MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella sonnei 53G plasmid B

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016823	ATG	2	6	41	46	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181724
2	NC_016823	GGT	3	9	106	114	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181724
3	NC_016823	GAA	2	6	186	191	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181724
4	NC_016823	GCAG	2	8	195	202	25 %	0 %	50 %	25 %	383181724
5	NC_016823	AAAGCA	2	12	244	255	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383181724
6	NC_016823	AAT	2	6	352	357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181724
7	NC_016823	GCAG	2	8	366	373	25 %	0 %	50 %	25 %	383181724
8	NC_016823	AGA	2	6	402	407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181724
9	NC_016823	AAG	2	6	419	424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181724
10	NC_016823	AAC	2	6	458	463	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181724
11	NC_016823	GCA	2	6	541	546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181724
12	NC_016823	A	7	7	581	587	100 %	0 %	0 %	0 %	383181724
13	NC_016823	TGC	3	9	591	599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181724
14	NC_016823	GTC	2	6	797	802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181724
15	NC_016823	T	7	7	804	810	0 %	100 %	0 %	0 %	383181724
16	NC_016823	CCA	2	6	815	820	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383181724
17	NC_016823	TGA	2	6	840	845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181724
18	NC_016823	GGA	2	6	849	854	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383181724
19	NC_016823	TAA	3	9	942	950	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181724
20	NC_016823	CAG	2	6	959	964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181724
21	NC_016823	ATG	2	6	977	982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181724
22	NC_016823	TGAA	2	8	1154	1161	50 %	25 %	25 %	0 %	383181724
23	NC_016823	GCT	2	6	1168	1173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181724
24	NC_016823	ATG	2	6	1331	1336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181724
25	NC_016823	AGA	2	6	1400	1405	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181724
26	NC_016823	AGTT	2	8	1422	1429	25 %	50 %	25 %	0 %	383181724
27	NC_016823	TGT	3	9	1431	1439	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383181724
28	NC_016823	TGCT	2	8	1454	1461	0 %	50 %	25 %	25 %	383181724
29	NC_016823	ATT	2	6	1566	1571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181724
30	NC_016823	CAAA	2	8	1620	1627	75 %	0 %	0 %	25 %	383181725
31	NC_016823	ATT	2	6	1671	1676	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181725
32	NC_016823	T	6	6	1681	1686	0 %	100 %	0 %	0 %	383181725
33	NC_016823	A	6	6	1696	1701	100 %	0 %	0 %	0 %	383181725
34	NC_016823	TCTT	2	8	1702	1709	0 %	75 %	0 %	25 %	383181725
35	NC_016823	A	6	6	1719	1724	100 %	0 %	0 %	0 %	383181725
36	NC_016823	ATA	2	6	1809	1814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181725
37	NC_016823	GTT	2	6	1821	1826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383181725
38	NC_016823	T	6	6	1825	1830	0 %	100 %	0 %	0 %	383181725
39	NC_016823	TA	6	12	1840	1851	50 %	50 %	0 %	0 %	383181725
40	NC_016823	CAAA	2	8	1868	1875	75 %	0 %	0 %	25 %	383181725
41	NC_016823	T	6	6	1879	1884	0 %	100 %	0 %	0 %	383181725
42	NC_016823	GTA	2	6	1887	1892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181725
43	NC_016823	TA	3	6	1919	1924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016823	T	6	6	1964	1969	0 %	100 %	0 %	0 %	383181726
45	NC_016823	CCT	2	6	1990	1995	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383181726
46	NC_016823	TA	3	6	2015	2020	50 %	50 %	0 %	0 %	383181726
47	NC_016823	AGGG	2	8	2031	2038	25 %	0 %	75 %	0 %	383181726
48	NC_016823	CAT	2	6	2049	2054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181726
49	NC_016823	CTT	2	6	2055	2060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181726
50	NC_016823	TCT	2	6	2104	2109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_016823	T	7	7	2118	2124	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016823	CTG	2	6	2136	2141	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_016823	A	6	6	2152	2157	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016823	CAG	2	6	2227	2232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_016823	ACT	2	6	2280	2285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_016823	CAT	2	6	2313	2318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_016823	GCT	2	6	2344	2349	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_016823	G	6	6	2430	2435	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016823	CA	3	6	2442	2447	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_016823	CCGAG	2	10	2474	2483	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_016823	G	6	6	2677	2682	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016823	GCG	2	6	2705	2710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_016823	CTT	2	6	2715	2720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_016823	TGCTT	2	10	2725	2734	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_016823	TGAG	2	8	2797	2804	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016823	CGC	2	6	2816	2821	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_016823	TGT	2	6	2900	2905	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016823	TCCTG	2	10	2917	2926	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_016823	TC	3	6	2934	2939	0 %	50 %	0 %	50 %	383181727
70	NC_016823	TTC	2	6	2985	2990	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181727
71	NC_016823	CA	3	6	3011	3016	50 %	0 %	0 %	50 %	383181727
72	NC_016823	AGC	2	6	3058	3063	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181727
73	NC_016823	GGCTTT	2	12	3068	3079	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	383181727
74	NC_016823	TGC	3	9	3109	3117	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181727
75	NC_016823	TCTG	2	8	3143	3150	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_016823	TG	3	6	3161	3166	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016823	CCG	2	6	3199	3204	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_016823	A	6	6	3262	3267	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016823	GACAG	2	10	3301	3310	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_016823	AGA	3	9	3474	3482	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181728
81	NC_016823	GCT	2	6	3502	3507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181728
82	NC_016823	T	6	6	3531	3536	0 %	100 %	0 %	0 %	383181728
83	NC_016823	GGC	2	6	3540	3545	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	383181728
84	NC_016823	ACTG	2	8	3570	3577	25 %	25 %	25 %	25 %	383181728
85	NC_016823	AAG	2	6	3593	3598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181728
86	NC_016823	A	6	6	3622	3627	100 %	0 %	0 %	0 %	383181728
87	NC_016823	GA	3	6	3740	3745	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016823	TCCT	2	8	3848	3855	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_016823	T	6	6	3857	3862	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016823	CT	3	6	3874	3879	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_016823	CAGC	2	8	4004	4011	25 %	0 %	25 %	50 %	383181729
92	NC_016823	T	6	6	4020	4025	0 %	100 %	0 %	0 %	383181729
93	NC_016823	TGC	2	6	4040	4045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181729
94	NC_016823	GAGT	2	8	4080	4087	25 %	25 %	50 %	0 %	383181729
95	NC_016823	GTT	2	6	4121	4126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383181729
96	NC_016823	A	7	7	4188	4194	100 %	0 %	0 %	0 %	383181729
97	NC_016823	CAT	2	6	4200	4205	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181729
98	NC_016823	TCA	2	6	4252	4257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181729
99	NC_016823	TGT	2	6	4282	4287	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383181729
100	NC_016823	GTTT	2	8	4355	4362	0 %	75 %	25 %	0 %	383181729
101	NC_016823	TATT	2	8	4398	4405	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016823	TTA	2	6	4415	4420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016823	TTATC	2	10	4429	4438	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_016823	GCCT	2	8	4509	4516	0 %	25 %	25 %	50 %	383181730
105	NC_016823	TCTG	2	8	4650	4657	0 %	50 %	25 %	25 %	383181730
106	NC_016823	CGT	2	6	4761	4766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181730
107	NC_016823	CTGG	2	8	4772	4779	0 %	25 %	50 %	25 %	383181730
108	NC_016823	GT	3	6	4861	4866	0 %	50 %	50 %	0 %	383181730
109	NC_016823	GCCAT	2	10	4867	4876	20 %	20 %	20 %	40 %	383181730
110	NC_016823	TCTCA	2	10	4900	4909	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_016823	GTG	2	6	4988	4993	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016823	T	7	7	5004	5010	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016823	GCG	2	6	5060	5065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_016823	TA	3	6	5079	5084	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016823	TA	4	8	5096	5103	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.