	712	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356082
20	NC_018188	TCG	3	9	1025	1033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356082
21	NC_018188	GCC	2	6	1141	1146	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_018188	TCG	2	6	1161	1166	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_018188	CTC	2	6	1177	1182	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_018188	AGG	2	6	1393	1398	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018188	CCA	2	6	1409	1414	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_018188	CAT	2	6	1463	1468	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_018188	GCT	2	6	1477	1482	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018188	AGA	2	6	1518	1523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356083
29	NC_018188	AG	3	6	1534	1539	50 %	0 %	50 %	0 %	398356083
30	NC_018188	GCG	2	6	1570	1575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356083
31	NC_018188	CGG	2	6	1624	1629	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356083
32	NC_018188	GCAC	2	8	1643	1650	25 %	0 %	25 %	50 %	398356083
33	NC_018188	GCC	2	6	1787	1792	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356084
34	NC_018188	TTGC	2	8	1866	1873	0 %	50 %	25 %	25 %	398356084
35	NC_018188	GC	3	6	1917	1922	0 %	0 %	50 %	50 %	398356084
36	NC_018188	TCG	2	6	1998	2003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_018188	AGT	2	6	2047	2052	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018188	GAC	2	6	2059	2064	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_018188	GTT	2	6	2140	2145	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018188	TCAT	2	8	2318	2325	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_018188	TC	3	6	2411	2416	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_018188	AGA	2	6	2451	2456	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356085
43	NC_018188	GAT	2	6	2528	2533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356085
44	NC_018188	CTTC	2	8	2669	2676	0 %	50 %	0 %	50 %	398356086
45	NC_018188	AAGG	2	8	2677	2684	50 %	0 %	50 %	0 %	398356086
46	NC_018188	GAG	2	6	2688	2693	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356086
47	NC_018188	CAG	2	6	2724	2729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356086
48	NC_018188	CA	3	6	2730	2735	50 %	0 %	0 %	50 %	398356086
49	NC_018188	GCG	2	6	2770	2775	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_018188	AGC	2	6	2809	2814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_018188	GCT	2	6	2838	2843	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_018188	GATC	2	8	2860	2867	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_018188	TTC	2	6	2917	2922	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_018188	CCG	2	6	2975	2980	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_018188	AC	3	6	3009	3014	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_018188	TTG	2	6	3032	3037	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018188	GTG	2	6	3092	3097	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018188	GGT	2	6	3110	3115	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018188	GTT	2	6	3141	3146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018188	ACC	2	6	3168	3173	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_018188	CGA	2	6	3180	3185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_018188	ATG	2	6	3187	3192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018188	TTG	2	6	3206	3211	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018188	AGA	2	6	3212	3217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018188	TTG	2	6	3232	3237	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018188	GAT	2	6	3243	3248	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018188	GAA	2	6	3315	3320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018188	GCAAC	2	10	3336	3345	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_018188	CGA	2	6	3519	3524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_018188	GCC	2	6	3572	3577	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_018188	ACCT	2	8	3661	3668	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.