MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254 plasmid pSL254_3

Total Repeats: 82

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011079	TCC	2	6	18	23	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_011079	ACT	2	6	26	31	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_011079	ACT	2	6	48	53	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_011079	TAC	2	6	58	63	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_011079	TAC	2	6	69	74	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_011079	G	8	8	83	90	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011079	ACT	2	6	102	107	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_011079	TAC	2	6	112	117	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_011079	TAC	2	6	123	128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_011079	GGA	3	9	134	142	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011079	ACT	2	6	145	150	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_011079	CTA	2	6	154	159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_011079	TAC	2	6	166	171	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_011079	TAC	2	6	177	182	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_011079	GAA	2	6	310	315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	194442200
16	NC_011079	GC	3	6	372	377	0 %	0 %	50 %	50 %	194442200
17	NC_011079	CATG	2	8	383	390	25 %	25 %	25 %	25 %	194442200
18	NC_011079	CTGG	2	8	416	423	0 %	25 %	50 %	25 %	194442200
19	NC_011079	GGT	2	6	430	435	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	194442200
20	NC_011079	TTG	2	6	436	441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	194442200
21	NC_011079	A	7	7	539	545	100 %	0 %	0 %	0 %	194442200
22	NC_011079	AAT	2	6	581	586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	194442200
23	NC_011079	AGTA	2	8	620	627	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011079	ATT	2	6	647	652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011079	T	6	6	651	656	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011079	T	8	8	665	672	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011079	A	7	7	747	753	100 %	0 %	0 %	0 %	194442199
28	NC_011079	GTT	2	6	756	761	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	194442199
29	NC_011079	AG	3	6	809	814	50 %	0 %	50 %	0 %	194442199
30	NC_011079	GAT	2	6	939	944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	194442199
31	NC_011079	TAA	2	6	1027	1032	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	194442199
32	NC_011079	ATAA	2	8	1191	1198	75 %	25 %	0 %	0 %	194442199
33	NC_011079	T	6	6	1248	1253	0 %	100 %	0 %	0 %	194442199
34	NC_011079	ATG	2	6	1333	1338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	194442199
35	NC_011079	GGGA	2	8	1339	1346	25 %	0 %	75 %	0 %	194442199
36	NC_011079	CGG	2	6	1418	1423	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	194442199
37	NC_011079	TC	3	6	1458	1463	0 %	50 %	0 %	50 %	194442199
38	NC_011079	TGA	2	6	1475	1480	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	194442199
39	NC_011079	TAC	2	6	1484	1489	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	194442199
40	NC_011079	GCA	2	6	1494	1499	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	194442199
41	NC_011079	TCT	2	6	1533	1538	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	194442199
42	NC_011079	CGAG	2	8	1539	1546	25 %	0 %	50 %	25 %	194442199
43	NC_011079	TGTT	2	8	1558	1565	0 %	75 %	25 %	0 %	194442199
44	NC_011079	TAA	2	6	1652	1657	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	194442199
45	NC_011079	TGA	2	6	1661	1666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	194442199
46	NC_011079	GGT	2	6	1688	1693	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	194442199
47	NC_011079	GA	3	6	1768	1773	50 %	0 %	50 %	0 %	194442199
48	NC_011079	AG	3	6	1860	1865	50 %	0 %	50 %	0 %	194442199
49	NC_011079	TGT	2	6	1898	1903	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	194442199
50	NC_011079	AGT	2	6	1911	1916	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	194442199
51	NC_011079	TA	3	6	1926	1931	50 %	50 %	0 %	0 %	194442199
52	NC_011079	GAAA	2	8	1985	1992	75 %	0 %	25 %	0 %	194442199
53	NC_011079	ATAA	2	8	2022	2029	75 %	25 %	0 %	0 %	194442199
54	NC_011079	A	7	7	2035	2041	100 %	0 %	0 %	0 %	194442199
55	NC_011079	CCA	2	6	2048	2053	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	194442199
56	NC_011079	ACA	2	6	2080	2085	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	194442199
57	NC_011079	AAT	3	9	2115	2123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	194442199
58	NC_011079	ATT	2	6	2140	2145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	194442199
59	NC_011079	GAT	2	6	2163	2168	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	194442199
60	NC_011079	TA	3	6	2200	2205	50 %	50 %	0 %	0 %	194442199
61	NC_011079	A	6	6	2229	2234	100 %	0 %	0 %	0 %	194442199
62	NC_011079	T	6	6	2267	2272	0 %	100 %	0 %	0 %	194442199
63	NC_011079	A	6	6	2333	2338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011079	GGT	2	6	2350	2355	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011079	CTCCG	2	10	2496	2505	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_011079	GCT	2	6	2523	2528	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_011079	GCA	2	6	2591	2596	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_011079	G	6	6	2609	2614	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011079	CCA	2	6	2799	2804	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_011079	G	6	6	2839	2844	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011079	CGCC	2	8	2934	2941	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
72	NC_011079	GAG	2	6	2979	2984	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011079	ACCCCG	2	12	3066	3077	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_011079	AAC	2	6	3152	3157	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_011079	ATG	2	6	3195	3200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	194442201
76	NC_011079	AAC	2	6	3201	3206	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	194442201
77	NC_011079	GCC	2	6	3304	3309	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	194442201
78	NC_011079	GGT	2	6	3403	3408	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011079	ATAA	2	8	3429	3436	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011079	ATC	2	6	3526	3531	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_011079	GAG	2	6	3561	3566	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011079	A	7	7	3574	3580	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.