MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 261

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018183	CAGG	2	8	51	58	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_018183	CGT	2	6	60	65	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018183	TGA	2	6	130	135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018183	CGG	2	6	174	179	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_018183	TGC	2	6	237	242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356026
6	NC_018183	TGC	2	6	278	283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356026
7	NC_018183	GAA	2	6	310	315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356026
8	NC_018183	CATT	2	8	543	550	25 %	50 %	0 %	25 %	398356027
9	NC_018183	CGT	2	6	803	808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356028
10	NC_018183	CGCC	2	8	856	863	0 %	0 %	25 %	75 %	398356028
11	NC_018183	CG	3	6	940	945	0 %	0 %	50 %	50 %	398356028
12	NC_018183	CAG	2	6	965	970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356028
13	NC_018183	AG	3	6	1018	1023	50 %	0 %	50 %	0 %	398356028
14	NC_018183	GCG	2	6	1090	1095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356028
15	NC_018183	GC	3	6	1135	1140	0 %	0 %	50 %	50 %	398356028
16	NC_018183	GAT	2	6	1175	1180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356028
17	NC_018183	GAA	2	6	1393	1398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018183	TCC	2	6	1463	1468	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_018183	AGG	2	6	1578	1583	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018183	ACC	2	6	1632	1637	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_018183	TCGT	2	8	1658	1665	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_018183	TCA	2	6	1718	1723	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356029
23	NC_018183	CGGCG	2	10	1728	1737	0 %	0 %	60 %	40 %	398356029
24	NC_018183	GA	3	6	1786	1791	50 %	0 %	50 %	0 %	398356029
25	NC_018183	CCT	2	6	1898	1903	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356029
26	NC_018183	GCA	2	6	1958	1963	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356029
27	NC_018183	GCC	2	6	1968	1973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356029
28	NC_018183	CGA	2	6	1982	1987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356029
29	NC_018183	GCG	2	6	2003	2008	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356029
30	NC_018183	TC	3	6	2102	2107	0 %	50 %	0 %	50 %	398356029
31	NC_018183	CGG	2	6	2228	2233	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356030
32	NC_018183	TGC	2	6	2243	2248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356030
33	NC_018183	ATCTCG	2	12	2265	2276	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	398356030
34	NC_018183	CCG	2	6	2297	2302	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356030
35	NC_018183	CGG	2	6	2306	2311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356030
36	NC_018183	TGG	2	6	2324	2329	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018183	TGAG	2	8	2352	2359	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018183	AGC	2	6	2371	2376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356031
39	NC_018183	GAC	2	6	2493	2498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356031
40	NC_018183	CGT	2	6	2502	2507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356031
41	NC_018183	CGT	2	6	2515	2520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356031
42	NC_018183	ATTG	2	8	2644	2651	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018183	GGT	2	6	2655	2660	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018183	GCT	2	6	2695	2700	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018183	TCAA	2	8	2720	2727	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_018183	GAT	2	6	2791	2796	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356032
47	NC_018183	TCC	2	6	2811	2816	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356032
48	NC_018183	GCT	2	6	2835	2840	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356032
49	NC_018183	CAG	2	6	2915	2920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_018183	CGC	2	6	2934	2939	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_018183	CGG	2	6	2966	2971	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356033
52	NC_018183	CAA	2	6	2988	2993	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356033
53	NC_018183	GC	3	6	2994	2999	0 %	0 %	50 %	50 %	398356033
54	NC_018183	CGC	2	6	3009	3014	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
55	NC_018183	AGCCG	2	10	3021	3030	20 %	0 %	40 %	40 %	398356033
56	NC_018183	CGC	2	6	3105	3110	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
57	NC_018183	GCCG	2	8	3120	3127	0 %	0 %	50 %	50 %	398356033
58	NC_018183	CCCG	2	8	3189	3196	0 %	0 %	25 %	75 %	398356033
59	NC_018183	ACGGT	2	10	3286	3295	20 %	20 %	40 %	20 %	398356033
60	NC_018183	CGG	2	6	3296	3301	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356033
61	NC_018183	GC	3	6	3310	3315	0 %	0 %	50 %	50 %	398356033
62	NC_018183	GCC	2	6	3342	3347	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
63	NC_018183	CGCC	2	8	3374	3381	0 %	0 %	25 %	75 %	398356033
64	NC_018183	CGA	2	6	3383	3388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356033
65	NC_018183	GC	3	6	3456	3461	0 %	0 %	50 %	50 %	398356033
66	NC_018183	GCGA	2	8	3465	3472	25 %	0 %	50 %	25 %	398356033
67	NC_018183	CGC	2	6	3485	3490	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
68	NC_018183	GATG	2	8	3539	3546	25 %	25 %	50 %	0 %	398356033
69	NC_018183	GC	3	6	3582	3587	0 %	0 %	50 %	50 %	398356033
70	NC_018183	GCG	2	6	3619	3624	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356033
71	NC_018183	GGC	2	6	3659	3664	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356033
72	NC_018183	GC	4	8	3668	3675	0 %	0 %	50 %	50 %	398356033
73	NC_018183	GCC	2	6	3795	3800	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
74	NC_018183	CAG	2	6	3816	3821	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356033
75	NC_018183	GC	4	8	3824	3831	0 %	0 %	50 %	50 %	398356033
76	NC_018183	CAG	2	6	3843	3848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356033
77	NC_018183	GC	3	6	3853	3858	0 %	0 %	50 %	50 %	398356033
78	NC_018183	CGG	2	6	3923	3928	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356033
79	NC_018183	GTC	2	6	3975	3980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356033
80	NC_018183	GCTC	2	8	4011	4018	0 %	25 %	25 %	50 %	398356033
81	NC_018183	TCGGA	2	10	4048	4057	20 %	20 %	40 %	20 %	398356033
82	NC_018183	GC	3	6	4067	4072	0 %	0 %	50 %	50 %	398356033
83	NC_018183	CGC	3	9	4076	4084	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356033
84	NC_018183	C	6	6	4118	4123	0 %	0 %	0 %	100 %	398356034
85	NC_018183	GC	3	6	4167	4172	0 %	0 %	50 %	50 %	398356034
86	NC_018183	GCC	2	6	4178	4183	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356034
87	NC_018183	TTC	2	6	4222	4227	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356034
88	NC_018183	GCA	2	6	4242	4247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356034
89	NC_018183	GGCC	2	8	4257	4264	0 %	0 %	50 %	50 %	398356034
90	NC_018183	TCG	2	6	4268	4273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
91	NC_018183	GCT	2	6	4308	4313	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
92	NC_018183	CGC	2	6	4324	4329	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356034
93	NC_018183	GCCG	2	8	4342	4349	0 %	0 %	50 %	50 %	398356034
94	NC_018183	CG	4	8	4433	4440	0 %	0 %	50 %	50 %	398356034
95	NC_018183	ATCGA	2	10	4502	4511	40 %	20 %	20 %	20 %	398356034
96	NC_018183	GCC	2	6	4556	4561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356034
97	NC_018183	GC	3	6	4574	4579	0 %	0 %	50 %	50 %	398356034
98	NC_018183	TCG	2	6	4604	4609	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
99	NC_018183	CGA	2	6	4628	4633	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356034
100	NC_018183	GC	3	6	4658	4663	0 %	0 %	50 %	50 %	398356034
101	NC_018183	GC	3	6	4692	4697	0 %	0 %	50 %	50 %	398356034
102	NC_018183	GCG	2	6	4730	4735	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356034
103	NC_018183	GCT	2	6	4737	4742	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
104	NC_018183	TCG	2	6	4772	4777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
105	NC_018183	CAG	2	6	4786	4791	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356034
106	NC_018183	GCC	2	6	4900	4905	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356034
107	NC_018183	TCG	2	6	4928	4933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
108	NC_018183	CTG	2	6	4969	4974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356034
109	NC_018183	GC	3	6	4977	4982	0 %	0 %	50 %	50 %	398356034
110	NC_018183	CGC	2	6	5029	5034	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
111	NC_018183	GCCA	2	8	5047	5054	25 %	0 %	25 %	50 %	398356035
112	NC_018183	ATGC	2	8	5135	5142	25 %	25 %	25 %	25 %	398356035
113	NC_018183	GGCG	2	8	5150	5157	0 %	0 %	75 %	25 %	398356035
114	NC_018183	CG	3	6	5277	5282	0 %	0 %	50 %	50 %	398356035
115	NC_018183	GCC	2	6	5295	5300	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
116	NC_018183	GTC	2	6	5301	5306	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
117	NC_018183	GCA	2	6	5318	5323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356035
118	NC_018183	CG	3	6	5334	5339	0 %	0 %	50 %	50 %	398356035
119	NC_018183	TCG	2	6	5341	5346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
120	NC_018183	CTTGC	2	10	5358	5367	0 %	40 %	20 %	40 %	398356035
121	NC_018183	CGG	3	9	5477	5485	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356035
122	NC_018183	CCG	2	6	5603	5608	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
123	NC_018183	CAACG	2	10	5637	5646	40 %	0 %	20 %	40 %	398356035
124	NC_018183	GTC	2	6	5652	5657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
125	NC_018183	GGCG	2	8	5705	5712	0 %	0 %	75 %	25 %	398356035
126	NC_018183	ACG	2	6	5836	5841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356035
127	NC_018183	GC	3	6	5893	5898	0 %	0 %	50 %	50 %	398356035
128	NC_018183	CGT	2	6	5907	5912	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
129	NC_018183	TG	3	6	5920	5925	0 %	50 %	50 %	0 %	398356035
130	NC_018183	CACGC	2	10	5936	5945	20 %	0 %	20 %	60 %	398356035
131	NC_018183	GCC	2	6	5953	5958	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
132	NC_018183	TGC	2	6	5972	5977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
133	NC_018183	CGT	2	6	5978	5983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
134	NC_018183	GCA	2	6	6032	6037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356035
135	NC_018183	CCGC	2	8	6065	6072	0 %	0 %	25 %	75 %	398356035
136	NC_018183	CGC	2	6	6131	6136	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
137	NC_018183	CGC	2	6	6155	6160	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
138	NC_018183	CAC	2	6	6207	6212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356035
139	NC_018183	CGC	2	6	6312	6317	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
140	NC_018183	TGC	2	6	6379	6384	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356035
141	NC_018183	GACG	2	8	6459	6466	25 %	0 %	50 %	25 %	398356035
142	NC_018183	GCC	2	6	6477	6482	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356035
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145	NC_018183	TGC	2	6	6615	6620	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356036
146	NC_018183	CCGCTG	2	12	6626	6637	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	398356036
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148	NC_018183	GCA	2	6	6725	6730	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356037
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150	NC_018183	CGC	2	6	6858	6863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356037
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157	NC_018183	CGG	2	6	7145	7150	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356037
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159	NC_018183	CGT	3	9	7313	7321	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356037
160	NC_018183	GTC	2	6	7335	7340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356037
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164	NC_018183	CGC	2	6	7485	7490	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356037
165	NC_018183	CGT	2	6	7508	7513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356037
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175	NC_018183	GCGCC	2	10	7919	7928	0 %	0 %	40 %	60 %	398356037
176	NC_018183	CCT	2	6	7940	7945	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356037
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209	NC_018183	CCG	2	6	9075	9080	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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211	NC_018183	TCGCCA	2	12	9110	9121	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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248	NC_018183	GGC	2	6	10477	10482	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356039
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251	NC_018183	TGC	2	6	10604	10609	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356039
252	NC_018183	TGGC	2	8	10644	10651	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
253	NC_018183	GCC	2	6	10687	10692	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
254	NC_018183	GCA	2	6	10704	10709	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
255	NC_018183	AG	3	6	10729	10734	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
256	NC_018183	GCT	2	6	10747	10752	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
257	NC_018183	CAT	2	6	10758	10763	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
258	NC_018183	CG	3	6	10788	10793	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
259	NC_018183	GTCG	2	8	10853	10860	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
260	NC_018183	GGA	2	6	10943	10948	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
261	NC_018183	TGGA	2	8	11002	11009	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.