MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella flexneri 2002017 plasmid pSFxv_3

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017329	CCG	2	6	40	45	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017329	ATCT	2	8	104	111	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017329	TGG	2	6	131	136	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017329	CTG	2	6	137	142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017329	G	6	6	222	227	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017329	CCA	2	6	411	416	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541561
7	NC_017329	G	6	6	451	456	0 %	0 %	100 %	0 %	384541561
8	NC_017329	TCT	2	6	495	500	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384541561
9	NC_017329	CCGTCC	2	12	537	548	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	384541561
10	NC_017329	CGC	2	6	565	570	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541561
11	NC_017329	CTG	2	6	636	641	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541561
12	NC_017329	TGC	2	6	651	656	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541561
13	NC_017329	T	6	6	658	663	0 %	100 %	0 %	0 %	384541561
14	NC_017329	AAC	2	6	777	782	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017329	ATG	2	6	820	825	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541562
16	NC_017329	AAC	2	6	826	831	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541562
17	NC_017329	T	8	8	1075	1082	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017329	AAT	2	6	1151	1156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017329	A	7	7	1201	1207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017329	TTC	2	6	1249	1254	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017329	CAT	2	6	1323	1328	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017329	GAA	2	6	1476	1481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017329	CATG	2	8	1549	1556	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017329	GGT	2	6	1596	1601	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017329	TTG	2	6	1602	1607	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017329	T	7	7	1744	1750	0 %	100 %	0 %	0 %	384541563
27	NC_017329	GTT	2	6	1793	1798	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384541563
28	NC_017329	CTC	2	6	1803	1808	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384541563
29	NC_017329	CTG	2	6	1869	1874	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541563
30	NC_017329	CTG	2	6	1890	1895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541563
31	NC_017329	CCT	2	6	1949	1954	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384541563
32	NC_017329	T	6	6	2035	2040	0 %	100 %	0 %	0 %	384541563
33	NC_017329	TG	3	6	2127	2132	0 %	50 %	50 %	0 %	384541563
34	NC_017329	TG	3	6	2160	2165	0 %	50 %	50 %	0 %	384541563
35	NC_017329	CAG	2	6	2179	2184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541563
36	NC_017329	A	6	6	2245	2250	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017329	GTA	2	6	2278	2283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017329	TA	3	6	2296	2301	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017329	GGT	2	6	2389	2394	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541564
40	NC_017329	ATG	2	6	2426	2431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541564
41	NC_017329	GGT	3	9	2470	2478	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541564
42	NC_017329	TGG	2	6	2481	2486	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384541564
43	NC_017329	ATA	2	6	2492	2497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541564
44	NC_017329	TCA	2	6	2531	2536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541564
45	NC_017329	GAA	2	6	2568	2573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541564
46	NC_017329	CTG	2	6	2594	2599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541564
47	NC_017329	TAA	2	6	2604	2609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384541564
48	NC_017329	CAT	2	6	2617	2622	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541564
49	NC_017329	CTGG	2	8	2687	2694	0 %	25 %	50 %	25 %	384541564
50	NC_017329	GGCA	2	8	2709	2716	25 %	0 %	50 %	25 %	384541564
51	NC_017329	TGTA	2	8	2758	2765	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017329	GGC	2	6	2803	2808	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541565
53	NC_017329	CGGGAT	2	12	2822	2833	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384541565
54	NC_017329	GAA	2	6	2966	2971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541565
55	NC_017329	GCGG	2	8	2982	2989	0 %	0 %	75 %	25 %	384541565
56	NC_017329	GCG	2	6	3091	3096	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541565
57	NC_017329	GCC	2	6	3110	3115	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541565
58	NC_017329	TGA	2	6	3124	3129	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541565
59	NC_017329	AAC	2	6	3141	3146	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541565
60	NC_017329	CTC	2	6	3360	3365	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384541566
61	NC_017329	GA	3	6	3452	3457	50 %	0 %	50 %	0 %	384541566
62	NC_017329	GTC	2	6	3501	3506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541566
63	NC_017329	GGC	2	6	3534	3539	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541566
64	NC_017329	CCAG	2	8	3581	3588	25 %	0 %	25 %	50 %	384541566
65	NC_017329	ATG	2	6	3604	3609	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541566
66	NC_017329	ATG	2	6	3615	3620	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541566
67	NC_017329	TCA	2	6	3659	3664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541566
68	NC_017329	CGC	2	6	3681	3686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541566
69	NC_017329	ATC	2	6	3720	3725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541566
70	NC_017329	GC	3	6	3726	3731	0 %	0 %	50 %	50 %	384541566
71	NC_017329	GA	3	6	3872	3877	50 %	0 %	50 %	0 %	384541566
72	NC_017329	CTCCC	2	10	3941	3950	0 %	20 %	0 %	80 %	384541566
73	NC_017329	TCA	2	6	3985	3990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384541566
74	NC_017329	TCT	2	6	3997	4002	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384541566
75	NC_017329	GGC	2	6	4126	4131	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541566
76	NC_017329	AAGGC	2	10	4173	4182	40 %	0 %	40 %	20 %	384541567
77	NC_017329	GC	3	6	4233	4238	0 %	0 %	50 %	50 %	384541567
78	NC_017329	CTG	2	6	4309	4314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541567
79	NC_017329	GCC	2	6	4321	4326	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541567
80	NC_017329	CCA	2	6	4366	4371	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541567
81	NC_017329	AAC	2	6	4403	4408	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384541567
82	NC_017329	GCG	2	6	4477	4482	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541567
83	NC_017329	AAG	2	6	4503	4508	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384541567
84	NC_017329	TGC	2	6	4620	4625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384541567
85	NC_017329	CAGA	2	8	4660	4667	50 %	0 %	25 %	25 %	384541567
86	NC_017329	GCC	2	6	4671	4676	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541567
87	NC_017329	TCC	2	6	4722	4727	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384541567
88	NC_017329	TGA	2	6	4735	4740	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541567
89	NC_017329	CGG	2	6	4809	4814	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541567
90	NC_017329	CAC	2	6	4849	4854	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541567
91	NC_017329	A	8	8	4919	4926	100 %	0 %	0 %	0 %	384541567
92	NC_017329	TGA	2	6	4963	4968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017329	TTTC	2	8	5020	5027	0 %	75 %	0 %	25 %	384541568
94	NC_017329	GCC	2	6	5031	5036	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541568
95	NC_017329	GT	3	6	5072	5077	0 %	50 %	50 %	0 %	384541568
96	NC_017329	GCG	3	9	5100	5108	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541568
97	NC_017329	GC	4	8	5164	5171	0 %	0 %	50 %	50 %	384541568
98	NC_017329	ACAG	2	8	5190	5197	50 %	0 %	25 %	25 %	384541568
99	NC_017329	AGC	2	6	5267	5272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541568
100	NC_017329	A	6	6	5279	5284	100 %	0 %	0 %	0 %	384541568
101	NC_017329	GC	3	6	5348	5353	0 %	0 %	50 %	50 %	384541568
102	NC_017329	CGC	2	6	5363	5368	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384541568
103	NC_017329	ATG	2	6	5379	5384	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541568
104	NC_017329	CTGC	2	8	5410	5417	0 %	25 %	25 %	50 %	384541568
105	NC_017329	ACG	2	6	5439	5444	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384541568
106	NC_017329	GAT	2	6	5454	5459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541568
107	NC_017329	CAC	2	6	5521	5526	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384541568
108	NC_017329	CGAG	2	8	5566	5573	25 %	0 %	50 %	25 %	384541568
109	NC_017329	CG	3	6	5619	5624	0 %	0 %	50 %	50 %	384541568
110	NC_017329	GCG	2	6	5649	5654	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384541568
111	NC_017329	ATG	2	6	5799	5804	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384541568
112	NC_017329	TAA	4	12	5830	5841	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017329	ATG	3	9	5920	5928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017329	AAAT	2	8	5946	5953	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017329	AT	3	6	5952	5957	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017329	TC	3	6	5960	5965	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017329	AT	3	6	5975	5980	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017329	T	6	6	5986	5991	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017329	CTT	2	6	5993	5998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017329	TGC	2	6	6002	6007	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017329	TCT	2	6	6110	6115	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017329	A	6	6	6159	6164	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.