MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 97

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018187	ATC	2	6	53	58	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356073
2	NC_018187	GCT	2	6	199	204	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356073
3	NC_018187	ATC	2	6	539	544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356073
4	NC_018187	GA	3	6	636	641	50 %	0 %	50 %	0 %	398356073
5	NC_018187	CAAG	2	8	657	664	50 %	0 %	25 %	25 %	398356073
6	NC_018187	ACG	2	6	873	878	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356073
7	NC_018187	CGGA	2	8	888	895	25 %	0 %	50 %	25 %	398356073
8	NC_018187	GC	3	6	899	904	0 %	0 %	50 %	50 %	398356073
9	NC_018187	GTC	2	6	905	910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356073
10	NC_018187	ACCG	2	8	977	984	25 %	0 %	25 %	50 %	398356073
11	NC_018187	TCA	2	6	997	1002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356073
12	NC_018187	CCG	2	6	1187	1192	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356074
13	NC_018187	GAA	2	6	1238	1243	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356074
14	NC_018187	TGA	2	6	1268	1273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356074
15	NC_018187	T	6	6	1345	1350	0 %	100 %	0 %	0 %	398356074
16	NC_018187	GC	3	6	1392	1397	0 %	0 %	50 %	50 %	398356074
17	NC_018187	TCT	2	6	1461	1466	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356074
18	NC_018187	CCTTT	2	10	1544	1553	0 %	60 %	0 %	40 %	398356075
19	NC_018187	CCG	2	6	1572	1577	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356075
20	NC_018187	TCGTT	2	10	1579	1588	0 %	60 %	20 %	20 %	398356075
21	NC_018187	CGT	2	6	1604	1609	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356075
22	NC_018187	CGAT	2	8	1651	1658	25 %	25 %	25 %	25 %	398356075
23	NC_018187	CGA	2	6	1739	1744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356075
24	NC_018187	TCG	2	6	1881	1886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356075
25	NC_018187	TCT	2	6	1889	1894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356075
26	NC_018187	GAG	3	9	1995	2003	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356075
27	NC_018187	ATC	2	6	2004	2009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356075
28	NC_018187	CGTC	2	8	2062	2069	0 %	25 %	25 %	50 %	398356075
29	NC_018187	TGT	2	6	2077	2082	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356075
30	NC_018187	TCT	2	6	2162	2167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356075
31	NC_018187	CGA	2	6	2222	2227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356075
32	NC_018187	AGG	2	6	2239	2244	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356075
33	NC_018187	TCC	2	6	2316	2321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356075
34	NC_018187	CAT	2	6	2333	2338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356075
35	NC_018187	CGAT	2	8	2360	2367	25 %	25 %	25 %	25 %	398356075
36	NC_018187	TCT	2	6	2402	2407	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356075
37	NC_018187	T	7	7	2466	2472	0 %	100 %	0 %	0 %	398356075
38	NC_018187	AGG	2	6	2485	2490	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356075
39	NC_018187	A	6	6	2590	2595	100 %	0 %	0 %	0 %	398356075
40	NC_018187	GAC	2	6	2618	2623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356075
41	NC_018187	CGC	2	6	2630	2635	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356075
42	NC_018187	CAAT	2	8	2652	2659	50 %	25 %	0 %	25 %	398356075
43	NC_018187	AGA	2	6	2739	2744	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356075
44	NC_018187	G	6	6	2866	2871	0 %	0 %	100 %	0 %	398356075
45	NC_018187	CAA	2	6	2888	2893	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356075
46	NC_018187	CTC	2	6	3142	3147	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356075
47	NC_018187	CGAC	2	8	3242	3249	25 %	0 %	25 %	50 %	398356075
48	NC_018187	CAT	2	6	3254	3259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356075
49	NC_018187	CCG	2	6	3276	3281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356075
50	NC_018187	TGA	2	6	3329	3334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356075
51	NC_018187	CT	3	6	3355	3360	0 %	50 %	0 %	50 %	398356075
52	NC_018187	GCC	2	6	3367	3372	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_018187	GAT	2	6	3423	3428	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018187	AATC	2	8	3457	3464	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_018187	TGA	2	6	3524	3529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356076
56	NC_018187	GGC	2	6	3594	3599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356076
57	NC_018187	TCGC	2	8	3600	3607	0 %	25 %	25 %	50 %	398356076
58	NC_018187	GAT	2	6	3618	3623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356076
59	NC_018187	GCAG	2	8	3656	3663	25 %	0 %	50 %	25 %	398356076
60	NC_018187	GCG	3	9	3670	3678	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356076
61	NC_018187	CG	3	6	3714	3719	0 %	0 %	50 %	50 %	398356076
62	NC_018187	CG	3	6	3733	3738	0 %	0 %	50 %	50 %	398356076
63	NC_018187	CGT	2	6	3857	3862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356076
64	NC_018187	CGC	2	6	3944	3949	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356076
65	NC_018187	CATGC	2	10	3992	4001	20 %	20 %	20 %	40 %	398356076
66	NC_018187	CGC	2	6	4037	4042	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356077
67	NC_018187	GC	3	6	4041	4046	0 %	0 %	50 %	50 %	398356077
68	NC_018187	GAT	2	6	4096	4101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356077
69	NC_018187	GGCA	2	8	4235	4242	25 %	0 %	50 %	25 %	398356077
70	NC_018187	CTC	2	6	4324	4329	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_018187	GTC	2	6	4332	4337	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_018187	TCT	2	6	4387	4392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356078
73	NC_018187	GAA	2	6	4411	4416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356078
74	NC_018187	ATTG	2	8	4556	4563	25 %	50 %	25 %	0 %	398356078
75	NC_018187	CCAGC	2	10	4580	4589	20 %	0 %	20 %	60 %	398356078
76	NC_018187	CCG	2	6	4632	4637	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356078
77	NC_018187	CCCG	2	8	4640	4647	0 %	0 %	25 %	75 %	398356078
78	NC_018187	GAC	2	6	4656	4661	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356078
79	NC_018187	GAT	2	6	4709	4714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356078
80	NC_018187	CCT	2	6	4774	4779	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356078
81	NC_018187	GCCG	2	8	4834	4841	0 %	0 %	50 %	50 %	398356078
82	NC_018187	GC	4	8	4871	4878	0 %	0 %	50 %	50 %	398356078
83	NC_018187	CGG	3	9	4888	4896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356078
84	NC_018187	GATTT	2	10	4905	4914	20 %	60 %	20 %	0 %	398356078
85	NC_018187	CGT	2	6	4999	5004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356078
86	NC_018187	GC	3	6	5027	5032	0 %	0 %	50 %	50 %	398356078
87	NC_018187	GCC	2	6	5068	5073	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356078
88	NC_018187	TTGAT	2	10	5086	5095	20 %	60 %	20 %	0 %	398356078
89	NC_018187	GCC	2	6	5129	5134	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356078
90	NC_018187	CAG	2	6	5141	5146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356078
91	NC_018187	CT	3	6	5188	5193	0 %	50 %	0 %	50 %	398356078
92	NC_018187	GC	3	6	5333	5338	0 %	0 %	50 %	50 %	398356079
93	NC_018187	CCA	2	6	5371	5376	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356079
94	NC_018187	CGCTG	2	10	5438	5447	0 %	20 %	40 %	40 %	398356079
95	NC_018187	TCT	2	6	5501	5506	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356079
96	NC_018187	AGT	2	6	5522	5527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356079
97	NC_018187	CAG	2	6	5589	5594	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.