MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 176

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018184	CTG	2	6	76	81	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
2	NC_018184	GCC	2	6	172	177	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
3	NC_018184	GGA	2	6	185	190	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356041
4	NC_018184	ACG	2	6	205	210	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
5	NC_018184	CTT	2	6	267	272	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356041
6	NC_018184	GC	3	6	288	293	0 %	0 %	50 %	50 %	398356041
7	NC_018184	TC	3	6	341	346	0 %	50 %	0 %	50 %	398356041
8	NC_018184	AGGT	2	8	352	359	25 %	25 %	50 %	0 %	398356041
9	NC_018184	AGGAA	2	10	365	374	60 %	0 %	40 %	0 %	398356041
10	NC_018184	ATC	2	6	384	389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356041
11	NC_018184	TAAAG	2	10	491	500	60 %	20 %	20 %	0 %	398356041
12	NC_018184	GCA	2	6	582	587	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
13	NC_018184	GCC	2	6	603	608	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
14	NC_018184	GCC	2	6	683	688	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
15	NC_018184	TCGA	2	8	767	774	25 %	25 %	25 %	25 %	398356041
16	NC_018184	CTG	2	6	786	791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
17	NC_018184	GGCA	2	8	796	803	25 %	0 %	50 %	25 %	398356041
18	NC_018184	GATG	2	8	926	933	25 %	25 %	50 %	0 %	398356041
19	NC_018184	CTT	2	6	942	947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356041
20	NC_018184	GTT	2	6	956	961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356041
21	NC_018184	GCT	2	6	1020	1025	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
22	NC_018184	CCG	2	6	1034	1039	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
23	NC_018184	CGA	2	6	1150	1155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
24	NC_018184	CGATC	2	10	1157	1166	20 %	20 %	20 %	40 %	398356041
25	NC_018184	GAG	2	6	1169	1174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356041
26	NC_018184	CTT	2	6	1200	1205	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356041
27	NC_018184	TGC	2	6	1259	1264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
28	NC_018184	AGG	2	6	1315	1320	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356041
29	NC_018184	AGC	2	6	1366	1371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
30	NC_018184	TCG	2	6	1408	1413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
31	NC_018184	GAT	2	6	1415	1420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356041
32	NC_018184	ATG	2	6	1549	1554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356041
33	NC_018184	GC	3	6	1606	1611	0 %	0 %	50 %	50 %	398356041
34	NC_018184	CGT	2	6	1612	1617	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
35	NC_018184	CGT	2	6	1649	1654	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
36	NC_018184	CCG	2	6	1657	1662	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
37	NC_018184	TC	3	6	1668	1673	0 %	50 %	0 %	50 %	398356041
38	NC_018184	CCG	2	6	1703	1708	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
39	NC_018184	CG	4	8	1814	1821	0 %	0 %	50 %	50 %	398356041
40	NC_018184	ATG	2	6	1845	1850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356041
41	NC_018184	CGA	2	6	1852	1857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
42	NC_018184	GCT	2	6	1910	1915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
43	NC_018184	GCA	2	6	1916	1921	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
44	NC_018184	CGA	2	6	2032	2037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
45	NC_018184	TCCG	2	8	2041	2048	0 %	25 %	25 %	50 %	398356041
46	NC_018184	GC	3	6	2124	2129	0 %	0 %	50 %	50 %	398356041
47	NC_018184	GATC	2	8	2150	2157	25 %	25 %	25 %	25 %	398356041
48	NC_018184	GAG	2	6	2223	2228	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356041
49	NC_018184	GGGATC	2	12	2239	2250	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	398356041
50	NC_018184	GAA	2	6	2298	2303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356041
51	NC_018184	GCA	2	6	2350	2355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
52	NC_018184	GC	3	6	2366	2371	0 %	0 %	50 %	50 %	398356041
53	NC_018184	ATGC	2	8	2476	2483	25 %	25 %	25 %	25 %	398356041
54	NC_018184	CAG	2	6	2596	2601	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
55	NC_018184	TACC	2	8	2690	2697	25 %	25 %	0 %	50 %	398356041
56	NC_018184	CGA	2	6	2887	2892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
57	NC_018184	CAC	2	6	2998	3003	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356041
58	NC_018184	TCG	2	6	3041	3046	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
59	NC_018184	GC	3	6	3320	3325	0 %	0 %	50 %	50 %	398356041
60	NC_018184	GAG	2	6	3327	3332	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356041
61	NC_018184	TCATC	2	10	3368	3377	20 %	40 %	0 %	40 %	398356041
62	NC_018184	CCA	2	6	3399	3404	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356041
63	NC_018184	GAC	2	6	3447	3452	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
64	NC_018184	CTA	2	6	3473	3478	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356041
65	NC_018184	GGC	2	6	3491	3496	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356041
66	NC_018184	GCT	2	6	3657	3662	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_018184	ACG	2	6	3668	3673	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_018184	GCCT	2	8	3723	3730	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_018184	CGA	2	6	3762	3767	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356042
70	NC_018184	CAGCC	2	10	3845	3854	20 %	0 %	20 %	60 %	398356042
71	NC_018184	CCG	2	6	3888	3893	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356042
72	NC_018184	CGCGG	2	10	3899	3908	0 %	0 %	60 %	40 %	398356042
73	NC_018184	CAC	2	6	3935	3940	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356042
74	NC_018184	CG	3	6	4006	4011	0 %	0 %	50 %	50 %	398356042
75	NC_018184	CGA	2	6	4048	4053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356042
76	NC_018184	CCGT	2	8	4162	4169	0 %	25 %	25 %	50 %	398356042
77	NC_018184	CG	3	6	4180	4185	0 %	0 %	50 %	50 %	398356042
78	NC_018184	C	6	6	4263	4268	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
79	NC_018184	A	9	9	4269	4277	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018184	T	6	6	4362	4367	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018184	CTT	2	6	4387	4392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_018184	GGTG	2	8	4405	4412	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018184	AGG	2	6	4464	4469	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018184	CGA	2	6	4503	4508	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356043
85	NC_018184	AGA	2	6	4553	4558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356043
86	NC_018184	GCT	2	6	4605	4610	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356043
87	NC_018184	G	6	6	4759	4764	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018184	ATG	2	6	4767	4772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356044
89	NC_018184	TTG	2	6	4816	4821	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356044
90	NC_018184	GAC	2	6	4884	4889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356044
91	NC_018184	AAT	2	6	4899	4904	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356044
92	NC_018184	GATA	2	8	4977	4984	50 %	25 %	25 %	0 %	398356044
93	NC_018184	CCA	2	6	5062	5067	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356044
94	NC_018184	TCATGG	2	12	5135	5146	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	398356044
95	NC_018184	TTGGC	2	10	5275	5284	0 %	40 %	40 %	20 %	398356044
96	NC_018184	GTC	2	6	5418	5423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356044
97	NC_018184	GGT	2	6	5434	5439	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356044
98	NC_018184	AAT	2	6	5448	5453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356044
99	NC_018184	GGC	2	6	5610	5615	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356044
100	NC_018184	ATTT	2	8	5653	5660	25 %	75 %	0 %	0 %	398356044
101	NC_018184	CTG	2	6	5787	5792	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356044
102	NC_018184	TCG	2	6	5852	5857	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356044
103	NC_018184	GGCA	2	8	5865	5872	25 %	0 %	50 %	25 %	398356044
104	NC_018184	GTG	2	6	5886	5891	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356044
105	NC_018184	CATGC	2	10	5904	5913	20 %	20 %	20 %	40 %	398356044
106	NC_018184	CGT	2	6	5936	5941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356044
107	NC_018184	TCT	2	6	5976	5981	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_018184	TTG	2	6	6023	6028	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018184	GTCA	2	8	6099	6106	25 %	25 %	25 %	25 %	398356045
110	NC_018184	CT	3	6	6239	6244	0 %	50 %	0 %	50 %	398356045
111	NC_018184	ATT	2	6	6296	6301	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	398356045
112	NC_018184	GTG	2	6	6316	6321	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356045
113	NC_018184	CG	3	6	6415	6420	0 %	0 %	50 %	50 %	398356045
114	NC_018184	AGC	2	6	6551	6556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356045
115	NC_018184	TGA	2	6	6568	6573	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356045
116	NC_018184	GGT	2	6	6723	6728	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356045
117	NC_018184	CTT	2	6	6729	6734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356045
118	NC_018184	CGCT	2	8	6784	6791	0 %	25 %	25 %	50 %	398356045
119	NC_018184	GAT	2	6	6828	6833	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356045
120	NC_018184	ATC	2	6	6858	6863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356045
121	NC_018184	CAA	2	6	6920	6925	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_018184	TGG	2	6	6961	6966	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356046
123	NC_018184	GCG	2	6	6976	6981	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356046
124	NC_018184	TCG	2	6	7071	7076	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356046
125	NC_018184	GGC	2	6	7096	7101	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356046
126	NC_018184	CCA	2	6	7180	7185	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356046
127	NC_018184	GCG	2	6	7275	7280	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356046
128	NC_018184	GGT	2	6	7402	7407	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356046
129	NC_018184	CAT	2	6	7442	7447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356046
130	NC_018184	TGC	2	6	7488	7493	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356046
131	NC_018184	GGC	2	6	7541	7546	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356046
132	NC_018184	CGC	2	6	7603	7608	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356046
133	NC_018184	CGG	2	6	7615	7620	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356046
134	NC_018184	GCC	2	6	7790	7795	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356046
135	NC_018184	TGCCTT	2	12	7801	7812	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	398356046
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175	NC_018184	GC	3	6	9990	9995	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
176	NC_018184	CAT	2	6	10051	10056	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.