MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 plasmid pSRC8

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017071	AGAAA	2	10	61	70	80 %	0 %	20 %	0 %	383080709
2	NC_017071	TATT	2	8	92	99	25 %	75 %	0 %	0 %	383080709
3	NC_017071	CA	3	6	122	127	50 %	0 %	0 %	50 %	383080709
4	NC_017071	CGG	2	6	201	206	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	383080709
5	NC_017071	A	7	7	234	240	100 %	0 %	0 %	0 %	383080709
6	NC_017071	ATG	2	6	281	286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383080709
7	NC_017071	TGA	3	9	360	368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383080709
8	NC_017071	CTT	2	6	429	434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383080709
9	NC_017071	TCT	2	6	442	447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383080709
10	NC_017071	CTT	2	6	475	480	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383080709
11	NC_017071	A	6	6	508	513	100 %	0 %	0 %	0 %	383080709
12	NC_017071	TC	3	6	522	527	0 %	50 %	0 %	50 %	383080709
13	NC_017071	AGA	2	6	537	542	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383080709
14	NC_017071	A	6	6	674	679	100 %	0 %	0 %	0 %	383080709
15	NC_017071	GATGAA	2	12	711	722	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383080709
16	NC_017071	A	6	6	724	729	100 %	0 %	0 %	0 %	383080709
17	NC_017071	GT	3	6	732	737	0 %	50 %	50 %	0 %	383080709
18	NC_017071	CAGA	2	8	757	764	50 %	0 %	25 %	25 %	383080709
19	NC_017071	CCA	2	6	779	784	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383080709
20	NC_017071	TGA	2	6	836	841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383080709
21	NC_017071	A	7	7	856	862	100 %	0 %	0 %	0 %	383080709
22	NC_017071	AAC	2	6	907	912	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383080709
23	NC_017071	GA	3	6	928	933	50 %	0 %	50 %	0 %	383080709
24	NC_017071	A	6	6	978	983	100 %	0 %	0 %	0 %	383080709
25	NC_017071	GAA	2	6	1002	1007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383080709
26	NC_017071	A	6	6	1012	1017	100 %	0 %	0 %	0 %	383080709
27	NC_017071	AGA	2	6	1023	1028	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383080709
28	NC_017071	GA	4	8	1035	1042	50 %	0 %	50 %	0 %	383080709
29	NC_017071	GCAA	2	8	1059	1066	50 %	0 %	25 %	25 %	383080709
30	NC_017071	TTTC	2	8	1071	1078	0 %	75 %	0 %	25 %	383080709
31	NC_017071	ACGGA	2	10	1079	1088	40 %	0 %	40 %	20 %	383080709
32	NC_017071	AGA	3	9	1116	1124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383080709
33	NC_017071	AGA	2	6	1128	1133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383080709
34	NC_017071	ACTG	2	8	1143	1150	25 %	25 %	25 %	25 %	383080709
35	NC_017071	GAT	2	6	1173	1178	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383080709
36	NC_017071	TTTC	2	8	1203	1210	0 %	75 %	0 %	25 %	383080709
37	NC_017071	GAAAAA	2	12	1259	1270	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383080709
38	NC_017071	GAA	2	6	1309	1314	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017071	A	7	7	1383	1389	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017071	GAAA	2	8	1420	1427	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017071	GAA	2	6	1437	1442	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017071	AGGAA	2	10	1502	1511	60 %	0 %	40 %	0 %	383080710
43	NC_017071	GACT	2	8	1522	1529	25 %	25 %	25 %	25 %	383080710
44	NC_017071	A	6	6	1574	1579	100 %	0 %	0 %	0 %	383080710
45	NC_017071	CAAA	2	8	1593	1600	75 %	0 %	0 %	25 %	383080710
46	NC_017071	GTT	2	6	1601	1606	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383080710
47	NC_017071	GAA	2	6	1616	1621	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383080710
48	NC_017071	T	7	7	1710	1716	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017071	TTG	2	6	1759	1764	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017071	GCC	2	6	1792	1797	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_017071	GCG	2	6	1799	1804	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017071	GCT	2	6	1805	1810	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017071	GA	3	6	1812	1817	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017071	TGC	2	6	1985	1990	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383080711
55	NC_017071	TAG	2	6	2034	2039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383080711
56	NC_017071	TCT	2	6	2057	2062	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383080711
57	NC_017071	TGC	2	6	2070	2075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383080711
58	NC_017071	CTGT	2	8	2156	2163	0 %	50 %	25 %	25 %	383080711
59	NC_017071	TAG	2	6	2247	2252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383080711
60	NC_017071	GCT	2	6	2278	2283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383080711
61	NC_017071	TCA	2	6	2305	2310	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383080711
62	NC_017071	ATGA	2	8	2377	2384	50 %	25 %	25 %	0 %	383080711
63	NC_017071	CTT	2	6	2390	2395	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383080711
64	NC_017071	TCT	2	6	2396	2401	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383080711
65	NC_017071	CA	3	6	2416	2421	50 %	0 %	0 %	50 %	383080711
66	NC_017071	CGG	2	6	2445	2450	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017071	CGGG	2	8	2453	2460	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017071	GGTG	2	8	2461	2468	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017071	TG	3	6	2467	2472	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017071	GCC	2	6	2486	2491	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_017071	CGG	2	6	2517	2522	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017071	CGGTG	2	10	2533	2542	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017071	GCGGT	2	10	2546	2555	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017071	TGG	2	6	2561	2566	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017071	GTG	2	6	2569	2574	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017071	AGG	3	9	2591	2599	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017071	GCGG	2	8	2621	2628	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017071	GAAA	2	8	2669	2676	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017071	A	6	6	2720	2725	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017071	AAT	2	6	2733	2738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017071	TCA	2	6	2740	2745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017071	T	6	6	2764	2769	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017071	GTT	2	6	2851	2856	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017071	GA	4	8	2861	2868	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017071	AAC	2	6	2878	2883	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017071	GA	3	6	2924	2929	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017071	GTC	2	6	2980	2985	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017071	CTA	2	6	3019	3024	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017071	AGGG	2	8	3030	3037	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017071	GAG	2	6	3146	3151	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017071	A	6	6	3171	3176	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017071	TTGCT	2	10	3180	3189	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017071	AGG	2	6	3217	3222	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017071	A	6	6	3235	3240	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017071	GGT	2	6	3247	3252	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017071	AGC	2	6	3266	3271	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383080712
97	NC_017071	AAG	2	6	3304	3309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383080712
98	NC_017071	CAAA	2	8	3401	3408	75 %	0 %	0 %	25 %	383080712
99	NC_017071	TACA	2	8	3462	3469	50 %	25 %	0 %	25 %	383080712
100	NC_017071	CAG	2	6	3493	3498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383080712
101	NC_017071	GCT	2	6	3705	3710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383080712
102	NC_017071	TGA	2	6	3719	3724	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383080712
103	NC_017071	GCA	2	6	3750	3755	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383080712
104	NC_017071	TGT	2	6	3758	3763	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383080712
105	NC_017071	GCT	2	6	3765	3770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383080712
106	NC_017071	AGA	2	6	3773	3778	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383080712
107	NC_017071	TGACG	2	10	3833	3842	20 %	20 %	40 %	20 %	383080712
108	NC_017071	GGA	2	6	3981	3986	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383080712
109	NC_017071	ACAGA	2	10	4021	4030	60 %	0 %	20 %	20 %	383080712
110	NC_017071	GCC	2	6	4041	4046	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383080712
111	NC_017071	GT	3	6	4052	4057	0 %	50 %	50 %	0 %	383080712
112	NC_017071	CAAG	2	8	4142	4149	50 %	0 %	25 %	25 %	383080712
113	NC_017071	TGA	2	6	4224	4229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383080712
114	NC_017071	AT	3	6	4280	4285	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017071	CGT	2	6	4287	4292	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017071	CT	3	6	4294	4299	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017071	CAAT	2	8	4362	4369	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017071	AGA	2	6	4380	4385	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017071	TGTT	2	8	4453	4460	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017071	TGTT	2	8	4472	4479	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017071	C	6	6	4488	4493	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
122	NC_017071	GCCA	2	8	4494	4501	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017071	AGT	2	6	4642	4647	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.