MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella flexneri 2002017 plasmid pSFxv_5

Total Repeats: 75

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017330	TCTGC	2	10	3	12	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_017330	CTG	2	6	118	123	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017330	TTC	2	6	223	228	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384545960
4	NC_017330	GCC	2	6	257	262	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384545960
5	NC_017330	TCG	2	6	266	271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384545960
6	NC_017330	TGT	2	6	347	352	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017330	GTT	2	6	369	374	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017330	G	9	9	395	403	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017330	GGT	2	6	414	419	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017330	TCCTG	2	10	460	469	0 %	40 %	20 %	40 %	384545961
11	NC_017330	ATAA	2	8	507	514	75 %	25 %	0 %	0 %	384545961
12	NC_017330	TGCAG	2	10	521	530	20 %	20 %	40 %	20 %	384545961
13	NC_017330	AAT	2	6	576	581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384545961
14	NC_017330	AG	3	6	678	683	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017330	TTC	2	6	698	703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017330	CT	3	6	707	712	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017330	A	6	6	724	729	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017330	GGT	2	6	776	781	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017330	A	8	8	797	804	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017330	TGC	2	6	824	829	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384545962
21	NC_017330	GCG	2	6	832	837	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384545962
22	NC_017330	GT	3	6	840	845	0 %	50 %	50 %	0 %	384545962
23	NC_017330	T	7	7	845	851	0 %	100 %	0 %	0 %	384545962
24	NC_017330	GCT	2	6	871	876	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384545962
25	NC_017330	GC	3	6	1107	1112	0 %	0 %	50 %	50 %	384545963
26	NC_017330	ATGTT	2	10	1119	1128	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017330	CTG	2	6	1135	1140	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017330	T	6	6	1154	1159	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017330	A	7	7	1178	1184	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017330	AT	3	6	1195	1200	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017330	T	7	7	1205	1211	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017330	ACA	2	6	1254	1259	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384545964
33	NC_017330	GAA	2	6	1277	1282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384545964
34	NC_017330	GCA	2	6	1316	1321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384545964
35	NC_017330	TTG	2	6	1332	1337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384545964
36	NC_017330	T	6	6	1349	1354	0 %	100 %	0 %	0 %	384545964
37	NC_017330	TTTTG	2	10	1378	1387	0 %	80 %	20 %	0 %	384545964
38	NC_017330	CTG	2	6	1407	1412	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384545964
39	NC_017330	CTG	2	6	1422	1427	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384545964
40	NC_017330	TTA	2	6	1524	1529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384545964
41	NC_017330	ATC	2	6	1570	1575	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384545964
42	NC_017330	TTATG	2	10	1579	1588	20 %	60 %	20 %	0 %	384545964
43	NC_017330	ATT	2	6	1592	1597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384545964
44	NC_017330	TTG	2	6	1638	1643	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384545964
45	NC_017330	TGA	2	6	1669	1674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384545964
46	NC_017330	TCA	2	6	1700	1705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384545964
47	NC_017330	TGTA	2	8	1707	1714	25 %	50 %	25 %	0 %	384545964
48	NC_017330	CAA	2	6	1740	1745	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384545964
49	NC_017330	AAG	2	6	1749	1754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384545964
50	NC_017330	TGT	2	6	1764	1769	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384545964
51	NC_017330	ATTA	2	8	1778	1785	50 %	50 %	0 %	0 %	384545964
52	NC_017330	TTG	2	6	1797	1802	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384545964
53	NC_017330	ATT	2	6	1926	1931	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384545964
54	NC_017330	A	7	7	1960	1966	100 %	0 %	0 %	0 %	384545964
55	NC_017330	A	6	6	2057	2062	100 %	0 %	0 %	0 %	384545964
56	NC_017330	TCAA	2	8	2063	2070	50 %	25 %	0 %	25 %	384545964
57	NC_017330	TGT	2	6	2113	2118	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384545964
58	NC_017330	TTCT	2	8	2232	2239	0 %	75 %	0 %	25 %	384545964
59	NC_017330	TA	3	6	2270	2275	50 %	50 %	0 %	0 %	384545964
60	NC_017330	CAT	2	6	2338	2343	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017330	TTG	2	6	2379	2384	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017330	TCT	2	6	2408	2413	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017330	A	6	6	2427	2432	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017330	GGT	2	6	2445	2450	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017330	TC	3	6	2577	2582	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_017330	G	6	6	2689	2694	0 %	0 %	100 %	0 %	384545965
67	NC_017330	CA	3	6	2701	2706	50 %	0 %	0 %	50 %	384545965
68	NC_017330	GCC	2	6	2831	2836	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_017330	G	6	6	2918	2923	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017330	T	6	6	2957	2962	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017330	T	6	6	2972	2977	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017330	T	6	6	2987	2992	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017330	CGC	2	6	3056	3061	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_017330	GCA	2	6	3144	3149	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017330	TC	3	6	3173	3178	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.