MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Streptococcus suis D9 chromosome

Total Repeats: 43891

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017620	AAC	2	6	11	16	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386583128
2	NC_017620	T	6	6	17	22	0 %	100 %	0 %	0 %	386583128
3	NC_017620	A	6	6	148	153	100 %	0 %	0 %	0 %	386583128
4	NC_017620	A	7	7	164	170	100 %	0 %	0 %	0 %	386583128
5	NC_017620	TAC	2	6	267	272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386583128
6	NC_017620	AAG	2	6	279	284	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386583128
7	NC_017620	CTC	2	6	323	328	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386583128
8	NC_017620	AAT	2	6	400	405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386583128
9	NC_017620	ATT	2	6	465	470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386583128
10	NC_017620	TGG	2	6	477	482	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386583128
11	NC_017620	TCA	2	6	581	586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386583128
12	NC_017620	A	7	7	631	637	100 %	0 %	0 %	0 %	386583128
13	NC_017620	ACTT	2	8	653	660	25 %	50 %	0 %	25 %	386583128
14	NC_017620	TGA	2	6	666	671	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386583128
15	NC_017620	TC	3	6	679	684	0 %	50 %	0 %	50 %	386583128
16	NC_017620	TAA	2	6	687	692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386583128
17	NC_017620	CAA	2	6	695	700	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386583128
18	NC_017620	GAA	2	6	706	711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386583128
19	NC_017620	A	7	7	740	746	100 %	0 %	0 %	0 %	386583128
20	NC_017620	GAA	2	6	799	804	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386583128
21	NC_017620	CTATC	2	10	928	937	20 %	40 %	0 %	40 %	386583128
22	NC_017620	ACGT	2	8	959	966	25 %	25 %	25 %	25 %	386583128
23	NC_017620	TGC	2	6	1041	1046	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386583128
24	NC_017620	ACAA	2	8	1068	1075	75 %	0 %	0 %	25 %	386583128
25	NC_017620	CG	3	6	1188	1193	0 %	0 %	50 %	50 %	386583128
26	NC_017620	GACA	2	8	1224	1231	50 %	0 %	25 %	25 %	386583128
27	NC_017620	ATGC	2	8	1285	1292	25 %	25 %	25 %	25 %	386583128
28	NC_017620	AATAA	2	10	1297	1306	80 %	20 %	0 %	0 %	386583128
29	NC_017620	CTC	2	6	1312	1317	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386583128
30	NC_017620	GAT	2	6	1321	1326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386583128
31	NC_017620	A	6	6	1356	1361	100 %	0 %	0 %	0 %	386583128
32	NC_017620	T	6	6	1387	1392	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017620	A	6	6	1393	1398	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017620	T	6	6	1404	1409	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017620	TCA	2	6	1454	1459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017620	ACT	2	6	1482	1487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017620	ATA	2	6	1507	1512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017620	TAA	2	6	1545	1550	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386583129
39	NC_017620	AT	3	6	1553	1558	50 %	50 %	0 %	0 %	386583129
40	NC_017620	TTA	2	6	1772	1777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386583129
41	NC_017620	AAG	2	6	1880	1885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386583129
42	NC_017620	ACAA	2	8	1956	1963	75 %	0 %	0 %	25 %	386583129
43	NC_017620	GTC	2	6	2000	2005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386583129
44	NC_017620	TGA	2	6	2115	2120	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386583129
45	NC_017620	TGT	2	6	2127	2132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386583129
46	NC_017620	TC	3	6	2146	2151	0 %	50 %	0 %	50 %	386583129
47	NC_017620	GAT	2	6	2176	2181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386583129
48	NC_017620	TCT	2	6	2198	2203	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386583129
49	NC_017620	AAT	2	6	2209	2214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386583129
50	NC_017620	TTA	2	6	2257	2262	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386583129
51	NC_017620	TACC	2	8	2268	2275	25 %	25 %	0 %	50 %	386583129
52	NC_017620	ACCG	2	8	2281	2288	25 %	0 %	25 %	50 %	386583129
53	NC_017620	AAC	2	6	2310	2315	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386583129
54	NC_017620	TCT	2	6	2364	2369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386583129
55	NC_017620	TAA	2	6	2412	2417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386583129
56	NC_017620	TGT	2	6	2418	2423	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386583129
57	NC_017620	ACTT	2	8	2521	2528	25 %	50 %	0 %	25 %	386583129
58	NC_017620	TCT	2	6	2581	2586	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386583129
59	NC_017620	GTCC	2	8	2587	2594	0 %	25 %	25 %	50 %	386583129
60	NC_017620	AAT	2	6	2611	2616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386583129
61	NC_017620	AGG	2	6	2674	2679	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017620	T	7	7	2814	2820	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017620	TTTAT	2	10	2847	2856	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017620	A	6	6	2860	2865	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017620	TA	3	6	2884	2889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017620	TA	4	8	2915	2922	50 %	50 %	0 %	0 %	386583130
67	NC_017620	CTG	2	6	2951	2956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386583130
68	NC_017620	CATAT	2	10	2959	2968	40 %	40 %	0 %	20 %	386583130
69	NC_017620	AAAG	2	8	2977	2984	75 %	0 %	25 %	0 %	386583130
70	NC_017620	A	6	6	3035	3040	100 %	0 %	0 %	0 %	386583130
71	NC_017620	AGT	2	6	3073	3078	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386583130
72	NC_017620	TTA	2	6	3159	3164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386583130
73	NC_017620	AT	3	6	3259	3264	50 %	50 %	0 %	0 %	386583130
74	NC_017620	A	7	7	3355	3361	100 %	0 %	0 %	0 %	386583130
75	NC_017620	ATT	2	6	3417	3422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386583130
76	NC_017620	TGA	2	6	3456	3461	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386583130
77	NC_017620	T	6	6	3487	3492	0 %	100 %	0 %	0 %	386583130
78	NC_017620	TGG	2	6	3519	3524	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386583130
79	NC_017620	GAAG	2	8	3561	3568	50 %	0 %	50 %	0 %	386583130
80	NC_017620	TTA	2	6	3628	3633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386583130
81	NC_017620	TCT	2	6	3649	3654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386583130
82	NC_017620	ATT	3	9	3708	3716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386583130
83	NC_017620	GA	3	6	3728	3733	50 %	0 %	50 %	0 %	386583130
84	NC_017620	GTAT	2	8	3776	3783	25 %	50 %	25 %	0 %	386583130
85	NC_017620	AGG	2	6	3789	3794	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386583130
86	NC_017620	GTAT	2	8	3797	3804	25 %	50 %	25 %	0 %	386583131
87	NC_017620	TCA	2	6	3848	3853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386583131
88	NC_017620	AAG	2	6	3865	3870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386583131
89	NC_017620	ATG	2	6	3943	3948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386583131
90	NC_017620	A	6	6	3968	3973	100 %	0 %	0 %	0 %	386583131
91	NC_017620	CTG	2	6	4017	4022	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017620	A	6	6	4085	4090	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017620	GAG	2	6	4091	4096	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017620	TGG	2	6	4323	4328	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386583132
95	NC_017620	AAC	2	6	4329	4334	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386583132
96	NC_017620	AATG	2	8	4342	4349	50 %	25 %	25 %	0 %	386583132
97	NC_017620	GAA	2	6	4367	4372	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386583132
98	NC_017620	CT	3	6	4415	4420	0 %	50 %	0 %	50 %	386583132
99	NC_017620	ATT	2	6	4475	4480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017620	ATT	2	6	4489	4494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017620	A	6	6	4576	4581	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017620	CAG	2	6	4593	4598	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386583133
103	NC_017620	TCG	2	6	4602	4607	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386583133
104	NC_017620	TGG	2	6	4710	4715	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386583133
105	NC_017620	TCA	2	6	4752	4757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386583133
106	NC_017620	AAAT	2	8	4843	4850	75 %	25 %	0 %	0 %	386583133
107	NC_017620	TTG	2	6	4947	4952	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386583133
108	NC_017620	AG	3	6	5005	5010	50 %	0 %	50 %	0 %	386583133
109	NC_017620	CAA	2	6	5014	5019	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386583133
110	NC_017620	A	6	6	5037	5042	100 %	0 %	0 %	0 %	386583133
111	NC_017620	A	6	6	5094	5099	100 %	0 %	0 %	0 %	386583133
112	NC_017620	AGA	2	6	5113	5118	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386583133
113	NC_017620	GAA	2	6	5153	5158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386583133
114	NC_017620	A	6	6	5160	5165	100 %	0 %	0 %	0 %	386583133
115	NC_017620	GTG	3	9	5303	5311	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386583133
116	NC_017620	GAA	3	9	5327	5335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386583133
117	NC_017620	CGA	2	6	5347	5352	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386583133
118	NC_017620	CTTG	2	8	5431	5438	0 %	50 %	25 %	25 %	386583133
119	NC_017620	CAG	2	6	5457	5462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386583133
120	NC_017620	AGG	2	6	5469	5474	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386583133
121	NC_017620	CTC	2	6	5508	5513	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386583133
122	NC_017620	GAT	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386583133
123	NC_017620	AAG	2	6	5616	5621	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386583133
124	NC_017620	GAA	2	6	5636	5641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386583133
125	NC_017620	CAT	2	6	5671	5676	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386583133
126	NC_017620	TTC	2	6	5716	5721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017620	GTT	2	6	5722	5727	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017620	GAT	2	6	5801	5806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017620	TTGG	2	8	5810	5817	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017620	A	6	6	5851	5856	100 %	0 %	0 %	0 %	386583134
131	NC_017620	ATC	2	6	5868	5873	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386583134
132	NC_017620	AAACA	2	10	5905	5914	80 %	0 %	0 %	20 %	386583134
133	NC_017620	TGC	2	6	5929	5934	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386583134
134	NC_017620	A	6	6	6022	6027	100 %	0 %	0 %	0 %	386583134
135	NC_017620	TCTA	2	8	6028	6035	25 %	50 %	0 %	25 %	386583134
136	NC_017620	TTA	2	6	6092	6097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386583134
137	NC_017620	TAG	2	6	6121	6126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386583134
138	NC_017620	ATG	2	6	6130	6135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386583134
139	NC_017620	TGG	2	6	6185	6190	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386583134
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402	NC_017620	GGA	2	6	17900	17905	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
403	NC_017620	CT	3	6	17925	17930	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
404	NC_017620	GAA	2	6	18164	18169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
405	NC_017620	GGT	2	6	18238	18243	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
406	NC_017620	GTC	2	6	18252	18257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
407	NC_017620	TCGTG	2	10	18261	18270	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
408	NC_017620	CAT	2	6	18320	18325	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
409	NC_017620	TAA	2	6	18355	18360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
410	NC_017620	GGA	2	6	18364	18369	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
411	NC_017620	ATC	2	6	18388	18393	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
412	NC_017620	AC	3	6	18415	18420	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
413	NC_017620	CGC	2	6	18554	18559	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
414	NC_017620	AC	3	6	18584	18589	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
415	NC_017620	CAC	2	6	18599	18604	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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417	NC_017620	GAT	2	6	18670	18675	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
418	NC_017620	CCT	2	6	18726	18731	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
419	NC_017620	TCT	2	6	18760	18765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
420	NC_017620	AGG	2	6	18826	18831	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
421	NC_017620	CTA	2	6	18873	18878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
422	NC_017620	CTT	2	6	18913	18918	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
423	NC_017620	TG	3	6	18940	18945	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
424	NC_017620	AC	3	6	18950	18955	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
425	NC_017620	CGT	2	6	19000	19005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
426	NC_017620	A	7	7	19142	19148	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
427	NC_017620	TAA	2	6	19155	19160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
428	NC_017620	GTTAA	2	10	19162	19171	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
429	NC_017620	ACG	2	6	19225	19230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
430	NC_017620	GTAA	2	8	19248	19255	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
431	NC_017620	TCAC	2	8	19305	19312	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
432	NC_017620	TAG	2	6	19396	19401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
433	NC_017620	GCGA	2	8	19404	19411	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
434	NC_017620	AGG	2	6	19418	19423	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
435	NC_017620	GAG	2	6	19431	19436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
436	NC_017620	CTC	2	6	19441	19446	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
437	NC_017620	AGA	2	6	19483	19488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
438	NC_017620	AG	3	6	19511	19516	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
439	NC_017620	TCG	2	6	19586	19591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
440	NC_017620	GGA	2	6	19599	19604	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
441	NC_017620	CT	3	6	19625	19630	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
442	NC_017620	ACA	2	6	19717	19722	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
443	NC_017620	ATG	2	6	19784	19789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
444	NC_017620	TAT	2	6	19849	19854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
445	NC_017620	GGA	2	6	19917	19922	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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451	NC_017620	TG	3	6	20394	20399	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
452	NC_017620	AAG	2	6	20400	20405	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
453	NC_017620	GAG	2	6	20415	20420	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
454	NC_017620	GA	3	6	20545	20550	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
455	NC_017620	ACA	2	6	20571	20576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
456	NC_017620	CTAA	2	8	20626	20633	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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480	NC_017620	TA	3	6	23284	23289	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
481	NC_017620	AT	3	6	23375	23380	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
482	NC_017620	GGA	2	6	23382	23387	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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