MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella sonnei 53G plasmid E

Total Repeats: 220

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016834	CAA	2	6	122	127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181986
2	NC_016834	GCAC	2	8	166	173	25 %	0 %	25 %	50 %	383181986
3	NC_016834	ATTT	2	8	227	234	25 %	75 %	0 %	0 %	383181986
4	NC_016834	AATT	2	8	248	255	50 %	50 %	0 %	0 %	383181986
5	NC_016834	AGA	2	6	318	323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181986
6	NC_016834	AT	3	6	351	356	50 %	50 %	0 %	0 %	383181986
7	NC_016834	A	7	7	378	384	100 %	0 %	0 %	0 %	383181986
8	NC_016834	AAAT	2	8	423	430	75 %	25 %	0 %	0 %	383181986
9	NC_016834	AT	3	6	442	447	50 %	50 %	0 %	0 %	383181986
10	NC_016834	A	7	7	539	545	100 %	0 %	0 %	0 %	383181986
11	NC_016834	GTC	2	6	644	649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181986
12	NC_016834	CTG	2	6	650	655	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181986
13	NC_016834	AC	3	6	656	661	50 %	0 %	0 %	50 %	383181986
14	NC_016834	A	7	7	729	735	100 %	0 %	0 %	0 %	383181986
15	NC_016834	ACA	2	6	790	795	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181986
16	NC_016834	ATG	2	6	800	805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181986
17	NC_016834	A	6	6	1006	1011	100 %	0 %	0 %	0 %	383181987
18	NC_016834	AAT	2	6	1018	1023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181987
19	NC_016834	CAA	2	6	1068	1073	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181987
20	NC_016834	A	7	7	1078	1084	100 %	0 %	0 %	0 %	383181987
21	NC_016834	GCA	2	6	1162	1167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181987
22	NC_016834	ACA	2	6	1207	1212	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181987
23	NC_016834	A	6	6	1212	1217	100 %	0 %	0 %	0 %	383181987
24	NC_016834	AAC	2	6	1230	1235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181987
25	NC_016834	TGC	2	6	1283	1288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_016834	ATG	2	6	1308	1313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016834	CCT	2	6	1358	1363	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383181988
28	NC_016834	GTG	2	6	1381	1386	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181988
29	NC_016834	A	6	6	1584	1589	100 %	0 %	0 %	0 %	383181988
30	NC_016834	GCTG	2	8	1696	1703	0 %	25 %	50 %	25 %	383181989
31	NC_016834	GTT	2	6	1734	1739	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383181989
32	NC_016834	CTG	2	6	1791	1796	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181989
33	NC_016834	GTG	2	6	1809	1814	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181989
34	NC_016834	TGGC	2	8	1829	1836	0 %	25 %	50 %	25 %	383181989
35	NC_016834	GCA	2	6	1925	1930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181989
36	NC_016834	ATTA	2	8	2087	2094	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016834	A	6	6	2101	2106	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016834	TAT	2	6	2109	2114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016834	GAAT	2	8	2212	2219	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016834	TTA	2	6	2236	2241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
41	NC_016834	TAA	2	6	2263	2268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
42	NC_016834	ATT	2	6	2275	2280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
43	NC_016834	TCT	2	6	2321	2326	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181990
44	NC_016834	ATT	2	6	2336	2341	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
45	NC_016834	T	6	6	2340	2345	0 %	100 %	0 %	0 %	383181990
46	NC_016834	ATT	2	6	2350	2355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
47	NC_016834	T	6	6	2370	2375	0 %	100 %	0 %	0 %	383181990
48	NC_016834	T	7	7	2398	2404	0 %	100 %	0 %	0 %	383181990
49	NC_016834	ACA	2	6	2405	2410	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181990
50	NC_016834	AAT	2	6	2428	2433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
51	NC_016834	TAG	2	6	2457	2462	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181990
52	NC_016834	CTT	2	6	2490	2495	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181990
53	NC_016834	TAC	2	6	2499	2504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181990
54	NC_016834	ATA	2	6	2521	2526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
55	NC_016834	GGAA	2	8	2527	2534	50 %	0 %	50 %	0 %	383181990
56	NC_016834	CAATC	2	10	2556	2565	40 %	20 %	0 %	40 %	383181990
57	NC_016834	TTAA	2	8	2609	2616	50 %	50 %	0 %	0 %	383181990
58	NC_016834	TCAGAT	2	12	2627	2638	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383181990
59	NC_016834	TAA	2	6	2676	2681	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
60	NC_016834	T	8	8	2700	2707	0 %	100 %	0 %	0 %	383181990
61	NC_016834	T	8	8	2709	2716	0 %	100 %	0 %	0 %	383181990
62	NC_016834	GCA	2	6	2720	2725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181990
63	NC_016834	ATGA	2	8	2771	2778	50 %	25 %	25 %	0 %	383181990
64	NC_016834	TGG	2	6	2791	2796	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181990
65	NC_016834	ATT	2	6	2812	2817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
66	NC_016834	CCA	2	6	2834	2839	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383181990
67	NC_016834	ATTTTA	2	12	2853	2864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
68	NC_016834	TATC	2	8	2874	2881	25 %	50 %	0 %	25 %	383181990
69	NC_016834	ATC	2	6	2893	2898	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181990
70	NC_016834	ATT	2	6	2936	2941	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
71	NC_016834	GCT	2	6	3000	3005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181990
72	NC_016834	TAAA	2	8	3009	3016	75 %	25 %	0 %	0 %	383181990
73	NC_016834	A	6	6	3014	3019	100 %	0 %	0 %	0 %	383181990
74	NC_016834	TTA	2	6	3041	3046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
75	NC_016834	A	6	6	3060	3065	100 %	0 %	0 %	0 %	383181990
76	NC_016834	A	8	8	3099	3106	100 %	0 %	0 %	0 %	383181990
77	NC_016834	TCT	2	6	3129	3134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181990
78	NC_016834	T	6	6	3139	3144	0 %	100 %	0 %	0 %	383181990
79	NC_016834	TAA	2	6	3148	3153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
80	NC_016834	T	7	7	3229	3235	0 %	100 %	0 %	0 %	383181990
81	NC_016834	ATT	2	6	3236	3241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
82	NC_016834	TTA	2	6	3309	3314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
83	NC_016834	TAT	2	6	3355	3360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
84	NC_016834	ATT	2	6	3371	3376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
85	NC_016834	TCT	2	6	3414	3419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181991
86	NC_016834	ATT	2	6	3460	3465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181991
87	NC_016834	CAA	2	6	3474	3479	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181991
88	NC_016834	AT	3	6	3488	3493	50 %	50 %	0 %	0 %	383181991
89	NC_016834	T	6	6	3493	3498	0 %	100 %	0 %	0 %	383181991
90	NC_016834	AT	3	6	3585	3590	50 %	50 %	0 %	0 %	383181992
91	NC_016834	T	7	7	3604	3610	0 %	100 %	0 %	0 %	383181992
92	NC_016834	AAT	2	6	3715	3720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181992
93	NC_016834	ACA	2	6	3727	3732	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181992
94	NC_016834	ATT	2	6	3747	3752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181992
95	NC_016834	T	6	6	3770	3775	0 %	100 %	0 %	0 %	383181992
96	NC_016834	A	6	6	3831	3836	100 %	0 %	0 %	0 %	383181992
97	NC_016834	TCA	2	6	3846	3851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181992
98	NC_016834	TAA	2	6	3853	3858	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181992
99	NC_016834	T	7	7	3878	3884	0 %	100 %	0 %	0 %	383181992
100	NC_016834	ATC	2	6	3896	3901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181992
101	NC_016834	A	6	6	3918	3923	100 %	0 %	0 %	0 %	383181992
102	NC_016834	ATT	2	6	3983	3988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016834	TAT	2	6	4042	4047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016834	CAT	2	6	4057	4062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_016834	AAT	2	6	4070	4075	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016834	GTTT	2	8	4092	4099	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016834	TTA	2	6	4137	4142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016834	GAT	2	6	4151	4156	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016834	CTT	2	6	4189	4194	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_016834	ATA	3	9	4215	4223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016834	TAA	2	6	4224	4229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016834	TA	3	6	4280	4285	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016834	CAT	2	6	4352	4357	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
114	NC_016834	AAT	2	6	4388	4393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181993
115	NC_016834	CAA	2	6	4483	4488	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181993
116	NC_016834	CTATCA	2	12	4512	4523	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
117	NC_016834	ACTA	2	8	4532	4539	50 %	25 %	0 %	25 %	383181993
118	NC_016834	ATT	2	6	4580	4585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181993
119	NC_016834	TCA	2	6	4612	4617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
120	NC_016834	CAA	2	6	4655	4660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181993
121	NC_016834	GAAT	2	8	4688	4695	50 %	25 %	25 %	0 %	383181993
122	NC_016834	A	7	7	4721	4727	100 %	0 %	0 %	0 %	383181993
123	NC_016834	A	6	6	4731	4736	100 %	0 %	0 %	0 %	383181993
124	NC_016834	CAT	2	6	4766	4771	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
125	NC_016834	AATAT	2	10	4782	4791	60 %	40 %	0 %	0 %	383181993
126	NC_016834	TATT	2	8	4800	4807	25 %	75 %	0 %	0 %	383181993
127	NC_016834	CATAA	2	10	4842	4851	60 %	20 %	0 %	20 %	383181993
128	NC_016834	A	6	6	4918	4923	100 %	0 %	0 %	0 %	383181993
129	NC_016834	AAT	2	6	4965	4970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181993
130	NC_016834	CAA	2	6	4976	4981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181993
131	NC_016834	A	6	6	4980	4985	100 %	0 %	0 %	0 %	383181993
132	NC_016834	AGA	2	6	5047	5052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181993
133	NC_016834	TA	4	8	5075	5082	50 %	50 %	0 %	0 %	383181993
134	NC_016834	TA	3	6	5119	5124	50 %	50 %	0 %	0 %	383181993
135	NC_016834	ACT	2	6	5151	5156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
136	NC_016834	CTTT	2	8	5195	5202	0 %	75 %	0 %	25 %	383181993
137	NC_016834	AG	3	6	5239	5244	50 %	0 %	50 %	0 %	383181993
138	NC_016834	ACC	2	6	5283	5288	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383181993
139	NC_016834	TCCC	2	8	5296	5303	0 %	25 %	0 %	75 %	383181993
140	NC_016834	TTC	2	6	5392	5397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_016834	GAT	2	6	5440	5445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016834	T	6	6	5463	5468	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016834	GGC	2	6	5501	5506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_016834	TTGC	2	8	5534	5541	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_016834	AGA	2	6	5543	5548	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016834	TGA	2	6	5557	5562	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016834	A	8	8	5645	5652	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016834	AGGA	2	8	5657	5664	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016834	AT	3	6	5675	5680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_016834	TAT	2	6	5726	5731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_016834	TAT	2	6	5735	5740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_016834	ACA	2	6	5763	5768	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_016834	TAA	2	6	5789	5794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_016834	ATT	2	6	5808	5813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_016834	TTAT	2	8	5814	5821	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_016834	C	6	6	5877	5882	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
157	NC_016834	TCAA	2	8	5975	5982	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
158	NC_016834	CTG	2	6	6013	6018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_016834	T	6	6	6022	6027	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_016834	AAT	2	6	6119	6124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_016834	TCA	3	9	6135	6143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_016834	TTA	2	6	6144	6149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_016834	T	7	7	6151	6157	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_016834	G	6	6	6158	6163	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
165	NC_016834	TGT	2	6	6171	6176	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_016834	T	8	8	6176	6183	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_016834	AAC	2	6	6213	6218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_016834	CATT	2	8	6357	6364	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
169	NC_016834	GGC	2	6	6420	6425	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_016834	CA	3	6	6489	6494	50 %	0 %	0 %	50 %	383181994
171	NC_016834	AAT	2	6	6560	6565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181994
172	NC_016834	CCT	2	6	6609	6614	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383181994
173	NC_016834	CGT	2	6	6695	6700	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181994
174	NC_016834	GTG	3	9	6748	6756	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181994
175	NC_016834	CAAC	2	8	6790	6797	50 %	0 %	0 %	50 %	383181995
176	NC_016834	TCCT	2	8	6810	6817	0 %	50 %	0 %	50 %	383181995
177	NC_016834	TGCC	2	8	6965	6972	0 %	25 %	25 %	50 %	383181995
178	NC_016834	A	6	6	6983	6988	100 %	0 %	0 %	0 %	383181995
179	NC_016834	GCTG	2	8	7099	7106	0 %	25 %	50 %	25 %	383181995
180	NC_016834	CTG	2	6	7140	7145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
181	NC_016834	GCC	2	6	7149	7154	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383181995
182	NC_016834	TCT	2	6	7180	7185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181995
183	NC_016834	CGT	2	6	7206	7211	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
184	NC_016834	GCT	2	6	7337	7342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
185	NC_016834	ACG	2	6	7395	7400	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181995
186	NC_016834	CGG	2	6	7433	7438	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	383181995
187	NC_016834	GAA	2	6	7463	7468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181995
188	NC_016834	CGG	2	6	7475	7480	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	383181995
189	NC_016834	GC	3	6	7491	7496	0 %	0 %	50 %	50 %	383181995
190	NC_016834	GAA	2	6	7514	7519	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181995
191	NC_016834	GCC	2	6	7520	7525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383181995
192	NC_016834	T	6	6	7671	7676	0 %	100 %	0 %	0 %	383181995
193	NC_016834	GT	4	8	7711	7718	0 %	50 %	50 %	0 %	383181995
194	NC_016834	GA	3	6	7720	7725	50 %	0 %	50 %	0 %	383181995
195	NC_016834	GGAT	2	8	7753	7760	25 %	25 %	50 %	0 %	383181995
196	NC_016834	TG	3	6	7840	7845	0 %	50 %	50 %	0 %	383181995
197	NC_016834	CCG	2	6	7862	7867	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383181995
198	NC_016834	GAA	2	6	7898	7903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181995
199	NC_016834	CG	3	6	7907	7912	0 %	0 %	50 %	50 %	383181995
200	NC_016834	CTG	2	6	7923	7928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
201	NC_016834	A	6	6	7983	7988	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
202	NC_016834	AG	4	8	8020	8027	50 %	0 %	50 %	0 %	383181996
203	NC_016834	ATCA	2	8	8176	8183	50 %	25 %	0 %	25 %	383181996
204	NC_016834	TCA	2	6	8194	8199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181996
205	NC_016834	ACT	2	6	8252	8257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181996
206	NC_016834	GAA	2	6	8307	8312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181996
207	NC_016834	TTG	2	6	8412	8417	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
208	NC_016834	AGA	2	6	8461	8466	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
209	NC_016834	ACC	2	6	8474	8479	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
210	NC_016834	AGCGA	2	10	8497	8506	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
211	NC_016834	A	7	7	8520	8526	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
212	NC_016834	GCG	2	6	8529	8534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
213	NC_016834	AAAG	2	8	8558	8565	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
214	NC_016834	GTT	2	6	8638	8643	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
215	NC_016834	T	7	7	8714	8720	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
216	NC_016834	TTCT	2	8	8729	8736	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
217	NC_016834	T	6	6	8762	8767	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
218	NC_016834	A	11	11	8771	8781	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
219	NC_016834	A	6	6	8876	8881	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
220	NC_016834	TAC	2	6	8933	8938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.